MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols

Total Repeats: 761

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021490	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	512556091
2	NC_021490	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	512556092
3	NC_021490	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	512556095
4	NC_021490	ATCGG	2	10	7147	7156	20 %	20 %	40 %	20 %	512556096
5	NC_021490	GAAAG	2	10	11080	11089	60 %	0 %	40 %	0 %	512556098
6	NC_021490	CTGTG	2	10	11271	11280	0 %	40 %	40 %	20 %	512556098
7	NC_021490	CTGCG	2	10	15901	15910	0 %	20 %	40 %	40 %	512556101
8	NC_021490	TTGCG	2	10	19720	19729	0 %	40 %	40 %	20 %	512556103
9	NC_021490	GTTTT	2	10	20299	20308	0 %	80 %	20 %	0 %	512556103
10	NC_021490	TGCGA	2	10	22063	22072	20 %	20 %	40 %	20 %	512556104
11	NC_021490	TACCG	2	10	22203	22212	20 %	20 %	20 %	40 %	512556104
12	NC_021490	GCCAC	2	10	22298	22307	20 %	0 %	20 %	60 %	512556104
13	NC_021490	AAGGG	2	10	22900	22909	40 %	0 %	60 %	0 %	512556104
14	NC_021490	CGGTG	2	10	23467	23476	0 %	20 %	60 %	20 %	512556104
15	NC_021490	GTATC	2	10	26077	26086	20 %	40 %	20 %	20 %	512556106
16	NC_021490	GGTGG	2	10	26984	26993	0 %	20 %	80 %	0 %	512556106
17	NC_021490	TATTT	2	10	27710	27719	20 %	80 %	0 %	0 %	512556107
18	NC_021490	CTGCG	2	10	27776	27785	0 %	20 %	40 %	40 %	512556107
19	NC_021490	TGCGC	2	10	29964	29973	0 %	20 %	40 %	40 %	512556109
20	NC_021490	TCCAG	2	10	30790	30799	20 %	20 %	20 %	40 %	512556109
21	NC_021490	TGGGG	2	10	31348	31357	0 %	20 %	80 %	0 %	512556109
22	NC_021490	AAGAT	2	10	33654	33663	60 %	20 %	20 %	0 %	512556110
23	NC_021490	AAAGT	2	10	36211	36220	60 %	20 %	20 %	0 %	512556112
24	NC_021490	GTTGT	2	10	36311	36320	0 %	60 %	40 %	0 %	512556112
25	NC_021490	GATGT	2	10	37374	37383	20 %	40 %	40 %	0 %	512556113
26	NC_021490	TGCAT	2	10	38014	38023	20 %	40 %	20 %	20 %	512556113
27	NC_021490	GGTCA	2	10	39201	39210	20 %	20 %	40 %	20 %	512556114
28	NC_021490	CGGGT	2	10	39311	39320	0 %	20 %	60 %	20 %	512556114
29	NC_021490	TTTTC	2	10	40337	40346	0 %	80 %	0 %	20 %	512556116
30	NC_021490	TGCTG	2	10	43278	43287	0 %	40 %	40 %	20 %	512556119
31	NC_021490	ACGTA	2	10	43479	43488	40 %	20 %	20 %	20 %	512556119
32	NC_021490	CGTCG	2	10	44171	44180	0 %	20 %	40 %	40 %	512556120
33	NC_021490	TTTTG	2	10	46796	46805	0 %	80 %	20 %	0 %	512556123
34	NC_021490	TGTTT	2	10	47643	47652	0 %	80 %	20 %	0 %	512556124
35	NC_021490	AGTTG	2	10	49267	49276	20 %	40 %	40 %	0 %	512556124
36	NC_021490	GCGCA	2	10	49577	49586	20 %	0 %	40 %	40 %	512556125
37	NC_021490	GCGCA	2	10	50737	50746	20 %	0 %	40 %	40 %	512556126
38	NC_021490	TGCAG	2	10	52868	52877	20 %	20 %	40 %	20 %	512556127
39	NC_021490	CGCTG	2	10	53792	53801	0 %	20 %	40 %	40 %	512556127
40	NC_021490	GCTAC	2	10	54156	54165	20 %	20 %	20 %	40 %	512556127
41	NC_021490	TCGCT	2	10	54193	54202	0 %	40 %	20 %	40 %	512556127
42	NC_021490	CTGCA	2	10	56887	56896	20 %	20 %	20 %	40 %	512556130
43	NC_021490	GCAGG	2	10	58861	58870	20 %	0 %	60 %	20 %	512556133
44	NC_021490	CTGCA	2	10	59841	59850	20 %	20 %	20 %	40 %	512556134
