MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols

Total Repeats: 295

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021490	TTTG	2	8	1530	1537	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021490	AACT	2	8	1633	1640	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_021490	GCCC	2	8	4382	4389	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
4	NC_021490	TTAC	2	8	7267	7274	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_021490	GGTT	2	8	8562	8569	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021490	CCGT	2	8	9126	9133	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_021490	GGTA	2	8	9207	9214	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021490	GCAT	2	8	10132	10139	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_021490	ATGT	2	8	10211	10218	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021490	GTGG	2	8	10238	10245	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021490	TTTA	2	8	18326	18333	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021490	CTTC	2	8	24291	24298	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_021490	TAAG	2	8	36814	36821	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021490	ACCC	2	8	44490	44497	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
15	NC_021490	TTAC	2	8	47159	47166	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_021490	TCCC	2	8	47203	47210	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
17	NC_021490	AGCG	2	8	49426	49433	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_021490	CGGG	2	8	49494	49501	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
19	NC_021490	CAGG	2	8	54521	54528	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_021490	GTAC	2	8	54534	54541	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_021490	ACGA	2	8	58548	58555	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_021490	GAGC	2	8	58767	58774	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_021490	TGTC	2	8	62881	62888	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_021490	ATGC	2	8	70145	70152	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_021490	GCTT	2	8	71717	71724	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_021490	TCCA	2	8	73446	73453	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_021490	TGAG	2	8	73813	73820	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021490	GCGT	2	8	80861	80868	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_021490	TTGC	2	8	90729	90736	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_021490	TACA	2	8	90937	90944	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_021490	CGGG	2	8	91088	91095	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
32	NC_021490	TTCG	2	8	91708	91715	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_021490	GCGA	2	8	91773	91780	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_021490	GGAC	2	8	92750	92757	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_021490	GTTT	2	8	92854	92861	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021490	ACGT	2	8	93072	93079	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_021490	GTTT	2	8	93165	93172	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021490	CGTC	2	8	94438	94445	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_021490	CTCC	2	8	94689	94696	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
40	NC_021490	TCCT	2	8	98683	98690	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_021490	GAGG	2	8	99889	99896	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021490	TTGA	2	8	102850	102857	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021490	CACC	2	8	106317	106324	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
44	NC_021490	TGCT	2	8	106695	106702	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_021490	AGTG	2	8	108316	108323	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021490	GGGT	2	8	109748	109755	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021490	CGCC	2	8	122191	122198	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
48	NC_021490	ACTG	2	8	124708	124715	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_021490	TGAG	2	8	124851	124858	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021490	CCTC	2	8	124905	124912	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
51	NC_021490	TGAG	2	8	129784	129791	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021490	GCAT	2	8	139712	139719	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_021490	TAAA	2	8	142971	142978	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021490	TCTT	2	8	149204	149211	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_021490	GTAC	2	8	150586	150593	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_021490	TCTT	2	8	151544	151551	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_021490	TCTT	2	8	159441	159448	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_021490	GGTG	2	8	159673	159680	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021490	TCTG	2	8	162918	162925	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_021490	AGGG	2	8	162929	162936	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021490	CGAG	2	8	162941	162948	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_021490	GTGG	2	8	169407	169414	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021490	TCCC	2	8	169761	169768	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
64	NC_021490	CGTA	2	8	169815	169822	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_021490	ATGT	2	8	169872	169879	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021490	TGCA	2	8	176499	176506	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_021490	GTAT	2	8	190947	190954	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021490	GTAC	2	8	195766	195773	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_021490	GAAG	2	8	195936	195943	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021490	CGTG	2	8	195952	195959	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_021490	AAAT	2	8	195997	196004	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021490	AGAA	2	8	196099	196106	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021490	CCGT	2	8	196243	196250	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_021490	GGGA	2	8	202208	202215	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021490	GTGC	2	8	202954	202961	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_021490	GGTG	2	8	205759	205766	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021490	AGGT	2	8	206137	206144	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021490	CAGG	2	8	219783	219790	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_021490	GCAG	2	8	219858	219865	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_021490	GGGA	2	8	221821	221828	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021490	CGTG	2	8	223217	223224	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_021490	TTTC	2	8	223228	223235	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_021490	AGTG	2	8	230281	230288	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021490	GGGA	2	8	231192	