MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum str. Fribourg-Blanc

Total Repeats: 201

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021179	GCCC	2	8	4382	4389	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2	NC_021179	ATGT	2	8	10213	10220	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021179	GTGG	2	8	10240	10247	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021179	TTTA	2	8	18327	18334	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021179	CTTC	2	8	24292	24299	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_021179	TAAG	2	8	36812	36819	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021179	ACCC	2	8	44488	44495	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
8	NC_021179	AGCG	2	8	49429	49436	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_021179	CGGG	2	8	49497	49504	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
10	NC_021179	CAGG	2	8	54524	54531	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_021179	GTAC	2	8	54537	54544	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_021179	GAGC	2	8	58770	58777	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_021179	TGTC	2	8	62884	62891	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_021179	ATGC	2	8	70148	70155	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_021179	GCTT	2	8	71720	71727	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_021179	GCGT	2	8	80855	80862	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_021179	CGTC	2	8	94432	94439	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_021179	CTCC	2	8	94683	94690	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
19	NC_021179	TCCT	2	8	98677	98684	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_021179	GAGG	2	8	99883	99890	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021179	TTGA	2	8	102844	102851	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021179	CACC	2	8	106311	106318	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
23	NC_021179	TGCT	2	8	106689	106696	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_021179	AGTG	2	8	108310	108317	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021179	GGGT	2	8	109742	109749	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021179	CGCC	2	8	122184	122191	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
27	NC_021179	ACTG	2	8	124700	124707	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_021179	TGAG	2	8	124843	124850	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021179	CCTC	2	8	124897	124904	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
30	NC_021179	TGAG	2	8	129776	129783	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021179	GCAT	2	8	139704	139711	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_021179	TAAA	2	8	142963	142970	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021179	GTAC	2	8	150648	150655	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_021179	TCTT	2	8	159389	159396	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_021179	GTGG	2	8	169355	169362	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021179	TCCC	2	8	169709	169716	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
37	NC_021179	CGTA	2	8	169763	169770	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_021179	ATGT	2	8	169820	169827	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021179	GTAT	2	8	190895	190902	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021179	GGGA	2	8	202160	202167	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021179	TGCG	2	8	204424	204431	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_021179	GGTG	2	8	205711	205718	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021179	AGGT	2	8	206089	206096	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021179	CAGG	2	8	219738	219745	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_021179	GCAG	2	8	219813	219820	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_021179	GGGA	2	8	221776	221783	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021179	AGTG	2	8	230236	230243	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021179	GGGA	2	8	231147	231154	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021179	GAAC	2	8	231236	231243	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_021179	GGGA	2	8	231674	231681	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021179	AGGG	2	8	232668	232675	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021179	TGAA	2	8	233222	233229	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021179	AGGG	2	8	233231	233238	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021179	GCGA	2	8	233313	233320	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_021179	GGTG	2	8	233381	233388	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021179	AAAC	2	8	233909	233916	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_021179	TGCG	2	8	234067	234074	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_021179	TTCC	2	8	234409	234416	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_021179	AGGT	2	8	234750	234757	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021179	GTAG	2	8	236159	236166	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021179	GTTC	2	8	238472	238479	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_021179	CTGT	2	8	242246	242253	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_021179	CTTT	2	8	242885	242892	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_021179	GGCC	2	8	242970	242977	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_021179	CTGT	2	8	242999	243006	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_021179	TCCT	2	8	243395	243402	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_021179	TGCC	2	8	244219	244226	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_021179	TTTC	2	8	266562	266569	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_021179	GTTC	2	8	270438	270445	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_021179	GCTC	2	8	271916	271923	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_021179	TACA	2	8	275212	275219	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_021179	GAGG	2	8	277611	277618	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021179	GGGA	2	8	279559	279566	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021179	GAAC	2	8	279648	279655	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_021179	GGGA	2	8	280086	280093	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021179	AGGG	2	8	281080	281087	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021179	AAGG	2	8	281320	281327	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021179	TGAA	2	8	281624	281631	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021179	AGGG	