MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 763

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018722	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	408501913
2	NC_018722	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	408501914
3	NC_018722	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	408501917
4	NC_018722	ATCGG	2	10	7147	7156	20 %	20 %	40 %	20 %	408501918
5	NC_018722	GAAAG	2	10	11080	11089	60 %	0 %	40 %	0 %	408501919
6	NC_018722	CTGTG	2	10	11271	11280	0 %	40 %	40 %	20 %	408501919
7	NC_018722	CTGCG	2	10	15900	15909	0 %	20 %	40 %	40 %	408501922
8	NC_018722	TTGCG	2	10	19719	19728	0 %	40 %	40 %	20 %	408501924
9	NC_018722	GTTTT	2	10	20298	20307	0 %	80 %	20 %	0 %	408501924
10	NC_018722	TGCGA	2	10	22062	22071	20 %	20 %	40 %	20 %	408501925
11	NC_018722	TACCG	2	10	22202	22211	20 %	20 %	20 %	40 %	408501925
12	NC_018722	GCCAC	2	10	22297	22306	20 %	0 %	20 %	60 %	408501925
13	NC_018722	AAGGG	2	10	22899	22908	40 %	0 %	60 %	0 %	408501925
14	NC_018722	CGGTG	2	10	23466	23475	0 %	20 %	60 %	20 %	408501925
15	NC_018722	GTATC	2	10	26076	26085	20 %	40 %	20 %	20 %	408501927
16	NC_018722	GGTGG	2	10	26983	26992	0 %	20 %	80 %	0 %	408501927
17	NC_018722	TATTT	2	10	27709	27718	20 %	80 %	0 %	0 %	408501928
18	NC_018722	CTGCG	2	10	27775	27784	0 %	20 %	40 %	40 %	408501928
19	NC_018722	TGCGC	2	10	29963	29972	0 %	20 %	40 %	40 %	408501930
20	NC_018722	TCCAG	2	10	30789	30798	20 %	20 %	20 %	40 %	408501930
21	NC_018722	TGGGG	2	10	31347	31356	0 %	20 %	80 %	0 %	408501930
22	NC_018722	AAGAT	2	10	33653	33662	60 %	20 %	20 %	0 %	408501931
23	NC_018722	AAAGT	2	10	36213	36222	60 %	20 %	20 %	0 %	408501933
24	NC_018722	GTTGT	2	10	36313	36322	0 %	60 %	40 %	0 %	408501933
25	NC_018722	GATGT	2	10	37376	37385	20 %	40 %	40 %	0 %	408501934
26	NC_018722	TGCAT	2	10	38016	38025	20 %	40 %	20 %	20 %	408501934
27	NC_018722	GGTCA	2	10	39203	39212	20 %	20 %	40 %	20 %	408501935
28	NC_018722	CGGGT	2	10	39313	39322	0 %	20 %	60 %	20 %	408501935
29	NC_018722	TTTTC	2	10	40339	40348	0 %	80 %	0 %	20 %	408501937
30	NC_018722	TGCTG	2	10	43280	43289	0 %	40 %	40 %	20 %	408501940
31	NC_018722	ACGTA	2	10	43481	43490	40 %	20 %	20 %	20 %	408501940
32	NC_018722	CGTCG	2	10	44173	44182	0 %	20 %	40 %	40 %	408501941
33	NC_018722	TTTTG	2	10	46798	46807	0 %	80 %	20 %	0 %	408501944
34	NC_018722	TGTTT	2	10	47645	47654	0 %	80 %	20 %	0 %	408501945
35	NC_018722	AGTTG	2	10	49269	49278	20 %	40 %	40 %	0 %	408501945
36	NC_018722	GCGCA	2	10	49578	49587	20 %	0 %	40 %	40 %	408501946
37	NC_018722	GCGCA	2	10	50738	50747	20 %	0 %	40 %	40 %	408501947
38	NC_018722	TGCAG	2	10	52869	52878	20 %	20 %	40 %	20 %	408501948
39	NC_018722	CGCTG	2	10	53793	53802	0 %	20 %	40 %	40 %	408501948
40	NC_018722	GCTAC	2	10	54157	54166	20 %	20 %	20 %	40 %	408501948
41	NC_018722	TCGCT	2	10	54194	54203	0 %	40 %	20 %	40 %	408501948
42	NC_018722	CTGCA	2	10	56888	56897	20 %	20 %	20 %	40 %	408501951
43	NC_018722	GCAGG	2	10	58862	58871	20 %	0 %	60 %	20 %	408501954
44	NC_018722	CTGCA	2	10	59842	59851	20 %	20 %	20 %	40 %	408501955
45	NC_018722	TCAAA	2	10	60365	60374	60 %	20 %	0 %	20 %	408501955
46	NC_018722	GCCAC	2	10	63809	63818	20 %	0 %	20 %	60 %	408501958
