MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Vibrio cholerae LMA3984-4 chromosome chromosome I

Total Repeats: 1945

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017270	CAGTG	2	10	2878	2887	20 %	20 %	40 %	20 %	384423365
2	NC_017270	CGCAG	2	10	5470	5479	20 %	0 %	40 %	40 %	384423368
3	NC_017270	TCTGC	2	10	5631	5640	0 %	40 %	20 %	40 %	384423369
4	NC_017270	TTGAT	2	10	5790	5799	20 %	60 %	20 %	0 %	384423369
5	NC_017270	AAGTG	2	10	9241	9250	40 %	20 %	40 %	0 %	384423373
6	NC_017270	AGCTC	2	10	9415	9424	20 %	20 %	20 %	40 %	384423373
7	NC_017270	CTGCG	2	10	9863	9872	0 %	20 %	40 %	40 %	384423373
8	NC_017270	CCAAA	2	10	12107	12116	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_017270	AAGCG	2	10	12200	12209	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017270	GCTGA	2	10	13056	13065	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017270	TCCCT	2	10	13545	13554	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
12	NC_017270	GCTAA	2	10	15665	15674	40 %	20 %	20 %	20 %	384423378
13	NC_017270	CGCAG	2	10	15732	15741	20 %	0 %	40 %	40 %	384423378
14	NC_017270	GGTTG	2	10	15928	15937	0 %	40 %	60 %	0 %	384423378
15	NC_017270	TCTGC	2	10	17583	17592	0 %	40 %	20 %	40 %	384423379
16	NC_017270	TCGAT	2	10	17790	17799	20 %	40 %	20 %	20 %	384423379
17	NC_017270	GGCGT	2	10	18561	18570	0 %	20 %	60 %	20 %	384423379
18	NC_017270	TTCTG	2	10	18733	18742	0 %	60 %	20 %	20 %	384423380
19	NC_017270	CCAGA	2	10	19092	19101	40 %	0 %	20 %	40 %	384423380
20	NC_017270	GTACC	2	10	23643	23652	20 %	20 %	20 %	40 %	384423386
21	NC_017270	TGCAT	2	10	27269	27278	20 %	40 %	20 %	20 %	384423388
22	NC_017270	CGCAG	2	10	27786	27795	20 %	0 %	40 %	40 %	384423390
23	NC_017270	GCACC	2	10	30652	30661	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_017270	GTGCT	2	10	31755	31764	0 %	40 %	40 %	20 %	384423391
25	NC_017270	GCCAT	2	10	33202	33211	20 %	20 %	20 %	40 %	384423393
26	NC_017270	TAAAG	2	10	34921	34930	60 %	20 %	20 %	0 %	384423394
27	NC_017270	CTCTG	2	10	38359	38368	0 %	40 %	20 %	40 %	384423399
28	NC_017270	AATCC	2	10	39079	39088	40 %	20 %	0 %	40 %	384423400
29	NC_017270	CCCAC	2	10	39909	39918	20 %	0 %	0 %	80 %	384423400
30	NC_017270	CGGCG	2	10	40620	40629	0 %	0 %	60 %	40 %	384423401
31	NC_017270	GCAGC	2	10	42300	42309	20 %	0 %	40 %	40 %	384423402
32	NC_017270	AAAAG	2	10	47960	47969	80 %	0 %	20 %	0 %	384423408
33	NC_017270	CAATC	2	10	48853	48862	40 %	20 %	0 %	40 %	384423409
34	NC_017270	TGCGC	2	10	49918	49927	0 %	20 %	40 %	40 %	384423411
35	NC_017270	GTTTG	2	10	49963	49972	0 %	60 %	40 %	0 %	384423411
36	NC_017270	AAGAT	2	10	50520	50529	60 %	20 %	20 %	0 %	384423412
37	NC_017270	AGCAC	2	10	53011	53020	40 %	0 %	20 %	40 %	384423415
38	NC_017270	GCATG	2	10	55225	55234	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017270	AGTCG	2	10	56640	56649	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017270	GAAAC	2	10	58608	58617	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017270	AGCGG	2	10	58693	58702	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017270	TCCGC	2	10	58761	58770	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
