MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermoplasma acidophilum DSM 1728 chromosome

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002578	GTTCT	2	10	140	149	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_002578	CGATC	2	10	14193	14202	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_002578	TCTAT	2	10	29185	29194	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_002578	ATAAA	2	10	30331	30340	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_002578	CAGAT	2	10	40646	40655	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_002578	CTGAT	2	10	69881	69890	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_002578	TTTTC	2	10	82134	82143	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_002578	TTGCC	2	10	104406	104415	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_002578	ATTAA	2	10	117489	117498	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_002578	TATAT	2	10	131947	131956	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_002578	ATATA	2	10	140779	140788	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_002578	TCTTT	2	10	144321	144330	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_002578	GTATG	2	10	147133	147142	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_002578	GATTG	2	10	147168	147177	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_002578	GAAAT	2	10	148015	148024	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_002578	ATATT	2	10	149960	149969	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002578	TAAAA	2	10	168416	168425	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_002578	TAGCT	2	10	182809	182818	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_002578	ATATT	2	10	186284	186293	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_002578	CTAAA	2	10	209025	209034	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_002578	GCCCT	2	10	229615	229624	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
22	NC_002578	GAAAG	2	10	238166	238175	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_002578	TGCTC	2	10	238441	238450	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_002578	GGCCT	2	10	241023	241032	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_002578	TTCTC	2	10	241529	241538	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_002578	ATCCA	2	10	264302	264311	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_002578	TTCCA	2	10	282389	282398	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_002578	CTATG	2	10	282588	282597	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_002578	TAAAG	2	10	293587	293596	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_002578	ATATT	2	10	308719	308728	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_002578	ATTTT	2	10	313422	313431	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_002578	AAGAT	2	10	317654	317663	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_002578	GAAAT	2	10	328911	328920	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_002578	AACAG	2	10	351955	351964	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_002578	ACACC	2	10	352913	352922	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
36	NC_002578	GCATC	2	10	352976	352985	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_002578	TCTTT	2	10	353127	353136	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_002578	ATATA	2	10	357685	357694	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_002578	TTTTC	2	10	363574	363583	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_002578	AGATA	2	10	363666	363675	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002578	TGCAG	2	10	366783	366792	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_002578	ATTTT	2	10	380962	380971	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002578	TTGAT	2	10	386092	386101	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_002578	AGGAG	2	10	386207	386216	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
45	NC_002578	ACAAA	2	10	389001	389010	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_002578	ATGAA	2	10	390246	390255	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_002578	AGGAG	2	10	390965	390974	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
48	NC_002578	AATGA	2	10	391438	391447	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_002578	TTCGC	2	10	391877	391886	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_002578	CTTTA	2	10	393727	393736	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_002578	AAATT	2	10	393748	393757	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_002578	ATTGA	2	10	406679	406688	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002578	TATAT	2	10	408457	408466	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_002578	CATAT	2	10	409154	409163	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_002578	ACCCC	2	10	423480	423489	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
56	NC_002578	GCATT	2	10	431547	431556	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_002578	GAATC	2	10	434877	434886	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_002578	TCTCC	2	10	435045	435054	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
59	NC_002578	AATTG	2	10	435676	435685	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_002578	TAATA	2	10	461891	461900	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_002578	TATCT	2	10	466936	466945	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_002578	AAAAT	2	10	470381	470390	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_002578	AAACA	2	10	471422	471431	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_002578	TAAAT	2	10	473175	473184	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_002578	CATAA	2	10	490038	490047	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_002578	TTAAA	2	10	499066	499075	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_002578	GCATT	2	10	505922	505931	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_002578	ATGCG	2	10	509073	509082	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_002578	TTGAA	2	10	515293	515302	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_002578	AATTC	2	10	519216	519225	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_002578	TGGAA	2	10	523751	523760	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_002578	TGAAG	2	10	525116	525125	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_002578	GCCTG	2	10	527357	527366	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_002578	CTAAA	2	10	548473	548482	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_002578	GATCA	2	10	551794	551803	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_002578	TCATC	2	10	562337	562346	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_002578	TATGT	2	10	563198	563207	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_002578	ATGAT	2	10	569700	569709	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_002578	ATCAA	2	10	621193	621202	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_002578	TATGC	2	10	622671	622680	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_002578	TTTTA	2	10	628267	628276	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002578	CTATT	2	10	654092	654101	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_002578	AATTC	2	10	656294	656303	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_002578	CTTCG	2	10	661565	661574	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_002578	TTATA	2	10	670207	670216	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_002578	AAGTA	2	10	670815	670824	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_002578	GCGGT	2	10	678331	678340	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
88	NC_002578	TAATT	2	10	733945	733954	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_002578	ACTCC	2	10	739185	739194	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
