MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols

Total Repeats: 21924

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
21501	NC_021490	ATT	2	6	1114724	1114729	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512557047
21502	NC_021490	CTC	2	6	1114780	1114785	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	512557047
21503	NC_021490	TTGT	2	8	1114802	1114809	0 %	75 %	25 %	0 %	512557047
21504	NC_021490	CAC	2	6	1114887	1114892	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	512557047
21505	NC_021490	GAG	2	6	1115026	1115031	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	512557047
21506	NC_021490	AC	3	6	1115091	1115096	50 %	0 %	0 %	50 %	512557048
21507	NC_021490	ATT	2	6	1115123	1115128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512557048
21508	NC_021490	CTGTGC	2	12	1115173	1115184	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512557048
21509	NC_021490	AGG	2	6	1115194	1115199	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	512557048
21510	NC_021490	GT	4	8	1115214	1115221	0 %	50 %	50 %	0 %	512557048
21511	NC_021490	TG	3	6	1115224	1115229	0 %	50 %	50 %	0 %	512557048
21512	NC_021490	GC	3	6	1115287	1115292	0 %	0 %	50 %	50 %	512557048
21513	NC_021490	ACG	2	6	1115391	1115396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512557048
21514	NC_021490	GCG	2	6	1115452	1115457	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	512557048
21515	NC_021490	GGA	3	9	1115482	1115490	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	512557048
21516	NC_021490	TGC	2	6	1115509	1115514	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512557048
21517	NC_021490	AGG	2	6	1115598	1115603	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	512557048
21518	NC_021490	AGA	2	6	1115668	1115673	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512557048
21519	NC_021490	TGCGA	2	10	1115682	1115691	20 %	20 %	40 %	20 %	512557048
21520	NC_021490	TCGTA	2	10	1115768	1115777	20 %	40 %	20 %	20 %	512557048
21521	NC_021490	AGA	2	6	1115851	1115856	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512557048
21522	NC_021490	CACT	2	8	1115924	1115931	25 %	25 %	0 %	50 %	512557048
21523	NC_021490	ACCTG	2	10	1115965	1115974	20 %	20 %	20 %	40 %	512557048
21524	NC_021490	TC	3	6	1116001	1116006	0 %	50 %	0 %	50 %	512557048
21525	NC_021490	GCG	2	6	1116034	1116039	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	512557048
21526	NC_021490	CGA	2	6	1116152	1116157	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512557048
21527	NC_021490	GTA	2	6	1116191	1116196	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512557048
21528	NC_021490	GAA	2	6	1116202	1116207	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512557048
21529	NC_021490	AT	3	6	1116303	1116308	50 %	50 %	0 %	0 %	512557048
21530	NC_021490	GAA	2	6	1116386	1116391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512557048
21531	NC_021490	GC	3	6	1116511	1116516	0 %	0 %	50 %	50 %	512557048
21532	NC_021490	CCA	2	6	1116544	1116549	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	512557048
21533	NC_021490	CT	3	6	1116554	1116559	0 %	50 %	0 %	50 %	512557048
21534	NC_021490	CTA	2	6	1116661	1116666	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512557049
21535	NC_021490	CGCCTT	2	12	1116667	1116678	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	512557049
21536	NC_021490	CAC	2	6	1116715	1116720	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	512557049
21537	NC_021490	AGG	2	6	1116733	1116738	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	512557049
21538	NC_021490	GT	3	6	1116741	1116746	0 %	50 %	50 %	0 %	512557049
21539	NC_021490	AT	3	6	1116769	1116774	50 %	50 %	0 %	0 %	512557049
21540	NC_021490	A	6	6	1117065	1117070	100 %	0 %	0 %	0 %	512557049
