MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermus thermophilus HB27

Total Repeats: 245

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005835	CTTA	2	8	1174	1181	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_005835	CGGG	2	8	11277	11284	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
3	NC_005835	GGGC	3	12	17830	17841	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
4	NC_005835	TCCC	2	8	52146	52153	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
5	NC_005835	ACCC	2	8	59604	59611	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
6	NC_005835	AGGG	2	8	72778	72785	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
7	NC_005835	GGGA	2	8	82817	82824	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
8	NC_005835	CAGG	2	8	82986	82993	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_005835	GGGA	2	8	83043	83050	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
10	NC_005835	GTTG	2	8	83560	83567	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_005835	GAGG	2	8	83715	83722	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
12	NC_005835	CTCC	2	8	85902	85909	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
13	NC_005835	CCCG	2	8	85969	85976	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
14	NC_005835	TTTC	2	8	90163	90170	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_005835	GCCC	2	8	95262	95269	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
16	NC_005835	AGCC	2	8	98419	98426	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_005835	CCGG	2	8	107482	107489	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_005835	TGGG	2	8	120815	120822	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
19	NC_005835	CGGG	2	8	120834	120841	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
20	NC_005835	GGCC	2	8	162193	162200	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21	NC_005835	GGCC	2	8	162203	162210	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_005835	AACG	2	8	164807	164814	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_005835	CCTC	2	8	165995	166002	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
24	NC_005835	AAGG	2	8	201315	201322	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_005835	GTTT	2	8	209664	209671	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_005835	GGCC	2	8	211546	211553	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
27	NC_005835	GCTC	2	8	211834	211841	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_005835	TCCC	2	8	225444	225451	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
29	NC_005835	ACCG	2	8	227156	227163	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_005835	GCCC	2	8	229585	229592	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
31	NC_005835	CCCG	2	8	241604	241611	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
32	NC_005835	AAGC	2	8	249557	249564	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_005835	ACCC	2	8	253391	253398	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
34	NC_005835	TTTC	2	8	262944	262951	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_005835	GAGG	2	8	265263	265270	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
36	NC_005835	CGGG	2	8	290588	290595	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
37	NC_005835	GCCC	2	8	302161	302168	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
38	NC_005835	GTTC	2	8	315354	315361	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_005835	CTAA	2	8	315368	315375	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_005835	GCCT	2	8	323271	323278	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_005835	GCTC	2	8	336857	336864	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_005835	GCGG	2	8	337033	337040	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
43	NC_005835	CGCC	2	8	362541	362548	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
44	NC_005835	CGTT	2	8	376769	376776	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_005835	GGGC	2	8	379864	379871	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
46	NC_005835	ACCG	2	8	382934	382941	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_005835	TTCG	2	8	383754	383761	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_005835	CGGA	2	8	389082	389089	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_005835	GGCT	2	8	389167	389174	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_005835	GCGG	2	8	389216	389223	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
51	NC_005835	CCCG	2	8	397448	397455	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
52	NC_005835	CCCG	2	8	397475	397482	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
53	NC_005835	AAAG	2	8	401997	402004	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_005835	CGGG	2	8	418021	418028	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
55	NC_005835	CGTT	2	8	431320	431327	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_005835	CCTT	2	8	431412	431419	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_005835	CCTT	2	8	432511	432518	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_005835	TCCC	2	8	437101	437108	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
59	NC_005835	GCCC	2	8	445049	445056	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
60	NC_005835	GAGG	2	8	456197	456204	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
61	NC_005835	GAGG	2	8	467004	467011	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
62	NC_005835	TGGG	2	8	486848	486855	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
63	NC_005835	CCCT	2	8	493861	493868	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
64	NC_005835	CCCG	2	8	517946	517953	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
65	NC_005835	CTTT	2	8	540834	540841	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_005835	CCTT	2	8	541212	541219	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_005835	CCCA	2	8	541400	541407	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
68	NC_005835	GGCC	2	8	545078	545085	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_005835	CTTC	2	8	545096	545103	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_005835	GCGG	2	8	547659	547666	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
71	NC_005835	AAAG	2	8	557052	557059	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_005835	GCCC	2	8	562299	562306	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
73	NC_005835	TTCT	2	8	605900	605907	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_005835	AAGG	2	8	613921	613928	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_005835	AGGG	2	8	632235	632242	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_005835	TGCG	2	8	646447	646454	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_005835	CCTG	2	8	646569	646576	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_005835	CGGG	2	8	648377	648384	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
