MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thiomicrospira crunogena XCL-2 chromosome

Total Repeats: 266

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007520	TTTTA	2	10	37906	37915	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007520	ATTTA	2	10	58488	58497	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007520	ATGAT	2	10	79249	79258	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007520	ATAAA	2	10	116178	116187	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007520	TACAA	2	10	116853	116862	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_007520	GACGG	2	10	122191	122200	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_007520	GTCAT	2	10	131248	131257	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_007520	ATTAA	2	10	148540	148549	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007520	CAGCG	2	10	154325	154334	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_007520	AATTG	2	10	159836	159845	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007520	TTAAG	2	10	178243	178252	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007520	ATAAA	2	10	181640	181649	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007520	ATGGA	2	10	230035	230044	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007520	GAAAA	2	10	230060	230069	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007520	GTTTA	2	10	242803	242812	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007520	ATTGT	2	10	250153	250162	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007520	TTTGA	2	10	255248	255257	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007520	GGATG	2	10	258818	258827	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007520	CTAAA	2	10	266646	266655	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_007520	CTTAT	2	10	282298	282307	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_007520	AATTG	2	10	283072	283081	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007520	AGAAA	2	10	295056	295065	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007520	AATTT	2	10	312490	312499	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007520	TGAAA	2	10	314052	314061	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007520	TAAAA	2	10	318340	318349	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007520	TTAAG	2	10	332419	332428	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007520	ATTTA	2	10	333072	333081	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007520	AATTA	2	10	343018	343027	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007520	TAAAT	2	10	346388	346397	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007520	CTTTT	2	10	346468	346477	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_007520	TAAGA	2	10	362262	362271	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007520	TTCAA	2	10	368321	368330	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_007520	GCAAA	2	10	385644	385653	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_007520	GAAAT	2	10	385836	385845	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007520	TTTTC	2	10	386019	386028	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_007520	ATAAA	2	10	396518	396527	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007520	TTGAT	2	10	405359	405368	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007520	ATTGC	2	10	418301	418310	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_007520	AACGG	2	10	418430	418439	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_007520	TTATC	2	10	431189	431198	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_007520	TATCC	2	10	442997	443006	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_007520	ATTGG	2	10	469118	469127	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007520	TTAAA	2	10	470632	470641	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007520	TCTAT	2	10	476818	476827	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_007520	TAAAT	2	10	498264	498273	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007520	GGCCA	2	10	498368	498377	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_007520	TCGTG	2	10	520527	520536	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_007520	AATAA	2	10	546005	546014	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007520	GACAA	2	10	547566	547575	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_007520	TAATC	2	10	565168	565177	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_007520	GATAA	2	10	579136	579145	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007520	TTCAA	2	10	581042	581051	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_007520	ATGCT	2	10	586196	586205	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_007520	GCCAA	2	10	590280	590289	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_007520	TAAAA	2	10	597489	597498	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007520	GAATT	2	10	597534	597543	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007520	ATTTG	2	10	600952	600961	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007520	TAAAA	2	10	605790	605799	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007520	GGCCA	2	10	612789	612798	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_007520	GTTTT	2	10	621858	621867	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007520	CGTTG	2	10	626608	626617	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_007520	AGCAG	2	10	627527	627536	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_007520	AATAA	2	10	627554	627563	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007520	TCTAT	2	10	628376	628385	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_007520	AAATT	2	10	652890	652899	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007520	TATGA	2	10	658402	658411	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007520	TTGAA	2	10	683666	683675	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007520	ATTAA	2	10	683678	683687	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007520	AAAGA	2	10	692794	692803	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007520	TAAAA	2	10	705396	705405	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007520	CTTTT	2	10	705424	705433	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_007520	AACAA	2	10	705990	705999	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_007520	GGAAA	2	10	706062	706071	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007520	CCATT	2	10	734468	734477	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_007520	TGCAC	2	10	738180	738189	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_007520	CGCAG	2	10	738267	738276	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_007520	TTGGC	3	15	739613	739627	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_007520	TTTTA	2	10	774346	774355	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007520	GGGAC	2	10	775783	775792	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