21541	NC_021490	CG	3	6	1117071	1117076	0 %	0 %	50 %	50 %	512557049
21542	NC_021490	ACT	2	6	1117081	1117086	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512557049
21543	NC_021490	CA	3	6	1117140	1117145	50 %	0 %	0 %	50 %	512557049
21544	NC_021490	CCTG	2	8	1117179	1117186	0 %	25 %	25 %	50 %	512557049
21545	NC_021490	TAA	2	6	1117191	1117196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	512557049
21546	NC_021490	A	6	6	1117195	1117200	100 %	0 %	0 %	0 %	512557049
21547	NC_021490	TCA	2	6	1117259	1117264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512557049
21548	NC_021490	A	6	6	1117295	1117300	100 %	0 %	0 %	0 %	512557049
21549	NC_021490	CCA	2	6	1117341	1117346	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	512557049
21550	NC_021490	ACT	2	6	1117355	1117360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512557049
21551	NC_021490	A	6	6	1117402	1117407	100 %	0 %	0 %	0 %	512557049
21552	NC_021490	TGAT	2	8	1117466	1117473	25 %	50 %	25 %	0 %	512557049
21553	NC_021490	A	6	6	1117503	1117508	100 %	0 %	0 %	0 %	512557049
21554	NC_021490	GAATC	2	10	1117515	1117524	40 %	20 %	20 %	20 %	512557049
21555	NC_021490	TTC	2	6	1117657	1117662	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512557049
21556	NC_021490	CCG	2	6	1117778	1117783	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	512557049
21557	NC_021490	GC	4	8	1117833	1117840	0 %	0 %	50 %	50 %	512557049
21558	NC_021490	CA	3	6	1117845	1117850	50 %	0 %	0 %	50 %	512557049
21559	NC_021490	GAA	2	6	1117871	1117876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512557049
21560	NC_021490	T	6	6	1117883	1117888	0 %	100 %	0 %	0 %	512557049
21561	NC_021490	GGA	2	6	1117906	1117911	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	512557049
21562	NC_021490	CGA	2	6	1118109	1118114	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512557050
21563	NC_021490	TTC	2	6	1118216	1118221	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512557050
21564	NC_021490	TCTGCA	2	12	1118256	1118267	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	512557050
21565	NC_021490	CG	3	6	1118352	1118357	0 %	0 %	50 %	50 %	512557050
21566	NC_021490	ATC	2	6	1118366	1118371	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512557050
21567	NC_021490	GCT	2	6	1118455	1118460	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512557050
21568	NC_021490	CGAG	2	8	1118478	1118485	25 %	0 %	50 %	25 %	512557050
21569	NC_021490	TCA	2	6	1118550	1118555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512557050
21570	NC_021490	CTT	2	6	1118748	1118753	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512557051
21571	NC_021490	GCAC	2	8	1118824	1118831	25 %	0 %	25 %	50 %	512557051
21572	NC_021490	GC	4	8	1118836	1118843	0 %	0 %	50 %	50 %	512557051
21573	NC_021490	CCG	2	6	1118881	1118886	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	512557051
21574	NC_021490	CGC	2	6	1118914	1118919	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	512557051
21575	NC_021490	CCG	2	6	1118966	1118971	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	512557051
21576	NC_021490	AC	3	6	1119033	1119038	50 %	0 %	0 %	50 %	512557051
21577	NC_021490	GCGA	2	8	1119039	1119046	25 %	0 %	50 %	25 %	512557051
21578	NC_021490	TTC	2	6	1119082	1119087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512557051
21579	NC_021490	C	6	6	1119285	1119290	0 %	0 %	0 %	100 %	512557052
21580	NC_021490	GTA	2	6	1119309	1119314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512557052
21581	NC_021490	CG	4	8	1119440	1119447	0 %	0 %	50 %	50 %	512557052
21582	NC_021490	CA	3	6	1120000	1120005	50 %	0 %	0 %	50 %	512557053
21583	NC_021490	ATGCGT	2	12	1120072	1120083	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	512557053
