MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 21915

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_018722	GCA	2	6	140732	140737	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502024
2502	NC_018722	GCT	2	6	141113	141118	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502025
2503	NC_018722	CG	3	6	141127	141132	0 %	0 %	50 %	50 %	408502025
2504	NC_018722	TC	3	6	141152	141157	0 %	50 %	0 %	50 %	408502025
2505	NC_018722	CTGC	2	8	141215	141222	0 %	25 %	25 %	50 %	408502025
2506	NC_018722	AGT	2	6	141464	141469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502025
2507	NC_018722	ACCT	2	8	141525	141532	25 %	25 %	0 %	50 %	408502025
2508	NC_018722	CTG	2	6	141545	141550	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502025
2509	NC_018722	GAT	2	6	141567	141572	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502025
2510	NC_018722	GCC	2	6	141642	141647	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502025
2511	NC_018722	TCT	2	6	141754	141759	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502025
2512	NC_018722	CAAT	2	8	141808	141815	50 %	25 %	0 %	25 %	408502025
2513	NC_018722	CAC	2	6	141850	141855	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502025
2514	NC_018722	GAA	2	6	141960	141965	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502025
2515	NC_018722	GGC	2	6	141992	141997	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502025
2516	NC_018722	TCCA	2	8	142049	142056	25 %	25 %	0 %	50 %	408502025
2517	NC_018722	ATC	2	6	142069	142074	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502025
2518	NC_018722	CGC	2	6	142110	142115	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502025
2519	NC_018722	CAG	2	6	142136	142141	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502025
2520	NC_018722	ACCAA	2	10	142271	142280	60 %	0 %	0 %	40 %	408502025
2521	NC_018722	GA	3	6	142298	142303	50 %	0 %	50 %	0 %	408502025
2522	NC_018722	ATG	2	6	142447	142452	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502025
2523	NC_018722	ACG	2	6	142465	142470	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502025
2524	NC_018722	T	6	6	142594	142599	0 %	100 %	0 %	0 %	408502025
2525	NC_018722	CAT	2	6	142637	142642	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502025
2526	NC_018722	GC	3	6	142668	142673	0 %	0 %	50 %	50 %	408502025
2527	NC_018722	CG	3	6	142679	142684	0 %	0 %	50 %	50 %	408502025
2528	NC_018722	T	7	7	142728	142734	0 %	100 %	0 %	0 %	408502025
2529	NC_018722	AGCCA	2	10	142743	142752	40 %	0 %	20 %	40 %	408502025
2530	NC_018722	CCA	2	6	142757	142762	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502025
2531	NC_018722	T	6	6	142788	142793	0 %	100 %	0 %	0 %	408502025
2532	NC_018722	TCT	2	6	142843	142848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502025
2533	NC_018722	CT	3	6	143056	143061	0 %	50 %	0 %	50 %	408502026
2534	NC_018722	GTT	2	6	143077	143082	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502026
2535	NC_018722	TGA	2	6	143095	143100	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502026
2536	NC_018722	CTG	2	6	143194	143199	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502026
2537	NC_018722	TGC	2	6	143249	143254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502026
2538	NC_018722	CA	3	6	143296	143301	50 %	0 %	0 %	50 %	408502026
2539	NC_018722	CGC	2	6	143318	143323	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502026
2540	NC_018722	TGCG	3	12	143331	143342	0 %	25 %	50 %	25 %	408502026
2541	NC_018722	GTT	2	6	143403	143408	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502026
2542	NC_018722	AGA	2	6	143435	143440	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502026
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2544	NC_018722	CTT	2	6	143644	143649	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502026
2545	NC_018722	T	9	9	143736	143744	0 %	100 %	0 %	0 %	408502026
2546	NC_018722	GC	3	6	143750	143755	0 %	0 %	50 %	50 %	408502026
2547	NC_018722	T	7	7	143765	143771	0 %	100 %	0 %	0 %	408502026