2	8	281633	281640	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021179	GCGA	2	8	281715	281722	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_021179	GGTG	2	8	281783	281790	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021179	AAAC	2	8	282311	282318	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_021179	TGCG	2	8	282469	282476	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_021179	TTCC	2	8	282811	282818	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_021179	AGGT	2	8	283152	283159	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021179	GTAG	2	8	284561	284568	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021179	TAAA	3	12	290362	290373	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021179	GCAC	2	8	293559	293566	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_021179	GACC	2	8	293595	293602	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_021179	AGGT	2	8	298036	298043	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021179	GGGA	2	8	323920	323927	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021179	AGAA	2	8	327933	327940	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021179	CCCG	2	8	337781	337788	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
94	NC_021179	GAGG	2	8	337825	337832	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021179	TGCG	2	8	357188	357195	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_021179	ATGG	2	8	366726	366733	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021179	GTCT	2	8	378615	378622	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_021179	ATAG	2	8	380722	380729	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021179	CCCA	2	8	384250	384257	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_021179	GTTG	2	8	385448	385455	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021179	AGGG	2	8	409751	409758	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021179	ATGT	2	8	409760	409767	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021179	GTGC	2	8	432549	432556	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_021179	CCTT	2	8	440553	440560	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021179	GAAG	2	8	442486	442493	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021179	TTTG	2	8	449476	449483	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021179	CTGT	2	8	467825	467832	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_021179	CCTG	2	8	467835	467842	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_021179	AGGA	2	8	480964	480971	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021179	GGCG	2	8	488608	488615	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
111	NC_021179	CTGG	2	8	491915	491922	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_021179	GTAC	2	8	505575	505582	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_021179	GCAG	2	8	511151	511158	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_021179	TTGC	2	8	543149	543156	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_021179	GTTT	2	8	546628	546635	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021179	ATGG	2	8	552694	552701	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021179	GGTG	2	8	562857	562864	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021179	GTTT	2	8	563114	563121	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021179	TCAT	2	8	563974	563981	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_021179	CTCA	2	8	577530	577537	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_021179	CGAA	2	8	601058	601065	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_021179	AACC	2	8	601183	601190	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_021179	AACC	2	8	604486	604493	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_021179	TTCC	2	8	643289	643296	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_021179	ACAT	2	8	649230	649237	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_021179	AAAC	2	8	649880	649887	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_021179	TGCT	2	8	658520	658527	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_021179	CCGC	2	8	660751	660758	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
129	NC_021179	ACAT	2	8	665728	665735	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_021179	AAGT	2	8	666568	666575	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021179	CAGG	2	8	691198	691205	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_021179	GGAC	2	8	692513	692520	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
133	NC_021179	CTGC	2	8	693583	693590	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
134	NC_021179	GCAC	2	8	699769	699776	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
135	NC_021179	GTGA	2	8	699780	699787	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021179	TCCT	2	8	709339	709346	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_021179	CTTA	2	8	712130	712137	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_021179	CCTC	2	8	725901	725908	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
139	NC_021179	TAGG	2	8	751839	751846	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021179	TGCA	2	8	764706	764713	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_021179	GACA	2	8	767598	767605	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_021179	GAAC	2	8	767741	767748	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_021179	CTGC	2	8	769154	769161	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_021179	AAAC	2	8	769645	769652	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_021179	CGCA	2	8	801050	801057	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_021179	CTCC	2	8	802526	802533	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
147	NC_021179	ACGA	2	8	811793	811800	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_021179	TCTA	2	8	815627	815634	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_021179	GCAC	2	8	824865	824872	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
150	NC_021179	GCGA	2	8	829940	829947	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
151	NC_021179	GGCG	2	8	834303	834310	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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197	NC_021179	CCTC	2	8	1137178	1137185	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
198	NC_021179	GTAC	2	8	1137259	1137266	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
199	NC_021179	TTCT	2	8	1137815	1137822	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
200	NC_021179	GAAA	2	8	1137863	1137870	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
201	NC_021179	ATTT	2	8	1137935	1137942	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.