MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols

Total Repeats: 21924

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_021490	TGCGC	2	10	29964	29973	0 %	20 %	40 %	40 %	512556109
502	NC_021490	AGT	2	6	29978	29983	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512556109
503	NC_021490	CCG	2	6	30120	30125	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	512556109
504	NC_021490	TCT	2	6	30159	30164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512556109
505	NC_021490	CAC	2	6	30318	30323	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	512556109
506	NC_021490	T	6	6	30336	30341	0 %	100 %	0 %	0 %	512556109
507	NC_021490	TC	3	6	30394	30399	0 %	50 %	0 %	50 %	512556109
508	NC_021490	AGC	2	6	30461	30466	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556109
509	NC_021490	TGC	2	6	30491	30496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512556109
510	NC_021490	TGT	2	6	30536	30541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512556109
511	NC_021490	GTG	2	6	30565	30570	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	512556109
512	NC_021490	TG	3	6	30634	30639	0 %	50 %	50 %	0 %	512556109
513	NC_021490	TCCAG	2	10	30790	30799	20 %	20 %	20 %	40 %	512556109
514	NC_021490	TTC	2	6	30802	30807	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512556109
515	NC_021490	TGC	2	6	30817	30822	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512556109
516	NC_021490	CGT	2	6	30923	30928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512556109
517	NC_021490	AAAG	2	8	30938	30945	75 %	0 %	25 %	0 %	512556109
518	NC_021490	CA	3	6	30960	30965	50 %	0 %	0 %	50 %	512556109
519	NC_021490	GT	3	6	31053	31058	0 %	50 %	50 %	0 %	512556109
520	NC_021490	CTA	2	6	31104	31109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512556109
521	NC_021490	GCGG	2	8	31114	31121	0 %	0 %	75 %	25 %	512556109
522	NC_021490	ATG	2	6	31168	31173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512556109
523	NC_021490	CTT	2	6	31227	31232	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512556109
524	NC_021490	CTG	2	6	31248	31253	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512556109
525	NC_021490	TCGT	2	8	31280	31287	0 %	50 %	25 %	25 %	512556109
526	NC_021490	GAACAG	2	12	31305	31316	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	512556109
527	NC_021490	A	6	6	31321	31326	100 %	0 %	0 %	0 %	512556109
528	NC_021490	TGGGG	2	10	31348	31357	0 %	20 %	80 %	0 %	512556109
529	NC_021490	GTT	2	6	31365	31370	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512556109
530	NC_021490	TCC	2	6	31403	31408	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	512556109
531	NC_021490	TGTC	2	8	31420	31427	0 %	50 %	25 %	25 %	512556109
532	NC_021490	GC	3	6	31459	31464	0 %	0 %	50 %	50 %	512556109
533	NC_021490	GCT	2	6	31466	31471	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512556109
534	NC_021490	TCA	2	6	31520	31525	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512556109
535	NC_021490	T	7	7	31528	31534	0 %	100 %	0 %	0 %	512556109
536	NC_021490	GTCTGG	2	12	31540	31551	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	512556109
537	NC_021490	GCA	2	6	31584	31589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556109
538	NC_021490	TGG	2	6	31625	31630	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	512556109
539	NC_021490	GA	3	6	31732	31737	50 %	0 %	50 %	0 %	512556109
540	NC_021490	GCG	2	6	31753	31758	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	512556109
541	NC_021490	CAA	2	6	31827	31832	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	512556109
542	NC_021490	TGC	2	6	31883	31888	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512556109
543	NC_021490	A	8	8	31906	31913	100 %	0 %	0 %	0 %	512556109
544	NC_021490	AGC	2	6	31999	32004	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556109
545	NC_021490	ATCC	2	8	32110	32117	25 %	25 %	0 %	50 %	512556109
546	NC_021490	CTCG	2	8	32119	32126	0 %	25 %	25 %	50 %	512556109
547	NC_021490	GTAC	2	8	32143	32150	25 %	25 %	25 %	25 %	512556109
548	NC_021490	G	6	6	32174	32179	0 %	0 %	100 %	0 %	512556109
549	NC_021490	G	6	6	32182	32187	0 %	0 %	100 %	0 %	512556109
550	NC_021490	T	6	6	32302	32307	0 %	100 %	0 %	0 %	512556109
551	NC_021490	CCT	2	6	32360	32365	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	512556109
552	NC_021490	GT	3	6	32401	32406	0 %	50 %	50 %	0 %	512556109
553	NC_021490	AC	3	6	32442	32447	50 %	0 %	0 %	50 %	512556109
554	NC_021490	TTCA	2	8	32455	32462	25 %	50 %	0 %	25 %	512556109
555	NC_021490	GTTG	2	8	32484	32491	0 %	50 %	50 %	0 %	512556109
556	NC_021490	CTT	2	6	32517	32522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512556109
557	NC_021490	AGT	2	6	32589	32594	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512556109
558	NC_021490	AGG	3	9	32607	32615	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	512556109
559	NC_021490	CTT	2	6	32766	32771	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512556109
560	NC_021490	CAAA	2	8	32793	32800	75 %	0 %	0 %	25 %	512556109
561	NC_021490	T	7	7	32844	32850	0 %	100 %	0 %	0 %	512556109
562	NC_021490	GAA	2	6	32919	32924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512556109
563	NC_021490	GC	3	6	32986	32991	0 %	0 %	50 %	50 %	512556110
564	NC_021490	AG	3	6	33098	33103	50 %	0 %	50 %	0 %	512556110