47	NC_018722	TGCCT	2	10	65582	65591	0 %	40 %	20 %	40 %	408501960
48	NC_018722	TGAAG	2	10	66059	66068	40 %	20 %	40 %	0 %	408501960
49	NC_018722	TGGGG	2	10	66661	66670	0 %	20 %	80 %	0 %	408501961
50	NC_018722	CGTTG	2	10	67716	67725	0 %	40 %	40 %	20 %	408501962
51	NC_018722	TGAGT	2	10	67737	67746	20 %	40 %	40 %	0 %	408501962
52	NC_018722	CACGG	2	10	68035	68044	20 %	0 %	40 %	40 %	408501962
53	NC_018722	CAGAG	2	10	68854	68863	40 %	0 %	40 %	20 %	408501962
54	NC_018722	CGCTT	2	10	69199	69208	0 %	40 %	20 %	40 %	408501964
55	NC_018722	GAAAA	2	10	76672	76681	80 %	0 %	20 %	0 %	408501974
56	NC_018722	AATAA	2	10	77726	77735	80 %	20 %	0 %	0 %	408501974
57	NC_018722	GCGCC	2	10	79361	79370	0 %	0 %	40 %	60 %	408501976
58	NC_018722	CGTGT	2	10	81017	81026	0 %	40 %	40 %	20 %	408501977
59	NC_018722	ATGCA	2	10	83682	83691	40 %	20 %	20 %	20 %	408501979
60	NC_018722	GCACC	2	10	86622	86631	20 %	0 %	20 %	60 %	408501981
61	NC_018722	CGCAC	2	10	87083	87092	20 %	0 %	20 %	60 %	408501981
62	NC_018722	GTACC	2	10	88959	88968	20 %	20 %	20 %	40 %	408501982
63	NC_018722	CGTGT	2	10	92287	92296	0 %	40 %	40 %	20 %	408501985
64	NC_018722	GGTAT	2	10	92301	92310	20 %	40 %	40 %	0 %	408501985
65	NC_018722	CGTAT	2	10	96115	96124	20 %	40 %	20 %	20 %	408501989
66	NC_018722	CGTAC	2	10	96406	96415	20 %	20 %	20 %	40 %	408501990
67	NC_018722	CCCGT	2	10	96573	96582	0 %	20 %	20 %	60 %	408501990
68	NC_018722	AAGGA	2	10	98358	98367	60 %	0 %	40 %	0 %	408501992
69	NC_018722	ACTGC	2	10	100333	100342	20 %	20 %	20 %	40 %	408501994
70	NC_018722	TCCTC	2	10	102366	102375	0 %	40 %	0 %	60 %	408501996
71	NC_018722	CTGCT	2	10	103462	103471	0 %	40 %	20 %	40 %	408501997
72	NC_018722	CTACT	2	10	103525	103534	20 %	40 %	0 %	40 %	408501997
73	NC_018722	GCGGT	2	10	104033	104042	0 %	20 %	60 %	20 %	408501998
74	NC_018722	GTGCT	2	10	105715	105724	0 %	40 %	40 %	20 %	408501998
75	NC_018722	GCGTC	2	10	107123	107132	0 %	20 %	40 %	40 %	408502001
76	NC_018722	ACCTG	2	10	107738	107747	20 %	20 %	20 %	40 %	408502002
77	NC_018722	GAACG	2	10	108054	108063	40 %	0 %	40 %	20 %	408502002
78	NC_018722	GTTCC	2	10	108383	108392	0 %	40 %	20 %	40 %	408502003
79	NC_018722	CCTCG	2	10	110529	110538	0 %	20 %	20 %	60 %	408502005
80	NC_018722	CTGCG	2	10	112603	112612	0 %	20 %	40 %	40 %	408502006
81	NC_018722	TTCGT	2	10	112685	112694	0 %	60 %	20 %	20 %	408502006
82	NC_018722	GGACG	2	10	113202	113211	20 %	0 %	60 %	20 %	408502006
83	NC_018722	GATGT	2	10	113383	113392	20 %	40 %	40 %	0 %	408502006
84	NC_018722	GATTT	2	10	114214	114223	20 %	60 %	20 %	0 %	408502007
85	NC_018722	TCAGA	2	10	117441	117450	40 %	20 %	20 %	20 %	408502008
86	NC_018722	GCAGA	2	10	118441	118450	40 %	0 %	40 %	20 %	408502008
87	NC_018722	ACAGA	2	10	119796	119805	60 %	0 %	20 %	20 %	408502009
88	NC_018722	GGGAG	2	10	120002	120011	20 %	0 %	80 %	0 %	408502009
89	NC_018722	GTGCG	2	10	120133	120142	0 %	20 %	60 %	20 %	408502009
90	NC_018722	AGGAA	2	10	120290	120299	60 %	0 %	40 %	0 %	408502009
91	NC_018722	TACTG	2	10	120827	120836	20 %	40 %	20 %	20 %	408502010
92	NC_018722	CGTCA	2	10	121740	121749	20 %	20 %	20 %	40 %	408502010
93	NC_018722	TCTTT	2	10	122595	122604	0 %	80 %	0 %	20 %	408502011
94	NC_018722	CGCAG	2	10	124399	124408	20 %	0 %	40 %	40 %	408502012