80	NC_007520	TTTGA	2	10	781854	781863	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007520	CTTAT	2	10	796158	796167	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_007520	TTAAA	2	10	824398	824407	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007520	AAAAT	2	10	839220	839229	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007520	TTTTA	2	10	840559	840568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007520	ATGTA	2	10	841939	841948	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007520	ATTTT	2	10	848052	848061	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007520	ATAAA	2	10	854910	854919	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007520	TCTCA	2	10	883025	883034	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_007520	TTTTA	2	10	903774	903783	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007520	TTGTT	2	10	905629	905638	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007520	AATTT	2	10	907103	907112	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007520	GCTTA	2	10	908108	908117	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_007520	GATGT	2	10	915609	915618	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007520	AATTC	2	10	916892	916901	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_007520	GATCA	2	10	925086	925095	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_007520	AAGAA	2	10	925366	925375	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007520	TAAAT	2	10	928303	928312	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007520	TGCTT	2	10	947003	947012	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_007520	AACGT	2	10	948972	948981	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_007520	AAGAG	2	10	985416	985425	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007520	GCCTT	2	10	996921	996930	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_007520	TATTT	2	10	1013334	1013343	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007520	ATTAA	2	10	1013845	1013854	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007520	TTAAA	2	10	1015081	1015090	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007520	CCTTT	2	10	1016624	1016633	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_007520	TTTTC	2	10	1024929	1024938	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_007520	TGGAA	2	10	1043301	1043310	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007520	ATACA	2	10	1045765	1045774	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_007520	AGTAA	2	10	1045778	1045787	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007520	TTTTA	2	10	1050912	1050921	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007520	TTTTA	2	10	1052847	1052856	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007520	GAATA	2	10	1067319	1067328	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007520	TATTG	2	10	1084021	1084030	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007520	ATTTA	2	10	1084130	1084139	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007520	AAATT	2	10	1086037	1086046	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007520	AGATT	2	10	1088178	1088187	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007520	GGAAA	2	10	1092657	1092666	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007520	ATTAA	2	10	1099926	1099935	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007520	AAAAT	2	10	1102486	1102495	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007520	AAGAA	2	10	1120969	1120978	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007520	TATAA	2	10	1131906	1131915	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007520	AATTA	2	10	1137397	1137406	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007520	ATTTA	2	10	1156314	1156323	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007520	ATAGG	2	10	1157361	1157370	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007520	ATTTG	2	10	1157408	1157417	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007520	CAAAA	2	10	1163029	1163038	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_007520	AATTT	2	10	1164730	1164739	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007520	TTATG	2	10	1167656	1167665	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007520	AGCAA	2	10	1185533	1185542	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_007520	CGCTC	2	10	1187154	1187163	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_007520	ATTTG	2	10	1188489	1188498	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_007520	TTAAA	2	10	1195164	1195173	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007520	TGAAA	2	10	1197759	1197768	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007520	TGAAG	2	10	1233674	1233683	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007520	AATTT	2	10	1235179	1235188	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007520	GCAAT	2	10	1269769	1269778	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_007520	GAAAA	2	10	1269817	1269826	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_007520	GCTTT	2	10	1276916	1276925	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_007520	TTTAT	2	10	1281916	1281925	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007520	AACTT	2	10	1283336	1283345	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_007520	AAGAA	2	10	1284118	1284127	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_007520	AATCA	2	10	1288409	1288418	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_007520	TCTTT	2	10	1288984	1288993	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_007520	ATTTA	2	10	1301851	1301860	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_007520	AAAAT	2	10	1320352	1320361	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007520	ATTAA	2	10	1323714	1323723	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_007520	AATCT	2	10	1327996	1328005	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_007520	TTTAG	2	10	1377793	1377802	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_007520	TCTTT	2	10	1413676	1413685	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_007520	GGCCA	3	15	1430264	1430278	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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152	NC_007520	CTTTT	2	10	1431774	1431783	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
153	NC_007520	ATTCT	2	10	1437615	1437624	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
154	NC_007520	TATTC	2	10	1437725	1437734	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
155	NC_007520	AGATT	2	10	1438571	1438580	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
156	NC_007520	AACTT	2	10	1454515	1454524	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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162	NC_007520	TAAAA	2	10	1496381	1496390	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_007520	ACTAT	2	10	1501208	1501217	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
164	NC_007520	TTTAA	2	10	1504934	1504943	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_007520	TAAAA	2	10	1523808	1523817	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_007520	TAGTT	2	10	1524082	1524091	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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173	NC_007520	AATCT	2	10	1547798	1547807	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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177	NC_007520	AAAAT	2	10	1614930	1614939	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_007520	ATTAA	2	10	1620799	1620808	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_007520	TAAGA	2	10	1631618	1631627	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_007520	CCCAT	2	10	1636229	1636238	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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195	NC_007520	TATTT	2	10	1791684	1791693	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.