MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Tropheryma whipplei str. Twist

Total Repeats: 333

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004572	TAGA	2	8	1729	1736	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004572	CTTG	2	8	9358	9365	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_004572	GCTC	2	8	10409	10416	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_004572	TTTC	2	8	22443	22450	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_004572	TATT	2	8	22471	22478	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004572	CTGT	2	8	22650	22657	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_004572	TCAC	2	8	23921	23928	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_004572	TCAC	2	8	23939	23946	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_004572	TATG	2	8	23963	23970	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004572	TTTA	2	8	26494	26501	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004572	TCTA	2	8	26518	26525	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_004572	TGTA	2	8	29789	29796	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004572	TGCA	2	8	31742	31749	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_004572	AGAC	2	8	36081	36088	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_004572	TTTC	2	8	40498	40505	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_004572	ATTG	2	8	41121	41128	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004572	TGCT	2	8	41129	41136	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_004572	AAGT	2	8	41327	41334	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004572	TTTC	2	8	42062	42069	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_004572	TTTC	2	8	43654	43661	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_004572	CTAT	2	8	47074	47081	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_004572	GGTT	2	8	47678	47685	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004572	CACG	2	8	57794	57801	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_004572	AAAG	2	8	58923	58930	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004572	TCTT	2	8	61881	61888	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_004572	CCTT	2	8	62122	62129	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_004572	CCGA	2	8	62844	62851	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_004572	AAAC	2	8	64524	64531	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_004572	ATCT	2	8	65542	65549	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_004572	AAAG	2	8	65603	65610	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004572	ATCA	2	8	105622	105629	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_004572	ACCT	2	8	105709	105716	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_004572	TCTG	2	8	106707	106714	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_004572	ACCT	2	8	107007	107014	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_004572	TCTG	2	8	107205	107212	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_004572	ACCT	2	8	107522	107529	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_004572	TCTG	2	8	109669	109676	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_004572	TCTG	2	8	110149	110156	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_004572	ACCT	2	8	110414	110421	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_004572	TACC	2	8	110667	110674	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_004572	TCTG	2	8	110813	110820	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_004572	TACC	2	8	115445	115452	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_004572	CCAA	2	8	115485	115492	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_004572	CAAC	2	8	126122	126129	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_004572	AACA	2	8	128541	128548	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_004572	TTAT	2	8	128724	128731	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_004572	TGTA	2	8	132068	132075	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_004572	ATCA	2	8	149881	149888	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_004572	TTAC	2	8	155093	155100	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_004572	ACAT	2	8	155771	155778	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_004572	CCAT	2	8	158839	158846	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_004572	ACCA	2	8	167568	167575	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_004572	CTTA	2	8	167648	167655	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_004572	GCAG	2	8	168025	168032	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_004572	TCTA	2	8	168060	168067	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_004572	GCAG	2	8	169052	169059	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_004572	AAAC	2	8	169155	169162	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_004572	ACCA	2	8	169270	169277	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_004572	CCCA	2	8	169378	169385	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
60	NC_004572	CCTA	2	8	169724	169731	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_004572	AACT	2	8	169751	169758	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_004572	CATA	2	8	171199	171206	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_004572	TCTA	2	8	171341	171348	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_004572	CCTA	2	8	171826	171833	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_004572	CCTA	2	8	172177	172184	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_004572	CCTA	2	8	172395	172402	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_004572	CTCC	2	8	173373	173380	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
68	NC_004572	TCTA	2	8	173397	173404	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_004572	TCTA	2	8	174587	174594	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_004572	TCTA	2	8	175316	175323	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_004572	CCTA	2	8	176369	176376	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_004572	CCTA	2	8	176618	176625	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_004572	TCTA	2	8	176737	176744	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_004572	CTCC	2	8	178303	178310	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
75	NC_004572	TCTA	2	8	178328	178335	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_004572	CCTG	2	8	178416	178423	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_004572	AACA	2	8	181917	181924	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_004572	ACAT	2	8	181973	181980	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_004572	TACA	2	8	181990	181997	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_004572	ACAT	2	8	182026	182033	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_004572	CAGA	2	8	182418	182425	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_004572	AGTA	2	8	182496	182503	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_004572	ACAT	2	8	182858	182865	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_004572	AGAT	2	8	182906	182913	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_004572	CAAA	2	8	182978	182985	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_004572	ATAG	2	8	182995	183002	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_004572	TGGG	2	8	183299	183306	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004572	TTAT	2	8	184402	184409	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004572	ATGT	2	8	184729	184736	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_004572	