21584	NC_021490	TTC	2	6	1120194	1120199	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512557053
21585	NC_021490	GCT	3	9	1120247	1120255	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512557053
21586	NC_021490	CAC	2	6	1120261	1120266	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	512557053
21587	NC_021490	AGA	2	6	1120364	1120369	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512557053
21588	NC_021490	CTC	2	6	1120398	1120403	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	512557053
21589	NC_021490	CA	3	6	1120411	1120416	50 %	0 %	0 %	50 %	512557053
21590	NC_021490	CCA	2	6	1120430	1120435	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	512557053
21591	NC_021490	AC	3	6	1120469	1120474	50 %	0 %	0 %	50 %	512557053
21592	NC_021490	GCG	2	6	1120487	1120492	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	512557053
21593	NC_021490	CTT	2	6	1120517	1120522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512557053
21594	NC_021490	CGCA	2	8	1120586	1120593	25 %	0 %	25 %	50 %	512557053
21595	NC_021490	AAC	2	6	1120726	1120731	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	512557053
21596	NC_021490	TGTA	2	8	1120845	1120852	25 %	50 %	25 %	0 %	512557053
21597	NC_021490	ACC	2	6	1120903	1120908	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	512557053
21598	NC_021490	AGCG	2	8	1120937	1120944	25 %	0 %	50 %	25 %	512557053
21599	NC_021490	TG	3	6	1121105	1121110	0 %	50 %	50 %	0 %	512557053
21600	NC_021490	T	6	6	1121181	1121186	0 %	100 %	0 %	0 %	512557053
21601	NC_021490	AGAA	2	8	1121194	1121201	75 %	0 %	25 %	0 %	512557053
21602	NC_021490	AAG	2	6	1121316	1121321	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512557053
21603	NC_021490	GC	3	6	1121327	1121332	0 %	0 %	50 %	50 %	512557053
21604	NC_021490	GCA	2	6	1121372	1121377	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512557053
21605	NC_021490	TAC	2	6	1121436	1121441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512557053
21606	NC_021490	GGC	2	6	1121604	1121609	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	512557053
21607	NC_021490	GTTT	2	8	1121672	1121679	0 %	75 %	25 %	0 %	512557053
21608	NC_021490	G	6	6	1122070	1122075	0 %	0 %	100 %	0 %	512557054
21609	NC_021490	GAG	2	6	1122097	1122102	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	512557054
21610	NC_021490	CA	3	6	1122119	1122124	50 %	0 %	0 %	50 %	512557054
21611	NC_021490	CTG	2	6	1122272	1122277	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512557054
21612	NC_021490	AGA	2	6	1122294	1122299	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512557054
21613	NC_021490	C	6	6	1122362	1122367	0 %	0 %	0 %	100 %	512557054
21614	NC_021490	TGCA	2	8	1122417	1122424	25 %	25 %	25 %	25 %	512557054
21615	NC_021490	AC	3	6	1122425	1122430	50 %	0 %	0 %	50 %	512557054
21616	NC_021490	AAACC	2	10	1122516	1122525	60 %	0 %	0 %	40 %	512557054
21617	NC_021490	TCA	2	6	1122608	1122613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512557054
21618	NC_021490	GT	3	6	1122728	1122733	0 %	50 %	50 %	0 %	512557055
21619	NC_021490	CGC	2	6	1122812	1122817	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	512557055
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21651	NC_021490	TGCC	2	8	1124262	1124269	0 %	25 %	25 %	50 %	512557055
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21731	NC_021490	C	7	7	1128580	1128586	0 %	0 %	0 %	100 %	512557060
21732	NC_021490	CAG	2	6	1128598	1128603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512557060
21733	NC_021490	AGCCCC	2	12	1128629	1128640	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	512557060
21734	NC_021490	C	6	6	1128708	1128713	0 %	0 %	0 %	100 %	512557060
21735	NC_021490	ACGC	2	8	1128731	1128738	25 %	0 %	25 %	50 %	512557060
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.