MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Thermus oshimai JL-2 plasmid pTHEOS01

Total Repeats: 254

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019387	GGGGC	2	10	1781	1790	0 %	0 %	80 %	20 %	410730944
2	NC_019387	TGGAC	2	10	2300	2309	20 %	20 %	40 %	20 %	410730944
3	NC_019387	GGGCG	2	10	2601	2610	0 %	0 %	80 %	20 %	410730945
4	NC_019387	AGGGG	2	10	2882	2891	20 %	0 %	80 %	0 %	410730945
5	NC_019387	TGGGC	2	10	3452	3461	0 %	20 %	60 %	20 %	410730946
6	NC_019387	GCTCC	2	10	3710	3719	0 %	20 %	20 %	60 %	410730946
7	NC_019387	CCCGG	2	10	3957	3966	0 %	0 %	40 %	60 %	410730946
8	NC_019387	GGCGG	2	10	4213	4222	0 %	0 %	80 %	20 %	410730946
9	NC_019387	CCTTT	2	10	5584	5593	0 %	60 %	0 %	40 %	410730948
10	NC_019387	GTGGG	2	10	6468	6477	0 %	20 %	80 %	0 %	410730948
11	NC_019387	CGGGG	2	10	7094	7103	0 %	0 %	80 %	20 %	410730948
12	NC_019387	GGAGG	2	10	7164	7173	20 %	0 %	80 %	0 %	410730948
13	NC_019387	CGGGG	2	10	10438	10447	0 %	0 %	80 %	20 %	410730952
14	NC_019387	GAGGG	2	10	14252	14261	20 %	0 %	80 %	0 %	410730956
15	NC_019387	GGGCC	2	10	15165	15174	0 %	0 %	60 %	40 %	410730957
16	NC_019387	GGCAA	2	10	16088	16097	40 %	0 %	40 %	20 %	410730958
17	NC_019387	GGCCG	2	10	16153	16162	0 %	0 %	60 %	40 %	410730958
18	NC_019387	CCGGC	2	10	16904	16913	0 %	0 %	40 %	60 %	410730959
19	NC_019387	GCTTG	2	10	17538	17547	0 %	40 %	40 %	20 %	410730960
20	NC_019387	CGTTC	2	10	17901	17910	0 %	40 %	20 %	40 %	410730961
21	NC_019387	GGGGA	2	10	18193	18202	20 %	0 %	80 %	0 %	410730961
22	NC_019387	TTCCT	2	10	19391	19400	0 %	60 %	0 %	40 %	410730963
23	NC_019387	AGGTG	2	10	19611	19620	20 %	20 %	60 %	0 %	410730963
24	NC_019387	GGGCG	2	10	19866	19875	0 %	0 %	80 %	20 %	410730963
25	NC_019387	CGGGG	2	10	22058	22067	0 %	0 %	80 %	20 %	410730965
26	NC_019387	CCGGG	2	10	22112	22121	0 %	0 %	60 %	40 %	410730965
27	NC_019387	CCTCC	2	10	22388	22397	0 %	20 %	0 %	80 %	410730965
28	NC_019387	TGGCC	2	10	24214	24223	0 %	20 %	40 %	40 %	410730967
29	NC_019387	GCGGG	2	10	25914	25923	0 %	0 %	80 %	20 %	410730968
30	NC_019387	GGGGC	2	10	26624	26633	0 %	0 %	80 %	20 %	410730969
31	NC_019387	GCACC	2	10	28145	28154	20 %	0 %	20 %	60 %	410730970
32	NC_019387	TCACC	2	10	28315	28324	20 %	20 %	0 %	60 %	410730971
33	NC_019387	CTCCA	2	10	28435	28444	20 %	20 %	0 %	60 %	410730971
34	NC_019387	GCCCT	2	10	29951	29960	0 %	20 %	20 %	60 %	410730973
35	NC_019387	CGGGC	2	10	30073	30082	0 %	0 %	60 %	40 %	410730973
36	NC_019387	GGCCC	2	10	30769	30778	0 %	0 %	40 %	60 %	410730973
37	NC_019387	CCGAA	2	10	32275	32284	40 %	0 %	20 %	40 %	410730976
38	NC_019387	TTGCC	2	10	33583	33592	0 %	40 %	20 %	40 %	410730976
39	NC_019387	GGGTG	2	10	33723	33732	0 %	20 %	80 %	0 %	410730976
40	NC_019387	CGAGG	2	10	33759	33768	20 %	0 %	60 %	20 %	410730976
41	NC_019387	AGGGG	2	10	36197	36206	20 %	0 %	80 %	0 %	410730977
42	NC_019387	CTGCC	2	10	36438	36447	0 %	20 %	20 %	60 %	410730977
43	NC_019387	CAGGC	2	10	36655	36664	20 %	0 %	40 %	40 %	410730978
44	NC_019387	CCCCT	2	10	36712	36721	0 %	20 %	0 %	80 %	410730978
45	NC_019387	CCCCT	2	10	36891	36900	0 %	20 %	0 %	80 %	410730978
46	NC_019387	GGAGG	2	10	38371	38380	20 %	0 %	80 %	0 %	410730980
