MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 2109

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2001	NC_018722	GC	3	6	1090619	1090624	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2002	NC_018722	CTT	2	6	1090625	1090630	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2003	NC_018722	GGC	2	6	1090640	1090645	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2004	NC_018722	AGC	2	6	1091443	1091448	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2005	NC_018722	CGCA	2	8	1093354	1093361	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2006	NC_018722	CA	3	6	1093390	1093395	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2007	NC_018722	TCC	2	6	1093414	1093419	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2008	NC_018722	AAG	2	6	1093456	1093461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2009	NC_018722	GCA	2	6	1093472	1093477	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2010	NC_018722	CAC	2	6	1096999	1097004	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2011	NC_018722	TCA	2	6	1098966	1098971	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2012	NC_018722	TGC	2	6	1099023	1099028	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2013	NC_018722	CA	3	6	1099030	1099035	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2014	NC_018722	AAAG	2	8	1099974	1099981	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2015	NC_018722	TCCG	2	8	1102561	1102568	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2016	NC_018722	CG	3	6	1102656	1102661	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2017	NC_018722	GAA	2	6	1102662	1102667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2018	NC_018722	CCCCT	2	10	1103760	1103769	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
2019	NC_018722	TTC	2	6	1103781	1103786	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2020	NC_018722	GC	3	6	1104327	1104332	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2021	NC_018722	TTCT	2	8	1104347	1104354	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2022	NC_018722	TCC	2	6	1104364	1104369	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2023	NC_018722	CTTC	2	8	1104390	1104397	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2024	NC_018722	GC	3	6	1106091	1106096	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2025	NC_018722	TTC	2	6	1106111	1106116	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2026	NC_018722	CG	3	6	1106142	1106147	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2027	NC_018722	GAG	2	6	1106193	1106198	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2028	NC_018722	AAC	2	6	1109903	1109908	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2029	NC_018722	CA	3	6	1109926	1109931	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2030	NC_018722	GCA	2	6	1109949	1109954	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2031	NC_018722	TAT	2	6	1111786	1111791	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2032	NC_018722	CTG	2	6	1111802	1111807	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2033	NC_018722	CT	3	6	1111848	1111853	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2034	NC_018722	CA	3	6	1111889	1111894	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2035	NC_018722	A	6	6	1111929	1111934	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2036	NC_018722	GA	3	6	1113481	1113486	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2037	NC_018722	GCG	2	6	1116998	1117003	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2038	NC_018722	TC	3	6	1117005	1117010	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2039	NC_018722	GCCCG	2	10	1117022	1117031	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
2040	NC_018722	GAA	2	6	1117045	1117050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2041	NC_018722	AGAA	2	8	1118454	1118461	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2042	NC_018722	CGG	2	6	1118473	1118478	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2043	NC_018722	CTC	2	6	1118981	1118986	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2044	NC_018722	GC	3	6	1119001	1119006	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2045	NC_018722	CACC	2	8	1119037	1119044	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
2046	NC_018722	TCC	2	6	1119066	1119071	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2047	NC_018722	GA	3	6	1120016	1120021	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2048	NC_018722	CCG	2	6	1120041	1120046	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2049	NC_018722	GCA	2	6	1120053	1120058	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2050	NC_018722	AGA	2	6	1120122	1120127	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2051	NC_018722	CCG	2	6	1120135	1120140	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2052	NC_018722	CAG	2	6	1120148	1120153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2053	NC_018722	ACCA	2	8	1120157	1120164	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2054	NC_018722	CAC	2	6	1120175	1120180	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2055	NC_018722	GAA	2	6	1120296	1120301	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2056	NC_018722	CTG	2	6	1120307	1120312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2057	NC_018722	TGA	2	6	1120351	1120356	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2058	NC_018722	A	6	6	1122148	1122153	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2059	NC_018722	TTC	2	6	1122212	1122217	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2060	NC_018722	CCGCA	2	10	1125091	1125100	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
2061	NC_018722	GCG	2	6	1125121	1125126	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2062	NC_018722	TGCGC	2	10	1125901	1125910	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
2063	NC_018722	GC	3	6	1125915	1125920	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2064	NC_018722	GC	3	6	1125973	1125978	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2065	NC_018722	C	6	6	1125984	1125989	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
2066	NC_018722	GAG	2	6	1125999	1126004	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2067	NC_018722	GGGGC	2	10	1126005	1126014	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
2068	NC_018722	GCG	2	6	1126017	1126022	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2069	NC_018722	CGGG	2	8	1126070	1126077	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
2070	NC_018722	G	11	11	1126075	1126085	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
2071	NC_018722	TGT	2	6	1126086	1126091	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2072	NC_018722	GGGA	2	8	1126108	1126115	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
2073	NC_018722	T	7	7	1126132	1126138	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2074	NC_018722	GCT	2	6	1126155	1126160	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2075	NC_018722	T	6	6	1126184	1126189	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2076	NC_018722	CGG	2	6	1126362	1126367	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2077	NC_018722	GC	3	6	1126369	1126374	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2078	NC_018722	GCC	2	6	1127932	1127937	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2079	NC_018722	CCA	2	6	1127949	1127954	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2080	NC_018722	CG	4	8	1127971	1127978	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2081	NC_018722	GC	3	6	1127980	1127985	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2082	NC_018722	C	6	6	1128432	1128437	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
2083	NC_018722	TCC	2	6	1129396	1129401	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2084	NC_018722	CTG	2	6	1129402	1129407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2085	NC_018722	C	6	6	1129416	1129421	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
2086	NC_018722	CAG	2	6	1133363	1133368	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2087	NC_018722	T	6	6	1133389	1133394	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2088	NC_018722	CTC	2	6	1133434	1133439	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2089	NC_018722	A	6	6	1133460	1133465	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2090	NC_018722	AGG	2	6	1133478	1133483	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2091	NC_018722	CTCG	2	8	1135885	1135892	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2092	NC_018722	CCT	2	6	1135931	1135936	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2093	NC_018722	AGG	2	6	1135946	1135951	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2094	NC_018722	CAAC	2	8	1136726	1136733	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2095	NC_018722	CCTC	2	8	1136735	1136742	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
2096	NC_018722	GA	3	6	1136760	1136765	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2097	NC_018722	GT	3	6	1136809	1136814	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2098	NC_018722	GTAC	2	8	1136816	1136823	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2099	NC_018722	TTCT	2	8	1137372	1137379	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2100	NC_018722	CAA	2	6	1137408	1137413	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2101	NC_018722	A	6	6	1137412	1137417	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2102	NC_018722	GAAA	2	8	1137420	1137427	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2103	NC_018722	T	7	7	1137465	1137471	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2104	NC_018722	ATTT	2	8	1137492	1137499	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2105	NC_018722	T	6	6	1137532	1137537	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2106	NC_018722	CCA	2	6	1137559	1137564	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2107	NC_018722	CAA	2	6	1137572	1137577	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2108	NC_018722	AGG	2	6	1138181	1138186	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2109	NC_018722	CG	3	6	1139983	1139988	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.