MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermotoga maritima MSB8 chromosome

Total Repeats: 309

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000853	TTGC	2	8	1193	1200	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_000853	TCTG	2	8	2129	2136	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_000853	TGTT	2	8	2209	2216	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_000853	GTTT	2	8	2476	2483	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_000853	GTTT	2	8	3072	3079	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000853	CGGG	2	8	16308	16315	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
7	NC_000853	ATCT	2	8	32491	32498	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_000853	AGAA	2	8	32504	32511	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_000853	TCCC	2	8	53663	53670	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
10	NC_000853	GAAT	2	8	59896	59903	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_000853	GGTT	2	8	60108	60115	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_000853	TAGA	2	8	63369	63376	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000853	ATTG	2	8	65839	65846	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_000853	GAGG	2	8	84298	84305	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
15	NC_000853	TAAT	2	8	115820	115827	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_000853	GGTG	2	8	119148	119155	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
17	NC_000853	CCAT	2	8	129969	129976	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_000853	TGCT	2	8	138178	138185	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_000853	TCTT	2	8	146029	146036	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_000853	ATCG	2	8	156204	156211	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_000853	GGTA	2	8	157110	157117	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000853	GGTA	2	8	157121	157128	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_000853	TTGT	2	8	157236	157243	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_000853	TTGT	2	8	157363	157370	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_000853	GTAT	2	8	157390	157397	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_000853	GATC	2	8	160686	160693	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_000853	GAAG	2	8	160774	160781	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_000853	CAAG	2	8	163975	163982	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_000853	TGGT	2	8	165530	165537	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_000853	AGGG	2	8	190434	190441	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000853	GCGA	2	8	191003	191010	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_000853	GGGA	2	8	191183	191190	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
33	NC_000853	TCCC	2	8	192130	192137	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
34	NC_000853	GGGC	2	8	192479	192486	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
35	NC_000853	CCCG	2	8	193347	193354	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
36	NC_000853	GGTC	2	8	193489	193496	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_000853	GTAG	2	8	193930	193937	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_000853	AATA	2	8	202266	202273	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000853	AGGG	2	8	217352	217359	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
40	NC_000853	CCCT	2	8	217364	217371	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
41	NC_000853	TTGT	2	8	225621	225628	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_000853	AACA	2	8	239787	239794	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_000853	GAGG	2	8	241495	241502	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
44	NC_000853	ATAG	2	8	241936	241943	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000853	TTTA	2	8	253402	253409	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_000853	GAAG	2	8	253999	254006	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_000853	TGTT	2	8	265975	265982	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_000853	GAAG	2	8	266156	266163	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000853	GTAC	2	8	291328	291335	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_000853	GTAC	2	8	291430	291437	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_000853	ACGT	2	8	292622	292629	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_000853	GTAC	2	8	294696	294703	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_000853	AGAA	2	8	298093	298100	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_000853	GGGA	2	8	315184	315191	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
55	NC_000853	TTCA	2	8	318048	318055	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_000853	TGAA	2	8	318175	318182	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_000853	CTTT	2	8	343949	343956	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_000853	CAGA	2	8	343967	343974	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_000853	ACTT	2	8	358135	358142	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_000853	GTAG	2	8	369499	369506	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_000853	TGTT	2	8	369809	369816	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_000853	GAAA	2	8	378689	378696	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_000853	TCCC	2	8	392040	392047	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
64	NC_000853	ATGT	2	8	392168	392175	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_000853	TTTC	2	8	395194	395201	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_000853	GAAA	2	8	399679	399686	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_000853	CCCT	2	8	400012	400019	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
68	NC_000853	AACA	2	8	402577	402584	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_000853	AAAC	2	8	402632	402639	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_000853	TATC	2	8	409672	409679	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_000853	GGGA	2	8	411567	411574	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
72	NC_000853	AATT	2	8	419213	419220	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_000853	CTGG	2	8	419264	419271	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_000853	TCCC	2	8	421867	421874	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
75	NC_000853	GTTT	2	8	422066	422073	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_000853	TGGT	2	8	428736	428743	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_000853	TCCC	2	8	451403	451410	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
78	NC_000853	AAAT	2	8	452304	452311	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_000853	GAGG	2	8	452317	452324	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
80	NC_000853	AGGG	2	8	453864	453871	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
81	NC_000853	CTGC	2	8	511037	511044	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_000853	GGAT	2	8	531666	531673	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000853	TGTT	2	8	532127	532134	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_000853	CTTA	2	8	538178	538185	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_000853	ATAG	2	8	541951	541958	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_000853	TCCC	2	8	560728	560735	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