565	NC_021490	AG	3	6	33107	33112	50 %	0 %	50 %	0 %	512556110
566	NC_021490	GAT	2	6	33133	33138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512556110
567	NC_021490	TGA	2	6	33145	33150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512556110
568	NC_021490	GCA	2	6	33153	33158	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556110
569	NC_021490	T	6	6	33163	33168	0 %	100 %	0 %	0 %	512556110
570	NC_021490	ATC	2	6	33221	33226	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512556110
571	NC_021490	TGCG	2	8	33240	33247	0 %	25 %	50 %	25 %	512556110
572	NC_021490	T	7	7	33270	33276	0 %	100 %	0 %	0 %	512556110
573	NC_021490	GAA	2	6	33289	33294	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512556110
574	NC_021490	CG	3	6	33308	33313	0 %	0 %	50 %	50 %	512556110
575	NC_021490	GCA	2	6	33421	33426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556110
576	NC_021490	CTT	2	6	33473	33478	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512556110
577	NC_021490	CTC	2	6	33479	33484	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	512556110
578	NC_021490	TGG	2	6	33550	33555	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	512556110
579	NC_021490	AGG	2	6	33573	33578	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	512556110
580	NC_021490	CCGC	2	8	33643	33650	0 %	0 %	25 %	75 %	512556110
581	NC_021490	AAGAT	2	10	33654	33663	60 %	20 %	20 %	0 %	512556110
582	NC_021490	TTC	2	6	33671	33676	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512556110
583	NC_021490	GCA	2	6	33705	33710	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556110
584	NC_021490	AC	3	6	33733	33738	50 %	0 %	0 %	50 %	512556110
585	NC_021490	CTT	2	6	33778	33783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512556110
586	NC_021490	ACC	2	6	33819	33824	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	512556110
587	NC_021490	GCC	2	6	33864	33869	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	512556110
588	NC_021490	GAG	2	6	33964	33969	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	512556110
589	NC_021490	TGT	2	6	34221	34226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512556111
590	NC_021490	CTG	2	6	34230	34235	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512556111
591	NC_021490	TGC	2	6	34348	34353	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512556111
592	NC_021490	CTT	2	6	34475	34480	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512556111
593	NC_021490	ATT	2	6	34490	34495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512556111
594	NC_021490	GCCG	2	8	34515	34522	0 %	0 %	50 %	50 %	512556111
595	NC_021490	GAC	2	6	34670	34675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556111
596	NC_021490	TAT	2	6	34780	34785	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512556111
597	NC_021490	ATTG	2	8	34801	34808	25 %	50 %	25 %	0 %	512556111
598	NC_021490	CG	4	8	34815	34822	0 %	0 %	50 %	50 %	512556111
599	NC_021490	AGA	2	6	34854	34859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512556111
600	NC_021490	GAA	2	6	34924	34929	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512556111
601	NC_021490	AGA	2	6	34942	34947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512556111
602	NC_021490	GACG	2	8	34952	34959	25 %	0 %	50 %	25 %	512556111
603	NC_021490	AGA	2	6	34966	34971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512556111
604	NC_021490	GC	3	6	34998	35003	0 %	0 %	50 %	50 %	512556111
605	NC_021490	GCA	2	6	35041	35046	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556111
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607	NC_021490	TGA	2	6	35086	35091	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512556111
608	NC_021490	AT	3	6	35127	35132	50 %	50 %	0 %	0 %	512556111
609	NC_021490	T	6	6	35141	35146	0 %	100 %	0 %	0 %	512556111
610	NC_021490	TA	3	6	35216	35221	50 %	50 %	0 %	0 %	512556111
611	NC_021490	TTC	2	6	35275	35280	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512556111
612	NC_021490	CAC	2	6	35344	35349	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	512556111
613	NC_021490	TG	3	6	35372	35377	0 %	50 %	50 %	0 %	512556111
614	NC_021490	TAG	2	6	35432	35437	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512556111
615	NC_021490	TG	3	6	35492	35497	0 %	50 %	50 %	0 %	512556112
616	NC_021490	GTC	2	6	35531	35536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512556112
617	NC_021490	CT	3	6	35670	35675	0 %	50 %	0 %	50 %	512556112
618	NC_021490	GTG	2	6	35679	35684	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	512556112
619	NC_021490	CGTG	2	8	35746	35753	0 %	25 %	50 %	25 %	512556112
620	NC_021490	ATT	2	6	35754	35759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	512556112
621	NC_021490	T	6	6	35831	35836	0 %	100 %	0 %	0 %	512556112
622	NC_021490	GT	4	8	35870	35877	0 %	50 %	50 %	0 %	512556112
623	NC_021490	T	7	7	35908	35914	0 %	100 %	0 %	0 %	512556112
624	NC_021490	ACG	2	6	35925	35930	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556112
625	NC_021490	GAA	2	6	35943	35948	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	512556112
626	NC_021490	GC	3	6	36017	36022	0 %	0 %	50 %	50 %	512556112
627	NC_021490	CA	4	8	36066	36073	50 %	0 %	0 %	50 %	512556112
628	NC_021490	AC	3	6	36094	36099	50 %	0 %	0 %	50 %	512556112
629	NC_021490	TG	3	6	36110	36115	0 %	50 %	50 %	0 %	512556112