45	NC_021490	TCAAA	2	10	60364	60373	60 %	20 %	0 %	20 %	512556134
46	NC_021490	GCCAC	2	10	63808	63817	20 %	0 %	20 %	60 %	512556137
47	NC_021490	TGCCT	2	10	65581	65590	0 %	40 %	20 %	40 %	512556139
48	NC_021490	TGAAG	2	10	66058	66067	40 %	20 %	40 %	0 %	512556139
49	NC_021490	TGGGG	2	10	66660	66669	0 %	20 %	80 %	0 %	512556140
50	NC_021490	CGTTG	2	10	67715	67724	0 %	40 %	40 %	20 %	512556141
51	NC_021490	TGAGT	2	10	67736	67745	20 %	40 %	40 %	0 %	512556141
52	NC_021490	CACGG	2	10	68034	68043	20 %	0 %	40 %	40 %	512556141
53	NC_021490	CAGAG	2	10	68853	68862	40 %	0 %	40 %	20 %	512556141
54	NC_021490	CGCTT	2	10	69198	69207	0 %	40 %	20 %	40 %	512556143
55	NC_021490	GAAAA	2	10	76670	76679	80 %	0 %	20 %	0 %	512556153
56	NC_021490	AATAA	2	10	77724	77733	80 %	20 %	0 %	0 %	512556153
57	NC_021490	GCGCC	2	10	79359	79368	0 %	0 %	40 %	60 %	512556155
58	NC_021490	CGTGT	2	10	81015	81024	0 %	40 %	40 %	20 %	512556156
59	NC_021490	ATGCA	2	10	83680	83689	40 %	20 %	20 %	20 %	512556158
60	NC_021490	GCACC	2	10	86620	86629	20 %	0 %	20 %	60 %	512556160
61	NC_021490	CGCAC	2	10	87081	87090	20 %	0 %	20 %	60 %	512556160
62	NC_021490	GTACC	2	10	88957	88966	20 %	20 %	20 %	40 %	512556161
63	NC_021490	CGTGT	2	10	92285	92294	0 %	40 %	40 %	20 %	512556164
64	NC_021490	GGTAT	2	10	92299	92308	20 %	40 %	40 %	0 %	512556164
65	NC_021490	CGTAT	2	10	96113	96122	20 %	40 %	20 %	20 %	512556168
66	NC_021490	CGTAC	2	10	96404	96413	20 %	20 %	20 %	40 %	512556169
67	NC_021490	CCCGT	2	10	96571	96580	0 %	20 %	20 %	60 %	512556169
68	NC_021490	AAGGA	2	10	98356	98365	60 %	0 %	40 %	0 %	512556171
69	NC_021490	ACTGC	2	10	100331	100340	20 %	20 %	20 %	40 %	512556173
70	NC_021490	TCCTC	2	10	102364	102373	0 %	40 %	0 %	60 %	512556175
71	NC_021490	CTGCT	2	10	103460	103469	0 %	40 %	20 %	40 %	512556176
72	NC_021490	CTACT	2	10	103523	103532	20 %	40 %	0 %	40 %	512556176
73	NC_021490	GCGGT	2	10	104031	104040	0 %	20 %	60 %	20 %	512556177
74	NC_021490	GTGCT	2	10	105713	105722	0 %	40 %	40 %	20 %	512556177
75	NC_021490	GCGTC	2	10	107121	107130	0 %	20 %	40 %	40 %	512556180
76	NC_021490	ACCTG	2	10	107736	107745	20 %	20 %	20 %	40 %	512556181
77	NC_021490	GAACG	2	10	108052	108061	40 %	0 %	40 %	20 %	512556181
78	NC_021490	GTTCC	2	10	108381	108390	0 %	40 %	20 %	40 %	512556182
79	NC_021490	CCTCG	2	10	110527	110536	0 %	20 %	20 %	60 %	512556184
80	NC_021490	CTGCG	2	10	112601	112610	0 %	20 %	40 %	40 %	512556185
81	NC_021490	TTCGT	2	10	112683	112692	0 %	60 %	20 %	20 %	512556185
82	NC_021490	GGACG	2	10	113200	113209	20 %	0 %	60 %	20 %	512556185
83	NC_021490	GATGT	2	10	113381	113390	20 %	40 %	40 %	0 %	512556185
84	NC_021490	GATTT	2	10	114212	114221	20 %	60 %	20 %	0 %	512556186
85	NC_021490	TCAGA	2	10	117439	117448	40 %	20 %	20 %	20 %	512556187
86	NC_021490	GCAGA	2	10	118439	118448	40 %	0 %	40 %	20 %	512556187
87	NC_021490	ACAGA	2	10	119794	119803	60 %	0 %	20 %	20 %	512556188
88	NC_021490	GGGAG	2	10	120000	120009	20 %	0 %	80 %	0 %	512556188
89	NC_021490	GTGCG	2	10	120131	120140	0 %	20 %	60 %	20 %	512556188
90	NC_021490	AGGAA	2	10	120288	120297	60 %	0 %	40 %	0 %	512556188
