MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols

Total Repeats: 2070

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2001	NC_021490	GAA	2	6	1116640	1116645	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2002	NC_021490	AGAA	2	8	1118049	1118056	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2003	NC_021490	CGG	2	6	1118068	1118073	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2004	NC_021490	CTC	2	6	1118576	1118581	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2005	NC_021490	GC	3	6	1118596	1118601	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2006	NC_021490	CACC	2	8	1118632	1118639	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
2007	NC_021490	TCC	2	6	1118661	1118666	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2008	NC_021490	GA	3	6	1119611	1119616	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2009	NC_021490	CCG	2	6	1119636	1119641	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2010	NC_021490	GCA	2	6	1119648	1119653	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2011	NC_021490	AGA	2	6	1119717	1119722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2012	NC_021490	CCG	2	6	1119730	1119735	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2013	NC_021490	CAG	2	6	1119743	1119748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2014	NC_021490	ACCA	2	8	1119752	1119759	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2015	NC_021490	CAC	2	6	1119770	1119775	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2016	NC_021490	GAA	2	6	1119891	1119896	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2017	NC_021490	CTG	2	6	1119902	1119907	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2018	NC_021490	TGA	2	6	1119946	1119951	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2019	NC_021490	A	6	6	1121743	1121748	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2020	NC_021490	TTC	2	6	1121807	1121812	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2021	NC_021490	CCGCA	2	10	1124686	1124695	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
2022	NC_021490	GCG	2	6	1124716	1124721	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2023	NC_021490	TGCGC	2	10	1125496	1125505	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
2024	NC_021490	GC	3	6	1125510	1125515	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2025	NC_021490	GC	3	6	1125568	1125573	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2026	NC_021490	C	6	6	1125579	1125584	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
2027	NC_021490	GAG	2	6	1125594	1125599	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2028	NC_021490	GGGGC	2	10	1125600	1125609	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
2029	NC_021490	GCG	2	6	1125612	1125617	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2030	NC_021490	CGGG	2	8	1125665	1125672	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
2031	NC_021490	G	11	11	1125670	1125680	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
2032	NC_021490	TGT	2	6	1125681	1125686	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2033	NC_021490	GGGA	2	8	1125703	1125710	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
2034	NC_021490	T	7	7	1125727	1125733	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2035	NC_021490	GCT	2	6	1125750	1125755	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2036	NC_021490	T	6	6	1125779	1125784	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2037	NC_021490	CGG	2	6	1125957	1125962	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2038	NC_021490	GC	3	6	1125964	1125969	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2039	NC_021490	GCC	2	6	1127527	1127532	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2040	NC_021490	CCA	2	6	1127544	1127549	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2041	NC_021490	CG	4	8	1127566	1127573	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2042	NC_021490	GC	3	6	1127575	1127580	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2043	NC_021490	C	6	6	1128027	1128032	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
2044	NC_021490	TCC	2	6	1128991	1128996	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2045	NC_021490	CTG	2	6	1128997	1129002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2046	NC_021490	C	6	6	1129011	1129016	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
2047	NC_021490	CAG	2	6	1132958	1132963	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2048	NC_021490	T	6	6	1132984	1132989	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2049	NC_021490	CTC	2	6	1133029	1133034	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2050	NC_021490	A	6	6	1133055	1133060	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2051	NC_021490	AGG	2	6	1133073	1133078	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2052	NC_021490	CTCG	2	8	1135480	1135487	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2053	NC_021490	CCT	2	6	1135526	1135531	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2054	NC_021490	AGG	2	6	1135541	1135546	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2055	NC_021490	CAAC	2	8	1136321	1136328	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2056	NC_021490	CCTC	2	8	1136330	1136337	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
2057	NC_021490	GA	3	6	1136355	1136360	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2058	NC_021490	GT	3	6	1136404	1136409	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2059	NC_021490	GTAC	2	8	1136411	1136418	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2060	NC_021490	TTCT	2	8	1136967	1136974	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2061	NC_021490	CAA	2	6	1137003	1137008	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2062	NC_021490	A	6	6	1137007	1137012	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2063	NC_021490	GAAA	2	8	1137015	1137022	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2064	NC_021490	T	7	7	1137060	1137066	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2065	NC_021490	ATTT	2	8	1137087	1137094	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2066	NC_021490	T	6	6	1137127	1137132	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2067	NC_021490	CCA	2	6	1137154	1137159	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2068	NC_021490	CAA	2	6	1137167	1137172	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2069	NC_021490	AGG	2	6	1137776	1137781	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2070	NC_021490	CG	3	6	1139578	1139583	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.