MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae IEC224 chromosome I

Total Repeats: 356

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016944	TCCCT	2	10	13593	13602	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_016944	GCATG	2	10	55450	55459	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_016944	AGTCG	2	10	56875	56884	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_016944	GAAAC	2	10	58853	58862	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016944	AGCGG	2	10	58938	58947	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_016944	TCCGC	2	10	59006	59015	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
7	NC_016944	ACAAA	2	10	66245	66254	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_016944	TTTTC	2	10	66289	66298	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016944	GTGAA	2	10	69291	69300	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016944	ATGAC	2	10	89094	89103	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_016944	AATTA	2	10	90822	90831	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016944	CTTTT	2	10	93440	93449	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_016944	CCAAA	2	10	94949	94958	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_016944	TTCGT	2	10	97650	97659	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_016944	AAATT	2	10	99847	99856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016944	GCCGA	2	10	100725	100734	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_016944	ATTTT	2	10	102854	102863	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016944	ATTGC	2	10	123725	123734	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_016944	TAGTG	2	10	129594	129603	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016944	CTTGA	2	10	139881	139890	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_016944	AGTCG	2	10	154117	154126	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_016944	GAAAC	2	10	156096	156105	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_016944	CTCTG	2	10	171904	171913	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_016944	CTTAG	2	10	178776	178785	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_016944	CTGAG	2	10	196955	196964	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_016944	AGCGA	2	10	196981	196990	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_016944	CTTGT	2	10	198738	198747	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_016944	AGACA	2	10	214441	214450	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016944	AGGGG	2	10	218538	218547	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016944	ATTGC	2	10	225171	225180	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_016944	ATATC	2	10	260610	260619	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_016944	CCAAC	2	10	267277	267286	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
33	NC_016944	TCGAT	2	10	278409	278418	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_016944	CTCTT	2	10	300208	300217	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_016944	CAAAA	2	10	302310	302319	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_016944	TTCGT	2	10	307149	307158	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_016944	GTTTT	2	10	318148	318157	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016944	CTTAA	2	10	318261	318270	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_016944	AGAAA	2	10	323869	323878	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016944	AGTCG	2	10	327295	327304	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_016944	GAAAC	2	10	329273	329282	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016944	AGCGG	2	10	329358	329367	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_016944	TCCGC	2	10	329426	329435	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_016944	CTGCG	2	10	336570	336579	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_016944	GATCG	2	10	349334	349343	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_016944	GGCTT	2	10	363341	363350	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_016944	AACAG	2	10	364804	364813	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_016944	AAATT	2	10	378937	378946	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016944	AAAAC	2	10	392963	392972	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_016944	AAAAT	2	10	394039	394048	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016944	ATTGA	2	10	395756	395765	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016944	AGAAA	2	10	401493	401502	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016944	AGTCG	2	10	404901	404910	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_016944	GAAAC	2	10	406879	406888	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_016944	AGCGG	2	10	406964	406973	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_016944	TCCGC	2	10	407032	407041	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_016944	TACGT	2	10	434854	434863	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_016944	GAAGG	2	10	454623	454632	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016944	AGGAA	2	10	468557	468566	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016944	AAAAC	2	10	478376	478385	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_016944	GCAAG	2	10	478588	478597	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_016944	TCAGT	2	10	479260	479269	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_016944	ACTGA	2	10	479286	479295	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_016944	GCTTT	2	10	493482	493491	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_016944	ATTTT	2	10	520579	520588	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016944	GAAAA	2	10	522984	522993	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016944	TTTTG	2	10	523038	523047	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016944	TTGAT	2	10	531463	531472	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016944	ATTGA	2	10	535345	535354	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016944	GTTAT	2	10	535385	535394	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016944	AAGCT	2	10	540128	540137	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_016944	AGCTC	2	10	550030	550039	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_016944	TTGGG	2	10	553886	553895	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016944	TTCTA	2	10	569249	569258	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_016944	GAAGA	2	10	576106	576115	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016944	AAGCG	2	10	589733	589742	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_016944	ATTTT	2	10	595919	595928	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016944	TGATG	2	10	611131	611140	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016944	CACTC	2	10	612392	612401	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_016944	AACCC	2	10	612683	612692	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
