MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae IEC224 chromosome II

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016945	GTTAG	2	10	17177	17186	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016945	TTTGT	2	10	32811	32820	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016945	ACATG	2	10	39941	39950	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_016945	ATTCA	2	10	50906	50915	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016945	CAATT	2	10	62040	62049	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_016945	GTACA	2	10	62278	62287	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_016945	TTGTT	2	10	97178	97187	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016945	CTTTT	2	10	112664	112673	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016945	TTAAT	2	10	114840	114849	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016945	CGCTT	2	10	180637	180646	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_016945	AGGAC	2	10	196430	196439	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_016945	TAGTG	2	10	201939	201948	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016945	CAAGC	2	10	223827	223836	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_016945	GGCTT	2	10	223841	223850	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_016945	TTCCT	2	10	224705	224714	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_016945	TCATC	2	10	235230	235239	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_016945	AACTT	2	10	236897	236906	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_016945	AAATT	2	10	236970	236979	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016945	ACTCA	2	10	237416	237425	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_016945	CTTCT	2	10	241958	241967	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_016945	ATAAA	2	10	247391	247400	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016945	GTTTT	2	10	279756	279765	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016945	TAATT	2	10	284851	284860	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016945	TCATT	2	10	284954	284963	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_016945	AAATT	2	10	292017	292026	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016945	GTTTA	2	10	309261	309270	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016945	CTGCT	2	10	313373	313382	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_016945	TTGAT	2	10	329181	329190	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016945	AGTTT	2	10	332405	332414	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016945	ATTGC	2	10	347932	347941	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_016945	TTGAT	2	10	367828	367837	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016945	TTTGC	2	10	376353	376362	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_016945	TTGAT	2	10	388640	388649	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016945	TGAGT	2	10	399064	399073	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016945	ACTTC	2	10	404645	404654	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_016945	TAGCT	2	10	414442	414451	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_016945	AATTA	2	10	419766	419775	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016945	CTCAT	2	10	436779	436788	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_016945	GATGT	2	10	448931	448940	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016945	CTAGG	2	10	449181	449190	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_016945	CTTTA	2	10	459294	459303	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016945	TAAAA	2	10	470993	471002	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016945	ATAGG	2	10	478080	478089	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016945	TAGGA	2	10	481767	481776	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016945	TGGTT	2	10	492917	492926	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016945	TTTTC	2	10	494656	494665	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_016945	AATTA	2	10	507702	507711	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016945	ACTAA	2	10	521274	521283	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_016945	ATAGT	2	10	530336	530345	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016945	TTATT	2	10	533632	533641	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016945	TACCC	2	10	541110	541119	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
52	NC_016945	AGTGT	2	10	545981	545990	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016945	TTCAA	2	10	547216	547225	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_016945	CAAGA	2	10	563519	563528	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_016945	AAAGA	2	10	586079	586088	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016945	GAAAA	2	10	586093	586102	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016945	CAGCG	2	10	587734	587743	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_016945	TCAGG	2	10	592443	592452	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_016945	CATCC	2	10	592554	592563	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
60	NC_016945	CTTTT	2	10	601958	601967	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_016945	AATTG	2	10	607868	607877	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016945	AAATG	2	10	630148	630157	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016945	ATGAA	2	10	691014	691023	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016945	CAAAA	2	10	700309	700318	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_016945	TGTGA	2	10	701371	701380	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016945	TAAGG	2	10	708315	708324	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016945	CAACC	2	10	723507	723516	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_016945	TACTT	2	10	723529	723538	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_016945	CCATT	2	10	733436	733445	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_016945	ATCTT	2	10	737668	737677	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_016945	TGTCT	2	10	737682	737691	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_016945	TCAAA	2	10	745149	745158	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_016945	AATGA	2	10	746231	746240	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016945	TTCAT	2	10	763256	763265	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_016945	AAAGG	2	10	776650	776659	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016945	CCTTT	2	10	776676	776685	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_016945	ACAAA	2	10	784063	784072	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_016945	AATGA	2	10	787645	787654	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016945	AGGAA	2	10	790765	790774	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016945	AAAAT	2	10	819224	819233	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016945	CATCA	2	10	830509	830518	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_016945	AGCAC	2	10	837324	837333	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_016945	TAAAC	2	10	837437	837446	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_016945	TACCC	2	10	840387	840396	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
85	NC_016945	GTGAT	2	10	840669	840678	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016945	AAATA	2	10	841118	841127	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016945	TGCTT	2	10	854283	854292	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_016945	AAAAG	2	10	860719	860728	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016945	CTTTT	2	10	871486	871495	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_016945	CCAAT	2	10	871514	871523	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_016945	AAATC	2	10	874233	874242	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_016945	AAAAT	2	10	885657	885666	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016945	GAAAA	2	10	891105	891114	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016945	CTTTT	2	10	897025	897034	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_016945	TCACT	2	10	917240	917249	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_016945	TCCCT	2	10	919434	919443	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
97	NC_016945	ATTTT	2	10	963242	963251	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016945	CTAAG	2	10	963399	963408	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_016945	CGGAA	2	10	967327	967336	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_016945	TTCAT	2	10	967428	967437	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_016945	TTTTC	2	10	968996	969005	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_016945	ATATG	2	10	975446	975455	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016945	AAACA	2	10	982256	982265	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_016945	TTTAA	2	10	994367	994376	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016945	ACCTC	2	10	996698	996707	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
106	NC_016945	TTACC	2	10	1002044	1002053	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_016945	CGCCC	2	10	1011389	1011398	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
108	NC_016945	AAATA	2	10	1017604	1017613	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016945	AATAC	2	10	1018275	1018284	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_016945	AACAA	2	10	1026625	1026634	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_016945	ATGAA	2	10	1052966	1052975	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016945	TGTTA	2	10	1053181	1053190	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016945	TGGGC	2	10	1068718	1068727	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.