87	NC_000853	AGTG	2	8	574508	574515	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_000853	ATTT	2	8	574543	574550	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_000853	AATG	2	8	590136	590143	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_000853	CAGG	2	8	591605	591612	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_000853	GGGA	2	8	591660	591667	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_000853	AGGG	2	8	600276	600283	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
93	NC_000853	TCCC	2	8	611336	611343	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_000853	GAAG	2	8	611561	611568	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_000853	TTTC	2	8	623149	623156	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_000853	TCCC	2	8	630565	630572	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
97	NC_000853	AGAA	2	8	632654	632661	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_000853	GAAA	2	8	632789	632796	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_000853	TGAA	2	8	633102	633109	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_000853	GAGG	2	8	637908	637915	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000853	GACA	2	8	644370	644377	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_000853	GACA	2	8	645639	645646	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_000853	GATA	2	8	645750	645757	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_000853	TTGA	2	8	647989	647996	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_000853	TTAG	2	8	648034	648041	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_000853	TTTA	2	8	652020	652027	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_000853	CGAA	2	8	653369	653376	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_000853	ATTT	2	8	654861	654868	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_000853	CTCG	2	8	655270	655277	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
110	NC_000853	TTCT	2	8	655300	655307	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_000853	TCTG	2	8	655948	655955	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_000853	CCTT	2	8	657320	657327	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_000853	CTTC	2	8	657747	657754	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_000853	TTAA	2	8	668393	668400	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_000853	AGAA	2	8	668827	668834	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_000853	CCCT	2	8	669451	669458	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
117	NC_000853	AATA	2	8	669924	669931	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_000853	TCCC	2	8	679662	679669	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
119	NC_000853	TCCC	2	8	687431	687438	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
120	NC_000853	ACCC	2	8	688045	688052	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
121	NC_000853	AAAT	2	8	688219	688226	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_000853	CGGG	2	8	689427	689434	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
123	NC_000853	AGAT	2	8	698108	698115	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_000853	GAGG	2	8	698137	698144	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
125	NC_000853	GATG	2	8	701733	701740	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_000853	GCTC	2	8	701811	701818	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_000853	ACAA	2	8	702136	702143	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_000853	CGTT	2	8	702204	702211	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_000853	GTTC	2	8	702245	702252	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_000853	GAAC	2	8	703522	703529	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_000853	CGGG	2	8	714256	714263	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
132	NC_000853	TTCG	2	8	734935	734942	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_000853	AATT	2	8	775910	775917	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_000853	TCCT	2	8	784770	784777	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_000853	GAGG	2	8	786147	786154	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
136	NC_000853	CACG	2	8	789467	789474	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_000853	GCCG	2	8	808091	808098	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
138	NC_000853	GGGA	2	8	827123	827130	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
139	NC_000853	AACT	2	8	831300	831307	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_000853	CCCT	2	8	835070	835077	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
141	NC_000853	CGGT	2	8	851858	851865	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
142	NC_000853	ATCA	2	8	887081	887088	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_000853	AAAC	2	8	894901	894908	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_000853	AAAG	2	8	895142	895149	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_000853	CTTC	2	8	895408	895415	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_000853	AGAA	2	8	895866	895873	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_000853	TGGT	2	8	895908	895915	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_000853	AAGA	2	8	896392	896399	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_000853	TTTC	2	8	934786	934793	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_000853	ATTA	2	8	945604	945611	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_000853	TGGG	2	8	948947	948954	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
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295	NC_000853	GGGA	2	8	1796144	1796151	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
296	NC_000853	CCCT	2	8	1804118	1804125	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
297	NC_000853	ATTT	2	8	1804326	1804333	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_000853	AGCC	2	8	1808562	1808569	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
299	NC_000853	TCAC	2	8	1812510	1812517	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
300	NC_000853	ATCG	2	8	1812842	1812849	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
301	NC_000853	CCTC	2	8	1814248	1814255	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
302	NC_000853	TTCA	2	8	1815633	1815640	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
303	NC_000853	TTCA	2	8	1830316	1830323	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
304	NC_000853	TATT	2	8	1830414	1830421	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_000853	ATTT	2	8	1831792	1831799	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
306	NC_000853	TTTA	2	8	1831873	1831880	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
307	NC_000853	CTCC	2	8	1835901	1835908	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
308	NC_000853	ATTT	2	8	1846639	1846646	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_000853	TAAA	2	8	1855522	1855529	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.