81	NC_016944	CAGCA	2	10	613571	613580	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_016944	GTTTT	2	10	635869	635878	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016944	TATTT	2	10	637003	637012	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016944	TTTCA	2	10	654377	654386	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_016944	TTAAT	2	10	654756	654765	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016944	ATTAA	2	10	654768	654777	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016944	GTTCA	2	10	668933	668942	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_016944	AATTT	2	10	673178	673187	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016944	ACCCG	2	10	673371	673380	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
90	NC_016944	TGATT	2	10	687236	687245	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016944	ATCCA	2	10	697688	697697	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_016944	GAATA	2	10	709378	709387	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016944	TGATT	2	10	713864	713873	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016944	CGCGA	2	10	732471	732480	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
95	NC_016944	GCTAT	2	10	732501	732510	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_016944	AAAAG	2	10	743335	743344	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016944	CAAAA	2	10	753946	753955	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_016944	TCGTT	2	10	754787	754796	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_016944	AGTCG	2	10	762849	762858	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_016944	GAAAC	2	10	764827	764836	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_016944	AGCGG	2	10	764962	764971	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
102	NC_016944	TCCGC	2	10	765030	765039	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
103	NC_016944	CTTTG	2	10	769147	769156	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_016944	GCTTT	2	10	775676	775685	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_016944	AATTA	2	10	785713	785722	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016944	GCCGA	2	10	789198	789207	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_016944	TCAAA	2	10	806786	806795	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_016944	GTTTT	2	10	815004	815013	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016944	GTTGC	2	10	827056	827065	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_016944	CTGCC	2	10	855493	855502	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_016944	AGAAA	2	10	869981	869990	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016944	TTGAT	2	10	870083	870092	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016944	ATAAG	2	10	872154	872163	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016944	AAATT	2	10	872224	872233	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016944	GTTTG	2	10	882720	882729	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016944	TGAAT	2	10	887235	887244	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016944	AGATA	2	10	896714	896723	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016944	TTATC	2	10	896743	896752	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_016944	TAGCT	2	10	907978	907987	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_016944	TTGTG	2	10	912324	912333	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016944	CTTTT	2	10	913208	913217	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_016944	TTTGT	2	10	926025	926034	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016944	TAACA	2	10	937615	937624	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_016944	GTGAG	2	10	940970	940979	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016944	TTTGT	2	10	951806	951815	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016944	TTTTG	2	10	963049	963058	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016944	TTCTT	2	10	965588	965597	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_016944	TTTTC	2	10	970284	970293	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_016944	TTTTC	2	10	970453	970462	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_016944	TTTTC	2	10	970622	970631	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_016944	TTTTC	2	10	970791	970800	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_016944	GCCAT	2	10	995081	995090	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_016944	ACCAG	2	10	1009292	1009301	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_016944	TCAGG	2	10	1009308	1009317	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_016944	TTCGG	2	10	1018467	1018476	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_016944	GTTTT	2	10	1019062	1019071	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016944	TCTTT	2	10	1020597	1020606	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_016944	AGTAT	2	10	1026712	1026721	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016944	CCTTA	2	10	1028506	1028515	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_016944	AGAAA	2	10	1042621	1042630	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016944	TTTTA	2	10	1053726	1053735	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016944	TTAAT	2	10	1055441	1055450	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016944	CTCAG	2	10	1084509	1084518	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_016944	GGCTA	2	10	1087222	1087231	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_016944	ACTTT	2	10	1111677	1111686	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_016944	GTGGG	2	10	1130253	1130262	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
