MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae M66-2 chromosome I

Total Repeats: 304

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012578	TCCCT	2	10	13593	13602	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_012578	GCATG	2	10	55414	55423	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_012578	AGTCG	2	10	56839	56848	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_012578	GAAAC	2	10	58818	58827	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_012578	AGCGG	2	10	58903	58912	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_012578	TCCGC	2	10	58971	58980	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
7	NC_012578	ACAAA	2	10	66210	66219	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_012578	TTTTC	2	10	66254	66263	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_012578	ATGAC	2	10	89059	89068	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_012578	AATTA	2	10	90787	90796	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012578	CTTTT	2	10	93405	93414	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_012578	TTCGT	2	10	97615	97624	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_012578	AAATT	2	10	99812	99821	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012578	ATTTT	2	10	102819	102828	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012578	ATTGC	2	10	123690	123699	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_012578	TAGTG	2	10	129559	129568	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012578	TTTTG	2	10	134965	134974	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012578	TTGGT	2	10	135010	135019	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012578	CTTGA	2	10	139852	139861	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_012578	AGTCG	2	10	154369	154378	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012578	GAAAC	2	10	156348	156357	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_012578	CTCTG	2	10	172158	172167	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_012578	CTGAG	2	10	182929	182938	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_012578	AGCGA	2	10	182955	182964	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_012578	CGAGG	2	10	186012	186021	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_012578	AGGGG	2	10	204512	204521	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012578	TAACG	2	10	205578	205587	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_012578	ATTGC	2	10	211150	211159	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_012578	AGTGC	2	10	230040	230049	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_012578	CCAAC	2	10	251993	252002	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
31	NC_012578	TCGAT	2	10	263125	263134	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_012578	CTCTT	2	10	284923	284932	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_012578	TTCGT	2	10	291864	291873	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_012578	GTTTT	2	10	302863	302872	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012578	CTTAA	2	10	302976	302985	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_012578	AGAAA	2	10	308584	308593	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012578	AGTCG	2	10	312010	312019	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_012578	GAAAC	2	10	313988	313997	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_012578	AGCGG	2	10	314073	314082	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_012578	TCCGC	2	10	314141	314150	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_012578	CTGCG	2	10	321285	321294	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_012578	GATCG	2	10	334049	334058	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_012578	GGCTT	2	10	348056	348065	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_012578	AAATT	2	10	363652	363661	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012578	AAAAC	2	10	377678	377687	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_012578	AAAAT	2	10	378754	378763	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012578	ATTGA	2	10	380471	380480	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012578	AGAAA	2	10	386208	386217	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012578	AGTCG	2	10	389615	389624	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_012578	GAAAC	2	10	391594	391603	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_012578	AGCGG	2	10	391679	391688	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012578	TCCGC	2	10	391747	391756	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
53	NC_012578	GAAGG	2	10	439339	439348	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012578	AAAAC	2	10	463121	463130	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_012578	GCAAG	2	10	463333	463342	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_012578	TCAGT	2	10	464005	464014	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_012578	ACTGA	2	10	464031	464040	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_012578	GCTTT	2	10	478241	478250	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_012578	ATTTT	2	10	505338	505347	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012578	AGCTC	2	10	507814	507823	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_012578	TTGGG	2	10	511670	511679	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012578	TTCTA	2	10	527033	527042	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_012578	GAAGA	2	10	533890	533899	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012578	AAGCG	2	10	547517	547526	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_012578	ATTTT	2	10	553703	553712	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012578	CTGCG	2	10	584180	584189	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_012578	GATCG	2	10	585268	585277	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_012578	CGCTG	2	10	585688	585697	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_012578	GTTTT	2	10	596285	596294	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012578	TATTT	2	10	597419	597428	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012578	TTTCA	2	10	614793	614802	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_012578	TTAAT	2	10	615172	615181	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012578	ATTAA	2	10	615184	615193	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012578	GTTCA	2	10	629349	629358	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_012578	AATTT	2	10	633593	633602	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012578	ACCCG	2	10	633786	633795	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
77	NC_012578	TGATT	2	10	647653	647662	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012578	ATCCA	2	10	658105	658114	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_012578	GAATA	2	10	669795	669804	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012578	GATTG	2	10	674154	674163	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012578	TGATT	2	10	674281	674290	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012578	CGCGA	2	10	692888	692897	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_012578	GCTAT	2	10	692918	692927	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_012578	AAAAG	2	10	703752	703761	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012578	CAGTA	2	10	707029	707038	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_012578	TCGTT	2	10	715205	715214	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_012578	AGTCG	2	10	723282	723291	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_012578	GAAAC	2	10	725260	725269	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_012578	AGCGG	2	10	725395	725404	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_012578	TCCGC	2	10	725463	725472	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
