MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermotoga sp. RQ2 chromosome

Total Repeats: 324

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010483	TAAT	2	8	23	30	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010483	GAAA	2	8	10842	10849	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010483	GTTT	2	8	50728	50735	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010483	TTGA	2	8	58544	58551	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010483	CTTC	2	8	68540	68547	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_010483	TCTT	3	12	92520	92531	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_010483	ATCT	2	8	92604	92611	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_010483	ACCG	2	8	93796	93803	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_010483	GTAA	2	8	93804	93811	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010483	AGGG	2	8	110583	110590	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010483	TCCC	2	8	114343	114350	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NC_010483	AGTT	2	8	114354	114361	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010483	AGGG	2	8	114454	114461	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010483	TCCC	2	8	118530	118537	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
15	NC_010483	ACAA	2	8	127755	127762	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_010483	AAGA	2	8	127959	127966	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010483	AACG	2	8	128052	128059	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_010483	AAGA	2	8	128223	128230	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010483	CCGG	2	8	138862	138869	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_010483	GCGT	2	8	157485	157492	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_010483	CCTC	2	8	160806	160813	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
22	NC_010483	GAAA	2	8	162562	162569	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010483	TAAT	2	8	170261	170268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010483	GTTT	2	8	180043	180050	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010483	CTTT	2	8	196813	196820	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_010483	CGAA	2	8	211232	211239	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_010483	CCTC	2	8	213225	213232	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
28	NC_010483	CCCG	2	8	231910	231917	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
29	NC_010483	CCCA	2	8	233254	233261	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
30	NC_010483	CCTC	2	8	248502	248509	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
31	NC_010483	ATCT	2	8	248531	248538	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_010483	GTTT	2	8	257072	257079	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010483	CCCG	2	8	257130	257137	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
34	NC_010483	ATTT	2	8	258338	258345	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010483	GGGA	2	8	259126	259133	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010483	GAAC	2	8	260479	260486	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_010483	GGAT	2	8	268549	268556	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010483	TGAA	2	8	268704	268711	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010483	TCCA	2	8	268890	268897	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_010483	TTAT	2	8	276208	276215	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010483	AGGG	2	8	276683	276690	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010483	CAAG	2	8	283345	283352	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_010483	AAGT	2	8	291518	291525	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010483	AAAG	2	8	292044	292051	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010483	TTCG	2	8	296457	296464	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_010483	ATTC	2	8	304620	304627	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_010483	GAAG	2	8	306145	306152	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010483	CCTC	2	8	315592	315599	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
49	NC_010483	CTTC	2	8	341958	341965	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_010483	TCTT	2	8	341980	341987	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_010483	CCTC	2	8	342106	342113	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
52	NC_010483	GGGA	2	8	342183	342190	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010483	CCCT	2	8	353243	353250	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
54	NC_010483	GGGA	2	8	360221	360228	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010483	TCCC	2	8	361859	361866	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
56	NC_010483	CATT	2	8	363384	363391	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_010483	AAAT	2	8	378978	378985	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010483	TCAC	2	8	379012	379019	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_010483	GGGA	2	8	392793	392800	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010483	CTAT	2	8	411586	411593	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_010483	TAAG	2	8	415359	415366	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010483	ATAC	2	8	421965	421972	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_010483	TCCC	2	8	435451	435458	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
64	NC_010483	AAGA	2	8	442779	442786	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010483	TATT	2	8	475289	475296	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010483	AGGG	2	8	498709	498716	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010483	CAAA	2	8	500080	500087	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_010483	CGAA	2	8	510114	510121	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_010483	AAGG	2	8	510128	510135	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010483	CGGG	2	8	512152	512159	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
71	NC_010483	TCCC	2	8	513282	513289	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
72	NC_010483	ATCG	2	8	513417	513424	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_010483	CAAA	2	8	531159	531166	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_010483	TGTT	2	8	532962	532969	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010483	TATT	2	8	533090	533097	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010483	GGGA	2	8	533232	533239	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010483	CCAG	2	8	535835	535842	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_010483	AATT	2	8	535886	535893	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010483	TCCC	2	8	543532	543539	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
80	NC_010483	GTTT	2	8	544445	544452	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010483	AAAC	2	8	544475	544482	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_010483	CTTG	2	8	545162	545169	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_010483	CCCT	2	8	548085	548092	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
84	NC_010483	AACA	2	8	550649	550656	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_010483	AAAC	2	8	550704	550711	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_010483	CCCT	2	8	557802	557809	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