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150	NC_016944	ACTTC	2	10	1167550	1167559	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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273	NC_016944	CTAGC	2	10	2424225	2424234	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
274	NC_016944	ATACC	2	10	2425826	2425835	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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281	NC_016944	ACACA	2	10	2504104	2504113	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
282	NC_016944	ACTGC	2	10	2510817	2510826	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
283	NC_016944	CTCAA	2	10	2525250	2525259	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
284	NC_016944	CTTTG	2	10	2525263	2525272	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
285	NC_016944	CCAAG	2	10	2527679	2527688	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
286	NC_016944	AAACC	2	10	2563289	2563298	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
287	NC_016944	TAATT	2	10	2576878	2576887	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_016944	ATAAA	2	10	2576964	2576973	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_016944	AAACA	2	10	2577003	2577012	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
290	NC_016944	AAACC	2	10	2577034	2577043	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
291	NC_016944	CAAAA	2	10	2577285	2577294	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
292	NC_016944	AGGAC	2	10	2577295	2577304	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
293	NC_016944	AAAAT	2	10	2583700	2583709	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_016944	TGAGA	2	10	2590010	2590019	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
295	NC_016944	TAGTC	2	10	2595768	2595777	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
296	NC_016944	GAGAG	2	10	2595865	2595874	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
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298	NC_016944	ATCCC	2	10	2627236	2627245	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
299	NC_016944	AACCA	2	10	2627569	2627578	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
300	NC_016944	ACCAA	2	10	2641358	2641367	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
301	NC_016944	CCCCT	2	10	2641416	2641425	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
302	NC_016944	GGTTT	2	10	2642314	2642323	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
303	NC_016944	TAACC	2	10	2645655	2645664	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
304	NC_016944	GTTTT	2	10	2669100	2669109	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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313	NC_016944	GTTTC	2	10	2722595	2722604	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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319	NC_016944	TTATA	2	10	2780429	2780438	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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321	NC_016944	TTTTC	2	10	2791826	2791835	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
322	NC_016944	TCGGG	2	10	2806015	2806024	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
323	NC_016944	TCATC	2	10	2839514	2839523	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
324	NC_016944	ACAAA	2	10	2841620	2841629	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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327	NC_016944	AGAAA	2	10	2858392	2858401	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
328	NC_016944	ATAAA	2	10	2873021	2873030	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
329	NC_016944	TCCCT	2	10	2884413	2884422	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
330	NC_016944	CAAGC	2	10	2889545	2889554	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
331	NC_016944	CGGCG	2	10	2890095	2890104	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
332	NC_016944	CAGAA	2	10	2891530	2891539	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
333	NC_016944	ATCTC	2	10	2894405	2894414	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
334	NC_016944	TCGAA	2	10	2896366	2896375	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
335	NC_016944	CTTAA	2	10	2901824	2901833	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
336	NC_016944	AGCAA	2	10	2901989	2901998	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
337	NC_016944	CGAAT	2	10	2904066	2904075	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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339	NC_016944	GTTTG	2	10	2925889	2925898	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
340	NC_016944	CAGAG	2	10	2931707	2931716	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
341	NC_016944	CCTTA	2	10	2961007	2961016	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
342	NC_016944	TTCCT	2	10	2962966	2962975	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
343	NC_016944	CTCGC	2	10	2966841	2966850	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
344	NC_016944	GCGGA	2	10	2974100	2974109	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
345	NC_016944	CCGCT	2	10	2974168	2974177	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
346	NC_016944	GTTTC	2	10	2974253	2974262	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
347	NC_016944	CGACT	2	10	2976231	2976240	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
348	NC_016944	TCGGT	2	10	2976606	2976615	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
349	NC_016944	TCTAA	2	10	2977992	2978001	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
350	NC_016944	TTAAC	2	10	2979122	2979131	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
351	NC_016944	GTTTC	2	10	2980000	2980009	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
352	NC_016944	TCGAC	2	10	2981977	2981986	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
353	NC_016944	TCGGT	2	10	2982352	2982361	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
354	NC_016944	TCTAA	2	10	2983713	2983722	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
355	NC_016944	TTAAC	2	10	2984844	2984853	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
356	NC_016944	CTCGA	2	10	2988465	2988474	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.