MICAS: Microsatellite Analysis Server

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermosynechococcus elongatus BP-1 chromosome

Total Repeats: 682

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004113	GCCA	2	8	26	33	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_004113	CTGC	2	8	17375	17382	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_004113	AATC	2	8	23218	23225	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_004113	GTTA	2	8	25051	25058	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004113	AGGC	2	8	27779	27786	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_004113	CCCG	2	8	27892	27899	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
7	NC_004113	TGCT	2	8	28294	28301	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_004113	AGGC	2	8	28408	28415	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_004113	TGCA	2	8	28690	28697	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_004113	TGTT	2	8	31743	31750	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004113	GGAC	2	8	31999	32006	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_004113	GTTG	2	8	32566	32573	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004113	TGAT	2	8	32691	32698	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_004113	AACG	2	8	32862	32869	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_004113	GGAA	2	8	32876	32883	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004113	GTAG	2	8	32920	32927	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004113	AGGT	2	8	35842	35849	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004113	ATTG	2	8	44611	44618	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004113	CAAT	2	8	44657	44664	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_004113	GATT	2	8	45929	45936	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004113	GAGT	2	8	46100	46107	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004113	TTTC	2	8	49771	49778	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_004113	TGGG	2	8	51449	51456	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004113	AAAC	2	8	58914	58921	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_004113	TCAT	2	8	62538	62545	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_004113	CAGT	2	8	63766	63773	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_004113	ACCG	2	8	90461	90468	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_004113	ATCA	2	8	90647	90654	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_004113	CGGG	2	8	93193	93200	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
30	NC_004113	TGCC	2	8	93305	93312	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_004113	AAAG	2	8	95217	95224	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004113	AATT	2	8	105267	105274	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004113	AGGG	2	8	114324	114331	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004113	GATG	2	8	119894	119901	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_004113	ATCG	2	8	119982	119989	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_004113	AATT	2	8	123065	123072	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_004113	TAGT	2	8	123883	123890	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_004113	AGGG	2	8	124064	124071	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004113	TCGG	2	8	124984	124991	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_004113	AACA	2	8	132025	132032	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_004113	GAAG	2	8	139643	139650	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_004113	CTCC	2	8	147177	147184	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
43	NC_004113	ATTT	2	8	147730	147737	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004113	ATTT	2	8	147825	147832	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004113	AAGC	2	8	147864	147871	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_004113	ATGG	2	8	168533	168540	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_004113	CACT	2	8	168545	168552	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_004113	AGCC	2	8	181354	181361	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_004113	TTTC	2	8	181441	181448	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_004113	TTGA	2	8	185618	185625	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_004113	TCCC	2	8	186984	186991	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
52	NC_004113	AGGG	2	8	187067	187074	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004113	ATCA	2	8	187816	187823	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_004113	TTGA	2	8	187854	187861	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004113	GAAT	2	8	199894	199901	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_004113	ATTA	2	8	202363	202370	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_004113	TTGA	2	8	202437	202444	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_004113	TCCC	2	8	203723	203730	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
59	NC_004113	TTTA	2	8	203807	203814	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_004113	CGCC	2	8	206720	206727	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
61	NC_004113	TTCC	2	8	216006	216013	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_004113	AAAG	2	8	216129	216136	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_004113	TCCT	2	8	217177	217184	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_004113	AGGC	2	8	220444	220451	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_004113	TCAA	2	8	221343	221350	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_004113	GTTA	2	8	221521	221528	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_004113	TTTC	2	8	221708	221715	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_004113	CTTT	2	8	221745	221752	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_004113	ATTT	2	8	223746	223753	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_004113	TCTG	2	8	227437	227444	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_004113	GCTC	2	8	228617	228624	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_004113	TCCT	2	8	229339	229346	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_004113	GCTG	2	8	229354	229361	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_004113	AGAC	2	8	230891	230898	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_004113	AGCG	2	8	231146	231153	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_004113	AGAT	2	8	231198	231205	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_004113	ATTT	2	8	231519	231526	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004113	AACC	2	8	232181	232188	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_004113	TCCT	2	8	235957	235964	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_004113	GTCG	2	8	245774	245781	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_004113	TGCA	2	8	245891	245898	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_004113	GCAT	2	8	247196	247203	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_004113	CATT	2	8	252191	252198	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_004113	CCCT	2	8	257065	257072	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
85	NC_004113	AGGG	2	8	257393	257400	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
86	NC_004113	ATTT	2	8	272147	272154	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_004113	ATTT	2	8	273486	273493	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004113	TCAT	2	8	277199	277206	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_004113	TTTA	2	8	277231	277238	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_004113	TTTC	2	8	281399	281406	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_004113	AATG	2	8	286743	286750	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_004113	AGGC	2	8	293841	293848	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_004113	CCCG	2	8	293954	293961	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
