MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 12104

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018722	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501913
2	NC_018722	GCT	2	6	421	426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501913
3	NC_018722	ACA	2	6	538	543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501913
4	NC_018722	CTT	2	6	658	663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501913
5	NC_018722	AAG	2	6	704	709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501913
6	NC_018722	TGT	2	6	945	950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501913
7	NC_018722	TTC	2	6	972	977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501913
8	NC_018722	TTC	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501913
9	NC_018722	TTC	2	6	1121	1126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501913
10	NC_018722	GTT	2	6	1192	1197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501913
11	NC_018722	ACT	2	6	1249	1254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501913
12	NC_018722	TGG	2	6	1272	1277	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501913
13	NC_018722	AAG	2	6	1660	1665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501914
14	NC_018722	GCT	2	6	1746	1751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501914
15	NC_018722	TGT	2	6	1868	1873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501914
16	NC_018722	CAA	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501914
17	NC_018722	GAA	2	6	1914	1919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501914
18	NC_018722	AGG	2	6	2009	2014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501914
19	NC_018722	AGA	2	6	2081	2086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501914
20	NC_018722	ATT	2	6	2139	2144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501914
21	NC_018722	GCA	2	6	2300	2305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501914
22	NC_018722	TCT	2	6	2337	2342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501914
23	NC_018722	ATC	2	6	2389	2394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501914
24	NC_018722	GTT	2	6	2453	2458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501914
25	NC_018722	TTA	2	6	2485	2490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501914
26	NC_018722	CAG	2	6	2496	2501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501914
27	NC_018722	TTG	2	6	2505	2510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501914
28	NC_018722	GAA	2	6	2562	2567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501914
29	NC_018722	GAA	2	6	2625	2630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501914
30	NC_018722	AGG	2	6	2653	2658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501914
31	NC_018722	CAT	2	6	2729	2734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501914
32	NC_018722	TGC	2	6	2895	2900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501915
33	NC_018722	CAG	2	6	3087	3092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501915
34	NC_018722	CTT	2	6	3159	3164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501915
35	NC_018722	TAT	2	6	3373	3378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501915
36	NC_018722	CTC	2	6	3435	3440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501915
37	NC_018722	GAG	2	6	3445	3450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501915
38	NC_018722	GAT	2	6	3667	3672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501915
39	NC_018722	ATG	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501915
40	NC_018722	AAT	2	6	3830	3835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408501915
41	NC_018722	CGT	2	6	4080	4085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501916
42	NC_018722	GAA	2	6	4141	4146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501916
43	NC_018722	GAA	2	6	4247	4252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501916
44	NC_018722	GAA	2	6	4394	4399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501917
45	NC_018722	GGA	2	6	4558	4563	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501917
46	NC_018722	TTC	2	6	4875	4880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501917
47	NC_018722	TCT	2	6	4897	4902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501917
48	NC_018722	TTG	2	6	5121	5126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501917
49	NC_018722	ATT	2	6	5174	5179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501917
50	NC_018722	TAC	2	6	5206	5211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501917
51	NC_018722	ACG	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501917
52	NC_018722	GTA	2	6	5345	5350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501917
53	NC_018722	ATC	2	6	5579	5584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501917
54	NC_018722	TCT	2	6	5756	5761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501917
55	NC_018722	GGA	2	6	5764	5769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501917
56	NC_018722	GTT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501917
57	NC_018722	GAT	2	6	5843	5848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501917
58	NC_018722	AGA	2	6	5893	5898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501917
59	NC_018722	GGA	2	6	5990	5995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501917
60	NC_018722	GGC	2	6	6019	6024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501917
61	NC_018722	TTA	2	6	6033	6038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501917
62	NC_018722	TAA	2	6	6226	6231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408501917
63	NC_018722	ACT	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501917
64	NC_018722	TAT	2	6	6313	6318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501917
65	NC_018722	TTA	2	6	6390	6395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501917
66	NC_018722	AAC	2	6	6522	6527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501917
67	NC_018722	AGA	2	6	6615	6620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501917
68	NC_018722	GTG	2	6	6753	6758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501917
69	NC_018722	TAG	3	9	6798	6806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501917
70	NC_018722	GGA	2	6	7135	7140	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501918
71	NC_018722	CTT	2	6	7141	7146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501918
72	NC_018722	GAT	2	6	7188	7193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501918
73	NC_018722	TGC	2	6	7462	7467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501918
74	NC_018722	ACT	2	6	7498	7503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501918
75	NC_018722	TGA	2	6	7618	7623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501918
76	NC_018722	GCA	2	6	7626	7631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501918
77	NC_018722	TCA	2	6	7801	7806	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501918
78	NC_018722	TTG	2	6	7812	7817	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501918
79	NC_018722	GAT	2	6	8049	8054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501918
80	NC_018722	TCC	2	6	10496	10501	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501919
81	NC_018722	CTG	2	6	10518	10523	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501919
82	NC_018722	GTC	2	6	10538	10543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501919
83	NC_018722	AGC	2	6	10610	10615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501919