TCCA	2	8	184766	184773	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_004572	TCTA	2	8	185711	185718	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_004572	AGAC	2	8	192939	192946	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_004572	CACG	2	8	193066	193073	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_004572	TATC	2	8	194420	194427	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_004572	TGAA	2	8	194500	194507	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_004572	CATA	2	8	200786	200793	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_004572	ATTC	2	8	200807	200814	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_004572	AGGT	2	8	204050	204057	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_004572	CCAC	2	8	204136	204143	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_004572	CATC	2	8	204178	204185	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_004572	TATT	2	8	204754	204761	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_004572	TTTA	2	8	206350	206357	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_004572	GTAT	2	8	212039	212046	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_004572	TTAG	2	8	212307	212314	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_004572	ATTG	2	8	212405	212412	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_004572	TCCT	2	8	212559	212566	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_004572	CCAA	2	8	212610	212617	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_004572	CTTT	2	8	212770	212777	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_004572	TAAC	2	8	212974	212981	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_004572	CTTG	2	8	213379	213386	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_004572	GTGG	2	8	213676	213683	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
112	NC_004572	GGGC	2	8	215472	215479	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
113	NC_004572	GCGA	2	8	215553	215560	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_004572	TAGG	2	8	216571	216578	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_004572	TCCC	2	8	217948	217955	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
116	NC_004572	GTTA	2	8	218578	218585	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_004572	CATT	2	8	219012	219019	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_004572	CATT	2	8	219027	219034	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_004572	TTTC	2	8	219347	219354	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_004572	TTTC	2	8	219388	219395	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_004572	ACAT	2	8	228117	228124	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_004572	GATA	2	8	228222	228229	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_004572	GTGA	2	8	239795	239802	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_004572	AAGG	2	8	239866	239873	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_004572	GAGG	2	8	240005	240012	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004572	TTAT	2	8	240385	240392	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_004572	AGGT	2	8	240774	240781	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_004572	CACT	2	8	240802	240809	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_004572	CAAA	2	8	240832	240839	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_004572	CAGG	2	8	241496	241503	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_004572	TCTA	2	8	241936	241943	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_004572	CCAA	2	8	242936	242943	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_004572	CCTG	2	8	244163	244170	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
134	NC_004572	ATCA	2	8	252493	252500	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_004572	ATCT	2	8	252533	252540	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_004572	CCAA	2	8	252870	252877	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_004572	CTGC	2	8	253019	253026	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_004572	ATCA	2	8	253150	253157	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_004572	GCAC	2	8	253691	253698	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
140	NC_004572	CAGG	2	8	253724	253731	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_004572	AACA	2	8	254054	254061	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_004572	ATCA	2	8	254102	254109	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_004572	AGGT	2	8	256254	256261	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_004572	CTAA	2	8	256331	256338	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_004572	AGGT	2	8	256733	256740	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_004572	CAAA	2	8	256796	256803	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_004572	CAGG	2	8	256946	256953	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
148	NC_004572	TCTA	2	8	257120	257127	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_004572	CTAA	2	8	257142	257149	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_004572	AAGG	2	8	259481	259488	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_004572	ACGC	2	8	261064	261071	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
152	NC_004572	GCAT	2	8	261116	261123	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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167	NC_004572	TACA	2	8	271266	271273	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
168	NC_004572	ACAT	2	8	271302	271309	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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185	NC_004572	CATA	2	8	304556	304563	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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187	NC_004572	TTTA	2	8	322937	322944	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_004572	TAGT	2	8	342711	342718	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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197	NC_004572	CGCC	2	8	408303	408310	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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232	NC_004572	TGTA	2	8	617756	617763	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
233	NC_004572	TGTA	2	8	617766	617773	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
234	NC_004572	TGTA	2	8	617776	617783	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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299	NC_004572	AGTA	2	8	777785	777792	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
300	NC_004572	ACAT	2	8	778147	778154	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
301	NC_004572	AGAT	2	8	778195	778202	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
302	NC_004572	CAAA	2	8	778267	778274	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
303	NC_004572	ATAG	2	8	778284	778291	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
304	NC_004572	GTAA	2	8	787810	787817	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
305	NC_004572	ATAA	2	8	792209	792216	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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309	NC_004572	TCAA	2	8	816064	816071	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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331	NC_004572	ACCC	2	8	908424	908431	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
332	NC_004572	GTCT	2	8	908441	908448	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
333	NC_004572	GCGG	2	8	922784	922791	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.