95	NC_018722	AGCAC	2	10	124435	124444	40 %	0 %	20 %	40 %	408502012
96	NC_018722	CATTG	2	10	126729	126738	20 %	40 %	20 %	20 %	408502013
97	NC_018722	CCGTG	2	10	127090	127099	0 %	20 %	40 %	40 %	408502014
98	NC_018722	AACCA	2	10	128814	128823	60 %	0 %	0 %	40 %	408502015
99	NC_018722	AAAAG	2	10	129465	129474	80 %	0 %	20 %	0 %	408502015
100	NC_018722	TTATC	2	10	130080	130089	20 %	60 %	0 %	20 %	408502016
101	NC_018722	CGCGC	2	10	132215	132224	0 %	0 %	40 %	60 %	408502018
102	NC_018722	TATCG	2	10	133502	133511	20 %	40 %	20 %	20 %	408502019
103	NC_018722	GCGAT	2	10	134538	134547	20 %	20 %	40 %	20 %	408502019
104	NC_018722	TGTTT	2	10	135960	135969	0 %	80 %	20 %	0 %	408502020
105	NC_018722	GTCTT	2	10	137147	137156	0 %	60 %	20 %	20 %	408502021
106	NC_018722	ACCAA	2	10	142271	142280	60 %	0 %	0 %	40 %	408502025
107	NC_018722	AGCCA	2	10	142743	142752	40 %	0 %	20 %	40 %	408502025
108	NC_018722	GCAGC	2	10	145457	145466	20 %	0 %	40 %	40 %	408502026
109	NC_018722	GGATC	2	10	147518	147527	20 %	20 %	40 %	20 %	408502028
110	NC_018722	CTTGC	2	10	148905	148914	0 %	40 %	20 %	40 %	408502030
111	NC_018722	GTTTG	2	10	150976	150985	0 %	60 %	40 %	0 %	408502033
112	NC_018722	TGCGC	2	10	153138	153147	0 %	20 %	40 %	40 %	408502036
113	NC_018722	TGTTT	2	10	153412	153421	0 %	80 %	20 %	0 %	408502036
114	NC_018722	GGTCT	2	10	154487	154496	0 %	40 %	40 %	20 %	408502037
115	NC_018722	GGTCT	2	10	155716	155725	0 %	40 %	40 %	20 %	408502038
116	NC_018722	CGGGG	2	10	157090	157099	0 %	0 %	80 %	20 %	408502039
117	NC_018722	AACGG	2	10	159353	159362	40 %	0 %	40 %	20 %	408502040
118	NC_018722	TGCCT	2	10	164157	164166	0 %	40 %	20 %	40 %	408502045
119	NC_018722	AGAGG	2	10	166245	166254	40 %	0 %	60 %	0 %	408502047
120	NC_018722	GCAGC	2	10	166949	166958	20 %	0 %	40 %	40 %	408502047
121	NC_018722	TGAAG	2	10	168445	168454	40 %	20 %	40 %	0 %	408502048
122	NC_018722	CGGTA	2	10	171795	171804	20 %	20 %	40 %	20 %	408502049
123	NC_018722	ATTCC	2	10	171898	171907	20 %	40 %	0 %	40 %	408502049
124	NC_018722	ATAAG	2	10	172116	172125	60 %	20 %	20 %	0 %	408502049
125	NC_018722	ACGCA	2	10	172705	172714	40 %	0 %	20 %	40 %	408502050
126	NC_018722	CGTGA	2	10	173771	173780	20 %	20 %	40 %	20 %	408502052
127	NC_018722	CTTGC	2	10	173796	173805	0 %	40 %	20 %	40 %	408502052
128	NC_018722	CTTTT	2	10	173836	173845	0 %	80 %	0 %	20 %	408502052
129	NC_018722	CTTCT	2	10	175918	175927	0 %	60 %	0 %	40 %	408502054
130	NC_018722	GTGCT	2	10	176062	176071	0 %	40 %	40 %	20 %	408502054
131	NC_018722	GCGCG	2	10	176228	176237	0 %	0 %	60 %	40 %	408502054
132	NC_018722	GAACG	2	10	176316	176325	40 %	0 %	40 %	20 %	408502054
133	NC_018722	CAGTG	2	10	179202	179211	20 %	20 %	40 %	20 %	408502057
134	NC_018722	TGTGG	2	10	181010	181019	0 %	40 %	60 %	0 %	408502060
135	NC_018722	CGCTG	2	10	181519	181528	0 %	20 %	40 %	40 %	408502061
136	NC_018722	GGTGA	2	10	182227	182236	20 %	20 %	60 %	0 %	408502061
137	NC_018722	GTTTT	2	10	185511	185520	0 %	80 %	20 %	0 %	408502063
138	NC_018722	CGCAG	2	10	187131	187140	20 %	0 %	40 %	40 %	408502065
139	NC_018722	TTGGG	2	10	188836	188845	0 %	40 %	60 %	0 %	408502067
140	NC_018722	CATTG	2	10	189167	189176	20 %	40 %	20 %	20 %	408502067
141	NC_018722	TGCAG	2	10	191556	191565	20 %	20 %	40 %	20 %	408502070
