MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermus thermophilus HB8 plasmid pTT27

Total Repeats: 95

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006462	GGGA	2	8	2984	2991	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
2	NC_006462	ACCG	2	8	13752	13759	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_006462	AACC	2	8	13897	13904	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_006462	GGCT	2	8	14003	14010	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_006462	GGGC	2	8	14184	14191	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
6	NC_006462	CGGG	2	8	17964	17971	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
7	NC_006462	GACG	2	8	31586	31593	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_006462	CGGA	2	8	35923	35930	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_006462	TGGA	2	8	35938	35945	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_006462	CCCT	2	8	36146	36153	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
11	NC_006462	AAGG	2	8	43322	43329	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_006462	AGGG	2	8	61612	61619	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
13	NC_006462	TCCG	2	8	61646	61653	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_006462	GAAG	2	8	61660	61667	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_006462	GGGC	2	8	78631	78638	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
16	NC_006462	CCTC	2	8	79687	79694	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
17	NC_006462	GCCC	2	8	85295	85302	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
18	NC_006462	GGGC	2	8	91929	91936	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
19	NC_006462	GCCC	2	8	92052	92059	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
20	NC_006462	AGAC	2	8	95682	95689	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_006462	GACC	2	8	109693	109700	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_006462	TGCT	2	8	109912	109919	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_006462	CGGG	2	8	110342	110349	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
24	NC_006462	ATGA	2	8	110441	110448	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006462	CAGG	2	8	110479	110486	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
26	NC_006462	CCTA	2	8	111019	111026	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_006462	GAAA	2	8	111057	111064	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_006462	TTCC	2	8	113779	113786	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_006462	CGGG	2	8	120239	120246	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
30	NC_006462	ACGG	2	8	122359	122366	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_006462	GAGG	2	8	124623	124630	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
32	NC_006462	CTTT	2	8	133448	133455	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_006462	CAAA	2	8	133465	133472	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_006462	CGGG	2	8	133559	133566	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
35	NC_006462	GAGG	2	8	134943	134950	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
36	NC_006462	GTGG	2	8	135028	135035	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
37	NC_006462	CCTC	2	8	135086	135093	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
38	NC_006462	GAGG	2	8	145831	145838	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
39	NC_006462	GTGG	2	8	145916	145923	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
40	NC_006462	CCTC	2	8	145974	145981	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
41	NC_006462	TCCG	2	8	157936	157943	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_006462	ACGG	2	8	158330	158337	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_006462	CCTT	2	8	159772	159779	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_006462	CCGC	2	8	161416	161423	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
45	NC_006462	CCTT	2	8	165917	165924	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_006462	CTGG	2	8	165959	165966	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_006462	GACG	2	8	167554	167561	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_006462	GCCA	2	8	167898	167905	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_006462	TTTC	2	8	171949	171956	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_006462	TTCG	2	8	172149	172156	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_006462	CTGC	2	8	172190	172197	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_006462	GGGC	2	8	176567	176574	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
53	NC_006462	CGGA	2	8	189480	189487	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_006462	GTCC	2	8	189505	189512	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_006462	CGTG	2	8	189520	189527	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_006462	CGTG	2	8	189705	189712	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_006462	CGTG	2	8	189766	189773	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_006462	CGTG	2	8	189826	189833	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_006462	CGTG	2	8	189887	189894	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_006462	CGTG	2	8	189948	189955	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_006462	CGTG	2	8	190010	190017	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_006462	CGTG	2	8	190072	190079	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_006462	CGTG	2	8	190133	190140	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_006462	CGTG	2	8	190194	190201	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_006462	CGTG	2	8	190256	190263	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_006462	CGTG	2	8	190318	190325	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_006462	GGTC	2	8	190363	190370	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_006462	CGTG	2	8	190379	190386	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_006462	CGTG	2	8	190441	190448	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_006462	CGTG	2	8	190503	190510	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_006462	CGTG	2	8	190564	190571	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_006462	CGTG	2	8	190626	190633	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_006462	CCGG	2	8	190670	190677	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_006462	CGTG	2	8	190688	190695	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_006462	CGTG	2	8	190749	190756	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_006462	CGTG	2	8	190810	190817	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_006462	CGTG	2	8	190871	190878	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_006462	CGTG	2	8	190932	190939	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_006462	AGGA	2	8	191000	191007	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_006462	GCTT	2	8	191119	191126	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_006462	AGGG	2	8	201286	201293	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
82	NC_006462	GACC	2	8	201636	201643	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_006462	CTTG	2	8	210846	210853	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_006462	GCCT	2	8	210944	210951	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_006462	AGCA	2	8	213177	213184	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_006462	GCAG	2	8	214651	214658	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_006462	GAAG	2	8	214693	214700	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_006462	CCGG	2	8	214945	214952	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_006462	CCTT	2	8	218740	218747	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_006462	CCGG	2	8	218826	218833	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_006462	GCTG	2	8	227956	227963	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_006462	ACCT	2	8	230318	230325	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_006462	GCCC	2	8	249298	249305	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
94	NC_006462	AAAG	2	8	253707	253714	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_006462	GAGG	2	8	255488	255495	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.