MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermodesulfovibrio yellowstonii DSM 11347 chromosome

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011296	TTTAA	2	10	13925	13934	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011296	AAAAT	2	10	28258	28267	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011296	TAAAT	2	10	28329	28338	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011296	AAAGG	2	10	38158	38167	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011296	TAAAA	2	10	42606	42615	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011296	TAATA	2	10	57211	57220	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011296	ATATG	2	10	81584	81593	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011296	TTGAA	2	10	81607	81616	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011296	TTTGA	2	10	87656	87665	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011296	AAAAC	2	10	87691	87700	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_011296	TTAAA	2	10	92348	92357	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011296	AAGAA	2	10	118238	118247	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011296	AATTA	2	10	177339	177348	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011296	TCATA	2	10	177781	177790	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_011296	TAAAA	2	10	246882	246891	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011296	ATTTC	2	10	252220	252229	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_011296	AGTAA	2	10	252974	252983	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011296	TTAAA	2	10	256594	256603	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011296	GCAAA	2	10	268331	268340	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_011296	GATTT	2	10	287815	287824	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011296	CGTTT	2	10	288113	288122	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011296	AAACG	2	10	306075	306084	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_011296	TCGCT	2	10	327414	327423	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_011296	AAAGG	2	10	339142	339151	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011296	TTTAA	2	10	343382	343391	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011296	TCGCT	2	10	394990	394999	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_011296	GAAAG	2	10	408262	408271	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011296	AGCGA	2	10	408301	408310	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_011296	TAAAA	2	10	416637	416646	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011296	AGCGA	2	10	417448	417457	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_011296	ATATT	2	10	421827	421836	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011296	TTAAA	2	10	423677	423686	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011296	CATAA	2	10	432376	432385	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_011296	TAATA	2	10	448177	448186	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011296	AGCGA	2	10	448266	448275	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_011296	ATAAA	2	10	449859	449868	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011296	TCGCT	3	15	451520	451534	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_011296	TCGCT	2	10	453119	453128	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_011296	CGCTT	2	10	453212	453221	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_011296	GCTCG	2	10	454691	454700	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_011296	TTAAA	2	10	475719	475728	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011296	CTTTC	2	10	488672	488681	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_011296	CATCT	2	10	509662	509671	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_011296	CAAAA	2	10	512687	512696	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_011296	TAAAT	2	10	527496	527505	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011296	AGCAA	2	10	538661	538670	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_011296	ATTTA	2	10	592256	592265	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011296	AGGAT	2	10	592342	592351	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011296	AAATT	2	10	596099	596108	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011296	GTTTT	2	10	605189	605198	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011296	TAAAA	2	10	624937	624946	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011296	TGATT	2	10	631640	631649	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011296	TATCA	2	10	633069	633078	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_011296	ATTGT	2	10	633783	633792	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011296	TCATT	2	10	691928	691937	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_011296	ATTGC	2	10	737105	737114	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_011296	TCGCT	2	10	740948	740957	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_011296	TAAAA	2	10	747384	747393	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011296	AAGGG	2	10	747662	747671	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011296	TCACC	2	10	756656	756665	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_011296	TAAAA	2	10	756671	756680	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011296	AAAAT	2	10	759419	759428	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011296	ATTTA	2	10	767268	767277	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011296	CTTTT	2	10	797390	797399	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_011296	AGATG	2	10	809233	809242	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011296	ATTTA	2	10	813289	813298	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011296	TCTTT	2	10	814674	814683	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_011296	GAGAC	2	10	832652	832661	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_011296	AATCT	2	10	837773	837782	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_011296	ATATT	2	10	903519	903528	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011296	TTAAT	2	10	916358	916367	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011296	AACCA	2	10	919019	919028	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_011296	TTAAT	2	10	932068	932077	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011296	TTTTA	2	10	942294	942303	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011296	CCGAG	2	10	953173	953182	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_011296	GCTTC	2	10	953258	953267	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_011296	