MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermofilum pendens Hrk 5 chromosome

Total Repeats: 62

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008698	AAAGAA	2	12	124681	124692	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008698	CTCCAC	2	12	212146	212157	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_008698	GCCGGG	2	12	231138	231149	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008698	TAAATA	2	12	260962	260973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008698	AGAGGG	2	12	267557	267568	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008698	CTTCGA	2	12	273667	273678	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008698	CCCGGC	2	12	320768	320779	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_008698	GGTAAA	2	12	383172	383183	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008698	CCCGGC	2	12	394939	394950	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_008698	CCCGGC	2	12	420985	420996	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_008698	CCCGGC	2	12	424875	424886	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_008698	AGTTAA	2	12	438484	438495	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008698	GTGCGA	2	12	440445	440456	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_008698	GCCTTA	2	12	440611	440622	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_008698	TACGCG	2	12	441951	441962	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_008698	GTGCAC	2	12	462700	462711	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008698	TTAATT	2	12	475596	475607	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008698	GGGCTA	2	12	515793	515804	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_008698	CCCGGC	2	12	536548	536559	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_008698	AGTAGA	2	12	538612	538623	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008698	CCCGGC	2	12	539030	539041	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_008698	CTTTTT	2	12	544750	544761	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_008698	TTAGTG	2	12	544811	544822	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008698	GCGAAG	2	12	563207	563218	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008698	CCCCGA	2	12	689800	689811	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_008698	CGCGCC	2	12	769974	769985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_008698	TACTTA	2	12	774005	774016	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_008698	GACACA	2	12	805354	805365	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008698	GGCGAC	2	12	831630	831641	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_008698	CTAGCC	2	12	840017	840028	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
31	NC_008698	GGGTTG	2	12	943136	943147	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008698	TACTCG	2	12	1001274	1001285	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008698	AAAAGG	2	12	1080007	1080018	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008698	GCTATA	2	12	1124594	1124605	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_008698	TTTTTC	2	12	1148106	1148117	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_008698	AGAAAA	2	12	1152541	1152552	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008698	AAGCCT	2	12	1155034	1155045	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_008698	ACCTCG	2	12	1210778	1210789	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
39	NC_008698	TTGAAC	2	12	1227836	1227847	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_008698	GCTGGG	2	12	1228337	1228348	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_008698	AACCCT	2	12	1249371	1249382	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_008698	CCGCCC	2	12	1249757	1249768	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
43	NC_008698	AAAATC	2	12	1250192	1250203	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_008698	CTATGA	2	12	1251609	1251620	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_008698	CGTGCG	2	12	1253902	1253913	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008698	CTTTCA	2	12	1256204	1256215	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_008698	CGGTGG	2	12	1256520	1256531	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_008698	TCACGT	2	12	1270505	1270516	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008698	CGACGC	2	12	1310568	1310579	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_008698	GGGAGC	2	12	1310615	1310626	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_008698	AAAATG	2	12	1315590	1315601	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008698	GCCGAC	2	12	1323556	1323567	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
53	NC_008698	GCGCCG	2	12	1331877	1331888	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_008698	AAGTAT	2	12	1382737	1382748	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008698	ACGTCG	2	12	1387556	1387567	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008698	TAGCCC	2	12	1390258	1390269	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_008698	GCTCTC	2	12	1469056	1469067	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008698	ATCACC	2	12	1469696	1469707	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_008698	TTTTCT	2	12	1540272	1540283	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008698	TAGACA	2	12	1633873	1633884	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008698	GCCTCC	2	12	1657701	1657712	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_008698	TAAGGG	2	12	1710042	1710053	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.