2548	NC_018722	CGG	2	6	143778	143783	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502026
2549	NC_018722	TTC	2	6	143821	143826	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502026
2550	NC_018722	TTA	2	6	143852	143857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408502026
2551	NC_018722	GCG	2	6	143862	143867	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502026
2552	NC_018722	GCG	2	6	143874	143879	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502026
2553	NC_018722	CCG	2	6	143880	143885	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502026
2554	NC_018722	GCAG	2	8	143927	143934	25 %	0 %	50 %	25 %	408502026
2555	NC_018722	T	6	6	144084	144089	0 %	100 %	0 %	0 %	408502026
2556	NC_018722	A	6	6	144099	144104	100 %	0 %	0 %	0 %	408502026
2557	NC_018722	TCG	2	6	144115	144120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502026
2558	NC_018722	ATTT	2	8	144124	144131	25 %	75 %	0 %	0 %	408502026
2559	NC_018722	CTTC	2	8	144256	144263	0 %	50 %	0 %	50 %	408502026
2560	NC_018722	GAA	2	6	144269	144274	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502026
2561	NC_018722	AGGA	2	8	144280	144287	50 %	0 %	50 %	0 %	408502026
2562	NC_018722	TG	3	6	144354	144359	0 %	50 %	50 %	0 %	408502026
2563	NC_018722	AGA	2	6	144413	144418	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502026
2564	NC_018722	AC	3	6	144461	144466	50 %	0 %	0 %	50 %	408502026
2565	NC_018722	GCT	2	6	144467	144472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502026
2566	NC_018722	ACA	2	6	144528	144533	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502026
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2568	NC_018722	GAT	2	6	144648	144653	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502026
2569	NC_018722	GCA	2	6	144722	144727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502026
2570	NC_018722	AGC	2	6	144790	144795	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502026
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2572	NC_018722	TGA	2	6	144875	144880	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502026
2573	NC_018722	TG	3	6	145000	145005	0 %	50 %	50 %	0 %	408502026
2574	NC_018722	TCTT	2	8	145027	145034	0 %	75 %	0 %	25 %	408502026
2575	NC_018722	GTT	2	6	145076	145081	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408502026
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2577	NC_018722	TC	3	6	145132	145137	0 %	50 %	0 %	50 %	408502026
2578	NC_018722	AGA	2	6	145172	145177	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502026
2579	NC_018722	GCAG	2	8	145189	145196	25 %	0 %	50 %	25 %	408502026
2580	NC_018722	AGTG	2	8	145208	145215	25 %	25 %	50 %	0 %	408502026
2581	NC_018722	GCA	2	6	145217	145222	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502026
2582	NC_018722	TAC	2	6	145242	145247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502026
2583	NC_018722	CCA	3	9	145292	145300	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502026
2584	NC_018722	CG	3	6	145329	145334	0 %	0 %	50 %	50 %	408502026
2585	NC_018722	TGC	2	6	145355	145360	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502026
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2588	NC_018722	GCT	2	6	145413	145418	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502026
2589	NC_018722	GCAGC	2	10	145457	145466	20 %	0 %	40 %	40 %	408502026
2590	NC_018722	GCC	2	6	145539	145544	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502026
2591	NC_018722	CAAA	2	8	145552	145559	75 %	0 %	0 %	25 %	408502026
2592	NC_018722	CGT	2	6	145656	145661	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502027
2593	NC_018722	GGC	2	6	145665	145670	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502027
2594	NC_018722	CTGG	2	8	145741	145748	0 %	25 %	50 %	25 %	408502027
2595	NC_018722	TG	3	6	145789	145794	0 %	50 %	50 %	0 %	408502027
2596	NC_018722	GGGA	2	8	145829	145836	25 %	0 %	75 %	0 %	408502027
2597	NC_018722	ATA	2	6	145928	145933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502027
