MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema paraluiscuniculi Cuniculi A chromosome

Total Repeats: 264

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015714	AACT	2	8	1634	1641	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_015714	GCCC	2	8	4383	4390	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
3	NC_015714	ATGT	2	8	10258	10265	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015714	TTTA	2	8	18371	18378	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015714	CTTC	2	8	24373	24380	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_015714	CTCC	2	8	25036	25043	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
7	NC_015714	TAAG	2	8	36895	36902	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015714	TTTC	2	8	40179	40186	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_015714	TCGG	2	8	40252	40259	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_015714	ACCC	2	8	44578	44585	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
11	NC_015714	GTAC	2	8	54622	54629	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_015714	GAGC	2	8	58855	58862	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_015714	TGTC	2	8	62972	62979	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_015714	ATGC	2	8	70236	70243	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_015714	GCTT	2	8	71808	71815	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_015714	GCGT	2	8	80952	80959	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_015714	TGTA	2	8	84408	84415	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015714	GGGT	2	8	84426	84433	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015714	CGTC	2	8	94528	94535	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_015714	CTCC	2	8	94779	94786	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
21	NC_015714	TCCT	2	8	98771	98778	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_015714	TGCC	2	8	98835	98842	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_015714	GAGG	2	8	99977	99984	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015714	TTGA	2	8	102938	102945	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015714	TCCT	2	8	105948	105955	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_015714	TGCT	2	8	106783	106790	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_015714	AGTG	2	8	108404	108411	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015714	GGGT	2	8	109836	109843	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015714	GATG	2	8	111913	111920	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015714	GCAG	2	8	112384	112391	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_015714	CGTG	2	8	112705	112712	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_015714	GTAC	2	8	113218	113225	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_015714	ACTG	2	8	113247	113254	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_015714	CGTA	2	8	113261	113268	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_015714	GCTC	2	8	113338	113345	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_015714	GTGC	2	8	113374	113381	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_015714	CCCT	2	8	122166	122173	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
38	NC_015714	TGAG	2	8	124784	124791	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015714	CCTC	2	8	124838	124845	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
40	NC_015714	TGAG	2	8	129717	129724	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015714	AGCA	2	8	134933	134940	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_015714	GGTG	2	8	135277	135284	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015714	AGGA	2	8	136068	136075	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015714	GGAA	2	8	136292	136299	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015714	CCTG	2	8	136625	136632	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_015714	CACT	2	8	136635	136642	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_015714	GCAT	2	8	139640	139647	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_015714	TAAA	2	8	142900	142907	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015714	AGCA	2	8	150887	150894	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_015714	GGTG	2	8	151231	151238	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015714	AGGA	2	8	152022	152029	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015714	GGAA	2	8	152246	152253	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015714	CCTG	2	8	152579	152586	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
54	NC_015714	CACT	2	8	152589	152596	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_015714	CATT	2	8	154072	154079	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_015714	CCGC	2	8	156831	156838	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
57	NC_015714	GGTG	2	8	157086	157093	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015714	GTGG	2	8	166818	166825	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015714	TCCC	2	8	167172	167179	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
60	NC_015714	CGTA	2	8	167226	167233	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_015714	ATGT	2	8	167283	167290	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015714	TGCA	2	8	173909	173916	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_015714	GTAT	2	8	188358	188365	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015714	GGGA	2	8	199622	199629	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015714	TGCG	2	8	201886	201893	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_015714	GGTG	2	8	203173	203180	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015714	AGGT	2	8	203551	203558	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015714	GCGA	2	8	209741	209748	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_015714	CAGG	2	8	217198	217205	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_015714	GGGA	2	8	219236	219243	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015714	AGTG	2	8	227704	227711	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015714	GGGA	2	8	228615	228622	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015714	GAAC	2	8	228704	228711	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_015714	GGGA	2	8	229142	229149	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015714	AGGG	2	8	230136	230143	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015714	AAGG	2	8	230376	230383	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015714	GGAT	2	8	230509	230516	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015714	TGAA	2	8	230680	230687	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015714	