MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Vibrio cholerae LMA3984-4 chromosome II

Total Repeats: 234

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017269	AAAAGC	2	12	1546	1557	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	384422538
2	NC_017269	TGAGAT	2	12	3415	3426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422539
3	NC_017269	ACTGCA	2	12	16768	16779	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422547
4	NC_017269	TCTATG	2	12	21287	21298	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384422552
5	NC_017269	AGTTTG	2	12	34457	34468	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384422561
6	NC_017269	GAGTTT	2	12	42113	42124	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384422567
7	NC_017269	CTAAAC	2	12	42478	42489	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384422567
8	NC_017269	AGAAAT	2	12	43849	43860	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384422569
9	NC_017269	AATTCG	2	12	44165	44176	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384422569
10	NC_017269	TTCAAA	2	12	45058	45069	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384422571
11	NC_017269	ATCGCA	2	12	45389	45400	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422571
12	NC_017269	ATAGGA	2	12	45578	45589	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384422571
13	NC_017269	TGGTTT	2	12	47482	47493	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384422572
14	NC_017269	GAGGTA	2	12	52450	52461	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384422575
15	NC_017269	CTCAAT	2	12	56760	56771	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422578
16	NC_017269	CTTTGG	2	12	57576	57587	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384422579
17	NC_017269	AATGGG	2	12	60004	60015	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384422581
18	NC_017269	TGCTCA	2	12	76043	76054	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384422592
19	NC_017269	AATTCA	2	12	80649	80660	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384422597
20	NC_017269	AAAATG	2	12	82414	82425	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384422600
21	NC_017269	TATGAA	2	12	86850	86861	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384422603
22	NC_017269	GATGGT	2	12	94069	94080	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384422608
23	NC_017269	AGTCCG	2	12	95644	95655	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384422611
24	NC_017269	ACCGTG	2	12	98294	98305	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	384422614
25	NC_017269	CTCAAG	2	12	100382	100393	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422616
26	NC_017269	TGGATG	2	12	104121	104132	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	384422619
27	NC_017269	CATGCA	2	12	110596	110607	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422624
28	NC_017269	TTTTCT	2	12	111189	111200	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384422624
29	NC_017269	TCGTCA	2	12	117783	117794	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384422630
30	NC_017269	GCAAGA	2	12	125070	125081	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384422636
31	NC_017269	ACCGCC	2	12	130553	130564	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	384422640
32	NC_017269	CAAAAC	2	12	136350	136361	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384422642
33	NC_017269	TAAAAC	2	12	137214	137225	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384422642
34	NC_017269	ACCGAA	2	12	140279	140290	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384422645
35	NC_017269	TTCCGG	2	12	141803	141814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422646
36	NC_017269	TGCCGC	2	12	144160	144171	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	384422648
37	NC_017269	AGTCAT	2	12	147972	147983	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384422653
38	NC_017269	GCAATC	2	12	149465	149476	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422654
39	NC_017269	ACCCGT	2	12	157853	157864	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384422661
40	NC_017269	GTTCAT	2	12	158389	158400	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	384422661
41	NC_017269	GCGGTG	2	12	163145	163156	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	384422663
42	NC_017269	ACCAAT	2	12	163843	163854	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384422663
43	NC_017269	TTCTCG	2	12	172043	172054	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384422671
44	NC_017269	AAAGGA	2	12	174178	174189	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384422673
45	NC_017269	GCCATC	2	12	174646	174657	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384422674
46	NC_017269	TTGCTG	5	30	185157	185186	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384422683
47	NC_017269	GCGGCA	2	12	186007	186018	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384422683
48	NC_017269	CCGACG	2	12	186797	186808	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384422684
49	NC_017269	TGAGCG	2	12	199219	199230	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384422696
50	NC_017269	TTGCGT	2	12	200544	200555	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384422698
51	NC_017269	GGATGC	2	12	204455	204466	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	384422704
52	NC_017269	CAAGAG	2	12	210530	210541	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384422709
53	NC_017269	CTTCAT	2	12	214881	214892	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384422713
54	NC_017269	ATTCCA	2	12	216117	216128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422715
55	NC_017269	TCGATC	2	12	216821	216832	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384422715
56	NC_017269	TAATCC	2	12	217714	217725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422716
57	NC_017269	TTGGGT	2	12	218350	218361	0 %	50 %	50 %	0 %	384422716
58	NC_017269	ATCGAT	2	12	224946	224957	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384422721
59	NC_017269	ATAGGT	2	12	226836	226847	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422722
60	NC_017269	CCGGCA	2	12	228406	228417	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384422724
61	NC_017269	TATCGC	2	12	234620	234631	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384422728
62	NC_017269	TTACCG	2	12	236350	236361	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384422728
63	NC_017269	TGATTG	2	12	239380	239391	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384422731
64	NC_017269	ATTGCG	2	12	241118	241129	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384422733
65	NC_017269	AGATAA	2	12	241585	241596	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384422733
66	NC_017269	ATCTCG	2	12	242288	242299	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384422734
67	NC_017269	TCAGTA	2	12	242307	242318	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384422734
68	NC_017269	GGTTTT	2	12	252849	252860	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384422744
69	NC_017269	ATGACG	2	12	254467	254478	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384422746
70	NC_017269	TTGGCT	2	12	255391	255402	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384422747
71	NC_017269	CGCCAG	2	12	256969	256980	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	384422748
72	NC_017269	TTATCT	2	12	260739	260750	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	384422752
73	NC_017269	TAAGCG	2	12	260811	260822	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384422752