47	NC_019387	GAGGC	2	10	38806	38815	20 %	0 %	60 %	20 %	410730981
48	NC_019387	GCCCC	2	10	39142	39151	0 %	0 %	20 %	80 %	410730982
49	NC_019387	TCCTT	2	10	39328	39337	0 %	60 %	0 %	40 %	410730982
50	NC_019387	TGGCC	2	10	39983	39992	0 %	20 %	40 %	40 %	410730982
51	NC_019387	GGGCC	2	10	41717	41726	0 %	0 %	60 %	40 %	410730982
52	NC_019387	CACGG	2	10	44310	44319	20 %	0 %	40 %	40 %	410730985
53	NC_019387	ACCTG	2	10	44404	44413	20 %	20 %	20 %	40 %	410730985
54	NC_019387	ACCCC	2	10	46673	46682	20 %	0 %	0 %	80 %	410730988
55	NC_019387	AGGGC	2	10	46693	46702	20 %	0 %	60 %	20 %	410730988
56	NC_019387	TGGCC	2	10	46943	46952	0 %	20 %	40 %	40 %	410730988
57	NC_019387	CGGGC	2	10	47096	47105	0 %	0 %	60 %	40 %	410730988
58	NC_019387	TGCTG	2	10	48842	48851	0 %	40 %	40 %	20 %	410730989
59	NC_019387	ACCCC	2	10	49821	49830	20 %	0 %	0 %	80 %	410730990
60	NC_019387	AGGTG	2	10	52020	52029	20 %	20 %	60 %	0 %	410730992
61	NC_019387	GGAGG	2	10	52765	52774	20 %	0 %	80 %	0 %	410730992
62	NC_019387	CCCCA	2	10	53134	53143	20 %	0 %	0 %	80 %	410730993
63	NC_019387	CACCC	2	10	55330	55339	20 %	0 %	0 %	80 %	410730996
64	NC_019387	GGGGT	2	10	58139	58148	0 %	20 %	80 %	0 %	410730997
65	NC_019387	CCCCG	2	10	62005	62014	0 %	0 %	20 %	80 %	410730998
66	NC_019387	GGGGT	2	10	64390	64399	0 %	20 %	80 %	0 %	410731000
67	NC_019387	CCAGG	2	10	64521	64530	20 %	0 %	40 %	40 %	410731000
68	NC_019387	TCCCC	2	10	65074	65083	0 %	20 %	0 %	80 %	410731000
69	NC_019387	TCCCC	2	10	65102	65111	0 %	20 %	0 %	80 %	410731000
70	NC_019387	GAAGG	2	10	68161	68170	40 %	0 %	60 %	0 %	410731004
71	NC_019387	GGGTG	2	10	68377	68386	0 %	20 %	80 %	0 %	410731004
72	NC_019387	CCAGC	2	10	68914	68923	20 %	0 %	20 %	60 %	410731005
73	NC_019387	GGCTT	2	10	69146	69155	0 %	40 %	40 %	20 %	410731005
74	NC_019387	CCCGC	2	10	72854	72863	0 %	0 %	20 %	80 %	410731008
75	NC_019387	CCCGC	2	10	73535	73544	0 %	0 %	20 %	80 %	410731008
76	NC_019387	GGGTT	2	10	74836	74845	0 %	40 %	60 %	0 %	410731008
77	NC_019387	GAAGG	2	10	76158	76167	40 %	0 %	60 %	0 %	410731008
78	NC_019387	CCCCT	2	10	77088	77097	0 %	20 %	0 %	80 %	410731009
79	NC_019387	CTCCG	2	10	77275	77284	0 %	20 %	20 %	60 %	410731009
80	NC_019387	GGGCC	2	10	79390	79399	0 %	0 %	60 %	40 %	410731010
81	NC_019387	AGGCC	2	10	79695	79704	20 %	0 %	40 %	40 %	410731010
82	NC_019387	GGGGT	2	10	80794	80803	0 %	20 %	80 %	0 %	410731011
83	NC_019387	GGGTG	2	10	82477	82486	0 %	20 %	80 %	0 %	410731011
84	NC_019387	TCGGG	2	10	82903	82912	0 %	20 %	60 %	20 %	410731012
85	NC_019387	GCCCC	2	10	84910	84919	0 %	0 %	20 %	80 %	410731012
86	NC_019387	GCCTC	2	10	85234	85243	0 %	20 %	20 %	60 %	410731013
87	NC_019387	CAAAG	2	10	86896	86905	60 %	0 %	20 %	20 %	410731013
88	NC_019387	GCCCA	2	10	89790	89799	20 %	0 %	20 %	60 %	410731016
89	NC_019387	CGGAA	2	10	89953	89962	40 %	0 %	40 %	20 %	410731016
90	NC_019387	AGGCC	2	10	90485	90494	20 %	0 %	40 %	40 %	410731016
91	NC_019387	GCCGT	2	10	94855	94864	0 %	20 %	40 %	40 %	410731020
92	NC_019387	CCGTG	2	10	95216	95225	0 %	20 %	40 %	40 %	410731021
93	NC_019387	CCCCA	2	10	96203	96212	20 %	0 %	0 %	80 %	410731023
94	NC_019387	AGCCC	2	10	97385	97394	20 %	0 %	20 %	60 %	410731023
