MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 chromosome II

Total Repeats: 131

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002506	GTTAG	2	10	17177	17186	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_002506	TGGTG	2	10	18195	18204	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_002506	GGTTT	2	10	18632	18641	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_002506	TTTGT	2	10	32812	32821	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_002506	ACATG	2	10	39942	39951	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_002506	ATTCA	2	10	50907	50916	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_002506	GCTTG	2	10	57533	57542	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_002506	CATGC	2	10	57813	57822	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_002506	CAATT	2	10	62041	62050	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_002506	GTACA	2	10	62279	62288	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_002506	TTGTT	2	10	97179	97188	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_002506	ATATA	2	10	101683	101692	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_002506	AATTA	2	10	102258	102267	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_002506	CTTTT	2	10	112677	112686	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_002506	TTAAT	2	10	114853	114862	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_002506	GTTTG	2	10	147875	147884	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002506	TTCTT	2	10	148170	148179	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_002506	CGCTT	2	10	180655	180664	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_002506	GCTGC	2	10	185662	185671	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_002506	ATGGC	2	10	186385	186394	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_002506	AGGAC	2	10	196450	196459	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_002506	TAGTG	2	10	201959	201968	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_002506	TGGCT	2	10	205145	205154	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_002506	CAAGC	2	10	223847	223856	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_002506	GGCTT	2	10	223861	223870	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_002506	TTCCT	2	10	224725	224734	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_002506	TCATC	2	10	235250	235259	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_002506	AACTT	2	10	236917	236926	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_002506	AAATT	2	10	236990	236999	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_002506	ACTCA	2	10	237436	237445	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_002506	CTTCT	2	10	241978	241987	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_002506	ATAAA	2	10	247411	247420	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_002506	TATGG	2	10	254646	254655	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_002506	GTTTT	2	10	279776	279785	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_002506	TAATT	2	10	284871	284880	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_002506	TCATT	2	10	284974	284983	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_002506	AAATT	2	10	292037	292046	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002506	GCGCG	2	10	294662	294671	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
39	NC_002506	AATCG	2	10	295140	295149	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_002506	TGCTC	2	10	299307	299316	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_002506	GTGGA	2	10	299527	299536	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
42	NC_002506	GTTTA	2	10	309294	309303	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002506	CTGCT	2	10	313406	313415	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_002506	AACCT	2	10	327143	327152	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_002506	TTGAT	2	10	329214	329223	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_002506	AGTTT	2	10	332438	332447	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_002506	ATTGC	2	10	348115	348124	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_002506	TGCGT	2	10	351025	351034	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_002506	TTGAT	2	10	368008	368017	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_002506	TTGAT	2	10	388819	388828	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_002506	TGAGT	2	10	399243	399252	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_002506	ACTTC	2	10	404823	404832	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_002506	TAGCT	2	10	414620	414629	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_002506	AATTA	2	10	419944	419953	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_002506	GATGT	2	10	449109	449118	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_002506	CTAGG	2	10	449359	449368	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_002506	AGGCA	2	10	450443	450452	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_002506	CTTTA	2	10	459472	459481	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_002506	TAAAA	2	10	471171	471180	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_002506	ATAGG	2	10	478258	478267	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_002506	TAGGA	2	10	481945	481954	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_002506	TGGTT	2	10	493095	493104	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_002506	TTTTC	2	10	494834	494843	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_002506	AATTA	2	10	507880	507889	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_002506	ACTAA	2	10	521452	521461	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_002506	ATAGT	2	10	530515	530524	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_002506	TTATT	2	10	533811	533820	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_002506	GGTTG	2	10	534529	534538	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_002506	TACCC	2	10	541290	541299	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_002506	AGTGT	2	10	546160	546169	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_002506	TTCAA	2	10	547395	547404	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_002506	CGATT	2	10	560264	560273	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_002506	CAAGA	2	10	563698	563707	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_002506	AAAGA	2	10	586258	586267	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_002506	GAAAA	2	10	586272	586281	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_002506	TCAGG	2	10	592621	592630	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_002506	CATCC	2	10	592732	592741	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
78	NC_002506	CTTTT	2	10	602136	602145	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_002506	AATTG	2	10	608046	608055	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_002506	AAATG	2	10	630325	630334	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_002506	ATCCC	2	10	689926	689935	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
82	NC_002506	ATGAA	2	10	691188	691197	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002506	CAAAA	2	10	700483	700492	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_002506	TAAGG	2	10	708489	708498	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_002506	CAACC	2	10	723681	723690	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
86	NC_002506	TACTT	2	10	723703	723712	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_002506	CCATT	2	10	733610	733619	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_002506	ATCTT	2	10	737842	737851	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_002506	TGTCT	2	10	737856	737865	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_002506	TCAAA	2	10	745322	745331	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_002506	AATGA	2	10	746404	746413	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_002506	TTCAT	2	10	763429	763438	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_002506	ACAAA	2	10	784234	784243	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_002506	AATGA	2	10	787816	787825	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_002506	ATGGA	2	10	788580	788589	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_002506	AGGAA	2	10	790936	790945	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_002506	CATCA	2	10	830680	830689	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_002506	AGCAC	2	10	837495	837504	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_002506	TAAAC	2	10	837608	837617	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_002506	TACCC	2	10	840558	840567	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
101	NC_002506	GTGAT	2	10	840840	840849	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_002506	AAAAG	2	10	860890	860899	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_002506	CTTTT	2	10	871656	871665	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_002506	CCAAT	2	10	871684	871693	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_002506	AAATC	2	10	874403	874412	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_002506	AAAAT	2	10	885827	885836	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_002506	GAAAA	2	10	891274	891283	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_002506	TCACT	2	10	917410	917419	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_002506	TCTGC	2	10	927573	927582	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_002506	CGAGC	2	10	928541	928550	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
111	NC_002506	ATTTT	2	10	963417	963426	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_002506	CTAAG	2	10	963574	963583	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_002506	CGGAA	2	10	967502	967511	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_002506	TTCAT	2	10	967603	967612	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_002506	TTTTC	2	10	969171	969180	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_002506	ATATG	2	10	975620	975629	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_002506	TACCT	2	10	980334	980343	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_002506	AAACA	2	10	982431	982440	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_002506	TTTAA	2	10	994547	994556	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_002506	ACCTC	2	10	996878	996887	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
121	NC_002506	CGCCC	2	10	1011569	1011578	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
122	NC_002506	AGATG	2	10	1015688	1015697	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_002506	AAATA	2	10	1017784	1017793	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_002506	AATAC	2	10	1018455	1018464	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_002506	AACAA	2	10	1026805	1026814	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_002506	AATCC	2	10	1036517	1036526	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_002506	CTGCG	2	10	1044838	1044847	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_002506	TGCTT	2	10	1061012	1061021	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_002506	TATAG	2	10	1062421	1062430	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_002506	CGGTA	2	10	1062675	1062684	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_002506	TGGGC	2	10	1068893	1068902	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.