90	NC_002578	CGATT	2	10	740902	740911	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_002578	GGTAT	2	10	740967	740976	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_002578	CTATT	2	10	743317	743326	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_002578	CACAC	2	10	746721	746730	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
94	NC_002578	GTTAT	2	10	746851	746860	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_002578	GCTTT	2	10	749449	749458	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_002578	GAGAA	2	10	761414	761423	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_002578	ACTAT	2	10	761459	761468	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_002578	GAATG	2	10	763913	763922	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_002578	TCAGA	2	10	767430	767439	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_002578	CAGAT	2	10	773374	773383	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_002578	ATGAT	2	10	774063	774072	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_002578	AAATC	2	10	789620	789629	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_002578	CATCA	2	10	792562	792571	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_002578	AAAAC	2	10	792698	792707	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_002578	ACCGC	2	10	803452	803461	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
106	NC_002578	ATTTT	2	10	809048	809057	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_002578	GTAGT	2	10	845608	845617	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_002578	AGAGA	2	10	846599	846608	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_002578	TCACT	2	10	849161	849170	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_002578	TAAAT	2	10	855751	855760	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_002578	TCCAG	2	10	856029	856038	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_002578	TCGCG	2	10	856140	856149	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
113	NC_002578	ATTTT	2	10	885106	885115	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_002578	ACTCA	2	10	891419	891428	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_002578	AAAGC	2	10	892481	892490	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_002578	TAAAG	2	10	936536	936545	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_002578	ATTTC	2	10	970258	970267	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_002578	CAAAA	2	10	983080	983089	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_002578	ATTTA	2	10	1014864	1014873	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_002578	TCATA	2	10	1035842	1035851	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_002578	CTGCT	2	10	1051643	1051652	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_002578	TTTGT	2	10	1051671	1051680	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_002578	GGGGT	2	10	1054829	1054838	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
124	NC_002578	ATCTC	2	10	1090170	1090179	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_002578	ACACC	2	10	1103492	1103501	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
126	NC_002578	TGAAA	2	10	1105966	1105975	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_002578	CCTCA	2	10	1120849	1120858	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
128	NC_002578	ATAAC	2	10	1136450	1136459	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_002578	TTTAG	2	10	1142367	1142376	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_002578	CTTCC	2	10	1142430	1142439	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
131	NC_002578	ATTAT	2	10	1157331	1157340	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_002578	GCTCT	2	10	1165710	1165719	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_002578	TAGCC	2	10	1185306	1185315	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_002578	AGCTG	2	10	1199036	1199045	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_002578	GCCTG	2	10	1218499	1218508	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
136	NC_002578	TTGCT	2	10	1219996	1220005	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_002578	TGGAA	2	10	1226857	1226866	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_002578	ATTCT	2	10	1237339	1237348	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_002578	TCATG	2	10	1240969	1240978	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_002578	CCGGG	2	10	1259615	1259624	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
141	NC_002578	GCGAT	2	10	1274427	1274436	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_002578	TGAAA	2	10	1279265	1279274	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_002578	GAAAA	2	10	1301914	1301923	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_002578	AAAAT	2	10	1302005	1302014	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_002578	TTCTC	2	10	1350783	1350792	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_002578	GCTAT	2	10	1384615	1384624	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_002578	CCTTA	2	10	1392427	1392436	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_002578	GGCAA	2	10	1394421	1394430	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
149	NC_002578	CAATA	2	10	1398641	1398650	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_002578	TATAT	2	10	1404427	1404436	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_002578	TTAAA	2	10	1404623	1404632	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_002578	AGGTG	2	10	1409495	1409504	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
153	NC_002578	AGATA	2	10	1411438	1411447	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
154	NC_002578	CGTAA	2	10	1415730	1415739	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
155	NC_002578	GATAA	2	10	1416359	1416368	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
156	NC_002578	GAAAT	2	10	1429445	1429454	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
157	NC_002578	TCCAG	2	10	1435163	1435172	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
158	NC_002578	ATCAA	2	10	1435391	1435400	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
159	NC_002578	TATTT	2	10	1439370	1439379	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_002578	TTTGA	2	10	1449139	1449148	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
161	NC_002578	AAGAT	2	10	1451249	1451258	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_002578	CGTAA	2	10	1465117	1465126	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
163	NC_002578	GGCTA	2	10	1477319	1477328	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
164	NC_002578	CGATG	2	10	1482207	1482216	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
165	NC_002578	TGGCC	2	10	1483351	1483360	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
166	NC_002578	CTTTG	2	10	1488719	1488728	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
167	NC_002578	ATCAC	2	10	1490633	1490642	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
168	NC_002578	AAAAT	2	10	1495659	1495668	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_002578	CAGCT	2	10	1496363	1496372	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
170	NC_002578	AATTC	2	10	1514899	1514908	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
171	NC_002578	CTTTA	2	10	1520309	1520318	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
172	NC_002578	GTTTT	2	10	1524709	1524718	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
173	NC_002578	GGAAA	2	10	1558331	1558340	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
174	NC_002578	CTAAA	2	10	1560275	1560284	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
175	NC_002578	AAATA	2	10	1560351	1560360	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.