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2599	NC_018722	GAG	2	6	146146	146151	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502027
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2601	NC_018722	GC	3	6	146250	146255	0 %	0 %	50 %	50 %	408502027
2602	NC_018722	GCAC	2	8	146265	146272	25 %	0 %	25 %	50 %	408502027
2603	NC_018722	TG	3	6	146300	146305	0 %	50 %	50 %	0 %	408502027
2604	NC_018722	GCG	2	6	146395	146400	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502027
2605	NC_018722	GC	4	8	146404	146411	0 %	0 %	50 %	50 %	408502027
2606	NC_018722	T	6	6	146440	146445	0 %	100 %	0 %	0 %	408502027
2607	NC_018722	GAG	2	6	146458	146463	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502027
2608	NC_018722	CG	3	6	146467	146472	0 %	0 %	50 %	50 %	408502027
2609	NC_018722	GAT	2	6	146569	146574	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502027
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2611	NC_018722	AGG	2	6	146627	146632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502027
2612	NC_018722	GGAA	2	8	146633	146640	50 %	0 %	50 %	0 %	408502027
2613	NC_018722	T	6	6	146668	146673	0 %	100 %	0 %	0 %	408502027
2614	NC_018722	TG	3	6	146682	146687	0 %	50 %	50 %	0 %	408502027
2615	NC_018722	CG	3	6	146845	146850	0 %	0 %	50 %	50 %	408502028
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2624	NC_018722	ACA	2	6	147240	147245	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502028
2625	NC_018722	ATGG	2	8	147322	147329	25 %	25 %	50 %	0 %	408502028
2626	NC_018722	AGGC	2	8	147342	147349	25 %	0 %	50 %	25 %	408502028
2627	NC_018722	GCA	2	6	147385	147390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502028
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2629	NC_018722	CCGTGC	2	12	147409	147420	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	408502028
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2631	NC_018722	GT	3	6	147457	147462	0 %	50 %	50 %	0 %	408502028
2632	NC_018722	GC	3	6	147479	147484	0 %	0 %	50 %	50 %	408502028
2633	NC_018722	GGATC	2	10	147518	147527	20 %	20 %	40 %	20 %	408502028
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2653	NC_018722	CG	3	6	148398	148403	0 %	0 %	50 %	50 %	408502030
2654	NC_018722	GCA	2	6	148408	148413	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502030
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2656	NC_018722	CGGCTG	2	12	148599	148610	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	408502030
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2738	NC_018722	GGAA	2	8	153816	153823	50 %	0 %	50 %	0 %	408502036
2739	NC_018722	AGA	2	6	153862	153867	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502036
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2743	NC_018722	GAGT	2	8	154083	154090	25 %	25 %	50 %	0 %	408502036
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2854	NC_018722	AGCG	2	8	159220	159227	25 %	0 %	50 %	25 %	408502040
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2872	NC_018722	GCA	2	6	160168	160173	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502041
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2986	NC_018722	A	9	9	165611	165619	100 %	0 %	0 %	0 %	408502046
2987	NC_018722	GGGA	2	8	165722	165729	25 %	0 %	75 %	0 %	408502046
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2992	NC_018722	AG	3	6	165931	165936	50 %	0 %	50 %	0 %	408502046
2993	NC_018722	GCG	2	6	165953	165958	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502046
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2995	NC_018722	GCG	2	6	166026	166031	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502047
2996	NC_018722	AG	3	6	166032	166037	50 %	0 %	50 %	0 %	408502047
2997	NC_018722	GCAG	2	8	166042	166049	25 %	0 %	50 %	25 %	408502047
2998	NC_018722	GGCA	2	8	166075	166082	25 %	0 %	50 %	25 %	408502047
2999	NC_018722	TGAG	2	8	166115	166122	25 %	25 %	50 %	0 %	408502047
3000	NC_018722	AGAGG	2	10	166245	166254	40 %	0 %	60 %	0 %	408502047

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