630	NC_021490	ATG	2	6	36157	36162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512556112
631	NC_021490	ACT	2	6	36190	36195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512556112
632	NC_021490	AAAGT	2	10	36211	36220	60 %	20 %	20 %	0 %	512556112
633	NC_021490	TCA	2	6	36234	36239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512556112
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635	NC_021490	GTTGT	2	10	36311	36320	0 %	60 %	40 %	0 %	512556112
636	NC_021490	T	6	6	36340	36345	0 %	100 %	0 %	0 %	512556112
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745	NC_021490	CT	3	6	43333	43338	0 %	50 %	0 %	50 %	512556119
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754	NC_021490	CATC	2	8	43823	43830	25 %	25 %	0 %	50 %	512556120
755	NC_021490	T	8	8	43845	43852	0 %	100 %	0 %	0 %	512556120
756	NC_021490	TGG	2	6	43861	43866	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	512556120
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758	NC_021490	CAT	2	6	43905	43910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	512556120
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760	NC_021490	GTT	2	6	44022	44027	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512556120
761	NC_021490	GCT	2	6	44102	44107	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512556120
762	NC_021490	TGA	2	6	44120	44125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512556120
763	NC_021490	CG	3	6	44132	44137	0 %	0 %	50 %	50 %	512556120
764	NC_021490	GCA	2	6	44151	44156	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556120
765	NC_021490	CGTCG	2	10	44171	44180	0 %	20 %	40 %	40 %	512556120
766	NC_021490	AGC	2	6	44201	44206	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556120
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768	NC_021490	GGGT	2	8	44281	44288	0 %	25 %	75 %	0 %	512556120
769	NC_021490	TGG	2	6	44302	44307	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	512556120
770	NC_021490	TCT	2	6	44350	44355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512556120
771	NC_021490	GGT	3	9	44402	44410	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	512556120
772	NC_021490	CA	3	6	44432	44437	50 %	0 %	0 %	50 %	512556120
773	NC_021490	GCA	2	6	44603	44608	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556121
774	NC_021490	GTG	2	6	44611	44616	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	512556121
775	NC_021490	GAT	2	6	44688	44693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512556121
776	NC_021490	GTT	2	6	44739	44744	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512556121
777	NC_021490	GCA	2	6	44794	44799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556121
778	NC_021490	TGA	2	6	44923	44928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512556121
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780	NC_021490	TGC	3	9	45078	45086	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	512556121
781	NC_021490	AGC	2	6	45125	45130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556121
782	NC_021490	GA	3	6	45142	45147	50 %	0 %	50 %	0 %	512556121
783	NC_021490	CG	3	6	45197	45202	0 %	0 %	50 %	50 %	512556121
784	NC_021490	CGG	2	6	45224	45229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	512556121
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786	NC_021490	CTT	3	9	45527	45535	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	512556121
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789	NC_021490	GCA	2	6	45736	45741	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556122
790	NC_021490	AGGA	2	8	45742	45749	50 %	0 %	50 %	0 %	512556122
791	NC_021490	CG	3	6	45780	45785	0 %	0 %	50 %	50 %	512556122
792	NC_021490	CAA	2	6	45830	45835	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	512556122
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795	NC_021490	AGG	2	6	46052	46057	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	512556122
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799	NC_021490	CGA	2	6	46220	46225	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556122
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802	NC_021490	TGA	2	6	46382	46387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	512556122
803	NC_021490	CAA	2	6	46505	46510	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	512556122
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820	NC_021490	GTT	2	6	48251	48256	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512556124
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871	NC_021490	GCGCA	2	10	50737	50746	20 %	0 %	40 %	40 %	512556126
872	NC_021490	CA	3	6	50782	50787	50 %	0 %	0 %	50 %	512556126
873	NC_021490	GCAG	2	8	50847	50854	25 %	0 %	50 %	25 %	512556126
874	NC_021490	GCA	2	6	50873	50878	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	512556126
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879	NC_021490	TTG	3	9	51114	51122	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512556126
880	NC_021490	TC	3	6	51164	51169	0 %	50 %	0 %	50 %	512556126
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885	NC_021490	TTCT	2	8	51461	51468	0 %	75 %	0 %	25 %	512556126
886	NC_021490	TTG	2	6	51478	51483	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	512556126
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