142	NC_018722	TGCTT	2	10	192474	192483	0 %	60 %	20 %	20 %	408502071
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149	NC_018722	CTGTG	2	10	201195	201204	0 %	40 %	40 %	20 %	408502079
150	NC_018722	ATCCG	2	10	201939	201948	20 %	20 %	20 %	40 %	408502080
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153	NC_018722	GGGAA	2	10	204053	204062	40 %	0 %	60 %	0 %	408502082
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155	NC_018722	GCGGT	2	10	206748	206757	0 %	20 %	60 %	20 %	408502085
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161	NC_018722	GTTAG	2	10	214454	214463	20 %	40 %	40 %	0 %	408502103
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210	NC_018722	GTTTT	2	10	311193	311202	0 %	80 %	20 %	0 %	408502183
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212	NC_018722	CGGTG	2	10	312339	312348	0 %	20 %	60 %	20 %	408502185
213	NC_018722	CGCTG	2	10	313178	313187	0 %	20 %	40 %	40 %	408502185
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234	NC_018722	TGGGG	2	10	346850	346859	0 %	20 %	80 %	0 %	408502208
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243	NC_018722	GTGCA	2	10	358988	358997	20 %	20 %	40 %	20 %	408502216
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245	NC_018722	TGACG	2	10	362073	362082	20 %	20 %	40 %	20 %	408502219
246	NC_018722	TGCAG	2	10	362226	362235	20 %	20 %	40 %	20 %	408502220
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248	NC_018722	CTTTT	2	10	363984	363993	0 %	80 %	0 %	20 %	408502221
249	NC_018722	TTATT	2	10	365352	365361	20 %	80 %	0 %	0 %	408502222
250	NC_018722	TGGAT	2	10	367055	367064	20 %	40 %	40 %	0 %	408502224
251	NC_018722	CGCAC	2	10	367874	367883	20 %	0 %	20 %	60 %	408502225
252	NC_018722	CTGCG	2	10	370509	370518	0 %	20 %	40 %	40 %	408502225
253	NC_018722	GCGGT	2	10	374547	374556	0 %	20 %	60 %	20 %	408502228
254	NC_018722	GATCC	2	10	377932	377941	20 %	20 %	20 %	40 %	408502231
255	NC_018722	GCGCG	2	10	378408	378417	0 %	0 %	60 %	40 %	408502233
256	NC_018722	CGCTG	2	10	383205	383214	0 %	20 %	40 %	40 %	408502239
257	NC_018722	GCCGT	2	10	384365	384374	0 %	20 %	40 %	40 %	408502241
258	NC_018722	AGGAG	2	10	387280	387289	40 %	0 %	60 %	0 %	408502243
259	NC_018722	CAGTG	2	10	388875	388884	20 %	20 %	40 %	20 %	408502244
260	NC_018722	TGCGG	2	10	389101	389110	0 %	20 %	60 %	20 %	408502244
261	NC_018722	CTGAA	2	10	391733	391742	40 %	20 %	20 %	20 %	408502247
262	NC_018722	ACGTG	2	10	392004	392013	20 %	20 %	40 %	20 %	408502247
263	NC_018722	GCGCC	2	10	394064	394073	0 %	0 %	40 %	60 %	408502249
264	NC_018722	CCAAA	2	10	394395	394404	60 %	0 %	0 %	40 %	408502249
265	NC_018722	GCAGA	2	10	394905	394914	40 %	0 %	40 %	20 %	408502249
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382	NC_018722	CTTAC	2	10	555699	555708	20 %	40 %	0 %	40 %	408502386
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390	NC_018722	GCACG	2	10	571996	572005	20 %	0 %	40 %	40 %	408502396
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499	NC_018722	CTTTC	2	10	742547	742556	0 %	60 %	0 %	40 %	408502535
500	NC_018722	GCAGC	2	10	743543	743552	20 %	0 %	40 %	40 %	408502536

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