MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae LMA3984-4 chromosome II

Total Repeats: 140

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017269	TTCAC	2	10	10195	10204	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_017269	GTTAG	2	10	17174	17183	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017269	TTTGT	2	10	30469	30478	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017269	GCAAA	2	10	33413	33422	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017269	ATTCA	2	10	48563	48572	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017269	CCAAA	2	10	51208	51217	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017269	CAATT	2	10	59553	59562	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017269	GTACA	2	10	59791	59800	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017269	AATGG	2	10	66655	66664	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017269	TTGTT	2	10	94662	94671	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017269	ATCTA	2	10	99688	99697	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017269	AATTA	2	10	99741	99750	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017269	CTTTT	2	10	110052	110061	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017269	TTAAT	2	10	112228	112237	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017269	AATTT	2	10	138414	138423	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017269	GCTGC	2	10	183056	183065	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017269	CCAAG	2	10	183368	183377	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_017269	ATGGC	2	10	183780	183789	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017269	AGGAC	2	10	193741	193750	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017269	TAGTG	2	10	198271	198280	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017269	TTCCT	2	10	215155	215164	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017269	TCATC	2	10	225609	225618	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_017269	AACTT	2	10	227278	227287	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017269	AAATT	2	10	227346	227355	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017269	ACTCA	2	10	227793	227802	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_017269	CTTCT	2	10	232337	232346	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_017269	ATAAA	2	10	237770	237779	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017269	GCGTT	2	10	249396	249405	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017269	AGTTG	2	10	250197	250206	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017269	GTTTT	2	10	269562	269571	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017269	TAATT	2	10	271005	271014	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017269	TCATT	2	10	271108	271117	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017269	TCATT	2	10	272016	272025	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017269	AAATT	2	10	279048	279057	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017269	GCGCG	2	10	281052	281061	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017269	AATCG	2	10	281531	281540	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017269	ACCCA	2	10	284721	284730	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
38	NC_017269	AGGTG	2	10	284872	284881	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017269	GTGGA	2	10	285919	285928	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017269	GTTTA	2	10	289425	289434	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017269	GTTTA	2	10	293972	293981	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017269	AGTTT	2	10	300123	300132	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017269	TAACA	2	10	307300	307309	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017269	ACTGT	2	10	316041	316050	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017269	AATTA	2	10	319946	319955	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017269	TAAGT	2	10	327691	327700	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017269	ATCGC	2	10	337105	337114	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017269	AACGT	2	10	338011	338020	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017269	GATGT	2	10	344990	344999	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017269	CTAGG	2	10	345240	345249	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017269	ATCAA	2	10	352928	352937	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017269	GTTTT	2	10	353140	353149	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017269	CTTTA	2	10	355761	355770	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017269	TAAAA	2	10	367459	367468	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017269	TTATG	2	10	370464	370473	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017269	ATAGG	2	10	374549	374558	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017269	TAGGA	2	10	378166	378175	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017269	TGGTT	2	10	389314	389323	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017269	TAAAA	2	10	402533	402542	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017269	AATTA	2	10	404116	404125	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017269	ACTAA	2	10	416932	416941	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017269	ATAGT	2	10	425994	426003	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017269	TCAGT	2	10	428241	428250	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017269	TTATT	2	10	429278	429287	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017269	GATAG	2	10	435857	435866	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017269	TACCC	2	10	436756	436765	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_017269	AGTGT	2	10	441629	441638	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017269	TTCAA	2	10	442864	442873	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017269	AACCC	2	10	448719	448728	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_017269	GGCGC	2	10	451718	451727	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017269	CGCAG	2	10	453904	453913	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_017269	TTGGG	2	10	454157	454166	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017269	CGCTT	2	10	454444	454453	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017269	TTCCC	2	10	455785	455794	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
75	NC_017269	TCGTT	2	10	458001	458010	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017269	TCGCT	2	10	476709	476718	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_017269	TCAGG	2	10	484663	484672	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017269	CATCC	2	10	484774	484783	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
79	NC_017269	CTTTT	2	10	494344	494353	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017269	ATGAA	2	10	499929	499938	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017269	AATTG	2	10	500090	500099	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017269	TCGCT	2	10	510908	510917	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_017269	AAATG	2	10	522366	522375	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017269	CCAAT	2	10	535761	535770	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_017269	ATGAA	2	10	580035	580044	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017269	CAAAA	2	10	589279	589288	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017269	TGTGA	2	10	590341	590350	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017269	TAAGG	2	10	597285	597294	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017269	TTTTG	2	10	619074	619083	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017269	CCATT	2	10	622413	622422	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017269	TCAAA	2	10	629874	629883	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017269	AATGA	2	10	630956	630965	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017269	GCGCT	2	10	638514	638523	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017269	CCAAT	2	10	641739	641748	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_017269	ACAAA	2	10	668788	668797	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017269	AATGA	2	10	672370	672379	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017269	AGGAA	2	10	675490	675499	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017269	AGATA	2	10	692493	692502	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017269	GTTCA	2	10	699914	699923	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017269	AAAAT	2	10	703945	703954	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017269	TGTTT	2	10	704499	704508	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017269	GGAGC	2	10	704757	704766	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017269	TTTTG	2	10	717484	717493	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017269	TTCTG	2	10	725344	725353	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017269	TACCC	2	10	726806	726815	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
106	NC_017269	TGCTT	2	10	731775	731784	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017269	AAAAG	2	10	738211	738220	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017269	CTTTT	2	10	748978	748987	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017269	CCAAT	2	10	749006	749015	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017269	AATAA	2	10	762952	762961	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017269	CAAAA	2	10	763865	763874	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017269	GAAAA	2	10	768398	768407	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017269	CTTTT	2	10	774320	774329	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017269	TCACT	2	10	794532	794541	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017269	TCCCT	2	10	796689	796698	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
116	NC_017269	TCTGC	2	10	804654	804663	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017269	CGAGC	2	10	805623	805632	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_017269	ATTTT	2	10	840513	840522	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017269	CTAAG	2	10	840670	840679	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017269	CGGAA	2	10	844598	844607	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017269	TTCAT	2	10	844699	844708	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017269	TTTTC	2	10	846267	846276	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017269	ATATG	2	10	852717	852726	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017269	CAGTT	2	10	853418	853427	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017269	ATTGA	2	10	853734	853743	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017269	GAGAT	2	10	854866	854875	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017269	TTTCG	2	10	855408	855417	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017269	TGGCG	2	10	855624	855633	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017269	TACCT	2	10	857438	857447	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_017269	GCGCA	2	10	859278	859287	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_017269	AAACA	2	10	859536	859545	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017269	ACCTC	2	10	872679	872688	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
133	NC_017269	CGCCC	2	10	886205	886214	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
134	NC_017269	AAATA	2	10	892422	892431	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017269	AATAC	2	10	893096	893105	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017269	AACAA	2	10	901460	901469	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017269	ATGAA	2	10	927802	927811	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017269	TGTTA	2	10	928017	928026	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017269	TGCTT	2	10	935678	935687	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017269	TGGGC	2	10	943568	943577	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.