MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Uncultured Termite group 1 bacterium phylotype Rs-D17 plasmid pTGRD1 DNA

Total Repeats: 304

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020420	A	6	6	32	37	100 %	0 %	0 %	0 %	189485766
2	NC_020420	AT	3	6	86	91	50 %	50 %	0 %	0 %	189485766
3	NC_020420	TTG	2	6	209	214	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485766
4	NC_020420	TAA	2	6	269	274	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485766
5	NC_020420	A	8	8	273	280	100 %	0 %	0 %	0 %	189485766
6	NC_020420	A	6	6	349	354	100 %	0 %	0 %	0 %	189485766
7	NC_020420	GAAATA	2	12	355	366	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	189485766
8	NC_020420	TAA	2	6	422	427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485766
9	NC_020420	A	6	6	477	482	100 %	0 %	0 %	0 %	189485766
10	NC_020420	AAC	3	9	585	593	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485766
11	NC_020420	TTGC	2	8	607	614	0 %	50 %	25 %	25 %	189485766
12	NC_020420	AT	3	6	623	628	50 %	50 %	0 %	0 %	189485766
13	NC_020420	TAC	2	6	681	686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	189485766
14	NC_020420	GA	3	6	690	695	50 %	0 %	50 %	0 %	189485766
15	NC_020420	A	7	7	702	708	100 %	0 %	0 %	0 %	189485766
16	NC_020420	A	6	6	755	760	100 %	0 %	0 %	0 %	189485766
17	NC_020420	AAG	2	6	803	808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189485766
18	NC_020420	ACG	2	6	830	835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189485766
19	NC_020420	AGA	2	6	880	885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	189485766
20	NC_020420	TGCTA	2	10	998	1007	20 %	40 %	20 %	20 %	189485766
21	NC_020420	AAT	2	6	1017	1022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485766
22	NC_020420	AT	3	6	1046	1051	50 %	50 %	0 %	0 %	189485766
23	NC_020420	ACA	2	6	1233	1238	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485766
24	NC_020420	TTA	2	6	1252	1257	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189485766
25	NC_020420	CT	3	6	1323	1328	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_020420	A	7	7	1344	1350	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020420	A	6	6	1408	1413	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020420	TAA	2	6	1414	1419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020420	A	8	8	1418	1425	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020420	TGT	2	6	1428	1433	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020420	CAG	2	6	1468	1473	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_020420	AGC	2	6	1475	1480	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_020420	TA	3	6	1493	1498	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020420	A	8	8	1535	1542	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020420	ATAA	2	8	1615	1622	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020420	TAAA	2	8	1700	1707	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020420	A	6	6	1715	1720	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020420	A	8	8	1763	1770	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020420	TTG	2	6	1861	1866	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020420	A	8	8	1879	1886	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020420	A	8	8	1915	1922	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020420	GTCT	2	8	1998	2005	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020420	ATA	2	6	2025	2030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020420	CTT	2	6	2071	2076	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_020420	TA	3	6	2129	2134	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020420	CCGTTG	2	12	2217	2228	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_020420	AG	3	6	2245	2250	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020420	TGTTT	2	10	2290	2299	0 %	80 %	20 %	0 %	189485767
49	NC_020420	TGC	2	6	2333	2338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189485767
50	NC_020420	CCT	3	9	2398	2406	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	189485767
51	NC_020420	TA	3	6	2511	2516	50 %	50 %	0 %	0 %	189485767
52	NC_020420	TGT	2	6	2524	2529	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485767
53	NC_020420	TAG	2	6	2633	2638	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189485767
54	NC_020420	TA	3	6	2715	2720	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020420	A	7	7	2747	2753	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020420	TAT	2	6	2894	2899	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020420	AT	3	6	2931	2936	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020420	A	7	7	2969	2975	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020420	AT	3	6	3020	3025	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020420	CAA	2	6	3035	3040	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_020420	A	7	7	3051	3057	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020420	A	6	6	3059	3064	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020420	A	6	6	3070	3075	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020420	A	6	6	3160	3165	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020420	A	8	8	3185	3192	100 %	0 %	0 %	0 %	189485768
66	NC_020420	A	6	6	3201	3206	100 %	0 %	0 %	0 %	189485768
67	NC_020420	CAG	2	6	3306	3311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189485768
68	NC_020420	ATA	2	6	3334	3339	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485768
69	NC_020420	AAT	2	6	3344	3349	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485768
70	NC_020420	A	7	7	3365	3371	100 %	0 %	0 %	0 %	189485768
71	NC_020420	GTT	2	6	3396	3401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485768
72	NC_020420	CAA	2	6	3570	3575	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485768
73	NC_020420	CAG	2	6	3615	3620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	189485768
74	NC_020420	ACA	2	6	3644	3649	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485768
75	NC_020420	TCAAT	2	10	3710	3719	40 %	40 %	0 %	20 %	189485768
76	NC_020420	ACA	2	6	3752	3757	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485768
77	NC_020420	CAA	3	9	3816	3824	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	189485768
78	NC_020420	CAACTA	2	12	3843	3854	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	189485768
79	NC_020420	A	7	7	4015	4021	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020420	ATTA	2	8	4035	4042	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020420	A	6	6	4067	4072	100 %	0 %	0 %	0 %	189485769
82	NC_020420	TAT	2	6	4082	4087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189485769
83	NC_020420	CTG	2	6	4107	4112	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189485769
84	NC_020420	TTG	2	6	4169	4174	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485769