231199	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021490	GAAC	2	8	231281	231288	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_021490	GGGA	2	8	231719	231726	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021490	AGGG	2	8	232713	232720	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021490	AAGG	2	8	232953	232960	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021490	TGAA	2	8	233257	233264	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021490	AGGG	2	8	233266	233273	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021490	GCGA	2	8	233348	233355	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_021490	GGTG	2	8	233416	233423	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021490	AAAC	2	8	233944	233951	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_021490	TGCG	2	8	234102	234109	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_021490	TTCC	2	8	234444	234451	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_021490	AGGT	2	8	234785	234792	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021490	GTAG	2	8	236194	236201	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021490	TGCA	2	8	236946	236953	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_021490	CTGT	2	8	242281	242288	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_021490	CTTT	2	8	242920	242927	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_021490	GGCC	2	8	243005	243012	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_021490	CTGT	2	8	243034	243041	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_021490	TCCT	2	8	243430	243437	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_021490	TGCC	2	8	244254	244261	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021490	TTTC	2	8	266597	266604	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_021490	GTTC	2	8	270473	270480	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_021490	GCTC	2	8	271951	271958	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
108	NC_021490	GTGA	2	8	275874	275881	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021490	CAGG	2	8	276336	276343	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_021490	GCAG	2	8	276428	276435	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_021490	GGGT	2	8	276790	276797	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021490	GAGG	2	8	277646	277653	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021490	GGGA	2	8	279627	279634	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021490	GAAC	2	8	279716	279723	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_021490	GGGA	2	8	280154	280161	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021490	AGGG	2	8	281148	281155	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021490	TGAA	2	8	281702	281709	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021490	AGGG	2	8	281711	281718	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021490	GCGA	2	8	281793	281800	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
120	NC_021490	GGTG	2	8	281861	281868	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021490	AAAC	2	8	282389	282396	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_021490	TGCG	2	8	282547	282554	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_021490	TTCC	2	8	282889	282896	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_021490	AGGT	2	8	283230	283237	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021490	GTAG	2	8	284639	284646	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021490	TAAA	3	12	290440	290451	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021490	GCAC	2	8	293637	293644	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_021490	GACC	2	8	293673	293680	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_021490	AGGT	2	8	298111	298118	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021490	GGGA	2	8	323998	324005	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021490	AGAA	2	8	328011	328018	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021490	AGCA	2	8	332386	332393	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_021490	TCGT	2	8	332754	332761	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_021490	AGGA	2	8	332925	332932	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021490	GGAA	2	8	333148	333155	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021490	GAGT	2	8	333415	333422	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021490	CCTG	2	8	333481	333488	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_021490	CACT	2	8	333491	333498	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_021490	CCCG	2	8	337227	337234	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
140	NC_021490	GAGG	2	8	337271	337278	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021490	TGCG	2	8	356649	356656	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
142	NC_021490	ATGG	2	8	366187	366194	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021490	AGGA	2	8	371168	371175	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021490	AGGG	2	8	372284	372291	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021490	CGAG	2	8	372316	372323	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
146	NC_021490	CTTG	2	8	373523	373530	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_021490	GGAT	2	8	373531	373538	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021490	CTGC	2	8	373686	373693	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NC_021490	GTCT	2	8	378072	378079	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_021490	ATAG	2	8	380179	380186	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021490	CCCA	2	8	383707	383714	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
152	NC_021490	GCGA	2	8	383890	383897	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
153	NC_021490	TGCG	2	8	390570	390577	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
154	NC_021490	GTCT	2	8	401825	401832	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
155	NC_021490	CTTG	2	8	402250	402257	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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158	NC_021490	GCCC	2	8	402922	402929	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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191	NC_021490	AGGG	2	8	594660	594667	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
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274	NC_021490	GCCT	2	8	1059655	1059662	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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283	NC_021490	CTTC	2	8	1103985	1103992	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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292	NC_021490	GTAC	2	8	1136411	1136418	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
293	NC_021490	TTCT	2	8	1136967	1136974	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
294	NC_021490	GAAA	2	8	1137015	1137022	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
295	NC_021490	ATTT	2	8	1137087	1137094	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.