95	NC_019387	CGCCC	2	10	97499	97508	0 %	0 %	20 %	80 %	410731024
96	NC_019387	GCCGG	2	10	98090	98099	0 %	0 %	60 %	40 %	410731024
97	NC_019387	GGGGC	2	10	99104	99113	0 %	0 %	80 %	20 %	410731025
98	NC_019387	GGGAG	2	10	99899	99908	20 %	0 %	80 %	0 %	410731026
99	NC_019387	GCCTC	2	10	101139	101148	0 %	20 %	20 %	60 %	410731028
100	NC_019387	GGGAC	2	10	103639	103648	20 %	0 %	60 %	20 %	410731030
101	NC_019387	GGCCG	2	10	103686	103695	0 %	0 %	60 %	40 %	410731030
102	NC_019387	GGCCC	2	10	104817	104826	0 %	0 %	40 %	60 %	410731032
103	NC_019387	GGCGG	2	10	105558	105567	0 %	0 %	80 %	20 %	410731033
104	NC_019387	CGGGG	2	10	106367	106376	0 %	0 %	80 %	20 %	410731034
105	NC_019387	GGAAG	2	10	106708	106717	40 %	0 %	60 %	0 %	410731034
106	NC_019387	CGGTG	2	10	106824	106833	0 %	20 %	60 %	20 %	410731035
107	NC_019387	GCCCC	2	10	107800	107809	0 %	0 %	20 %	80 %	410731035
108	NC_019387	CCCAA	2	10	109252	109261	40 %	0 %	0 %	60 %	410731037
109	NC_019387	GGGGC	2	10	109578	109587	0 %	0 %	80 %	20 %	410731037
110	NC_019387	AAGCC	2	10	110398	110407	40 %	0 %	20 %	40 %	410731038
111	NC_019387	AGGGC	2	10	113990	113999	20 %	0 %	60 %	20 %	410731041
112	NC_019387	CCTGG	2	10	117270	117279	0 %	20 %	40 %	40 %	410731045
113	NC_019387	CCCGG	2	10	117688	117697	0 %	0 %	40 %	60 %	410731046
114	NC_019387	GGAGG	2	10	119046	119055	20 %	0 %	80 %	0 %	410731047
115	NC_019387	CGGCT	2	10	119784	119793	0 %	20 %	40 %	40 %	410731048
116	NC_019387	CGGGG	2	10	119915	119924	0 %	0 %	80 %	20 %	410731048
117	NC_019387	GGCCC	2	10	120499	120508	0 %	0 %	40 %	60 %	410731049
118	NC_019387	GGGTG	2	10	121598	121607	0 %	20 %	80 %	0 %	410731050
119	NC_019387	GCCCA	2	10	123527	123536	20 %	0 %	20 %	60 %	410731052
120	NC_019387	GGCCC	2	10	123984	123993	0 %	0 %	40 %	60 %	410731053
121	NC_019387	CGGGC	2	10	124147	124156	0 %	0 %	60 %	40 %	410731053
122	NC_019387	CCGTC	2	10	124902	124911	0 %	20 %	20 %	60 %	410731054
123	NC_019387	CAAGG	2	10	125685	125694	40 %	0 %	40 %	20 %	410731055
124	NC_019387	GGGTG	2	10	125741	125750	0 %	20 %	80 %	0 %	410731055
125	NC_019387	CCTGG	2	10	126860	126869	0 %	20 %	40 %	40 %	410731057
126	NC_019387	GGGCC	2	10	127197	127206	0 %	0 %	60 %	40 %	410731058
127	NC_019387	GGCCT	2	10	127829	127838	0 %	20 %	40 %	40 %	410731059
128	NC_019387	CGCCA	2	10	129586	129595	20 %	0 %	20 %	60 %	410731061
129	NC_019387	GGGCC	2	10	130398	130407	0 %	0 %	60 %	40 %	410731061
130	NC_019387	GGCGG	2	10	130662	130671	0 %	0 %	80 %	20 %	410731061
131	NC_019387	ACCCC	2	10	131085	131094	20 %	0 %	0 %	80 %	410731062
132	NC_019387	CCCCG	2	10	132051	132060	0 %	0 %	20 %	80 %	410731063
133	NC_019387	GAGAG	2	10	132699	132708	40 %	0 %	60 %	0 %	410731064
134	NC_019387	GGGGC	2	10	135110	135119	0 %	0 %	80 %	20 %	410731065
135	NC_019387	GCCCC	2	10	135272	135281	0 %	0 %	20 %	80 %	410731065
136	NC_019387	GGCCC	2	10	135431	135440	0 %	0 %	40 %	60 %	410731065
137	NC_019387	GGGCC	2	10	135512	135521	0 %	0 %	60 %	40 %	410731065
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253	NC_019387	GGGCT	2	10	268165	268174	0 %	20 %	60 %	20 %	410731190
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.