MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thioalkalimicrobium cyclicum ALM1 chromosome

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015581	AAGCC	2	10	6447	6456	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_015581	TTTAA	2	10	31152	31161	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015581	TGGCT	2	10	34123	34132	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_015581	GTTTG	2	10	42521	42530	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015581	GCAAA	2	10	51741	51750	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015581	CTTTT	2	10	54450	54459	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015581	GATTC	2	10	61091	61100	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015581	GCCTA	2	10	84326	84335	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_015581	AAGTT	2	10	99260	99269	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015581	CCCCG	2	10	101744	101753	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
11	NC_015581	GGTTA	2	10	110548	110557	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015581	GATAG	2	10	149355	149364	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015581	AGTTA	2	10	163332	163341	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015581	AGCAA	2	10	210568	210577	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015581	TCGTG	2	10	262019	262028	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015581	ATGGG	2	10	262161	262170	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015581	AGCGA	2	10	263700	263709	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015581	TAAAA	2	10	270864	270873	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015581	GAGCA	2	10	524734	524743	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015581	TTAAT	2	10	524892	524901	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015581	GGTTG	2	10	545711	545720	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015581	AGAGC	2	10	551716	551725	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015581	ATATA	2	10	551736	551745	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015581	TAAGA	2	10	565038	565047	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015581	TTGGT	2	10	569218	569227	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015581	CCTAA	2	10	617661	617670	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_015581	TATTT	2	10	632018	632027	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015581	GGTTG	2	10	639927	639936	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015581	TTTCT	2	10	653706	653715	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015581	AATGA	2	10	672809	672818	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015581	TGCGT	2	10	680363	680372	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015581	GATTA	2	10	686852	686861	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015581	ATTTT	2	10	690664	690673	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015581	GCTTT	2	10	692214	692223	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_015581	GAGCA	2	10	699142	699151	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015581	GTTAG	2	10	710763	710772	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015581	TTTTA	2	10	718882	718891	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015581	TCGTG	2	10	744812	744821	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015581	ATGGG	2	10	744954	744963	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015581	AGCGA	2	10	746493	746502	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015581	GAGCA	2	10	772116	772125	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015581	GTAAC	2	10	794295	794304	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015581	TTTAT	2	10	797826	797835	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015581	ACAAA	2	10	801496	801505	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015581	TTGGT	2	10	802392	802401	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015581	TCCGC	2	10	808579	808588	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_015581	TCCGC	2	10	808836	808845	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_015581	TTTTC	2	10	902483	902492	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_015581	AATCA	2	10	919128	919137	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_015581	TTTTA	2	10	923956	923965	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015581	AAAAC	2	10	958240	958249	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_015581	ATTTA	2	10	959967	959976	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015581	TAAAA	2	10	962073	962082	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015581	GCTCA	2	10	980856	980865	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_015581	AGCCG	2	10	994637	994646	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_015581	CAAAA	2	10	999322	999331	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_015581	AAATG	2	10	1052717	1052726	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015581	AAATG	2	10	1052739	1052748	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015581	AAATG	2	10	1052761	1052770	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015581	TTTTA	2	10	1053765	1053774	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015581	TAATC	2	10	1054514	1054523	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015581	GGGTT	2	10	1054710	1054719	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015581	AATTA	2	10	1060338	1060347	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015581	TTTTA	2	10	1092369	1092378	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015581	ACTTA	2	10	1113066	1113075	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_015581	TAATT	2	10	1116518	1116527	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015581	AAAAC	2	10	1133714	1133723	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015581	CTTTG	2	10	1185478	1185487	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015581	GCTAA	2	10	1204788	1204797	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015581	GAAAG	2	10	1221598	1221607	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015581	GTAAA	2	10	1238011	1238020	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015581	CAACA	2	10	1249654	1249663	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_015581	TAAAA	2	10	1267631	1267640	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015581	TAAGT	2	10	1270201	1270210	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015581	AATTA	2	10	1291223	1291232	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015581	ATTGG	2	10	1303418	1303427	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015581	AAAAC	2	10	1357897	1357906	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015581	AGTTA	2	10	1357921	1357930	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015581	AATCT	2	10	1398467	1398476	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015581	GCCTA	2	10	1426482	1426491	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_015581	AGCCA	2	10	1432508	1432517	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_015581	GGCCC	2	10	1452448	1452457	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
83	NC_015581	TGTGA	2	10	1453684	1453693	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015581	ATTCA	2	10	1483575	1483584	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_015581	TTTAA	2	10	1502860	1502869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015581	AAAGA	2	10	1540940	1540949	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015581	TAAAT	2	10	1545544	1545553	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015581	GCCAA	2	10	1549832	1549841	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_015581	GGCTG	2	10	1563362	1563371	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015581	ATTAA	2	10	1568296	1568305	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015581	AACAA	2	10	1572761	1572770	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_015581	TTGTG	2	10	1580943	1580952	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015581	TTTAT	2	10	1595040	1595049	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015581	AACCC	2	10	1596511	1596520	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
95	NC_015581	AAATA	2	10	1608384	1608393	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015581	TCATT	2	10	1608468	1608477	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_015581	CAACC	2	10	1622827	1622836	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_015581	AATGT	2	10	1633015	1633024	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015581	AATTA	2	10	1672745	1672754	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015581	TTTTG	2	10	1679715	1679724	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015581	TTGCT	2	10	1680487	1680496	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_015581	ATTTT	2	10	1689813	1689822	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015581	TGCCC	2	10	1720285	1720294	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
104	NC_015581	AGTTC	2	10	1742909	1742918	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_015581	ACCAG	2	10	1743327	1743336	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_015581	TTTTG	2	10	1755671	1755680	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015581	ATAGA	2	10	1758266	1758275	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015581	CTCAA	2	10	1782803	1782812	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_015581	AACCC	2	10	1788164	1788173	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
110	NC_015581	TAAAA	2	10	1801408	1801417	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015581	TTTAA	2	10	1820502	1820511	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015581	AAATA	2	10	1820584	1820593	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015581	AACAA	2	10	1832907	1832916	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_015581	AACCC	2	10	1834424	1834433	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_015581	TTTAA	2	10	1835046	1835055	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015581	GCCAA	2	10	1839817	1839826	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_015581	TAACT	2	10	1864118	1864127	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_015581	TAAAA	2	10	1870920	1870929	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015581	AAAAT	2	10	1883754	1883763	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015581	CATTA	2	10	1926094	1926103	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.