85	NC_020420	TATT	2	8	4187	4194	25 %	75 %	0 %	0 %	189485769
86	NC_020420	T	6	6	4201	4206	0 %	100 %	0 %	0 %	189485769
87	NC_020420	TCG	2	6	4222	4227	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	189485769
88	NC_020420	TGG	2	6	4237	4242	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	189485769
89	NC_020420	ATA	2	6	4254	4259	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485769
90	NC_020420	A	6	6	4301	4306	100 %	0 %	0 %	0 %	189485769
91	NC_020420	TGT	2	6	4345	4350	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485769
92	NC_020420	CGTTT	2	10	4359	4368	0 %	60 %	20 %	20 %	189485769
93	NC_020420	TGT	2	6	4384	4389	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485769
94	NC_020420	AAT	2	6	4391	4396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	189485769
95	NC_020420	A	6	6	4429	4434	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020420	A	7	7	4483	4489	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020420	TAA	3	9	4491	4499	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020420	TAAT	2	8	4577	4584	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020420	A	6	6	4585	4590	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020420	A	8	8	4597	4604	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020420	TGT	2	6	4653	4658	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020420	TAAAGA	2	12	4705	4716	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020420	ATG	2	6	4722	4727	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020420	TCAACT	2	12	4730	4741	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_020420	GCTTCA	2	12	4745	4756	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_020420	CCTACT	2	12	4760	4771	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_020420	CCTACT	3	18	4778	4795	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_020420	CCTACG	2	12	4796	4807	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_020420	TTGGTA	2	12	4822	4833	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020420	CCTGCT	2	12	4850	4861	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
111	NC_020420	AG	3	6	4867	4872	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020420	AATT	2	8	4894	4901	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020420	T	8	8	4945	4952	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020420	ATGT	2	8	4984	4991	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020420	A	6	6	5028	5033	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020420	ATT	2	6	5052	5057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020420	A	8	8	5090	5097	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020420	A	7	7	5197	5203	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020420	ATT	2	6	5284	5289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020420	CTT	2	6	5374	5379	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_020420	A	6	6	5407	5412	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020420	AAAGG	2	10	5428	5437	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020420	A	6	6	5496	5501	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020420	TAT	2	6	5545	5550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020420	ATA	3	9	5582	5590	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020420	TG	3	6	5608	5613	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020420	AAAT	2	8	5619	5626	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020420	A	7	7	5698	5704	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020420	AAT	2	6	5729	5734	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020420	ATT	2	6	5739	5744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020420	TTG	2	6	5789	5794	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020420	T	6	6	5810	5815	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020420	GTAT	2	8	5824	5831	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020420	GTA	2	6	5846	5851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020420	AGT	2	6	5885	5890	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020420	AAT	2	6	5928	5933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020420	CTT	2	6	5939	5944	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_020420	TA	3	6	6059	6064	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020420	TAA	2	6	6088	6093	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020420	A	7	7	6152	6158	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020420	A	6	6	6164	6169	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020420	TGT	2	6	6172	6177	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020420	TTAT	2	8	6236	6243	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020420	TGTCT	2	10	6244	6253	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_020420	A	6	6	6285	6290	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020420	TAAA	2	8	6449	6456	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020420	ATAA	2	8	6457	6464	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020420	A	8	8	6463	6470	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020420	A	7	7	6472	6478	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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287	NC_020420	A	7	7	10857	10863	100 %	0 %	0 %	0 %	189485774
288	NC_020420	TGT	2	6	10882	10887	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	189485774
289	NC_020420	ATG	2	6	10945	10950	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189485774
290	NC_020420	TGA	2	6	11078	11083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189485774
291	NC_020420	TTA	2	6	11084	11089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189485774
292	NC_020420	TGA	3	9	11123	11131	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	189485774
293	NC_020420	TAAGCA	2	12	11150	11161	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	189485774
294	NC_020420	TTA	2	6	11184	11189	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	189485774
295	NC_020420	AATT	2	8	11261	11268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_020420	T	9	9	11310	11318	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_020420	GATA	2	8	11352	11359	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
298	NC_020420	AT	3	6	11360	11365	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_020420	TATT	2	8	11385	11392	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_020420	A	8	8	11536	11543	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_020420	CTCTAA	2	12	11545	11556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
302	NC_020420	TAA	2	6	11563	11568	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_020420	A	6	6	11622	11627	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_020420	A	6	6	11645	11650	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.