MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 chromosome 2

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016446	GTTTT	2	10	6186	6195	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016446	TAATT	2	10	11281	11290	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016446	TCATT	2	10	11384	11393	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_016446	AAATT	2	10	18447	18456	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016446	GTTTA	2	10	35739	35748	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016446	TAGCT	2	10	49321	49330	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_016446	AACCT	2	10	52209	52218	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_016446	TTGAT	2	10	54280	54289	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016446	AGTTT	2	10	57503	57512	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016446	ATTGC	2	10	73181	73190	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_016446	TTGAT	2	10	93077	93086	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016446	ACTTC	2	10	105365	105374	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_016446	TAGCT	2	10	115164	115173	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_016446	AATTA	2	10	120488	120497	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016446	CTAGG	2	10	149903	149912	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_016446	CTTTA	2	10	160016	160025	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_016446	TAAAA	2	10	171715	171724	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016446	ATAGG	2	10	178802	178811	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016446	TAGGA	2	10	182489	182498	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016446	TGGTT	2	10	193638	193647	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016446	TTTTC	2	10	195377	195386	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_016446	AATTA	2	10	208423	208432	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016446	ACTAA	2	10	221994	222003	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_016446	ATAGT	2	10	231056	231065	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016446	TTATT	2	10	234352	234361	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016446	TACCC	2	10	241830	241839	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
27	NC_016446	AGTGT	2	10	246701	246710	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016446	CAAGA	2	10	264239	264248	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016446	AAAGA	2	10	286799	286808	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016446	GAAAA	2	10	286813	286822	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016446	TCAGG	2	10	293162	293171	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_016446	CATCC	2	10	293273	293282	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
33	NC_016446	CTTTT	2	10	302677	302686	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_016446	AAATG	2	10	330867	330876	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016446	TGTGA	2	10	402090	402099	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016446	TAAGG	2	10	409034	409043	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016446	CAACC	2	10	424226	424235	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
38	NC_016446	TACTT	2	10	424248	424257	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_016446	CCATT	2	10	434155	434164	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_016446	AGCAA	2	10	435173	435182	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_016446	ATCTT	2	10	438375	438384	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016446	TGTCT	2	10	438389	438398	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_016446	TCAAA	2	10	445856	445865	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_016446	AATGA	2	10	446938	446947	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016446	ACAAA	2	10	484770	484779	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_016446	AATGA	2	10	488352	488361	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016446	AGGAA	2	10	491472	491481	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016446	CATCA	2	10	531216	531225	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_016446	ACAAT	2	10	533945	533954	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_016446	AGCAC	2	10	538031	538040	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_016446	TAAAC	2	10	538144	538153	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_016446	TACCC	2	10	541094	541103	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
53	NC_016446	TGCTT	2	10	554990	554999	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_016446	AAAAG	2	10	561425	561434	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016446	CTTTT	2	10	572192	572201	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_016446	CCAAT	2	10	572220	572229	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_016446	AAATC	2	10	574939	574948	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_016446	GAAAA	2	10	591811	591820	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016446	TCACT	2	10	617946	617955	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_016446	TCCCT	2	10	620145	620154	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_016446	ATTTT	2	10	663953	663962	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016446	CTAAG	2	10	664110	664119	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_016446	CGGAA	2	10	668038	668047	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_016446	TTCAT	2	10	668139	668148	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_016446	TTTTC	2	10	669707	669716	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_016446	ATATG	2	10	676155	676164	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016446	AAACA	2	10	682965	682974	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_016446	TTTAA	2	10	695076	695085	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016446	ACCTC	2	10	697407	697416	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_016446	CGCCC	2	10	712096	712105	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
71	NC_016446	AAATA	2	10	718311	718320	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016446	AATAC	2	10	718982	718991	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_016446	AACAA	2	10	727332	727341	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_016446	ATGAA	2	10	753664	753673	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016446	TGTTA	2	10	753879	753888	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016446	TATAG	2	10	762943	762952	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016446	CGGTA	2	10	763198	763207	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_016446	TGGGC	2	10	769416	769425	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
79	NC_016446	GTTAG	2	10	790011	790020	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016446	TTTGT	2	10	805645	805654	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016446	ACATG	2	10	812775	812784	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_016446	ATTCA	2	10	823740	823749	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_016446	CAATT	2	10	834874	834883	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_016446	TTGTT	2	10	870012	870021	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016446	ATATA	2	10	874515	874524	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016446	AATTA	2	10	875090	875099	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016446	CTTTT	2	10	885509	885518	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_016446	TTAAT	2	10	887685	887694	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016446	AGGAC	2	10	969225	969234	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_016446	TAGTG	2	10	974734	974743	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016446	GCATC	2	10	977447	977456	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_016446	TTCCT	2	10	997500	997509	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_016446	TTAAA	2	10	1006728	1006737	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016446	TCATC	2	10	1008025	1008034	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_016446	AACTT	2	10	1009692	1009701	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_016446	AAATT	2	10	1009765	1009774	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016446	ACTCA	2	10	1010211	1010220	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_016446	CTTCT	2	10	1014753	1014762	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_016446	ATAAA	2	10	1020186	1020195	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.