MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermus thermophilus HB27

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005835	CTTCC	2	10	40793	40802	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_005835	CTTAG	2	10	102269	102278	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_005835	GGCGG	2	10	116339	116348	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
4	NC_005835	GCCCC	2	10	135290	135299	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
5	NC_005835	TGCGG	2	10	229549	229558	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_005835	CCCGG	2	10	253521	253530	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
7	NC_005835	CCCAC	2	10	312925	312934	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
8	NC_005835	AGGGA	2	10	315423	315432	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_005835	GGTCC	2	10	336598	336607	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_005835	GGGGC	2	10	337011	337020	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
11	NC_005835	GCCCG	2	10	352013	352022	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
12	NC_005835	GAGGC	2	10	352051	352060	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
13	NC_005835	GTCCC	2	10	359685	359694	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_005835	TTCCC	2	10	362466	362475	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
15	NC_005835	CCACC	2	10	387361	387370	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
16	NC_005835	GCAAG	2	10	388868	388877	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_005835	CGGTC	2	10	389005	389014	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_005835	GGCCA	2	10	389118	389127	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_005835	CCTTC	2	10	417885	417894	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
20	NC_005835	ACCAT	2	10	466890	466899	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_005835	TAGGG	2	10	481225	481234	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_005835	TTTTC	2	10	540998	541007	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_005835	AGGGC	2	10	559934	559943	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
24	NC_005835	CGCCT	2	10	560063	560072	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_005835	GTGTA	2	10	568069	568078	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_005835	CGAAC	2	10	579897	579906	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_005835	CCCCT	2	10	607194	607203	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
28	NC_005835	CGAGG	2	10	647625	647634	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_005835	GCTTC	2	10	651786	651795	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_005835	TGGGG	2	10	677882	677891	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
31	NC_005835	CCCCG	2	10	684526	684535	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
32	NC_005835	CGGGG	2	10	693375	693384	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
33	NC_005835	AGAGA	2	10	695687	695696	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_005835	GCCTG	2	10	695760	695769	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_005835	GCCCG	2	10	695831	695840	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
36	NC_005835	GGGGC	2	10	748332	748341	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
37	NC_005835	GGGGC	2	10	752832	752841	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
38	NC_005835	TCAGG	2	10	822826	822835	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_005835	GGAAA	2	10	836739	836748	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_005835	GCCGC	2	10	917155	917164	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
41	NC_005835	GAGGT	2	10	947369	947378	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
42	NC_005835	GAAGC	2	10	979880	979889	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_005835	GTGTA	2	10	990583	990592	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_005835	GCCCG	2	10	998445	998454	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
45	NC_005835	ACCTC	2	10	1021048	1021057	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
46	NC_005835	CCCCT	2	10	1071630	1071639	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
47	NC_005835	CCGGG	2	10	1071695	1071704	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
48	NC_005835	AGGGG	2	10	1078461	1078470	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
49	NC_005835	CGGGG	2	10	1087140	1087149	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
50	NC_005835	CACCT	2	10	1088271	1088280	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
51	NC_005835	GGGGC	2	10	1094214	1094223	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
52	NC_005835	AGCCT	2	10	1108687	1108696	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_005835	CAGTC	2	10	1136934	1136943	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_005835	GAAAA	2	10	1137263	1137272	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_005835	TACAC	2	10	1141117	1141126	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_005835	TGGGC	2	10	1222714	1222723	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_005835	GCACG	2	10	1226433	1226442	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_005835	TAGCA	2	10	1250200	1250209	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_005835	ACCCC	2	10	1290714	1290723	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
60	NC_005835	TGGGG	2	10	1290727	1290736	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
61	NC_005835	AGGCC	2	10	1310088	1310097	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_005835	GCTAA	2	10	1323103	1323112	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_005835	TACAC	2	10	1333289	1333298	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_005835	GGTTT	2	10	1349877	1349886	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_005835	GCGCA	2	10	1358858	1358867	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_005835	CACCT	2	10	1370798	1370807	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_005835	CTTCC	2	10	1370851	1370860	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_005835	GCGGG	2	10	1377877	1377886	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
69	NC_005835	TAGGA	2	10	1398237	1398246	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_005835	GTGGG	2	10	1468411	1468420	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
71	NC_005835	CCGCA	2	10	1468556	1468565	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
72	NC_005835	CGGCT	2	10	1477347	1477356	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_005835	GGGTA	2	10	1504974	1504983	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_005835	CCCGG	2	10	1515377	1515386	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
75	NC_005835	GAAGG	2	10	1534091	1534100	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_005835	AGGTG	2	10	1534143	1534152	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
77	NC_005835	GCAAG	2	10	1534359	1534368	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_005835	AGAGG	2	10	1534689	1534698	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
79	NC_005835	GGGAG	2	10	1535003	1535012	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
80	NC_005835	GCGCC	2	10	1535628	1535637	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
81	NC_005835	CTAGG	2	10	1535945	1535954	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_005835	AGGGG	2	10	1536351	1536360	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_005835	CCGAA	2	10	1536369	1536378	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_005835	CATCC	2	10	1537392	1537401	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
85	NC_005835	AGGGC	2	10	1557952	1557961	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_005835	CGGGG	2	10	1582234	1582243	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
87	NC_005835	GCCTC	2	10	1625024	1625033	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_005835	CGAGG	2	10	1625093	1625102	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
89	NC_005835	CCCTC	2	10	1629620	1629629	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
90	NC_005835	GCCAG	2	10	1629650	1629659	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_005835	GGGCC	2	10	1631682	1631691	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
92	NC_005835	GGCCC	2	10	1631697	1631706	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
93	NC_005835	AACGC	2	10	1647529	1647538	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_005835	TGCGG	2	10	1653327	1653336	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_005835	TTCCC	2	10	1668228	1668237	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
96	NC_005835	ATAAG	2	10	1671500	1671509	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_005835	GTGTA	2	10	1706750	1706759	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_005835	CGCCC	2	10	1719852	1719861	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
99	NC_005835	GGCCG	2	10	1726050	1726059	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
100	NC_005835	GGGTG	2	10	1744546	1744555	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
101	NC_005835	CGGGG	2	10	1759740	1759749	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
102	NC_005835	GGGGC	2	10	1804482	1804491	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
103	NC_005835	GCCCG	2	10	1804612	1804621	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
104	NC_005835	AGGGA	2	10	1829148	1829157	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
105	NC_005835	GGGCC	2	10	1834655	1834664	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
106	NC_005835	GCCCG	2	10	1834670	1834679	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
107	NC_005835	GGATG	2	10	1857558	1857567	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_005835	GGGGA	2	10	1871948	1871957	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
109	NC_005835	TGGGA	2	10	1891903	1891912	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
110	NC_005835	TTCGG	2	10	1892928	1892937	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_005835	CCCCT	2	10	1892946	1892955	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
112	NC_005835	CCTAG	2	10	1893352	1893361	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_005835	CGGCG	2	10	1893668	1893677	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
114	NC_005835	CTCCC	2	10	1894294	1894303	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
115	NC_005835	TCCTC	2	10	1894607	1894616	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.