MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Thermococcus kodakarensis KOD1 chromosome

Total Repeats: 3629

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_006624	CCT	2	6	312504	312509	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
502	NC_006624	CT	3	6	312512	312517	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
503	NC_006624	ATC	2	6	312556	312561	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
504	NC_006624	TAC	2	6	312649	312654	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
505	NC_006624	ACC	2	6	314170	314175	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
506	NC_006624	CAA	2	6	314180	314185	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
507	NC_006624	TTTTC	2	10	315596	315605	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
508	NC_006624	TGTT	2	8	315613	315620	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
509	NC_006624	GCG	2	6	316088	316093	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
510	NC_006624	T	6	6	316107	316112	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
511	NC_006624	GTC	2	6	316151	316156	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
512	NC_006624	TCA	2	6	316178	316183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
513	NC_006624	TAA	2	6	316228	316233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
514	NC_006624	GAA	2	6	316238	316243	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
515	NC_006624	TAACCT	2	12	316993	317004	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
516	NC_006624	C	6	6	319130	319135	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
517	NC_006624	AGG	2	6	319147	319152	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
518	NC_006624	T	6	6	319159	319164	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
519	NC_006624	GT	3	6	319284	319289	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
520	NC_006624	ACT	2	6	319303	319308	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
521	NC_006624	T	6	6	319387	319392	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
522	NC_006624	TAC	2	6	319411	319416	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
523	NC_006624	TGA	2	6	319494	319499	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
524	NC_006624	T	6	6	319651	319656	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
525	NC_006624	AGCT	2	8	319728	319735	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
526	NC_006624	TTC	2	6	319754	319759	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
527	NC_006624	TCA	2	6	319790	319795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
528	NC_006624	TG	3	6	319890	319895	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
529	NC_006624	GAA	2	6	319934	319939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
530	NC_006624	AGA	2	6	320009	320014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
531	NC_006624	CGG	2	6	321244	321249	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
532	NC_006624	GTA	2	6	321257	321262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
533	NC_006624	GAA	2	6	321343	321348	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
534	NC_006624	AGG	2	6	321354	321359	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
535	NC_006624	TGCC	2	8	321381	321388	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
536	NC_006624	CAAG	2	8	321407	321414	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
537	NC_006624	CTTT	2	8	321441	321448	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
538	NC_006624	A	6	6	321500	321505	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
539	NC_006624	CTT	2	6	321703	321708	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
540	NC_006624	T	6	6	321707	321712	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
541	NC_006624	CTC	2	6	321754	321759	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
542	NC_006624	TCC	2	6	321790	321795	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
543	NC_006624	GTA	2	6	321840	321845	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
544	NC_006624	GAC	2	6	321848	321853	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
545	NC_006624	GAG	2	6	321907	321912	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
546	NC_006624	CG	3	6	321940	321945	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
547	NC_006624	GAA	2	6	321955	321960	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
548	NC_006624	CTC	2	6	321968	321973	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
549	NC_006624	GC	3	6	321998	322003	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
550	NC_006624	GGT	2	6	326406	326411	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
551	NC_006624	TGAC	2	8	326944	326951	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
552	NC_006624	G	6	6	330122	330127	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
553	NC_006624	TAG	2	6	330172	330177	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
554	NC_006624	T	6	6	330178	330183	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
555	NC_006624	A	6	6	330209	330214	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
556	NC_006624	TGA	2	6	331698	331703	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
557	NC_006624	CCT	2	6	333731	333736	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
558	NC_006624	TAA	2	6	334967	334972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
559	NC_006624	AAT	2	6	335005	335010	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
560	NC_006624	ACCGT	2	10	335012	335021	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
561	NC_006624	AT	3	6	335023	335028	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
562	NC_006624	AAT	2	6	336720	336725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
563	NC_006624	GAC	2	6	336764	336769	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
564	NC_006624	AT	3	6	336845	336850	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
565	NC_006624	AAT	2	6	336857	336862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
566	NC_006624	AC	3	6	338752	338757	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
567	NC_006624	AAT	2	6	338765	338770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
568	NC_006624	CGTA	2	8	338774	338781	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
569	NC_006624	AG	3	6	338839	338844	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
570	NC_006624	AAT	2	6	338918	338923	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
571	NC_006624	AT	3	6	339802	339807	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
572	NC_006624	AT	4	8	339810	339817	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