TCTCT	2	10	953391	953400	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_011296	TCGCT	2	10	963270	963279	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_011296	AAAAT	2	10	964006	964015	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011296	TTTAA	2	10	966093	966102	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011296	TAAAA	2	10	966313	966322	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011296	TAATT	2	10	982799	982808	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011296	TATCA	2	10	986043	986052	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_011296	TAAAA	2	10	989229	989238	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011296	ATTTC	2	10	1025533	1025542	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_011296	TAAAT	2	10	1028633	1028642	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011296	GAACT	2	10	1046803	1046812	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_011296	TCTTT	2	10	1048179	1048188	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_011296	CATCC	2	10	1048491	1048500	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
90	NC_011296	GCTTT	2	10	1048646	1048655	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_011296	CTTTT	2	10	1048706	1048715	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_011296	ATTTT	2	10	1057435	1057444	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011296	TAAAT	2	10	1074327	1074336	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011296	TCATT	2	10	1075595	1075604	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_011296	TATAA	2	10	1137271	1137280	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011296	CTATA	2	10	1146288	1146297	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_011296	AGCTC	2	10	1147465	1147474	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_011296	ATCTC	2	10	1154993	1155002	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_011296	ATTTT	2	10	1158152	1158161	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_011296	AATTT	2	10	1158194	1158203	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011296	TAAAG	2	10	1159180	1159189	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011296	TATCT	2	10	1159428	1159437	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_011296	TCTTT	2	10	1189750	1189759	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_011296	TAAAA	2	10	1190595	1190604	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011296	TTAAA	2	10	1190934	1190943	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_011296	CAATA	2	10	1197845	1197854	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_011296	TAAAA	2	10	1213612	1213621	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011296	GTATC	2	10	1214948	1214957	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_011296	TTAAT	2	10	1220378	1220387	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011296	TAAAA	2	10	1233965	1233974	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011296	TATAA	2	10	1235051	1235060	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011296	GATAA	2	10	1248714	1248723	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011296	ATTTA	2	10	1250792	1250801	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011296	TAAAA	2	10	1250813	1250822	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011296	AAAAG	2	10	1250954	1250963	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011296	ATGTA	2	10	1319298	1319307	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011296	TATAA	2	10	1321046	1321055	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011296	TCAAA	2	10	1348237	1348246	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_011296	AGCGA	2	10	1348448	1348457	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_011296	GGAAT	2	10	1348503	1348512	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011296	TTATT	2	10	1356652	1356661	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011296	TGAGA	2	10	1362328	1362337	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011296	CTTTT	2	10	1372569	1372578	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_011296	ATATA	2	10	1387834	1387843	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011296	AAAAT	2	10	1390915	1390924	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011296	ATTTT	2	10	1403225	1403234	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011296	TCGCT	2	10	1408973	1408982	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_011296	AAAAT	2	10	1415026	1415035	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011296	CTGAA	2	10	1439933	1439942	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_011296	TAAGT	2	10	1458578	1458587	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011296	AGCGA	2	10	1497016	1497025	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_011296	TATAA	2	10	1531383	1531392	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011296	TTGTT	2	10	1544628	1544637	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011296	TATAA	2	10	1582586	1582595	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011296	TTGTT	2	10	1595831	1595840	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011296	AAAGC	2	10	1600489	1600498	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_011296	AATCA	2	10	1600814	1600823	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_011296	AAGAC	2	10	1605174	1605183	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_011296	TAAAA	2	10	1606802	1606811	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011296	CTAAG	2	10	1613959	1613968	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_011296	TAATT	2	10	1630072	1630081	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011296	TTGAT	2	10	1649233	1649242	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011296	TTTTA	2	10	1683103	1683112	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_011296	CATCT	2	10	1683147	1683156	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_011296	CTATA	2	10	1706610	1706619	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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149	NC_011296	TGCTT	2	10	1774170	1774179	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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152	NC_011296	GCTTC	2	10	1785602	1785611	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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166	NC_011296	GCCTT	2	10	1932495	1932504	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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168	NC_011296	GTATA	2	10	1946467	1946476	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.