74	NC_017269	TGACTG	2	12	268021	268032	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384422757
75	NC_017269	ATCAAG	2	12	272530	272541	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384422767
76	NC_017269	GATGTC	2	12	272922	272933	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384422767
77	NC_017269	TTTCAC	2	12	282352	282363	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	384422775
78	NC_017269	TGCGTG	2	12	287746	287757	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384422777
79	NC_017269	GTAAAG	2	12	288457	288468	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384422777
80	NC_017269	TAAATT	2	12	288476	288487	50 %	50 %	0 %	0 %	384422777
81	NC_017269	TGCGTG	2	12	292293	292304	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384422782
82	NC_017269	GTAAAG	2	12	293004	293015	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	384422782
83	NC_017269	TAAATT	2	12	293023	293034	50 %	50 %	0 %	0 %	384422782
84	NC_017269	TCAAAA	2	12	306700	306711	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384422802
85	NC_017269	TCGCAA	2	12	310947	310958	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422805
86	NC_017269	TGCAAT	2	12	320085	320096	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384422817
87	NC_017269	TGGTCA	2	12	328691	328702	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384422828
88	NC_017269	TACAGC	2	12	335246	335257	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422835
89	NC_017269	CGCTTC	2	12	342332	342343	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	384422839
90	NC_017269	CGTGAA	2	12	345881	345892	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384422842
91	NC_017269	TTTGAG	2	12	347714	347725	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384422844
92	NC_017269	AACAGC	2	12	348726	348737	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384422844
93	NC_017269	CGCTTG	2	12	350259	350270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384422844
94	NC_017269	TGAGTT	2	12	352024	352035	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384422845
95	NC_017269	TTGGTT	2	12	361116	361127	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384422851
96	NC_017269	CCAGAA	2	12	362283	362294	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384422852
97	NC_017269	GCCAAA	2	12	376402	376413	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384422865
98	NC_017269	GGCTTT	2	12	381276	381287	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384422867
99	NC_017269	GACAAT	2	12	393103	393114	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384422881
100	NC_017269	CAATAG	2	12	395073	395084	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	384422882
101	NC_017269	TGCTGG	2	12	396970	396981	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	384422885
102	NC_017269	ATCAAC	2	12	397496	397507	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384422885
103	NC_017269	AGAGCC	2	12	397639	397650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384422885
104	NC_017269	GGTATT	2	12	398215	398226	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	384422886
105	NC_017269	CACAAA	2	12	398485	398496	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384422886
106	NC_017269	GCTTTT	2	12	398593	398604	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	384422886
107	NC_017269	GCAGCG	2	12	398683	398694	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384422886
108	NC_017269	GATACC	2	12	399139	399150	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422886
109	NC_017269	TTGAAA	2	12	401572	401583	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384422888
110	NC_017269	ACCAAA	2	12	401969	401980	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384422889
111	NC_017269	TCATAC	2	12	403394	403405	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384422890
112	NC_017269	TGCCGC	2	12	408810	408821	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	384422896
113	NC_017269	TATTGA	2	12	408912	408923	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	384422896
114	NC_017269	GGCAAT	2	12	409865	409876	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384422897
115	NC_017269	AAATCC	2	12	410319	410330	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384422897
116	NC_017269	AAGATA	2	12	412454	412465	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	384422898
117	NC_017269	AAGCCA	2	12	422073	422084	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384422910
118	NC_017269	ATCACG	2	12	424413	424424	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384422912
119	NC_017269	CAATAA	2	12	426244	426255	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384422913
120	NC_017269	CAATAA	2	12	426268	426279	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384422913
121	NC_017269	AACCCA	2	12	433095	433106	50 %	0 %	0 %	50 %	384422919
122	NC_017269	AGGAAG	2	12	443214	443225	50 %	0 %	50 %	0 %	384422928
123	NC_017269	CAAAGC	2	12	444531	444542	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384422930
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134	NC_017269	TGAAGT	2	12	510283	510294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384422986
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143	NC_017269	CCATGT	2	12	542503	542514	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384423008
144	NC_017269	CTAAAC	2	12	545696	545707	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384423010
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146	NC_017269	CTCAAC	2	12	547923	547934	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384423011
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217	NC_017269	TGAAAT	2	12	903326	903337	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	384423326
218	NC_017269	TCCACC	2	12	906747	906758	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	384423328
219	NC_017269	CAAGTG	2	12	908165	908176	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384423330
220	NC_017269	CGCGAG	2	12	908291	908302	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	384423330
221	NC_017269	AGAGCA	2	12	909528	909539	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	384423331
222	NC_017269	CCATCA	2	12	910927	910938	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	384423332
223	NC_017269	ATTTTG	2	12	920020	920031	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384423338
224	NC_017269	CAAGCA	2	12	920868	920879	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	384423339
225	NC_017269	ATCAAT	2	12	923991	924002	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384423342
226	NC_017269	CTAAGC	2	12	924206	924217	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	384423342
227	NC_017269	GCTATG	2	12	929701	929712	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384423348
228	NC_017269	GGCAAT	2	12	938761	938772	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384423355
229	NC_017269	TACCGC	2	12	939048	939059	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	384423356
230	NC_017269	GTGAAG	2	12	940203	940214	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	384423356
231	NC_017269	CAAACT	2	12	943786	943797	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	384423359
232	NC_017269	CTTGAG	2	12	944904	944915	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	384423360
233	NC_017269	TGTGCT	2	12	945554	945565	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	384423360
234	NC_017269	GCTCTA	2	12	945709	945720	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384423361

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.