MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Thermococcus kodakarensis KOD1 chromosome

Total Repeats: 3629

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_006624	CCCT	2	8	547793	547800	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
1002	NC_006624	GATTAC	2	12	547813	547824	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
1003	NC_006624	CTT	2	6	548195	548200	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1004	NC_006624	ATT	2	6	548209	548214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1005	NC_006624	TGA	2	6	548226	548231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1006	NC_006624	GAT	2	6	549906	549911	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1007	NC_006624	AC	3	6	549929	549934	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1008	NC_006624	GGT	2	6	549972	549977	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1009	NC_006624	TGG	2	6	550009	550014	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1010	NC_006624	T	7	7	550021	550027	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1011	NC_006624	TCT	2	6	551266	551271	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1012	NC_006624	TGG	2	6	551272	551277	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1013	NC_006624	TCTT	2	8	553058	553065	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1014	NC_006624	TTA	2	6	553067	553072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1015	NC_006624	GTT	2	6	553088	553093	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1016	NC_006624	AAGG	2	8	553109	553116	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1017	NC_006624	ACT	2	6	553150	553155	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1018	NC_006624	TTG	2	6	553158	553163	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1019	NC_006624	ATGG	2	8	553164	553171	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1020	NC_006624	C	6	6	554749	554754	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1021	NC_006624	CGG	2	6	554781	554786	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1022	NC_006624	T	7	7	555697	555703	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1023	NC_006624	GAT	2	6	555742	555747	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1024	NC_006624	AAT	2	6	555760	555765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1025	NC_006624	CAC	2	6	556822	556827	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1026	NC_006624	TA	3	6	556851	556856	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1027	NC_006624	CGT	2	6	556875	556880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1028	NC_006624	AAG	2	6	558817	558822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1029	NC_006624	AT	3	6	559384	559389	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1030	NC_006624	TA	3	6	559458	559463	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1031	NC_006624	CTTTT	2	10	560809	560818	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
1032	NC_006624	TGG	2	6	560829	560834	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1033	NC_006624	CCA	2	6	565335	565340	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1034	NC_006624	C	8	8	565346	565353	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1035	NC_006624	A	6	6	565370	565375	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1036	NC_006624	CTT	2	6	567842	567847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1037	NC_006624	GTT	2	6	568624	568629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1038	NC_006624	GAGAA	2	10	568673	568682	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
1039	NC_006624	TCA	2	6	568721	568726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1040	NC_006624	CATT	2	8	570146	570153	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1041	NC_006624	T	6	6	570152	570157	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1042	NC_006624	CAC	2	6	570168	570173	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1043	NC_006624	TAA	2	6	570738	570743	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1044	NC_006624	TTA	2	6	570761	570766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1045	NC_006624	GGA	2	6	570853	570858	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1046	NC_006624	TCA	2	6	570945	570950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1047	NC_006624	CAC	2	6	570954	570959	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1048	NC_006624	GTT	2	6	572095	572100	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1049	NC_006624	A	6	6	575442	575447	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1050	NC_006624	GTT	2	6	575464	575469	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1051	NC_006624	AGA	2	6	575483	575488	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1052	NC_006624	GA	3	6	576525	576530	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1053	NC_006624	T	7	7	577610	577616	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1054	NC_006624	TCG	2	6	577716	577721	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1055	NC_006624	TTA	2	6	577737	577742	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1056	NC_006624	ACT	2	6	577743	577748	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1057	NC_006624	AAATTT	2	12	579054	579065	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1058	NC_006624	TTC	2	6	579122	579127	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1059	NC_006624	TTTC	2	8	579135	579142	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1060	NC_006624	TAA	2	6	579262	579267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1061	NC_006624	TTTAA	2	10	579288	579297	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
1062	NC_006624	TAATTG	2	12	579304	579315	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
1063	NC_006624	ATG	2	6	579338	579343	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1064	NC_006624	GGT	2	6	579353	579358	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1065	NC_006624	AAT	2	6	579386	579391	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1066	NC_006624	ACT	2	6	579427	579432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1067	NC_006624	GCT	2	6	579433	579438	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1068	NC_006624	TTTATT	2	12	579473	579484	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1069	NC_006624	T	6	6	579483	579488	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1070	NC_006624	TCA	2	6	579509	579514	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1071	NC_006624	CA	3	6	579513	579518	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1072	NC_006624	CT	3	6	583454	583459	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1073	NC_006624	TTCT	2	8	583534	583541	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1074	NC_006624	CTG	2	6	583557	583562	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1075	NC_006624	TCC	2	6	585243	585248	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1076	NC_006624	AAAT	2	8	585345	585352	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1077	NC_006624	CT	3	6	585433	585438	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1078	NC_006624	TGAGGT	2	12	585489	585500	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
