MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae MJ-1236 chromosome 1

Total Repeats: 379

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012668	CGCTT	2	10	30259	30268	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_012668	TAGAA	2	10	50743	50752	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012668	GATAT	2	10	62397	62406	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012668	CCCAA	2	10	66106	66115	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
5	NC_012668	TGAGC	2	10	69961	69970	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_012668	CTTTT	2	10	69975	69984	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_012668	TAAAA	2	10	71782	71791	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012668	GTTAT	2	10	76182	76191	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012668	TTAAT	2	10	76283	76292	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012668	TGTTA	2	10	84944	84953	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012668	ATCAA	2	10	88875	88884	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_012668	TTTTC	2	10	97354	97363	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_012668	GAAAA	2	10	103933	103942	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012668	AAAGC	2	10	126858	126867	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_012668	TTCGC	2	10	127787	127796	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_012668	CTTGC	2	10	127815	127824	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_012668	TCAGT	2	10	141055	141064	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_012668	ACTGA	2	10	141081	141090	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_012668	CTTGC	2	10	141753	141762	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_012668	GTTTT	2	10	141965	141974	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012668	GCTTT	2	10	155388	155397	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_012668	ATCTT	2	10	155735	155744	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_012668	TGACC	2	10	156081	156090	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_012668	TCTTT	2	10	166095	166104	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_012668	ATTTT	2	10	178417	178426	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012668	CCCTT	2	10	185444	185453	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
27	NC_012668	GCGGA	2	10	233036	233045	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
28	NC_012668	CCGCT	2	10	233104	233113	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_012668	GTTTC	2	10	233189	233198	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_012668	CGACT	2	10	235167	235176	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_012668	TCGGT	2	10	235541	235550	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_012668	TCTAA	2	10	236901	236910	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_012668	TTTTC	2	10	238749	238758	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_012668	TCAAT	2	10	244487	244496	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_012668	ATTTT	2	10	246204	246213	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012668	GTTTT	2	10	247280	247289	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012668	AAGAG	2	10	251073	251082	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012668	TCATT	2	10	257003	257012	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_012668	TCTGT	2	10	275438	275447	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_012668	AAGCC	2	10	276902	276911	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_012668	CGATC	2	10	290909	290918	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_012668	GCGCA	2	10	303672	303681	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_012668	GCGGA	2	10	310817	310826	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_012668	CCGCT	2	10	310885	310894	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_012668	GTTTC	2	10	310970	310979	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_012668	CGACT	2	10	312947	312956	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_012668	TCGGT	2	10	313321	313330	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_012668	TTAAC	2	10	315635	315644	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_012668	TTTTC	2	10	316372	316381	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_012668	AAAAC	2	10	322094	322103	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_012668	AAACG	2	10	333091	333100	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012668	AAGAG	2	10	340034	340043	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012668	GATTG	2	10	347473	347482	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012668	TGAGC	2	10	347871	347880	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_012668	CCCTC	2	10	355163	355172	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
56	NC_012668	ATCGA	2	10	361833	361842	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_012668	GTTGG	2	10	372965	372974	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012668	GATAT	2	10	378378	378387	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012668	AGTAA	2	10	409026	409035	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012668	GCAAT	2	10	413817	413826	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_012668	TCCCC	2	10	420449	420458	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
62	NC_012668	CTTGT	2	10	424544	424553	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_012668	ACAAG	2	10	440249	440258	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_012668	TCGCT	2	10	442006	442015	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_012668	AGCTC	2	10	442030	442039	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_012668	AAGAT	2	10	454824	454833	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012668	GCTAA	2	10	460198	460207	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_012668	CAGAG	2	10	467071	467080	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012668	GTTTC	2	10	482881	482890	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_012668	CGACT	2	10	484860	484869	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_012668	TCGGT	2	10	485234	485243	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_012668	TCTAA	2	10	486594	486603	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_012668	TTAAC	2	10	487724	487733	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_012668	CTCGA	2	10	491345	491354	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_012668	TCCCT	2	10	523923	523932	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
76	NC_012668	GCATG	2	10	565781	565790	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_012668	AGTCG	2	10	567206	567215	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_012668	GAAAC	2	10	569184	569193	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_012668	AGCGG	2	10	569269	569278	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
80	NC_012668	TCCGC	2	10	569337	569346	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
81	NC_012668	ACAAA	2	10	576576	576585	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_012668	TTTTC	2	10	576620	576629	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_012668	ATGAC	2	10	599425	599434	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_012668	AATTA	2	10	601153	601162	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012668	CTTTT	2	10	603771	603780	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_012668	CCAAA	2	10	605280	605289	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_012668	TTCGT	2	10	607981	607990	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_012668	AAATT	2	10	610178	610187	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012668	GCCGA	2	10	611056	611065	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_012668	ATTTT	2	10	613185	613194	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012668	ATTGC	2	10	634056	634065	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_012668	TAGTG	2	10	639925	639934	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012668	CTTGA	2	10	650206	650215	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_012668	AGTCG	2	10	664723	664732	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_012668	GAAAC	2	10	666701	666710	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_012668	AGCGG	2	10	666786	666795	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
97	NC_012668	TCCGC	2	10	666854	666863	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
98	NC_012668	GCGAG	2	10	674113	674122	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
