MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermus thermophilus HB27 plasmid pTT27

Total Repeats: 38

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005838	CGGTG	2	10	77	86	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
2	NC_005838	TAGGG	2	10	51548	51557	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_005838	GAAGG	2	10	58345	58354	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_005838	AGGTG	2	10	58397	58406	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
5	NC_005838	GGGCC	2	10	62352	62361	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
6	NC_005838	CCCCA	2	10	64151	64160	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
7	NC_005838	GGCCT	2	10	66684	66693	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_005838	CTTGC	2	10	72592	72601	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_005838	CACCT	2	10	72808	72817	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
10	NC_005838	CTTCC	2	10	72861	72870	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
11	NC_005838	TCACC	2	10	78811	78820	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
12	NC_005838	TAACT	2	10	80925	80934	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_005838	AGGGG	2	10	81078	81087	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
14	NC_005838	AGGGG	2	10	81191	81200	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_005838	AGGGG	2	10	84444	84453	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
16	NC_005838	CTTGC	2	10	85680	85689	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_005838	CACCT	2	10	85896	85905	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_005838	CTTCC	2	10	85949	85958	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
19	NC_005838	AGCCC	2	10	86701	86710	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
20	NC_005838	GCCCC	2	10	100722	100731	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
21	NC_005838	CAAGG	2	10	111526	111535	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_005838	TTTTC	2	10	152952	152961	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_005838	GAGAG	2	10	153324	153333	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_005838	AGGTG	2	10	158139	158148	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_005838	CTTGC	2	10	159961	159970	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_005838	CACCT	2	10	160177	160186	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
27	NC_005838	CTTCC	2	10	160230	160239	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
28	NC_005838	GCCCC	2	10	161215	161224	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
29	NC_005838	GGCGG	2	10	164443	164452	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
30	NC_005838	CCAGG	2	10	170902	170911	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_005838	AGGCT	2	10	179837	179846	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_005838	TGCGG	2	10	200171	200180	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_005838	AGGGG	2	10	201239	201248	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
34	NC_005838	AGGGG	2	10	201453	201462	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_005838	CCTCC	2	10	207042	207051	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
36	NC_005838	ATCCC	2	10	209528	209537	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
37	NC_005838	GACTT	2	10	209782	209791	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_005838	GAAAA	2	10	213515	213524	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.