MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Variovorax paradoxus S110 chromosome 2

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012792	ATTCG	2	10	22285	22294	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_012792	GAAAG	2	10	31929	31938	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012792	AGCCC	2	10	95017	95026	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
4	NC_012792	GCCCG	2	10	96993	97002	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
5	NC_012792	GGTGA	2	10	97110	97119	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012792	TCCCA	2	10	99134	99143	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
7	NC_012792	GCCCA	2	10	111036	111045	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
8	NC_012792	CGCAG	2	10	111377	111386	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_012792	CGCGG	2	10	112168	112177	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
10	NC_012792	TCCCT	2	10	141349	141358	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
11	NC_012792	CGCTG	2	10	147515	147524	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_012792	ATGCG	2	10	160314	160323	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_012792	CCGAG	2	10	164627	164636	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_012792	GGACG	2	10	177054	177063	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_012792	GCGCC	2	10	182314	182323	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
16	NC_012792	CAGGC	2	10	194865	194874	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_012792	GCAGC	2	10	210041	210050	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_012792	ACGCG	2	10	211703	211712	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_012792	CCGCA	2	10	234435	234444	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
20	NC_012792	TCGGA	2	10	245090	245099	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012792	CCGGC	2	10	247312	247321	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
22	NC_012792	GCCAG	2	10	247354	247363	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_012792	CAGCC	2	10	257261	257270	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_012792	TCGCG	2	10	260585	260594	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_012792	TTATG	2	10	263685	263694	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012792	CGGTG	2	10	284459	284468	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_012792	GCGCG	2	10	285006	285015	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
28	NC_012792	GAACG	2	10	289996	290005	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_012792	GTCCG	2	10	325035	325044	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_012792	TTTCG	2	10	329126	329135	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_012792	GCATG	2	10	334982	334991	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_012792	TCTTT	2	10	338365	338374	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_012792	GAGAA	2	10	352160	352169	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012792	GACAA	2	10	358150	358159	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012792	GCGCC	2	10	359906	359915	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
36	NC_012792	GCACG	2	10	365540	365549	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_012792	ATCCG	2	10	395539	395548	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_012792	TTTTG	2	10	397910	397919	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012792	GGTTG	2	10	398420	398429	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012792	GAACG	2	10	402244	402253	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_012792	GAAAA	2	10	411266	411275	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012792	GCGCG	2	10	421062	421071	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
43	NC_012792	ACCCG	2	10	423640	423649	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_012792	CGGCA	2	10	440686	440695	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_012792	ACGGG	2	10	452951	452960	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
46	NC_012792	TCGCG	2	10	455020	455029	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_012792	GAAAG	2	10	457466	457475	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012792	CTATG	2	10	459511	459520	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_012792	CGCTG	2	10	466107	466116	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_012792	GCCGC	2	10	466664	466673	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
51	NC_012792	GTGCG	2	10	468997	469006	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012792	GACAC	2	10	471015	471024	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_012792	TCACC	2	10	490221	490230	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
54	NC_012792	CGACG	2	10	535248	535257	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_012792	TCGCA	2	10	537156	537165	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_012792	GCGCG	2	10	542753	542762	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
57	NC_012792	TCATG	2	10	556548	556557	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_012792	CGCGA	2	10	556605	556614	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_012792	CAGCG	2	10	560419	560428	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_012792	TCGCC	2	10	562147	562156	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
61	NC_012792	TCCGA	2	10	562258	562267	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_012792	TCCGA	2	10	562281	562290	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_012792	TCCGA	2	10	562304	562313	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_012792	TCCGA	2	10	562327	562336	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_012792	GGCCG	2	10	570061	570070	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
66	NC_012792	TCTGG	2	10	578911	578920	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_012792	CGCAC	2	10	587964	587973	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
68	NC_012792	GTGCG	2	10	610102	610111	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012792	GCGAT	2	10	616935	616944	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_012792	CGCGG	2	10	618717	618726	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
71	NC_012792	AGACG	2	10	626699	626708	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_012792	CGGCA	2	10	627464	627473	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_012792	CACAA	2	10	627972	627981	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_012792	GCGCA	2	10	630308	630317	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_012792	TCCGA	2	10	636239	636248	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_012792	AATCC	2	10	636756	636765	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_012792	GCACT	2	10	642119	642128	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_012792	CCGCG	2	10	663722	663731	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
79	NC_012792	CGGCG	2	10	672209	672218	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
80	NC_012792	GGATG	2	10	672262	672271	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012792	TTCCA	2	10	673863	673872	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_012792	AGAAA	2	10	713229	713238	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012792	GGCCG	2	10	718374	718383	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
84	NC_012792	GCGTC	2	10	725525	725534	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_012792	ACTTC	2	10	740912	740921	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_012792	GGCGC	2	10	754422	754431	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
87	NC_012792	CCGCT	2	10	764362	764371	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_012792	CGAGC	2	10	786857	786866	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_012792	TCAGC	2	10	806806	806815	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_012792	GCAGG	2	10	830217	830226	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
91	NC_012792	CCGGC	2	10	836217	836226	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_012792	TTCGT	2	10	843667	843676	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_012792	CCCCA	2	10	851049	851058	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
94	NC_012792	CCCCA	2	10	856792	856801	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
95	NC_012792	CAAGG	2	10	862003	862012	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_012792	GCCGC	2	10	876378	876387	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
97	NC_012792	TCCGG	2	10	880635	880644	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_012792	GCGCC	2	10	881772	881781	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
99	NC_012792	TGAAG	2	10	889437	889446	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012792	TTCGA	2	10	891668	891677	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_012792	ATGTA	2	10	893264	893273	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012792	GTGTT	2	10	893310	893319	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012792	GGCCT	2	10	904801	904810	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_012792	TCACT	2	10	904953	904962	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_012792	TGGGC	2	10	909784	909793	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
106	NC_012792	CCGCG	2	10	934752	934761	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
107	NC_012792	GGGCC	2	10	934780	934789	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
108	NC_012792	CGGCG	2	10	962279	962288	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
109	NC_012792	CAGTC	2	10	973502	973511	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_012792	GGCCA	2	10	977078	977087	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
111	NC_012792	GGCCA	2	10	996900	996909	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
112	NC_012792	GCGCC	2	10	1049009	1049018	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
113	NC_012792	TGGGT	2	10	1054313	1054322	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012792	GGCTC	2	10	1059668	1059677	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_012792	CGGCG	2	10	1059739	1059748	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
116	NC_012792	GCATG	2	10	1067904	1067913	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_012792	GCCGG	2	10	1084316	1084325	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
118	NC_012792	ATCAA	2	10	1104309	1104318	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_012792	TGGGC	2	10	1105258	1105267	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_012792	CGTGT	2	10	1115099	1115108	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_012792	ACCTG	2	10	1123863	1123872	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_012792	TCCAT	2	10	1123959	1123968	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_012792	CGCGG	2	10	1126877	1126886	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.