MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum SS14

Total Repeats: 34

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010741	ATTGAA	2	12	8547	8558	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010741	TTTCCG	2	12	34160	34171	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_010741	GCACGA	2	12	59437	59448	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_010741	CGCTTG	2	12	92916	92927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_010741	TCTCAA	2	12	125114	125125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_010741	CGGCTG	2	12	148582	148593	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010741	GGCTGG	2	12	150574	150585	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_010741	TCGGGC	2	12	150589	150600	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_010741	CTGCGG	4	24	151793	151816	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_010741	CGGCTC	2	12	152298	152309	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
11	NC_010741	TAAAAA	2	12	154211	154222	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010741	GTGTTT	2	12	222847	222858	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010741	GTGCGA	2	12	234700	234711	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_010741	TCCTTC	2	12	236081	236092	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_010741	GTTTGT	2	12	259129	259140	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010741	GTGCGA	2	12	283141	283152	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_010741	TCCTTC	2	12	284522	284533	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_010741	TGATGT	2	12	304976	304987	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010741	CCGGAG	2	12	333010	333021	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_010741	CAGCTG	2	12	333234	333245	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_010741	GCTGTG	2	12	341055	341066	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_010741	AATATA	2	12	355140	355151	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010741	TTTCCG	2	12	372403	372414	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_010741	CGTGCG	2	12	525218	525229	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_010741	TAACCC	2	12	562122	562133	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_010741	ATACTG	2	12	562216	562227	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_010741	TTCTCC	2	12	699016	699027	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_010741	CAGAGA	2	12	853435	853446	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_010741	AAAGAC	2	12	882269	882280	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_010741	GGCGCA	2	12	907512	907523	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010741	AAGCTC	2	12	947858	947869	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_010741	GAGCAG	2	12	995309	995320	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_010741	TATGAG	2	12	1080890	1080901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010741	CGCCTT	2	12	1116434	1116445	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.