MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermus thermophilus HB8 chromosome

Total Repeats: 148

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006461	TGGGG	2	10	1192	1201	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
2	NC_006461	CTTGC	2	10	8754	8763	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_006461	AGAGG	2	10	9439	9448	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_006461	GGGAG	2	10	9753	9762	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
5	NC_006461	GCGCC	2	10	10400	10409	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
6	NC_006461	CTAGG	2	10	10717	10726	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_006461	AGGGG	2	10	11124	11133	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
8	NC_006461	CCGAA	2	10	11142	11151	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_006461	CATCC	2	10	12165	12174	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
10	NC_006461	CATCC	2	10	54635	54644	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
11	NC_006461	CGGGC	2	10	78096	78105	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
12	NC_006461	GGCCC	2	10	78111	78120	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_006461	ACACC	2	10	80763	80772	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
14	NC_006461	TCCCT	2	10	83617	83626	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
15	NC_006461	GCCCC	2	10	108274	108283	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
16	NC_006461	CCCGC	2	10	144616	144625	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
17	NC_006461	CCACC	2	10	144632	144641	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
18	NC_006461	TCCCC	2	10	144666	144675	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
19	NC_006461	CGGGC	2	10	150111	150120	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
20	NC_006461	CGGCC	2	10	163741	163750	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
21	NC_006461	CGCCC	2	10	169919	169928	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
22	NC_006461	ACTAC	2	10	183039	183048	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_006461	CCTTA	2	10	218572	218581	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_006461	GGGAA	2	10	221845	221854	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006461	GCCCC	2	10	227267	227276	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
26	NC_006461	ACCGC	2	10	236743	236752	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_006461	GCGTT	2	10	242542	242551	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_006461	GGGCC	2	10	258368	258377	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
29	NC_006461	GGCCC	2	10	258383	258392	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
30	NC_006461	CCTGG	2	10	260414	260423	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_006461	GAAGG	2	10	261194	261203	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_006461	AGGTG	2	10	261246	261255	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_006461	CCTCG	2	10	266010	266019	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_006461	CAAGG	2	10	273484	273493	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_006461	GGCGG	2	10	303176	303185	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
36	NC_006461	GCCCT	2	10	327500	327509	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
37	NC_006461	CTTGC	2	10	338593	338602	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_006461	CACCT	2	10	338809	338818	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
39	NC_006461	CTTCC	2	10	338862	338871	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
40	NC_006461	GGACG	2	10	340181	340190	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_006461	TGGGA	2	10	349094	349103	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006461	TTCGG	2	10	350119	350128	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_006461	CCCCT	2	10	350137	350146	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
44	NC_006461	CCTAG	2	10	350544	350553	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_006461	CGGCG	2	10	350860	350869	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
46	NC_006461	CTCCC	2	10	351508	351517	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
47	NC_006461	TCCTC	2	10	351821	351830	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
48	NC_006461	GCGGG	2	10	371157	371166	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
49	NC_006461	AAGGG	2	10	371699	371708	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_006461	GGGGC	2	10	371772	371781	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
51	NC_006461	TCCCT	2	10	379243	379252	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
52	NC_006461	CTTCC	2	10	391112	391121	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
53	NC_006461	CCGGC	2	10	414993	415002	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
54	NC_006461	CGGGG	2	10	415338	415347	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
55	NC_006461	GCCCT	2	10	418031	418040	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
56	NC_006461	CGGAA	2	10	428419	428428	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_006461	GCAAG	2	10	437297	437306	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_006461	CTTAG	2	10	457413	457422	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_006461	GGCGG	2	10	472167	472176	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
60	NC_006461	TGGGG	2	10	491151	491160	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
61	NC_006461	CCGGG	2	10	548507	548516	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
62	NC_006461	CCAGG	2	10	548571	548580	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_006461	TGCGG	2	10	575566	575575	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
64	NC_006461	AGGCC	2	10	650112	650121	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_006461	GGAGG	2	10	650679	650688	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
66	NC_006461	CCCAC	2	10	650746	650755	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
67	NC_006461	AGGGA	2	10	653244	653253	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
68	NC_006461	GGTCC	2	10	666053	666062	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_006461	GCCCG	2	10	666065	666074	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
70	NC_006461	GGGGC	2	10	666466	666475	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
71	NC_006461	GCCCG	2	10	681374	681383	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
72	NC_006461	GTCCC	2	10	689009	689018	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_006461	TTCCC	2	10	691790	691799	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
74	NC_006461	AAGTC	2	10	700140	700149	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_006461	CCTTC	2	10	752236	752245	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