91	NC_021490	TACTG	2	10	120825	120834	20 %	40 %	20 %	20 %	512556189
92	NC_021490	CGTCA	2	10	121738	121747	20 %	20 %	20 %	40 %	512556189
93	NC_021490	TCTTT	2	10	122594	122603	0 %	80 %	0 %	20 %	512556190
94	NC_021490	CGCAG	2	10	124398	124407	20 %	0 %	40 %	40 %	512556191
95	NC_021490	AGCAC	2	10	124434	124443	40 %	0 %	20 %	40 %	512556191
96	NC_021490	CATTG	2	10	126728	126737	20 %	40 %	20 %	20 %	512556192
97	NC_021490	CCGTG	2	10	127089	127098	0 %	20 %	40 %	40 %	512556193
98	NC_021490	AACCA	2	10	128813	128822	60 %	0 %	0 %	40 %	512556194
99	NC_021490	AAAAG	2	10	129464	129473	80 %	0 %	20 %	0 %	512556194
100	NC_021490	TTATC	2	10	130079	130088	20 %	60 %	0 %	20 %	512556195
101	NC_021490	CGCGC	2	10	132214	132223	0 %	0 %	40 %	60 %	512556197
102	NC_021490	TATCG	2	10	133501	133510	20 %	40 %	20 %	20 %	512556198
103	NC_021490	GCGAT	2	10	134537	134546	20 %	20 %	40 %	20 %	512556198
104	NC_021490	TGTTT	2	10	135959	135968	0 %	80 %	20 %	0 %	512556199
105	NC_021490	GTCTT	2	10	137147	137156	0 %	60 %	20 %	20 %	512556200
106	NC_021490	ACCAA	2	10	142271	142280	60 %	0 %	0 %	40 %	512556204
107	NC_021490	AGCCA	2	10	142743	142752	40 %	0 %	20 %	40 %	512556204
108	NC_021490	GCAGC	2	10	145457	145466	20 %	0 %	40 %	40 %	512556205
109	NC_021490	GGATC	2	10	147518	147527	20 %	20 %	40 %	20 %	512556207
110	NC_021490	CTTGC	2	10	148905	148914	0 %	40 %	20 %	40 %	512556209
111	NC_021490	GTTTG	2	10	150919	150928	0 %	60 %	40 %	0 %	512556213
112	NC_021490	TGTTT	2	10	153361	153370	0 %	80 %	20 %	0 %	512556216
113	NC_021490	GGTCT	2	10	154436	154445	0 %	40 %	40 %	20 %	512556217
114	NC_021490	GGTCT	2	10	155665	155674	0 %	40 %	40 %	20 %	512556218
115	NC_021490	CGGGG	2	10	157039	157048	0 %	0 %	80 %	20 %	512556219
116	NC_021490	TGCCT	2	10	164116	164125	0 %	40 %	20 %	40 %	512556225
117	NC_021490	AGAGG	2	10	166204	166213	40 %	0 %	60 %	0 %	512556227
118	NC_021490	GCAGC	2	10	166908	166917	20 %	0 %	40 %	40 %	512556227
119	NC_021490	TGAAG	2	10	168404	168413	40 %	20 %	40 %	0 %	512556228
120	NC_021490	CGGTA	2	10	171754	171763	20 %	20 %	40 %	20 %	512556229
121	NC_021490	ATTCC	2	10	171857	171866	20 %	40 %	0 %	40 %	512556229
122	NC_021490	ATAAG	2	10	172075	172084	60 %	20 %	20 %	0 %	512556229
123	NC_021490	ACGCA	2	10	172664	172673	40 %	0 %	20 %	40 %	512556230
124	NC_021490	CGTGA	2	10	173730	173739	20 %	20 %	40 %	20 %	512556232
125	NC_021490	CTTGC	2	10	173755	173764	0 %	40 %	20 %	40 %	512556232
126	NC_021490	CTTTT	2	10	173795	173804	0 %	80 %	0 %	20 %	512556232
127	NC_021490	CTTCT	2	10	175877	175886	0 %	60 %	0 %	40 %	512556234
128	NC_021490	GTGCT	2	10	176021	176030	0 %	40 %	40 %	20 %	512556234
129	NC_021490	GCGCG	2	10	176187	176196	0 %	0 %	60 %	40 %	512556234
130	NC_021490	GAACG	2	10	176275	176284	40 %	0 %	40 %	20 %	512556234
131	NC_021490	CAGTG	2	10	179161	179170	20 %	20 %	40 %	20 %	512556237
132	NC_021490	TGTGG	2	10	180969	180978	0 %	40 %	60 %	0 %	512556240
133	NC_021490	CGCTG	2	10	181478	181487	0 %	20 %	40 %	40 %	512556241
134	NC_021490	GGTGA	2	10	182186	182195	20 %	20 %	60 %	0 %	512556241
