MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermoanaerobacterium xylanolyticum LX-11 chromosome

Total Repeats: 403

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015555	TAAAA	2	10	6638	6647	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015555	GAAAA	2	10	38687	38696	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015555	AGTAA	2	10	38788	38797	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015555	TTTAA	2	10	38898	38907	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015555	AATTT	2	10	39656	39665	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015555	AGTAA	2	10	39673	39682	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015555	ATTAT	2	10	46201	46210	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015555	AAAAT	2	10	50242	50251	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015555	TTGCA	2	10	51694	51703	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_015555	CCGAG	2	10	51804	51813	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_015555	TATAA	2	10	56767	56776	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015555	TAATA	2	10	59218	59227	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015555	AGAAA	2	10	60314	60323	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015555	AGGAG	2	10	60908	60917	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015555	TCGTG	2	10	61318	61327	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015555	AAAGA	2	10	61810	61819	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015555	GGGAG	2	10	62694	62703	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015555	ACAGT	2	10	63486	63495	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_015555	AAAGA	2	10	64176	64185	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015555	GACAG	2	10	64556	64565	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_015555	AAGAT	2	10	65285	65294	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015555	TGCTT	2	10	66476	66485	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015555	GTGTA	2	10	76154	76163	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015555	AGAAA	2	10	79539	79548	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015555	AGGAG	2	10	80133	80142	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015555	TCGTG	2	10	80543	80552	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015555	AAAGA	2	10	81035	81044	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015555	GGGAG	2	10	81920	81929	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015555	ACAGT	2	10	82712	82721	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015555	AAAGA	2	10	83402	83411	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015555	GACAG	2	10	83783	83792	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015555	AAGAT	2	10	84512	84521	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015555	ATGGG	2	10	99522	99531	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015555	TAAAA	2	10	106351	106360	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015555	TAAAA	2	10	107887	107896	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015555	ATGAA	2	10	109163	109172	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015555	GAAAG	2	10	125192	125201	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015555	CTTTG	2	10	135654	135663	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015555	ATCGT	2	10	135939	135948	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015555	TATTT	2	10	167449	167458	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015555	TTTAT	2	10	169474	169483	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015555	CTAAA	2	10	180665	180674	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015555	CATAT	2	10	182948	182957	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015555	AATAT	2	10	192511	192520	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015555	GATTT	2	10	192865	192874	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015555	ATTTA	2	10	202406	202415	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015555	TTCAT	2	10	213563	213572	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015555	TTTAA	2	10	232007	232016	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015555	ATATA	2	10	243616	243625	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015555	TCAAA	2	10	247391	247400	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015555	TAATT	2	10	247640	247649	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015555	TTAAA	2	10	253417	253426	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015555	TTGCA	2	10	254905	254914	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015555	TGATT	2	10	255168	255177	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015555	TAAAA	2	10	259735	259744	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015555	ATATG	2	10	268354	268363	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015555	ATATA	2	10	298834	298843	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015555	AATAT	3	15	310926	310940	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015555	TATGA	2	10	311343	311352	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015555	TAAAT	2	10	317132	317141	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015555	ATTAA	2	10	327515	327524	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015555	ATTTT	2	10	336030	336039	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015555	ATTAT	2	10	371439	371448	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015555	AAAAG	2	10	372532	372541	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015555	AGAAA	2	10	372767	372776	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015555	AGGAG	2	10	373361	373370	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015555	TCGTG	2	10	373771	373780	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015555	AAAGA	2	10	374263	374272	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015555	GGGAG	2	10	375313	375322	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015555	ACAGT	2	10	376105	376114	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015555	AAAGA	2	10	376795	376804	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015555	GACAG	2	10	377176	377185	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015555	AAGAT	2	10	377905	377914	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015555	TAATA	2	10	379057	379066	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015555	ATAAA	2	10	380561	380570	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015555	TTTAT	2	10	380811	380820	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015555	TAAAG	2	10	386007	386016	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015555	TTTAT	2	10	392912	392921	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015555	ACTCC	2	10	402492	402501	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_015555	ATTAT	2	10	402877	402886	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015555	TGAGA	2	10	405096	405105	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015555	GTAAA	2	10	405509	405518	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015555	CAAAC	2	10	406311	406320	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_015555	ATTTT	2	10	415908	415917	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015555	GTTTT	2	10	415924	415933	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015555	AAAAT	2	10	415934	415943	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015555	ATTTT	2	10	418609	418618	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015555	TAAAA	2	10	425570	425579	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015555	CAAAT	2	10	430148	430157	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015555	GAAGT	2	10	432407	432416	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015555	GGTTA	2	10	432526	432535	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015555	TATAT	2	10	439415	439424	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015555	GATTT	2	10	439506	439515	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015555	AGAAA	2	10	442360	442369	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015555	AGGAG	2	10	442954	442963	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015555	TCGTG	2	10	443364	443373	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_015555	AAAGA	2	10	443856	443865	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015555	GGGAG	2	10	444739	444748	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015555	ACAGT	2	10	445531	445540	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_015555	AAAGA	2	10	446219	446228	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015555	GACAG	2	10	446600	446609	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_015555	AAGAT	2	10	447329	447338	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015555	AAATA	2	10	447405	447414	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015555	ATATA	2	10	484883	484892	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015555	GTATA	2	10	485035	485044	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015555	TAAAA	2	10	523122	523131	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015555	TAATA	2	10	524053	524062	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015555	TAAAA	2	10	524374	524383	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015555	TATAA	2	10	528120	528129	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015555	ATATT	2	10	534595	534604	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015555	TCTTG	2	10	569059	569068	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_015555	TTAAA	2	10	573216	573225	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015555	TTAAT	2	10	583475	583484	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015555	ATTTT	2	10	607050	607059	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015555	TAAAA	2	10	610546	610555	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015555	AATTA	2	10	616966	616975	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015555	TTAAA	2	10	619529	619538	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015555	ATATA	2	10	620949	620958	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015555	ATATA	2	10	632795	632804	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015555	ATTAA	2	10	632831	632840	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015555	AATTT	2	10	634821	634830	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015555	ATTTT	2	10	659641	659650	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015555	ATTTT	2	10	665044	665053	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015555	GCAAT	2	10	669383	669392	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_015555	TAATT	2	10	685881	685890	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015555	AGCGT	2	10	697123	697132	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_015555	ATATA	2	10	700232	700241	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015555	GAAGG	2	10	704126	704135	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015555	CAGGG	2	10	712932	712941	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
130	NC_015555	ACAGT	2	10	713020	713029	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_015555	TATAA	2	10	718527	718536	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015555	AAATT	2	10	722265	722274	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015555	TATAA	2	10	722301	722310	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015555	TTTAA	2	10	725383	725392	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015555	AAATA	2	10	726401	726410	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015555	TAAAT	2	10	741417	741426	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015555	TTGAA	2	10	748447	748456	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015555	ATTTA	2	10	764732	764741	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015555	ATTTT	2	10	769907	769916	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015555	ATATT	2	10	777820	777829	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015555	GTTTA	2	10	779689	779698	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015555	CTTTT	2	10	791740	791749	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_015555	TCCTT	2	10	792949	792958	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_015555	CATCG	2	10	794049	794058	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
145	NC_015555	TTCTG	2	10	794314	794323	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_015555	GTTGA	2	10	798388	798397	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015555	AAATA	2	10	804380	804389	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015555	TATAA	2	10	804968	804977	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_015555	ATAAA	2	10	804981	804990	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.