79	NC_005835	GCGA	2	8	648530	648537	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_005835	TCCT	2	8	648721	648728	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_005835	TCCT	2	8	649551	649558	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_005835	GAAG	2	8	651869	651876	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_005835	CTCC	2	8	656174	656181	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
84	NC_005835	CGGC	2	8	657732	657739	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
85	NC_005835	GCGG	2	8	686715	686722	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
86	NC_005835	ACCC	2	8	690129	690136	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
87	NC_005835	GCGG	2	8	695012	695019	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
88	NC_005835	AGGG	2	8	695820	695827	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005835	AGGG	2	8	709057	709064	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
90	NC_005835	CCCT	2	8	720697	720704	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
91	NC_005835	CCCG	2	8	720712	720719	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
92	NC_005835	CCTC	2	8	722286	722293	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
93	NC_005835	CTCC	2	8	722436	722443	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_005835	GGCG	2	8	724307	724314	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
95	NC_005835	GGCG	2	8	724627	724634	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
96	NC_005835	GCCC	2	8	724921	724928	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
97	NC_005835	CGGA	2	8	732254	732261	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_005835	CCCT	2	8	774868	774875	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
99	NC_005835	TGGG	2	8	804854	804861	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
100	NC_005835	AGGG	2	8	812375	812382	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
101	NC_005835	CCTT	2	8	814460	814467	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_005835	CTTC	2	8	826871	826878	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_005835	CGGG	2	8	831290	831297	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
104	NC_005835	CGGC	2	8	835646	835653	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
105	NC_005835	GAAA	2	8	835665	835672	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_005835	TTCC	2	8	836073	836080	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_005835	AAAG	2	8	836299	836306	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_005835	ACCC	2	8	839154	839161	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
109	NC_005835	CGGG	2	8	841075	841082	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
110	NC_005835	CCTC	2	8	858497	858504	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
111	NC_005835	AGCC	2	8	863073	863080	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_005835	CCCT	2	8	892116	892123	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
113	NC_005835	AACC	2	8	894786	894793	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_005835	CAGG	2	8	907490	907497	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_005835	CCCT	2	8	913394	913401	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
116	NC_005835	CGGG	2	8	913425	913432	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
117	NC_005835	GGGC	2	8	916891	916898	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
118	NC_005835	TCGC	2	8	917282	917289	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_005835	GCCC	2	8	917320	917327	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
120	NC_005835	GGGA	2	8	917383	917390	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
121	NC_005835	CGGG	2	8	925185	925192	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
122	NC_005835	CTGA	2	8	928533	928540	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_005835	AAAG	2	8	941596	941603	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_005835	CCTT	2	8	963863	963870	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_005835	AGAA	2	8	978785	978792	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_005835	CCTG	2	8	984948	984955	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_005835	TCCC	2	8	988175	988182	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
128	NC_005835	AAGG	2	8	1001443	1001450	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_005835	CTCC	2	8	1026009	1026016	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
130	NC_005835	GGGC	2	8	1028204	1028211	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
131	NC_005835	TAGG	2	8	1057358	1057365	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_005835	CCTC	2	8	1058727	1058734	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
133	NC_005835	CCTT	2	8	1060388	1060395	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_005835	GCCC	2	8	1060420	1060427	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
135	NC_005835	CACC	2	8	1060434	1060441	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
136	NC_005835	GGGC	2	8	1071004	1071011	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
137	NC_005835	CACC	2	8	1071749	1071756	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
138	NC_005835	CCTC	2	8	1078400	1078407	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
139	NC_005835	TCCC	2	8	1096189	1096196	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
140	NC_005835	GAAG	2	8	1096210	1096217	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_005835	CCTT	2	8	1100662	1100669	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_005835	AGGG	2	8	1100690	1100697	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
143	NC_005835	GGCC	2	8	1100700	1100707	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
144	NC_005835	AGTA	2	8	1107988	1107995	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_005835	CTTC	2	8	1115493	1115500	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_005835	CCCG	2	8	1116851	1116858	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
147	NC_005835	GAGG	2	8	1135498	1135505	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
148	NC_005835	CCAC	2	8	1135556	1135563	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
149	NC_005835	CCTC	2	8	1135641	1135648	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
150	NC_005835	AAAG	2	8	1137429	1137436	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_005835	GCCC	2	8	1160980	1160987	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.