99	NC_012668	GTAAG	2	10	679946	679955	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012668	CTCTG	2	10	709247	709256	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_012668	AACGA	2	10	735016	735025	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_012668	ATTCG	2	10	736888	736897	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_012668	GTTAA	2	10	739129	739138	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012668	TTCGA	2	10	744588	744597	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_012668	GAGAT	2	10	746549	746558	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012668	TTCTG	2	10	749424	749433	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_012668	GCTTG	2	10	751409	751418	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_012668	AGGGA	2	10	756541	756550	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012668	AATTT	2	10	785363	785372	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012668	CGAAT	2	10	786383	786392	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_012668	TTTGT	2	10	799334	799343	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012668	CCCGA	2	10	834939	834948	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
113	NC_012668	AGAAA	2	10	849127	849136	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012668	TGTGA	2	10	851293	851302	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012668	TATAA	2	10	860525	860534	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012668	AGCTG	2	10	868017	868026	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_012668	ACTCT	2	10	882792	882801	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_012668	TAAAT	2	10	896393	896402	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012668	AAGTG	2	10	898215	898224	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012668	ATTTT	2	10	911161	911170	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012668	AGTCG	2	10	916382	916391	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_012668	GAAAC	2	10	918360	918369	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_012668	TTTAA	2	10	918423	918432	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012668	TCACC	2	10	925608	925617	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
125	NC_012668	AAGCA	2	10	933347	933356	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_012668	GCGCG	2	10	935608	935617	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
127	NC_012668	TAATT	2	10	940839	940848	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012668	TGTGG	2	10	960082	960091	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012668	GTGAA	2	10	963863	963872	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012668	CGTCC	2	10	964978	964987	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_012668	AAAAC	2	10	971855	971864	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_012668	CTTTT	2	10	976537	976546	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_012668	CTCAC	2	10	981518	981527	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
134	NC_012668	CTTAT	2	10	981656	981665	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_012668	AGGTT	2	10	995299	995308	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012668	AAACC	2	10	998641	998650	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_012668	AGGGG	2	10	999539	999548	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012668	TTGGT	2	10	999597	999606	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012668	TGGTT	2	10	1013386	1013395	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_012668	GGGAT	2	10	1013719	1013728	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
141	NC_012668	TTGTT	2	10	1035842	1035851	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012668	TAAAT	2	10	1036074	1036083	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012668	CACTA	2	10	1041521	1041530	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_012668	CTTTT	2	10	1041986	1041995	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_012668	GAGAG	2	10	1045117	1045126	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
146	NC_012668	GACTA	2	10	1045187	1045196	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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281	NC_012668	TGGGT	2	10	2326906	2326915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
282	NC_012668	CAACG	2	10	2327282	2327291	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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285	NC_012668	CACGT	2	10	2379043	2379052	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
286	NC_012668	TCAAC	2	10	2396001	2396010	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
287	NC_012668	CAAAT	2	10	2397562	2397571	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
288	NC_012668	CGCAG	2	10	2411841	2411850	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
289	NC_012668	AATCA	2	10	2434815	2434824	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
290	NC_012668	TTTAG	2	10	2439131	2439140	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
291	NC_012668	ACACC	2	10	2443576	2443585	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
292	NC_012668	GTTTC	2	10	2443649	2443658	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
293	NC_012668	GTTTT	2	10	2451899	2451908	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
294	NC_012668	CTCTT	2	10	2467100	2467109	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
295	NC_012668	TTGCG	2	10	2490170	2490179	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
296	NC_012668	GAAGT	2	10	2493266	2493275	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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298	NC_012668	AATCC	2	10	2518302	2518311	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
299	NC_012668	TTATT	2	10	2524141	2524150	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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302	NC_012668	AAAGT	2	10	2549139	2549148	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
303	NC_012668	CTGAG	2	10	2576307	2576316	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
304	NC_012668	TGAAG	2	10	2602862	2602871	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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309	NC_012668	AAAGA	2	10	2640219	2640228	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
310	NC_012668	AAAAC	2	10	2641754	2641763	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
311	NC_012668	ACCTG	2	10	2651507	2651516	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
312	NC_012668	TCTGG	2	10	2651523	2651532	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
313	NC_012668	ATTAA	2	10	2664740	2664749	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_012668	CATGG	2	10	2665734	2665743	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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318	NC_012668	GAAAA	2	10	2690532	2690541	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
319	NC_012668	AAGAA	2	10	2695228	2695237	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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322	NC_012668	TGTTA	2	10	2723201	2723210	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
323	NC_012668	GCTAT	2	10	2723267	2723276	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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328	NC_012668	AAAAT	2	10	2759401	2759410	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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331	NC_012668	ATTCA	2	10	2773581	2773590	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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333	NC_012668	ATTTT	2	10	2783727	2783736	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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358	NC_012668	TCGCG	2	10	2928363	2928372	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
359	NC_012668	CAACC	2	10	2939940	2939949	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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361	NC_012668	CAATC	2	10	2947097	2947106	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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374	NC_012668	AATTA	2	10	3093766	3093775	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
375	NC_012668	TGAAC	2	10	3098010	3098019	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
376	NC_012668	ATTTA	2	10	3112173	3112182	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
377	NC_012668	ATTAA	2	10	3112187	3112196	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
378	NC_012668	TGAAA	2	10	3112566	3112575	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
379	NC_012668	AAATA	2	10	3129940	3129949	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.