AGGG	2	8	230689	230696	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015714	GCGA	2	8	230771	230778	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_015714	GGTG	2	8	230839	230846	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015714	AAAC	2	8	231367	231374	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_015714	TGCG	2	8	231525	231532	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_015714	TTCC	2	8	231867	231874	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_015714	AGGT	2	8	232208	232215	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015714	GTAG	2	8	233617	233624	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015714	TGCA	2	8	234369	234376	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_015714	GTTC	2	8	235930	235937	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_015714	CTGT	2	8	239704	239711	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_015714	CTTT	2	8	240343	240350	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_015714	GGCC	2	8	240428	240435	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_015714	CTGT	2	8	240457	240464	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_015714	TCCT	2	8	240853	240860	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_015714	TGCC	2	8	241677	241684	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_015714	GCGT	2	8	261658	261665	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_015714	TTTC	2	8	263999	264006	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_015714	GTTC	2	8	267876	267883	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_015714	GCTC	2	8	269345	269352	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_015714	GAGG	2	8	275038	275045	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015714	GGGA	2	8	277002	277009	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015714	GAAC	2	8	277091	277098	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_015714	GGGA	2	8	277529	277536	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015714	AGGG	2	8	278523	278530	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015714	GGAT	2	8	278906	278913	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015714	TGAA	2	8	279077	279084	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015714	AGGG	2	8	279086	279093	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015714	GCGA	2	8	279168	279175	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_015714	GGTG	2	8	279236	279243	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015714	AAAC	2	8	279764	279771	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_015714	TGCG	2	8	279922	279929	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_015714	TTCC	2	8	280264	280271	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_015714	AGGT	2	8	280605	280612	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015714	GTAG	2	8	282014	282021	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015714	TAAA	3	12	287815	287826	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015714	GCAC	2	8	291012	291019	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
116	NC_015714	CCGT	2	8	292606	292613	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
117	NC_015714	TTTG	2	8	321319	321326	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015714	GGGA	2	8	321378	321385	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015714	AGAA	2	8	325389	325396	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015714	GAGC	2	8	326568	326575	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_015714	CTGG	2	8	327491	327498	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
122	NC_015714	TGCG	2	8	328096	328103	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_015714	CTAA	2	8	328611	328618	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_015714	GATA	2	8	329198	329205	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015714	ACCC	2	8	332890	332897	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
126	NC_015714	GAGG	2	8	332935	332942	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015714	TGCG	2	8	352283	352290	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_015714	ATGG	2	8	361818	361825	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015714	AGGA	2	8	366799	366806	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015714	AGGG	2	8	367915	367922	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015714	CGAG	2	8	367947	367954	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_015714	GTCT	2	8	373719	373726	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_015714	ATAG	2	8	375826	375833	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015714	GCGA	2	8	379537	379544	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_015714	GTTG	2	8	380552	380559	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015714	GTCT	2	8	397506	397513	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_015714	AGGG	2	8	404888	404895	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015714	ATGT	2	8	404897	404904	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015714	GTGC	2	8	427686	427693	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_015714	CCTT	2	8	435690	435697	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_015714	GAAG	2	8	437623	437630	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015714	CTGT	2	8	463378	463385	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_015714	CCTG	2	8	463388	463395	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_015714	AGGA	2	8	476517	476524	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015714	ACGC	2	8	480809	480816	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_015714	TCCT	2	8	480906	480913	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_015714	TGCT	2	8	481024	481031	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_015714	GGCG	2	8	484161	484168	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
149	NC_015714	CTGG	2	8	487468	487475	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
150	NC_015714	TCCT	2	8	492824	492831	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_015714	TGCA	2	8	492833	492840	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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260	NC_015714	CAAC	2	8	1130076	1130083	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
261	NC_015714	CCTC	2	8	1130085	1130092	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
262	NC_015714	GTAC	2	8	1130166	1130173	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
263	NC_015714	GAAA	2	8	1130770	1130777	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
264	NC_015714	ATTT	2	8	1130842	1130849	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.