135	NC_021490	GTTTT	2	10	185470	185479	0 %	80 %	20 %	0 %	512556243
136	NC_021490	CGCAG	2	10	187090	187099	20 %	0 %	40 %	40 %	512556245
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138	NC_021490	CATTG	2	10	189126	189135	20 %	40 %	20 %	20 %	512556247
139	NC_021490	TGCAG	2	10	191515	191524	20 %	20 %	40 %	20 %	512556250
140	NC_021490	TGCTT	2	10	192433	192442	0 %	60 %	20 %	20 %	512556251
141	NC_021490	GCGCG	2	10	192536	192545	0 %	0 %	60 %	40 %	512556251
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148	NC_021490	ATCCG	2	10	201896	201905	20 %	20 %	20 %	40 %	512556261
149	NC_021490	GGCGC	2	10	202257	202266	0 %	0 %	60 %	40 %	512556262
150	NC_021490	CGCGC	2	10	203251	203260	0 %	0 %	40 %	60 %	512556263
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166	NC_021490	TTTGA	2	10	229290	229299	20 %	60 %	20 %	0 %	512556300
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231	NC_021490	TTTCG	2	10	344807	344816	0 %	60 %	20 %	20 %	512556387
232	NC_021490	TGGGG	2	10	346808	346817	0 %	20 %	80 %	0 %	512556388
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241	NC_021490	GTGCA	2	10	358961	358970	20 %	20 %	40 %	20 %	512556396
242	NC_021490	GGGAA	2	10	359080	359089	40 %	0 %	60 %	0 %	512556396
243	NC_021490	TGACG	2	10	362046	362055	20 %	20 %	40 %	20 %	512556399
244	NC_021490	TGCAG	2	10	362199	362208	20 %	20 %	40 %	20 %	512556400
245	NC_021490	CAAAA	2	10	363917	363926	80 %	0 %	0 %	20 %	512556401
246	NC_021490	CTTTT	2	10	363957	363966	0 %	80 %	0 %	20 %	512556401
247	NC_021490	TTATT	2	10	365325	365334	20 %	80 %	0 %	0 %	512556402
248	NC_021490	TGGAT	2	10	367028	367037	20 %	40 %	40 %	0 %	512556404
249	NC_021490	CGCAC	2	10	367847	367856	20 %	0 %	20 %	60 %	512556405
250	NC_021490	CTGCG	2	10	370482	370491	0 %	20 %	40 %	40 %	512556405
251	NC_021490	GCGGT	2	10	374523	374532	0 %	20 %	60 %	20 %	512556408
252	NC_021490	GATCC	2	10	377908	377917	20 %	20 %	20 %	40 %	512556411
253	NC_021490	GCGCG	2	10	378384	378393	0 %	0 %	60 %	40 %	512556413
254	NC_021490	CGCTG	2	10	383181	383190	0 %	20 %	40 %	40 %	512556419
255	NC_021490	GCCGT	2	10	384341	384350	0 %	20 %	40 %	40 %	512556421
256	NC_021490	AGGAG	2	10	387256	387265	40 %	0 %	60 %	0 %	512556423
257	NC_021490	CAGTG	2	10	388851	388860	20 %	20 %	40 %	20 %	512556424
258	NC_021490	TGCGG	2	10	389077	389086	0 %	20 %	60 %	20 %	512556424
259	NC_021490	CTGAA	2	10	391709	391718	40 %	20 %	20 %	20 %	512556427
260	NC_021490	ACGTG	2	10	391980	391989	20 %	20 %	40 %	20 %	512556427
261	NC_021490	GCGCC	2	10	394040	394049	0 %	0 %	40 %	60 %	512556429
262	NC_021490	CCAAA	2	10	394371	394380	60 %	0 %	0 %	40 %	512556429
263	NC_021490	GCAGA	2	10	394881	394890	40 %	0 %	40 %	20 %	512556429
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381	NC_021490	ATGAA	2	10	557658	557667	60 %	20 %	20 %	0 %	512556567
382	NC_021490	AATGC	2	10	558241	558250	40 %	20 %	20 %	20 %	512556568
383	NC_021490	GTGCA	2	10	561072	561081	20 %	20 %	40 %	20 %	512556571
384	NC_021490	CGCAG	2	10	561184	561193	20 %	0 %	40 %	40 %	512556571
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