MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermosynechococcus elongatus BP-1 chromosome

Total Repeats: 78

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004113	GGACAA	2	12	19326	19337	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_004113	TGTTCA	2	12	54638	54649	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_004113	TTTATT	2	12	100971	100982	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_004113	AAACTA	2	12	124283	124294	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_004113	TAACTC	2	12	127679	127690	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_004113	GGTCTT	2	12	221594	221605	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_004113	ATAGCT	2	12	227203	227214	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_004113	TCAAAA	2	12	232328	232339	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_004113	TCAAAT	2	12	238364	238375	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_004113	AAATTT	2	12	308177	308188	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004113	CCTACC	2	12	313270	313281	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_004113	TGAATA	2	12	374919	374930	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004113	GCTTGG	2	12	436132	436143	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_004113	CCGATT	2	12	490097	490108	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_004113	AAACTC	2	12	491964	491975	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_004113	GGTGCT	2	12	615275	615286	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_004113	TATTGC	2	12	694598	694609	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_004113	TAATTT	2	12	799819	799830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004113	CCCAAG	2	12	805034	805045	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
20	NC_004113	CTAAAA	2	12	889431	889442	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_004113	TACTTT	2	12	918858	918869	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_004113	TCAATG	2	12	980408	980419	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_004113	AACAAA	2	12	1054861	1054872	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_004113	CTCAAA	2	12	1055419	1055430	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_004113	GCGATC	2	12	1102409	1102420	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_004113	TACTCC	2	12	1120636	1120647	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_004113	CTACCC	2	12	1209821	1209832	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_004113	CCGCTC	2	12	1268173	1268184	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_004113	CTGAAG	2	12	1279884	1279895	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_004113	TATCAT	2	12	1337590	1337601	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_004113	ATTGCC	2	12	1389276	1389287	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_004113	ATAGTT	2	12	1457030	1457041	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004113	TTACTA	2	12	1478337	1478348	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_004113	TAAAAA	2	12	1504026	1504037	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_004113	CGTGCA	2	12	1548469	1548480	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_004113	CGTAGG	2	12	1548556	1548567	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_004113	TTTTAT	2	12	1584875	1584886	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_004113	CACTCA	2	12	1604726	1604737	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_004113	ATTTTA	2	12	1729245	1729256	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004113	ACCTTA	2	12	1779184	1779195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_004113	TACACT	2	12	1840936	1840947	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_004113	CGGAAG	2	12	1862333	1862344	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_004113	CATCCC	2	12	1894672	1894683	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_004113	GACGCC	2	12	1935575	1935586	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_004113	CTTCCC	2	12	1985824	1985835	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_004113	CCTCTT	2	12	1988615	1988626	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_004113	CGTTGT	2	12	1998996	1999007	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_004113	TAAAGA	2	12	2010603	2010614	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_004113	TAGGGG	2	12	2018758	2018769	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004113	GCCACA	2	12	2091722	2091733	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_004113	CTGTAA	2	12	2165525	2165536	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_004113	ACCTCT	2	12	2194090	2194101	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_004113	GTCTTT	2	12	2198158	2198169	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_004113	ATTTAA	2	12	2201716	2201727	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004113	AAATTC	2	12	2205386	2205397	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_004113	CACATA	2	12	2215726	2215737	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_004113	CTAACG	2	12	2216234	2216245	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_004113	AACTAT	2	12	2282640	2282651	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_004113	CAAGCA	2	12	2285349	2285360	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_004113	CGGGTA	2	12	2333215	2333226	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_004113	GTTGAC	2	12	2345431	2345442	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_004113	TTCCGT	2	12	2355953	2355964	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_004113	CTACGC	2	12	2372851	2372862	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_004113	CTCAAC	2	12	2377591	2377602	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_004113	TCCATA	2	12	2404062	2404073	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_004113	CTTCGA	2	12	2404369	2404380	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_004113	ATAATT	2	12	2432787	2432798	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004113	CCAAGG	2	12	2466108	2466119	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_004113	TATGGT	2	12	2488532	2488543	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_004113	CAGCGC	2	12	2498169	2498180	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_004113	CGATCG	2	12	2504274	2504285	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_004113	CAACTC	2	12	2504397	2504408	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_004113	GGCAAA	2	12	2505650	2505661	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_004113	CTGTGC	2	12	2517475	2517486	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_004113	GGGTAT	2	12	2530771	2530782	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_004113	ACAGTG	2	12	2565714	2565725	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_004113	AGGGAT	2	12	2581903	2581914	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004113	ACAGGG	2	12	2582050	2582061	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.