573	NC_006624	AAT	2	6	339818	339823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
574	NC_006624	AGA	2	6	339833	339838	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
575	NC_006624	AAG	2	6	339839	339844	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
576	NC_006624	AGA	2	6	339845	339850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
577	NC_006624	CTT	2	6	339880	339885	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
578	NC_006624	ACT	2	6	339997	340002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
579	NC_006624	ATT	2	6	340032	340037	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
580	NC_006624	CAG	2	6	340054	340059	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
581	NC_006624	AAC	2	6	340086	340091	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
582	NC_006624	CA	3	6	340118	340123	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
583	NC_006624	TA	3	6	340546	340551	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
584	NC_006624	TTC	2	6	340554	340559	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
585	NC_006624	GA	3	6	340576	340581	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
586	NC_006624	AGA	2	6	340625	340630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
587	NC_006624	CAA	2	6	340664	340669	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
588	NC_006624	AGA	2	6	340688	340693	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
589	NC_006624	AG	3	6	340702	340707	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
590	NC_006624	CT	3	6	341325	341330	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
591	NC_006624	TC	3	6	341351	341356	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
592	NC_006624	ATC	2	6	341389	341394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
593	NC_006624	TATG	2	8	341494	341501	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
594	NC_006624	A	6	6	341515	341520	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
595	NC_006624	AAAG	2	8	342026	342033	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
596	NC_006624	AGA	2	6	342041	342046	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
597	NC_006624	AGA	2	6	342051	342056	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
598	NC_006624	CTT	2	6	342085	342090	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
599	NC_006624	TAC	2	6	342132	342137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
600	NC_006624	TGT	2	6	342182	342187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
601	NC_006624	A	6	6	342248	342253	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
602	NC_006624	ATG	2	6	342291	342296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
603	NC_006624	CTT	2	6	342375	342380	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
604	NC_006624	CAA	2	6	346404	346409	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
605	NC_006624	CAC	2	6	346421	346426	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
606	NC_006624	AAT	2	6	346436	346441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
607	NC_006624	AAT	2	6	346490	346495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
608	NC_006624	GTT	2	6	346528	346533	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
609	NC_006624	CAC	2	6	347279	347284	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
610	NC_006624	GAAAA	2	10	348529	348538	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
611	NC_006624	GTT	2	6	350490	350495	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
612	NC_006624	T	6	6	354139	354144	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
613	NC_006624	TGG	2	6	354165	354170	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
614	NC_006624	GGA	2	6	354171	354176	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
615	NC_006624	TGA	2	6	355362	355367	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
616	NC_006624	AAT	2	6	355380	355385	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
617	NC_006624	GGT	2	6	359412	359417	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
618	NC_006624	CTC	2	6	361484	361489	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
619	NC_006624	TGG	2	6	361501	361506	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
620	NC_006624	TGT	2	6	366664	366669	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
621	NC_006624	TAA	2	6	368216	368221	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
622	NC_006624	CCT	2	6	369304	369309	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
623	NC_006624	GGT	2	6	369331	369336	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
624	NC_006624	GAA	2	6	369379	369384	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
625	NC_006624	AAG	2	6	369395	369400	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
626	NC_006624	TA	3	6	369402	369407	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
627	NC_006624	AAT	2	6	369408	369413	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
628	NC_006624	ATATTG	2	12	369435	369446	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
629	NC_006624	AAT	2	6	369447	369452	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
630	NC_006624	GAT	2	6	369453	369458	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
631	NC_006624	TAA	2	6	371458	371463	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
632	NC_006624	GGT	2	6	371486	371491	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
633	NC_006624	CTTTCT	2	12	372943	372954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
634	NC_006624	CAC	2	6	373134	373139	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
635	NC_006624	ACC	2	6	373150	373155	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
636	NC_006624	GAG	2	6	373226	373231	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
637	NC_006624	GATT	2	8	373232	373239	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
638	NC_006624	AAG	2	6	373296	373301	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
639	NC_006624	TCC	2	6	373473	373478	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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957	NC_006624	ATA	2	6	513507	513512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
958	NC_006624	TA	3	6	513511	513516	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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968	NC_006624	CG	3	6	525161	525166	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
969	NC_006624	GTC	2	6	525253	525258	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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