87	NC_010483	CTTT	2	8	557897	557904	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_010483	GCAC	2	8	558367	558374	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_010483	ACGA	2	8	558482	558489	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_010483	TATC	2	8	559462	559469	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_010483	TCAA	2	8	560366	560373	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_010483	GAGG	2	8	560422	560429	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010483	GGGA	2	8	563524	563531	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010483	TTTC	2	8	580606	580613	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_010483	AAAC	2	8	590842	590849	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_010483	CTGG	2	8	592359	592366	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_010483	AACA	2	8	599549	599556	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_010483	CTCC	2	8	600815	600822	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
99	NC_010483	TCTT	2	8	601993	602000	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_010483	CTCC	2	8	614563	614570	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_010483	GCCC	2	8	639399	639406	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
102	NC_010483	TTCA	2	8	641331	641338	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_010483	TGAA	2	8	641458	641465	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010483	TCCC	2	8	644322	644329	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
105	NC_010483	ATCA	2	8	645384	645391	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_010483	TGAT	2	8	651690	651697	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010483	TTAA	2	8	651767	651774	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010483	AAAC	2	8	651799	651806	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_010483	CAAA	2	8	651866	651873	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_010483	GTAC	2	8	676402	676409	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_010483	GTAC	2	8	676585	676592	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_010483	GTAC	2	8	684499	684506	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_010483	GTAC	2	8	687773	687780	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_010483	GTAC	2	8	687875	687882	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_010483	CTCC	2	8	695379	695386	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
116	NC_010483	TAAA	2	8	725801	725808	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010483	TGTT	2	8	739416	739423	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010483	GGGA	2	8	739437	739444	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010483	GGAA	2	8	744001	744008	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010483	GAAA	2	8	744239	744246	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010483	AACA	2	8	753582	753589	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_010483	AGGG	2	8	761840	761847	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010483	CCCT	2	8	761852	761859	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
124	NC_010483	CAAA	2	8	773417	773424	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_010483	CTGC	2	8	777009	777016	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
126	NC_010483	CTAC	2	8	785276	785283	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_010483	GACC	2	8	785718	785725	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_010483	CGGG	2	8	785860	785867	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
129	NC_010483	GCCC	2	8	786728	786735	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
130	NC_010483	TCCC	2	8	788024	788031	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
131	NC_010483	TCGC	2	8	788204	788211	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
132	NC_010483	TCCT	2	8	789052	789059	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_010483	AACC	2	8	813673	813680	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_010483	ACAA	2	8	821968	821975	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_010483	TACC	2	8	822083	822090	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_010483	TACC	2	8	822094	822101	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_010483	AGGC	2	8	828643	828650	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_010483	AAAG	2	8	833174	833181	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010483	ATGG	2	8	848216	848223	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010483	CTCC	2	8	853350	853357	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
141	NC_010483	ACCC	2	8	859028	859035	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
142	NC_010483	ATTA	2	8	862359	862366	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010483	CCTC	2	8	893883	893890	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
144	NC_010483	AGGG	2	8	894103	894110	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010483	CAAT	2	8	912345	912352	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_010483	AACC	2	8	917470	917477	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_010483	ATTC	2	8	917682	917689	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_010483	AGGG	2	8	923914	923921	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
149	NC_010483	GCTT	2	8	931320	931327	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_010483	CTCC	2	8	933763	933770	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
151	NC_010483	TTTC	2	8	945071	945078	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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295	NC_010483	TTAT	2	8	1766624	1766631	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_010483	CTTC	2	8	1767040	1767047	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
297	NC_010483	ACAT	2	8	1767144	1767151	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
298	NC_010483	GTAA	2	8	1768604	1768611	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
299	NC_010483	ATTA	2	8	1770559	1770566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_010483	CTCC	2	8	1792605	1792612	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
301	NC_010483	GTCA	2	8	1795318	1795325	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
302	NC_010483	CCAG	2	8	1796110	1796117	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
303	NC_010483	TCAA	2	8	1799821	1799828	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
304	NC_010483	GAAA	2	8	1816602	1816609	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
305	NC_010483	TAGG	2	8	1817560	1817567	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
306	NC_010483	TTTG	2	8	1820751	1820758	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
307	NC_010483	GAAA	2	8	1821141	1821148	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
308	NC_010483	AGTC	2	8	1823105	1823112	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
309	NC_010483	GAAA	2	8	1839089	1839096	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
310	NC_010483	GGAT	2	8	1839873	1839880	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
311	NC_010483	ACCA	2	8	1839947	1839954	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
312	NC_010483	ATCT	2	8	1840431	1840438	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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314	NC_010483	TCTT	2	8	1843252	1843259	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
315	NC_010483	CATC	2	8	1844070	1844077	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
316	NC_010483	AACA	2	8	1844085	1844092	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
317	NC_010483	TATC	2	8	1844420	1844427	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
318	NC_010483	AACA	2	8	1844623	1844630	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
319	NC_010483	CGTT	2	8	1848238	1848245	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
320	NC_010483	AAAT	2	8	1849055	1849062	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
321	NC_010483	AAGT	2	8	1852013	1852020	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
322	NC_010483	GCCC	2	8	1853817	1853824	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
323	NC_010483	GGGA	2	8	1853889	1853896	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
324	NC_010483	AAGG	2	8	1874411	1874418	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.