94	NC_004113	TGCT	2	8	294356	294363	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_004113	AGGC	2	8	294470	294477	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_004113	TGCA	2	8	294752	294759	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_004113	ATGG	2	8	296834	296841	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_004113	AGAT	2	8	308158	308165	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_004113	ATCG	2	8	308247	308254	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_004113	TCCT	2	8	308301	308308	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_004113	GGGT	2	8	311653	311660	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
102	NC_004113	GGAA	2	8	311963	311970	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_004113	CATC	2	8	330785	330792	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_004113	AAAT	2	8	333668	333675	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_004113	AGGA	2	8	347377	347384	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_004113	AAGC	2	8	349958	349965	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_004113	TTGG	2	8	352510	352517	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_004113	TTGG	2	8	354347	354354	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_004113	CTTG	2	8	354606	354613	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_004113	GGAA	2	8	354783	354790	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_004113	AGAT	2	8	358009	358016	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_004113	CATC	2	8	358091	358098	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_004113	TCCT	2	8	358149	358156	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_004113	CGCC	2	8	366022	366029	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
115	NC_004113	GCAG	2	8	369940	369947	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_004113	AAGC	2	8	371281	371288	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_004113	CTTG	2	8	380865	380872	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_004113	AAAC	2	8	384371	384378	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_004113	GAAG	2	8	387265	387272	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_004113	AGGT	2	8	389779	389786	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_004113	GAAG	2	8	392533	392540	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_004113	GCCA	2	8	395997	396004	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_004113	TGGC	2	8	399015	399022	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_004113	TTGC	2	8	401704	401711	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_004113	AAAT	2	8	401714	401721	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004113	ACCC	2	8	402599	402606	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
127	NC_004113	ATTT	2	8	403019	403026	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_004113	AGGG	2	8	403311	403318	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
129	NC_004113	GTTT	2	8	420515	420522	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_004113	ACTC	2	8	422085	422092	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_004113	GACG	2	8	422195	422202	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_004113	TCTT	2	8	423623	423630	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_004113	GTCA	2	8	425127	425134	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_004113	AGCG	2	8	427045	427052	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_004113	ATTT	2	8	436172	436179	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_004113	TGCT	2	8	445094	445101	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_004113	AGGC	2	8	445208	445215	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_004113	TGCA	2	8	445490	445497	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_004113	AGGC	2	8	445664	445671	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_004113	GCCA	2	8	445866	445873	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_004113	GCGA	2	8	448451	448458	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
142	NC_004113	GGCT	2	8	448551	448558	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
143	NC_004113	TGCC	2	8	448565	448572	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_004113	ACCC	2	8	448595	448602	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
145	NC_004113	TCCC	2	8	452593	452600	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
146	NC_004113	TCCA	2	8	461681	461688	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_004113	TCTT	2	8	461696	461703	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_004113	CGCC	2	8	467667	467674	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
149	NC_004113	GAAG	2	8	468468	468475	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
150	NC_004113	ATGA	2	8	474404	474411	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_004113	ACCC	2	8	490078	490085	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
152	NC_004113	CCTT	2	8	497476	497483	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
153	NC_004113	TGAC	2	8	503699	503706	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
154	NC_004113	TGAC	2	8	503708	503715	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
155	NC_004113	AATT	2	8	505207	505214	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_004113	AACC	2	8	505218	505225	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
157	NC_004113	TCCC	2	8	509465	509472	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
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162	NC_004113	AGGC	2	8	520547	520554	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
163	NC_004113	TGCA	2	8	520829	520836	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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171	NC_004113	AGGC	2	8	576712	576719	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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174	NC_004113	CCTA	2	8	590494	590501	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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181	NC_004113	ATTA	3	12	615391	615402	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_004113	ACTG	2	8	616202	616209	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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184	NC_004113	ATTG	2	8	623588	623595	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
185	NC_004113	AGGC	2	8	625389	625396	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
186	NC_004113	CCCG	2	8	625502	625509	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
187	NC_004113	ATTG	2	8	627738	627745	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
188	NC_004113	TCCC	2	8	643325	643332	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
189	NC_004113	TCCC	2	8	643547	643554	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
190	NC_004113	GACC	2	8	646122	646129	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
191	NC_004113	CTAC	2	8	655636	655643	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
192	NC_004113	CTAA	2	8	673653	673660	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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195	NC_004113	TTAA	2	8	694620	694627	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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198	NC_004113	TCCC	2	8	707815	707822	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
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272	NC_004113	GTTG	2	8	1039053	1039060	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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295	NC_004113	TGCT	2	8	1149089	1149096	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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486	NC_004113	TGGA	2	8	1959057	1959064	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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