MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 21915

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
21501	NC_018722	AGG	2	6	1115599	1115604	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502867
21502	NC_018722	GT	4	8	1115619	1115626	0 %	50 %	50 %	0 %	408502867
21503	NC_018722	TG	3	6	1115629	1115634	0 %	50 %	50 %	0 %	408502867
21504	NC_018722	GC	3	6	1115692	1115697	0 %	0 %	50 %	50 %	408502867
21505	NC_018722	ACG	2	6	1115796	1115801	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502867
21506	NC_018722	GCG	2	6	1115857	1115862	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502867
21507	NC_018722	GGA	3	9	1115887	1115895	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502867
21508	NC_018722	TGC	2	6	1115914	1115919	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502867
21509	NC_018722	AGG	2	6	1116003	1116008	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502867
21510	NC_018722	AGA	2	6	1116073	1116078	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502867
21511	NC_018722	TGCGA	2	10	1116087	1116096	20 %	20 %	40 %	20 %	408502867
21512	NC_018722	TCGTA	2	10	1116173	1116182	20 %	40 %	20 %	20 %	408502867
21513	NC_018722	AGA	2	6	1116256	1116261	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502867
21514	NC_018722	CACT	2	8	1116329	1116336	25 %	25 %	0 %	50 %	408502867
21515	NC_018722	ACCTG	2	10	1116370	1116379	20 %	20 %	20 %	40 %	408502867
21516	NC_018722	TC	3	6	1116406	1116411	0 %	50 %	0 %	50 %	408502867
21517	NC_018722	GCG	2	6	1116439	1116444	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502867
21518	NC_018722	CGA	2	6	1116557	1116562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502867
21519	NC_018722	GTA	2	6	1116596	1116601	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502867
21520	NC_018722	GAA	2	6	1116607	1116612	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502867
21521	NC_018722	AT	3	6	1116708	1116713	50 %	50 %	0 %	0 %	408502867
21522	NC_018722	GAA	2	6	1116791	1116796	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502867
21523	NC_018722	GC	3	6	1116916	1116921	0 %	0 %	50 %	50 %	408502867
21524	NC_018722	CCA	2	6	1116949	1116954	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502867
21525	NC_018722	CT	3	6	1116959	1116964	0 %	50 %	0 %	50 %	408502867
21526	NC_018722	CTA	2	6	1117066	1117071	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502868
21527	NC_018722	CGCCTT	2	12	1117072	1117083	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	408502868
21528	NC_018722	CAC	2	6	1117120	1117125	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502868
21529	NC_018722	AGG	2	6	1117138	1117143	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502868
21530	NC_018722	GT	3	6	1117146	1117151	0 %	50 %	50 %	0 %	408502868
21531	NC_018722	AT	3	6	1117174	1117179	50 %	50 %	0 %	0 %	408502868
21532	NC_018722	A	6	6	1117470	1117475	100 %	0 %	0 %	0 %	408502868
21533	NC_018722	CG	3	6	1117476	1117481	0 %	0 %	50 %	50 %	408502868
21534	NC_018722	ACT	2	6	1117486	1117491	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502868
21535	NC_018722	CA	3	6	1117545	1117550	50 %	0 %	0 %	50 %	408502868
21536	NC_018722	CCTG	2	8	1117584	1117591	0 %	25 %	25 %	50 %	408502868
21537	NC_018722	TAA	2	6	1117596	1117601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408502868
21538	NC_018722	A	6	6	1117600	1117605	100 %	0 %	0 %	0 %	408502868
21539	NC_018722	TCA	2	6	1117664	1117669	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502868
21540	NC_018722	A	6	6	1117700	1117705	100 %	0 %	0 %	0 %	408502868
21541	NC_018722	CCA	2	6	1117746	1117751	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502868
21542	NC_018722	ACT	2	6	1117760	1117765	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502868
21543	NC_018722	A	6	6	1117807	1117812	100 %	0 %	0 %	0 %	408502868
21544	NC_018722	TGAT	2	8	1117871	1117878	25 %	50 %	25 %	0 %	408502868
21545	NC_018722	A	6	6	1117908	1117913	100 %	0 %	0 %	0 %	408502868
21546	NC_018722	GAATC	2	10	1117920	1117929	40 %	20 %	20 %	20 %	408502868
21547	NC_018722	TTC	2	6	1118062	1118067	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502868
21548	NC_018722	CCG	2	6	1118183	1118188	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502868
21549	NC_018722	GC	4	8	1118238	1118245	0 %	0 %	50 %	50 %	408502868
21550	NC_018722	CA	3	6	1118250	1118255	50 %	0 %	0 %	50 %	408502868
21551	NC_018722	GAA	2	6	1118276	1118281	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502868
21552	NC_018722	T	6	6	1118288	1118293	0 %	100 %	0 %	0 %	408502868
21553	NC_018722	GGA	2	6	1118311	1118316	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502868
21554	NC_018722	CGA	2	6	1118514	1118519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502869