43	NC_017270	GAAGC	2	10	59774	59783	40 %	0 %	40 %	20 %	384423417
44	NC_017270	GCAGC	2	10	63423	63432	20 %	0 %	40 %	40 %	384423419
45	NC_017270	GCTGC	2	10	64412	64421	0 %	20 %	40 %	40 %	384423421
46	NC_017270	CCAAG	2	10	64497	64506	40 %	0 %	20 %	40 %	384423421
47	NC_017270	ACAAA	2	10	66007	66016	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017270	TTTTC	2	10	66051	66060	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017270	CAGCG	2	10	68055	68064	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017270	CGGTG	2	10	68183	68192	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017270	GTGAA	2	10	69055	69064	40 %	20 %	40 %	0 %	384423424
52	NC_017270	GTTGG	2	10	71336	71345	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017270	TCCGA	2	10	74128	74137	20 %	20 %	20 %	40 %	384423428
54	NC_017270	CAAGC	2	10	75708	75717	40 %	0 %	20 %	40 %	384423430
55	NC_017270	GCCAC	2	10	76788	76797	20 %	0 %	20 %	60 %	384423432
56	NC_017270	GCGCT	2	10	77239	77248	0 %	20 %	40 %	40 %	384423433
57	NC_017270	AAGCC	2	10	79691	79700	40 %	0 %	20 %	40 %	384423435
58	NC_017270	CAAGC	2	10	83147	83156	40 %	0 %	20 %	40 %	384423439
59	NC_017270	GCTTT	2	10	87275	87284	0 %	60 %	20 %	20 %	384423443
60	NC_017270	ATGGC	2	10	87696	87705	20 %	20 %	40 %	20 %	384423444
61	NC_017270	GATCC	2	10	87774	87783	20 %	20 %	20 %	40 %	384423444
62	NC_017270	ATGAC	2	10	88858	88867	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017270	CATCA	2	10	89273	89282	40 %	20 %	0 %	40 %	384423445
64	NC_017270	GATCA	2	10	90363	90372	40 %	20 %	20 %	20 %	384423446
65	NC_017270	AATTA	2	10	90587	90596	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017270	AGCTG	2	10	92901	92910	20 %	20 %	40 %	20 %	384423447
67	NC_017270	GAAGA	2	10	92911	92920	60 %	0 %	40 %	0 %	384423447
68	NC_017270	CTTTT	2	10	93223	93232	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017270	CCAAA	2	10	94732	94741	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017270	TCATC	2	10	95662	95671	20 %	40 %	0 %	40 %	384423451
71	NC_017270	TCACC	2	10	96346	96355	20 %	20 %	0 %	60 %	384423451
72	NC_017270	TTCGT	2	10	97433	97442	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017270	AAATT	2	10	99629	99638	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017270	AGTTG	2	10	100068	100077	20 %	40 %	40 %	0 %	384423454
75	NC_017270	GCCGA	2	10	100507	100516	20 %	0 %	40 %	40 %	384423455
76	NC_017270	GATCT	2	10	100698	100707	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017270	TCATT	2	10	102622	102631	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017270	AAAGC	2	10	104126	104135	60 %	0 %	20 %	20 %	384423459
79	NC_017270	ACAGC	2	10	104289	104298	40 %	0 %	20 %	40 %	384423459
80	NC_017270	AAAGT	2	10	105584	105593	60 %	20 %	20 %	0 %	384423459
81	NC_017270	GTTCC	2	10	107792	107801	0 %	40 %	20 %	40 %	384423460
82	NC_017270	GCGCA	2	10	110696	110705	20 %	0 %	40 %	40 %	384423464
83	NC_017270	CAGCG	2	10	110846	110855	20 %	0 %	40 %	40 %	384423464
84	NC_017270	GCTTG	2	10	112999	113008	0 %	40 %	40 %	20 %	384423466