1079	NC_006624	GAC	2	6	585523	585528	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1080	NC_006624	CG	3	6	585561	585566	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1081	NC_006624	CTT	2	6	585571	585576	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1082	NC_006624	TGA	2	6	585692	585697	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1083	NC_006624	AAGA	2	8	587290	587297	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
1084	NC_006624	AGAC	2	8	587301	587308	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1085	NC_006624	AATA	2	8	587309	587316	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1086	NC_006624	A	6	6	587322	587327	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1087	NC_006624	TTG	2	6	587349	587354	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1088	NC_006624	T	6	6	588087	588092	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1089	NC_006624	TAT	2	6	588110	588115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1090	NC_006624	AT	3	6	588114	588119	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1091	NC_006624	T	6	6	588125	588130	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1092	NC_006624	CTA	2	6	588201	588206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1093	NC_006624	GAA	2	6	589961	589966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1094	NC_006624	CCA	2	6	591040	591045	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1095	NC_006624	CTT	2	6	592183	592188	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1096	NC_006624	AAT	2	6	592215	592220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1097	NC_006624	CTT	2	6	592243	592248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1098	NC_006624	TC	3	6	592249	592254	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1099	NC_006624	GGAT	2	8	592297	592304	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1100	NC_006624	TA	3	6	592309	592314	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1101	NC_006624	TGG	2	6	594505	594510	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1102	NC_006624	TAT	2	6	598626	598631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1103	NC_006624	CAGT	2	8	598668	598675	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1104	NC_006624	ATA	2	6	598693	598698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1105	NC_006624	AGT	2	6	600982	600987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1106	NC_006624	TG	3	6	601006	601011	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1107	NC_006624	GAA	2	6	601065	601070	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1108	NC_006624	TCA	2	6	602582	602587	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1109	NC_006624	CAC	2	6	603976	603981	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1110	NC_006624	TGA	2	6	605511	605516	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1111	NC_006624	GCC	2	6	605520	605525	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1112	NC_006624	GGT	2	6	605527	605532	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1113	NC_006624	ACC	3	9	608633	608641	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1114	NC_006624	GTTAG	2	10	608645	608654	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
1115	NC_006624	GAA	2	6	608677	608682	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1116	NC_006624	ACA	2	6	609427	609432	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1117	NC_006624	ACC	2	6	609505	609510	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1118	NC_006624	CGT	2	6	609525	609530	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1119	NC_006624	GAA	2	6	609594	609599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1120	NC_006624	AAC	2	6	609651	609656	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1121	NC_006624	TTTA	2	8	611223	611230	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1122	NC_006624	A	6	6	611262	611267	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1123	NC_006624	C	6	6	616639	616644	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1124	NC_006624	A	6	6	616685	616690	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1125	NC_006624	AGA	2	6	617397	617402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1126	NC_006624	AAAG	2	8	617404	617411	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
1127	NC_006624	AAC	2	6	620383	620388	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1128	NC_006624	CTAAC	2	10	620400	620409	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
1129	NC_006624	CTAA	2	8	620484	620491	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1130	NC_006624	ATGG	2	8	620533	620540	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1131	NC_006624	T	6	6	620597	620602	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1132	NC_006624	TCT	2	6	620652	620657	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1133	NC_006624	TCCAAA	2	12	620741	620752	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1134	NC_006624	CTT	2	6	620754	620759	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1135	NC_006624	GGT	2	6	620761	620766	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1136	NC_006624	GGA	2	6	623440	623445	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1137	NC_006624	CGA	2	6	623458	623463	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1138	NC_006624	CGAG	2	8	623466	623473	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1139	NC_006624	ATA	2	6	625245	625250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1140	NC_006624	GGT	2	6	625265	625270	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1141	NC_006624	CT	3	6	626178	626183	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1142	NC_006624	CTT	2	6	626192	626197	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1143	NC_006624	T	6	6	631802	631807	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1145	NC_006624	TTTC	2	8	632382	632389	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1146	NC_006624	A	7	7	632418	632424	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1147	NC_006624	T	6	6	633941	633946	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1148	NC_006624	CATC	2	8	634786	634793	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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1151	NC_006624	T	6	6	635933	635938	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1152	NC_006624	AGG	2	6	637135	637140	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1153	NC_006624	AAT	2	6	637483	637488	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1155	NC_006624	TTTTTC	2	12	638078	638089	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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1174	NC_006624	GGC	2	6	647582	647587	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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