76	NC_006461	ACCAT	2	10	795810	795819	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_006461	TAGGG	2	10	810145	810154	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_006461	GCCGC	2	10	830842	830851	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
79	NC_006461	GCCCC	2	10	864447	864456	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
80	NC_006461	GTGTA	2	10	897311	897320	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_006461	CGAAC	2	10	909138	909147	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_006461	GGGGC	2	10	909456	909465	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
83	NC_006461	CCGGG	2	10	942138	942147	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
84	NC_006461	CCCGC	2	10	955852	955861	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
85	NC_006461	ACCGC	2	10	958533	958542	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_006461	GGGCA	2	10	964565	964574	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_006461	CCCGG	2	10	974530	974539	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
88	NC_006461	GCTTC	2	10	976787	976796	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_006461	GGGGC	2	10	1004708	1004717	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
90	NC_006461	CGAAG	2	10	1004730	1004739	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_006461	CTCCA	2	10	1004780	1004789	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_006461	TGGGG	2	10	1004890	1004899	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
93	NC_006461	CCCCG	2	10	1011553	1011562	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
94	NC_006461	CGGGG	2	10	1020401	1020410	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
95	NC_006461	AGAGA	2	10	1022713	1022722	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_006461	GCCTG	2	10	1022786	1022795	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_006461	GCCCG	2	10	1022857	1022866	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
98	NC_006461	CCGGG	2	10	1031853	1031862	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
99	NC_006461	GGGGC	2	10	1075354	1075363	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
100	NC_006461	GGGGC	2	10	1079853	1079862	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
101	NC_006461	CCTGG	2	10	1131617	1131626	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_006461	TCCCC	2	10	1163627	1163636	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
103	NC_006461	GGGCC	2	10	1173455	1173464	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
104	NC_006461	CCCCA	2	10	1233578	1233587	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
105	NC_006461	GAGGT	2	10	1270191	1270200	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
106	NC_006461	AGACC	2	10	1289824	1289833	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_006461	GAAGC	2	10	1302678	1302687	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_006461	GTGTA	2	10	1314135	1314144	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_006461	CCCCT	2	10	1394635	1394644	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
110	NC_006461	CCGGG	2	10	1394700	1394709	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
111	NC_006461	CCTCC	2	10	1401405	1401414	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
112	NC_006461	AGGGG	2	10	1401466	1401475	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
113	NC_006461	CGGGG	2	10	1410145	1410154	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
114	NC_006461	CACCT	2	10	1411276	1411285	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_006461	GGGGC	2	10	1417126	1417135	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
116	NC_006461	AGCCT	2	10	1431599	1431608	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_006461	TACAC	2	10	1462496	1462505	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_006461	CCGGG	2	10	1467718	1467727	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
119	NC_006461	CGGGG	2	10	1468492	1468501	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
120	NC_006461	TAGCA	2	10	1574330	1574339	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_006461	ACCCC	2	10	1614378	1614387	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
122	NC_006461	TGGGG	2	10	1614391	1614400	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
123	NC_006461	GGCGT	2	10	1619348	1619357	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
124	NC_006461	GGCCT	2	10	1633080	1633089	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
125	NC_006461	GCTAA	2	10	1646090	1646099	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_006461	GGAGG	2	10	1646991	1647000	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
127	NC_006461	TACAC	2	10	1654342	1654351	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_006461	GGTTT	2	10	1670861	1670870	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_006461	GAAGG	2	10	1683094	1683103	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
130	NC_006461	AGGTG	2	10	1683146	1683155	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
131	NC_006461	GCAAG	2	10	1683362	1683371	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_006461	GCGGG	2	10	1689644	1689653	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
133	NC_006461	TAGGA	2	10	1708685	1708694	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_006461	AAAAG	2	10	1754849	1754858	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_006461	CTTGC	2	10	1780569	1780578	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_006461	CACCT	2	10	1780785	1780794	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
137	NC_006461	CTTCC	2	10	1780838	1780847	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
138	NC_006461	GTGGG	2	10	1792670	1792679	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
139	NC_006461	CTACC	2	10	1796543	1796552	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
140	NC_006461	GGGCG	2	10	1797438	1797447	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
141	NC_006461	GCCCC	2	10	1800065	1800074	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
142	NC_006461	CGGCT	2	10	1801606	1801615	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
143	NC_006461	CTTGC	2	10	1825070	1825079	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_006461	CACCT	2	10	1825286	1825295	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
145	NC_006461	CTTCC	2	10	1825339	1825348	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
146	NC_006461	ATATT	2	10	1826127	1826136	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_006461	GGGTA	2	10	1831023	1831032	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
148	NC_006461	CCCGG	2	10	1840532	1840541	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.