85	NC_017270	CGATG	2	10	113850	113859	20 %	20 %	40 %	20 %	384423467
86	NC_017270	CCGTA	2	10	118353	118362	20 %	20 %	20 %	40 %	384423470
87	NC_017270	CACTG	2	10	118919	118928	20 %	20 %	20 %	40 %	384423472
88	NC_017270	CGCAG	2	10	119587	119596	20 %	0 %	40 %	40 %	384423473
89	NC_017270	ATTGC	2	10	123550	123559	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017270	GCCGT	2	10	123865	123874	0 %	20 %	40 %	40 %	384423478
91	NC_017270	TTTTG	2	10	124425	124434	0 %	80 %	20 %	0 %	384423478
92	NC_017270	CAAGC	2	10	124485	124494	40 %	0 %	20 %	40 %	384423478
93	NC_017270	CTTGC	2	10	124665	124674	0 %	40 %	20 %	40 %	384423478
94	NC_017270	GTTGG	2	10	126488	126497	0 %	40 %	60 %	0 %	384423479
95	NC_017270	TTGTA	2	10	126830	126839	20 %	60 %	20 %	0 %	384423480
96	NC_017270	TGGAG	2	10	128161	128170	20 %	20 %	60 %	0 %	384423480
97	NC_017270	TAGTG	2	10	129419	129428	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017270	CTTCG	2	10	130399	130408	0 %	40 %	20 %	40 %	384423482
99	NC_017270	TCGGA	2	10	131951	131960	20 %	20 %	40 %	20 %	384423484
100	NC_017270	GGACA	2	10	132005	132014	40 %	0 %	40 %	20 %	384423484
101	NC_017270	CAAAG	2	10	133265	133274	60 %	0 %	20 %	20 %	384423486
102	NC_017270	TTGTT	2	10	134750	134759	0 %	80 %	20 %	0 %	384423488
103	NC_017270	TTATT	3	15	134817	134831	20 %	80 %	0 %	0 %	384423488
104	NC_017270	TGGTG	2	10	135342	135351	0 %	40 %	60 %	0 %	384423489
105	NC_017270	AAGCC	2	10	136883	136892	40 %	0 %	20 %	40 %	384423492
106	NC_017270	GCAAG	2	10	137414	137423	40 %	0 %	40 %	20 %	384423492
107	NC_017270	CAAAA	2	10	137619	137628	80 %	0 %	0 %	20 %	384423492
108	NC_017270	TGGTT	2	10	139429	139438	0 %	60 %	40 %	0 %	384423494
109	NC_017270	CTTGA	2	10	139703	139712	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017270	ATTAC	2	10	139945	139954	40 %	40 %	0 %	20 %	384423495
111	NC_017270	GATGG	2	10	142124	142133	20 %	20 %	60 %	0 %	384423496
112	NC_017270	AAAGA	2	10	142619	142628	80 %	0 %	20 %	0 %	384423497
113	NC_017270	TGCTT	2	10	143353	143362	0 %	60 %	20 %	20 %	384423498
114	NC_017270	CTCAG	2	10	143422	143431	20 %	20 %	20 %	40 %	384423498
115	NC_017270	TGATT	2	10	145054	145063	20 %	60 %	20 %	0 %	384423500
116	NC_017270	TTGGG	2	10	146136	146145	0 %	40 %	60 %	0 %	384423500
117	NC_017270	ACCGC	2	10	147544	147553	20 %	0 %	20 %	60 %	384423502
118	NC_017270	AGTCG	2	10	151470	151479	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017270	GAAAC	2	10	153426	153435	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017270	ATGAA	2	10	155990	155999	60 %	20 %	20 %	0 %	384423504
121	NC_017270	AACGC	2	10	156142	156151	40 %	0 %	20 %	40 %	384423504
122	NC_017270	CCAGA	2	10	156901	156910	40 %	0 %	20 %	40 %	384423506
123	NC_017270	GCACC	2	10	157447	157456	20 %	0 %	20 %	60 %	384423506
124	NC_017270	TGGTG	2	10	157868	157877	0 %	40 %	60 %	0 %	384423506
125	NC_017270	TGGCT	2	10	157993	158002	0 %	40 %	40 %	20 %	384423506
126	NC_017270	CAAGA	2	10	161770	161779	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017270	TGGTC	2	10	166884	166893	0 %	40 %	40 %	20 %	384423511
128	NC_017270	GCCGA	2	10	167101	167110	20 %	0 %	40 %	40 %	384423511
