MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 chromosome 1

Total Repeats: 119

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004603	CAAAAA	2	12	2336	2347	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_004603	GATAAA	2	12	4214	4225	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004603	TATTCT	2	12	30345	30356	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_004603	TGAAAT	2	12	37849	37860	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004603	GGATCC	2	12	53991	54002	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_004603	CTTTTG	2	12	74510	74521	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_004603	TGCAGA	2	12	79018	79029	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_004603	CAAAAA	2	12	256688	256699	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_004603	GTTTGG	2	12	299866	299877	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004603	TTTTTG	2	12	327287	327298	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004603	TTTCGA	2	12	344264	344275	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_004603	TCGACT	2	12	392190	392201	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_004603	TTATTT	2	12	396256	396267	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_004603	AATAAG	2	12	439878	439889	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_004603	TGACGT	2	12	452067	452078	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_004603	GTGGGA	2	12	499247	499258	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004603	ATTCTT	2	12	516657	516668	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_004603	ACAAAA	2	12	516796	516807	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_004603	ATTTTG	2	12	531093	531104	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004603	ATTGAG	2	12	559421	559432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004603	TGAAAT	2	12	585700	585711	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004603	ATACAA	2	12	607195	607206	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_004603	TATTAG	2	12	608116	608127	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004603	TATTTT	2	12	667118	667129	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004603	ATTGAA	2	12	678736	678747	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004603	TGCATT	2	12	789638	789649	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_004603	AATCGG	2	12	791066	791077	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_004603	ATTTAT	2	12	802509	802520	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004603	GAGATG	2	12	809373	809384	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_004603	TTTATT	2	12	814580	814591	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004603	TTTTTG	2	12	865333	865344	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004603	CGACAT	2	12	999676	999687	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_004603	TGTGAT	2	12	1002361	1002372	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004603	AAGGCT	2	12	1013950	1013961	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_004603	ACGTCG	2	12	1042112	1042123	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_004603	ATTCTT	2	12	1052647	1052658	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_004603	ATATTT	2	12	1055084	1055095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_004603	CTTTTT	2	12	1112305	1112316	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_004603	AGAGCA	2	12	1112474	1112485	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_004603	TTCAAT	2	12	1116915	1116926	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_004603	TGAAGT	2	12	1127218	1127229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_004603	CAAATG	2	12	1222786	1222797	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_004603	TAAGTA	2	12	1266040	1266051	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004603	TTGTTA	2	12	1268902	1268913	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004603	TTTTTG	2	12	1294609	1294620	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_004603	GATGTT	2	12	1309891	1309902	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_004603	TGCGAA	2	12	1328587	1328598	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_004603	CAAAAA	2	12	1335796	1335807	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_004603	GATATT	2	12	1341841	1341852	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004603	TGAAAA	2	12	1382006	1382017	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_004603	GAAAGT	2	12	1397236	1397247	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004603	AAAAAT	2	12	1430048	1430059	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004603	ATGTGT	2	12	1441144	1441155	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_004603	ATAAAA	2	12	1462637	1462648	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004603	TGTGAT	2	12	1482860	1482871	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_004603	AATGAA	2	12	1502468	1502479	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_004603	TAATAT	2	12	1516937	1516948	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_004603	ACTTTT	2	12	1635926	1635937	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_004603	AGTTAT	2	12	1681673	1681684	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_004603	ATTTAC	2	12	1681753	1681764	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_004603	AAAGGA	2	12	1691037	1691048	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_004603	AATGAA	2	12	1692909	1692920	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_004603	TTGCTA	2	12	1718966	1718977	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_004603	AATGAA	2	12	1725275	1725286	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_004603	TCCTTT	2	12	1774667	1774678	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_004603	AATTCT	2	12	1811776	1811787	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_004603	ACCTTG	2	12	1818418	1818429	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_004603	AAATAC	2	12	1825700	1825711	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_004603	AAAAGC	2	12	1899027	1899038	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_004603	CTAAAC	2	12	1904680	1904691	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_004603	CTAAAC	2	12	1905102	1905113	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_004603	CCACAA	2	12	1908938	1908949	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_004603	CAATGC	2	12	1919325	1919336	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_004603	CTAAAC	2	12	1939029	1939040	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_004603	AAACCA	2	12	1943689	1943700	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_004603	AAACCA	2	12	1969706	1969717	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_004603	TAAAAA	2	12	1971189	1971200	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004603	TTCTAT	2	12	2026183	2026194	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_004603	TATTTT	2	12	2034739	2034750	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_004603	TGTTTA	2	12	2045028	2045039	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_004603	CATTAA	2	12	2056515	2056526	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_004603	TTCAAG	2	12	2068499	2068510	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_004603	TTATCA	2	12	2123983	2123994	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_004603	AAGTTA	2	12	2126559	2126570	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_004603	CTTTCA	3	18	2167668	2167685	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_004603	TTACGA	2	12	2186246	2186257	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_004603	AATTTA	2	12	2199127	2199138	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004603	TAAGAA	2	12	2316273	2316284	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004603	TATCTA	2	12	2316310	2316321	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_004603	AAAGAG	2	12	2344637	2344648	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_004603	TTGTTC	2	12	2356099	2356110	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_004603	CAAAAA	2	12	2389553	2389564	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_004603	TATCAA	2	12	2435038	2435049	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_004603	CGCTGC	2	12	2514241	2514252	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_004603	AGTTAT	2	12	2565801	2565812	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_004603	TTTATT	2	12	2753339	2753350	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_004603	GGGTTG	2	12	2775539	2775550	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_004603	ATTTCA	2	12	2777205	2777216	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_004603	ATATTT	2	12	2788137	2788148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_004603	TTTACA	2	12	2788668	2788679	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_004603	GCTCGA	2	12	2881785	2881796	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_004603	ATTTCA	2	12	2883111	2883122	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_004603	GTATCA	2	12	2902403	2902414	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_004603	GAAGCC	2	12	2938435	2938446	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_004603	GCATAG	2	12	2942033	2942044	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_004603	GATCGA	2	12	2972840	2972851	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_004603	TGAAAC	2	12	3015362	3015373	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_004603	ATTATC	2	12	3040072	3040083	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_004603	AAAATC	2	12	3061502	3061513	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_004603	ATTTCA	2	12	3063508	3063519	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_004603	ATTTCA	2	12	3069182	3069193	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_004603	GTATAT	2	12	3100021	3100032	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_004603	ATTTCA	2	12	3129355	3129366	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_004603	ATTTCA	2	12	3134601	3134612	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_004603	TAAAAA	2	12	3164455	3164466	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_004603	ATTTCA	2	12	3194329	3194340	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_004603	TCAAAC	6	36	3216205	3216240	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_004603	ATGAAA	2	12	3233302	3233313	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_004603	ATTTCA	2	12	3235524	3235535	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.