91	NC_012578	CTTTG	2	10	729580	729589	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_012578	GCCGA	2	10	749631	749640	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_012578	TCAAA	2	10	767219	767228	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_012578	GTTTT	2	10	775437	775446	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012578	GTTGC	2	10	787489	787498	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_012578	CTGCC	2	10	815926	815935	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
97	NC_012578	AGAAA	2	10	830414	830423	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012578	TTGAT	2	10	830516	830525	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012578	ATAAG	2	10	832587	832596	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012578	AAATT	2	10	832657	832666	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012578	GTTTG	2	10	843153	843162	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012578	TGAAT	2	10	847666	847675	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012578	AGATA	2	10	857145	857154	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012578	TTATC	2	10	857174	857183	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_012578	TAGCT	2	10	868409	868418	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_012578	TTGTG	2	10	872755	872764	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012578	CTTTT	2	10	873639	873648	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_012578	GTGAG	2	10	901401	901410	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012578	TTTGT	2	10	912199	912208	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012578	TTTTG	2	10	923443	923452	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012578	TTCTT	2	10	925982	925991	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_012578	TTTTC	2	10	930678	930687	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_012578	TTTTC	2	10	930847	930856	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_012578	TTTTC	2	10	931016	931025	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_012578	GCCAT	2	10	955475	955484	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_012578	ACCAG	2	10	969692	969701	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_012578	TCAGG	2	10	969708	969717	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_012578	GTTTT	2	10	979462	979471	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012578	TCTTT	2	10	980997	981006	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_012578	AGTAT	2	10	987124	987133	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012578	CCTTA	2	10	988918	988927	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_012578	AGAAA	2	10	1003034	1003043	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012578	TTTTA	2	10	1014139	1014148	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012578	TTAAT	2	10	1015854	1015863	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012578	CTCAG	2	10	1044922	1044931	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_012578	GGCTA	2	10	1047635	1047644	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_012578	ACTTT	2	10	1072090	1072099	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_012578	TTTCT	2	10	1097055	1097064	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_012578	TGGAT	2	10	1102926	1102935	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012578	ACTTC	2	10	1127964	1127973	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_012578	AAGAG	2	10	1154130	1154139	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012578	AATGA	2	10	1156262	1156271	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_012578	CTTAG	2	10	1158452	1158461	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_012578	CAAAA	2	10	1169330	1169339	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_012578	GAAAC	2	10	1177581	1177590	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_012578	GGTGT	2	10	1177654	1177663	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012578	CTAAA	2	10	1182099	1182108	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_012578	TGATT	2	10	1186415	1186424	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012578	CTGCG	2	10	1209389	1209398	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_012578	GTTGA	2	10	1225229	1225238	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_012578	ACGTG	2	10	1242187	1242196	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_012578	GGATG	2	10	1278509	1278518	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012578	TGCGT	2	10	1293946	1293955	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_012578	TAACA	2	10	1294374	1294383	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_012578	TCTTT	2	10	1294402	1294411	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_012578	ATTTT	2	10	1304916	1304925	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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284	NC_012578	ATCTC	2	10	2785228	2785237	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
285	NC_012578	TCGAA	2	10	2787189	2787198	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
286	NC_012578	AGCAA	2	10	2792812	2792821	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
287	NC_012578	TTTCG	2	10	2796759	2796768	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
288	NC_012578	ATTTT	2	10	2806983	2806992	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_012578	GAGTG	2	10	2807612	2807621	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
290	NC_012578	GATTC	2	10	2807693	2807702	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
291	NC_012578	CAACC	2	10	2807880	2807889	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
292	NC_012578	GCACT	2	10	2808053	2808062	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
293	NC_012578	GTTTG	2	10	2816712	2816721	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
294	NC_012578	CAGAG	2	10	2822530	2822539	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
295	NC_012578	CCTTA	2	10	2851830	2851839	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
296	NC_012578	CTCGC	2	10	2857664	2857673	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
297	NC_012578	GCGGA	2	10	2864923	2864932	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
298	NC_012578	CCGCT	2	10	2864991	2865000	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
299	NC_012578	GTTTC	2	10	2865076	2865085	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
300	NC_012578	CGACT	2	10	2867055	2867064	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
301	NC_012578	TCGGT	2	10	2867429	2867438	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
302	NC_012578	TCTAA	2	10	2868789	2868798	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
303	NC_012578	TTAAC	2	10	2869919	2869928	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
304	NC_012578	CTCGA	2	10	2873540	2873549	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.