129	NC_017270	CGCGA	2	10	167265	167274	20 %	0 %	40 %	40 %	384423511
130	NC_017270	CTCTG	2	10	169233	169242	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
131	NC_017270	CTGGG	2	10	169893	169902	0 %	20 %	60 %	20 %	384423513
132	NC_017270	GCTCA	2	10	173376	173385	20 %	20 %	20 %	40 %	384423516
133	NC_017270	GCCAA	2	10	176591	176600	40 %	0 %	20 %	40 %	384423518
134	NC_017270	TGTGG	2	10	177528	177537	0 %	40 %	60 %	0 %	384423519
135	NC_017270	TGGCG	2	10	178037	178046	0 %	20 %	60 %	20 %	384423519
136	NC_017270	CTGAG	2	10	179996	180005	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017270	AGCGA	2	10	180022	180031	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017270	GGGTC	2	10	181382	181391	0 %	20 %	60 %	20 %	384423521
139	NC_017270	ACCAC	2	10	181546	181555	40 %	0 %	0 %	60 %	384423521
140	NC_017270	CTTGT	2	10	181779	181788	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017270	CGAGG	2	10	183071	183080	20 %	0 %	60 %	20 %	384423522
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248	NC_017270	TCTGT	2	10	327568	327577	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
249	NC_017270	TACTT	2	10	327814	327823	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
250	NC_017270	AGCAG	2	10	327992	328001	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
251	NC_017270	CGTAC	2	10	329008	329017	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
252	NC_017270	GTCTG	2	10	329408	329417	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
253	NC_017270	AAGTG	2	10	330575	330584	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
254	NC_017270	GATCG	2	10	332203	332212	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
255	NC_017270	GCTCA	2	10	332566	332575	20 %	20 %	20 %	40 %	384423642
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259	NC_017270	AGGGC	2	10	336306	336315	20 %	0 %	60 %	20 %	384423646
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261	NC_017270	TGAGC	2	10	337090	337099	20 %	20 %	40 %	20 %	384423646
262	NC_017270	CTGCG	2	10	338611	338620	0 %	20 %	40 %	40 %	384423647
263	NC_017270	AAAAC	2	10	340184	340193	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
264	NC_017270	GGGTC	2	10	342582	342591	0 %	20 %	60 %	20 %	384423650
265	NC_017270	GGCTT	2	10	346181	346190	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
266	NC_017270	ATCCA	2	10	347382	347391	40 %	20 %	0 %	40 %	384423652
267	NC_017270	AACAG	2	10	347641	347650	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
268	NC_017270	GCCAA	2	10	349847	349856	40 %	0 %	20 %	40 %	384423654
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404	NC_017270	TACCT	2	10	524054	524063	20 %	40 %	0 %	40 %	384423804
405	NC_017270	TCAGC	2	10	524134	524143	20 %	20 %	20 %	40 %	384423804
406	NC_017270	TTCTA	2	10	524481	524490	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
407	NC_017270	GTTTG	2	10	526176	526185	0 %	60 %	40 %	0 %	384423806
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500	NC_017270	CGAAT	2	10	673427	673436	40 %	20 %	20 %	20 %	384423919

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