MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols

Total Repeats: 36

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021490	ATTGAA	2	12	8548	8559	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021490	TTTCCG	2	12	34170	34181	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_021490	CCTCCC	2	12	49438	49449	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
4	NC_021490	GCACGA	2	12	59448	59459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021490	CGCTTG	2	12	92931	92942	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_021490	TCTCAA	2	12	125131	125142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_021490	GGCTGG	4	24	150541	150564	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_021490	CTGCGG	4	24	151754	151777	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_021490	CGGCTC	2	12	152259	152270	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
10	NC_021490	TAAAAA	2	12	154172	154183	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021490	GTGCGA	2	12	234679	234690	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021490	TCCTTC	2	12	236060	236071	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_021490	GTTTGT	2	12	259109	259120	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021490	GTGCGA	2	12	283124	283135	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_021490	TCCTTC	2	12	284505	284516	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_021490	GCACCG	2	12	331626	331637	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
17	NC_021490	CCGGAG	2	12	333000	333011	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_021490	CAGCTG	2	12	333224	333235	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_021490	AATATA	2	12	355129	355140	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021490	TTTCCG	2	12	372392	372403	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_021490	GCACCG	2	12	521747	521758	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
22	NC_021490	CGTGCG	2	12	525395	525406	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_021490	TAACCC	2	12	562302	562313	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_021490	ATACTG	2	12	562396	562407	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021490	TTCTCC	2	12	699191	699202	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_021490	CCTCCG	2	12	716760	716771	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_021490	ACGCGC	2	12	766695	766706	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
28	NC_021490	ACGCAG	2	12	810601	810612	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_021490	ACACGC	2	12	819436	819447	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
30	NC_021490	GCAGGG	2	12	827888	827899	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_021490	CAGAGA	2	12	853633	853644	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_021490	GTGCAC	2	12	869914	869925	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_021490	AAAGAC	2	12	882473	882484	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_021490	CCATCC	2	12	890422	890433	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_021490	GGCGCA	2	12	907718	907729	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_021490	GAGCAG	2	12	995525	995536	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.