84	NC_018722	TTG	2	6	10634	10639	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501919
85	NC_018722	GAC	2	6	10765	10770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501919
86	NC_018722	GAA	2	6	10794	10799	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501919
87	NC_018722	TAC	2	6	10906	10911	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501919
88	NC_018722	TGG	2	6	10951	10956	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501919
89	NC_018722	TCG	2	6	11033	11038	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501919
90	NC_018722	GCA	2	6	11198	11203	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501919
91	NC_018722	CAT	2	6	11252	11257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501919
92	NC_018722	AAG	2	6	11360	11365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501919
93	NC_018722	TTG	2	6	11457	11462	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501919
94	NC_018722	CTG	2	6	11463	11468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501919
95	NC_018722	CGC	2	6	11488	11493	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408501919
96	NC_018722	CAC	2	6	11511	11516	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408501919
97	NC_018722	CCT	2	6	11558	11563	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501919
98	NC_018722	CGT	2	6	11584	11589	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501919
99	NC_018722	GGT	2	6	11678	11683	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501919
100	NC_018722	AGT	2	6	11801	11806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501919
101	NC_018722	AAG	2	6	11975	11980	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501919
102	NC_018722	TCC	2	6	11998	12003	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501919
103	NC_018722	TGT	2	6	12043	12048	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501919
104	NC_018722	TGC	2	6	12082	12087	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501919
105	NC_018722	GGT	2	6	12161	12166	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501919
106	NC_018722	TAT	2	6	12218	12223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501919
107	NC_018722	CGT	2	6	12296	12301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501919
108	NC_018722	GGT	2	6	12574	12579	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501920
109	NC_018722	TGT	2	6	12594	12599	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501920
110	NC_018722	GGA	2	6	12652	12657	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501920
111	NC_018722	ATG	2	6	12702	12707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501920
112	NC_018722	TGA	2	6	12844	12849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501920
113	NC_018722	TTG	2	6	12867	12872	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501920
114	NC_018722	CAT	2	6	12934	12939	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501920
115	NC_018722	CTG	2	6	12987	12992	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501920
116	NC_018722	TGA	2	6	13006	13011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501920
117	NC_018722	TGG	2	6	13021	13026	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501920
118	NC_018722	GAG	2	6	13175	13180	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501920
119	NC_018722	GAA	2	6	13267	13272	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501920
120	NC_018722	TGA	2	6	13314	13319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501920
121	NC_018722	CGG	2	6	13440	13445	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501920
122	NC_018722	AGA	2	6	13447	13452	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501920
123	NC_018722	TCT	2	6	13642	13647	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501920
124	NC_018722	GTC	2	6	13767	13772	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501920
125	NC_018722	GTT	2	6	13994	13999	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501921
126	NC_018722	GCT	2	6	14006	14011	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501921
127	NC_018722	CGA	2	6	14024	14029	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501921
128	NC_018722	AGG	2	6	14126	14131	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501921
129	NC_018722	CAG	2	6	14254	14259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501921
130	NC_018722	GTA	2	6	14367	14372	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501921
131	NC_018722	AGG	2	6	14502	14507	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501921
132	NC_018722	ATT	2	6	14683	14688	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501921
133	NC_018722	TTA	2	6	14700	14705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501921
134	NC_018722	GTG	2	6	14716	14721	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501921
135	NC_018722	AGT	2	6	14768	14773	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501921
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151	NC_018722	GTA	2	6	16408	16413	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501922
152	NC_018722	TGA	2	6	16446	16451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501922
153	NC_018722	GCT	2	6	16461	16466	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501922
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155	NC_018722	TAC	2	6	16516	16521	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501922
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157	NC_018722	GAA	2	6	16687	16692	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501922
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161	NC_018722	CTT	2	6	17390	17395	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501922
162	NC_018722	GAA	2	6	17617	17622	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501922
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252	NC_018722	TGT	2	6	26723	26728	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501927
253	NC_018722	TGC	2	6	26949	26954	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501927
254	NC_018722	CAA	2	6	27136	27141	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501927
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256	NC_018722	GTT	2	6	27657	27662	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501928
257	NC_018722	TGG	2	6	27674	27679	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501928
258	NC_018722	TGG	2	6	27684	27689	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501928
259	NC_018722	GGT	2	6	27857	27862	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501928
260	NC_018722	GTA	2	6	27931	27936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501928
261	NC_018722	ATG	2	6	28099	28104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501928
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265	NC_018722	TGA	2	6	28484	28489	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501928
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267	NC_018722	TGA	2	6	28733	28738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501928
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284	NC_018722	GTG	2	6	30564	30569	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501930
285	NC_018722	TTC	2	6	30801	30806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501930
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499	NC_018722	CAC	2	6	51491	51496	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408501947
500	NC_018722	GCA	2	6	51558	51563	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501947

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