21555	NC_018722	TTC	2	6	1118621	1118626	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502869
21556	NC_018722	TCTGCA	2	12	1118661	1118672	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	408502869
21557	NC_018722	CG	3	6	1118757	1118762	0 %	0 %	50 %	50 %	408502869
21558	NC_018722	ATC	2	6	1118771	1118776	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502869
21559	NC_018722	GCT	2	6	1118860	1118865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502869
21560	NC_018722	CGAG	2	8	1118883	1118890	25 %	0 %	50 %	25 %	408502869
21561	NC_018722	TCA	2	6	1118955	1118960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502869
21562	NC_018722	CTT	2	6	1119153	1119158	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502870
21563	NC_018722	GCAC	2	8	1119229	1119236	25 %	0 %	25 %	50 %	408502870
21564	NC_018722	GC	4	8	1119241	1119248	0 %	0 %	50 %	50 %	408502870
21565	NC_018722	CCG	2	6	1119286	1119291	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502870
21566	NC_018722	CGC	2	6	1119319	1119324	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502870
21567	NC_018722	CCG	2	6	1119371	1119376	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502870
21568	NC_018722	AC	3	6	1119438	1119443	50 %	0 %	0 %	50 %	408502870
21569	NC_018722	GCGA	2	8	1119444	1119451	25 %	0 %	50 %	25 %	408502870
21570	NC_018722	TTC	2	6	1119487	1119492	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502870
21571	NC_018722	C	6	6	1119690	1119695	0 %	0 %	0 %	100 %	408502871
21572	NC_018722	GTA	2	6	1119714	1119719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408502871
21573	NC_018722	CG	4	8	1119845	1119852	0 %	0 %	50 %	50 %	408502871
21574	NC_018722	CA	3	6	1120405	1120410	50 %	0 %	0 %	50 %	408502872
21575	NC_018722	ATGCGT	2	12	1120477	1120488	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	408502872
21576	NC_018722	TTC	2	6	1120599	1120604	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502872
21577	NC_018722	GCT	3	9	1120652	1120660	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502872
21578	NC_018722	CAC	2	6	1120666	1120671	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502872
21579	NC_018722	AGA	2	6	1120769	1120774	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502872
21580	NC_018722	CTC	2	6	1120803	1120808	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502872
21581	NC_018722	CA	3	6	1120816	1120821	50 %	0 %	0 %	50 %	408502872
21582	NC_018722	CCA	2	6	1120835	1120840	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502872
21583	NC_018722	AC	3	6	1120874	1120879	50 %	0 %	0 %	50 %	408502872
21584	NC_018722	GCG	2	6	1120892	1120897	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502872
21585	NC_018722	CTT	2	6	1120922	1120927	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502872
21586	NC_018722	CGCA	2	8	1120991	1120998	25 %	0 %	25 %	50 %	408502872
21587	NC_018722	AAC	2	6	1121131	1121136	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408502872
21588	NC_018722	TGTA	2	8	1121250	1121257	25 %	50 %	25 %	0 %	408502872
21589	NC_018722	ACC	2	6	1121308	1121313	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408502872
21590	NC_018722	AGCG	2	8	1121342	1121349	25 %	0 %	50 %	25 %	408502872
21591	NC_018722	TG	3	6	1121510	1121515	0 %	50 %	50 %	0 %	408502872
21592	NC_018722	T	6	6	1121586	1121591	0 %	100 %	0 %	0 %	408502872
21593	NC_018722	AGAA	2	8	1121599	1121606	75 %	0 %	25 %	0 %	408502872
21594	NC_018722	AAG	2	6	1121721	1121726	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502872
21595	NC_018722	GC	3	6	1121732	1121737	0 %	0 %	50 %	50 %	408502872
21596	NC_018722	GCA	2	6	1121777	1121782	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408502872
21597	NC_018722	TAC	2	6	1121841	1121846	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502872
21598	NC_018722	GGC	2	6	1122009	1122014	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408502872
21599	NC_018722	GTTT	2	8	1122077	1122084	0 %	75 %	25 %	0 %	408502872
21600	NC_018722	G	6	6	1122475	1122480	0 %	0 %	100 %	0 %	408502873
21601	NC_018722	GAG	2	6	1122502	1122507	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408502873
21602	NC_018722	CA	3	6	1122524	1122529	50 %	0 %	0 %	50 %	408502873
21603	NC_018722	CTG	2	6	1122677	1122682	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502873
21604	NC_018722	AGA	2	6	1122699	1122704	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408502873
21605	NC_018722	C	6	6	1122767	1122772	0 %	0 %	0 %	100 %	408502873
21606	NC_018722	TGCA	2	8	1122822	1122829	25 %	25 %	25 %	25 %	408502873
21607	NC_018722	AC	3	6	1122830	1122835	50 %	0 %	0 %	50 %	408502873
21608	NC_018722	AAACC	2	10	1122921	1122930	60 %	0 %	0 %	40 %	408502873
21609	NC_018722	TCA	2	6	1123013	1123018	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502873
21610	NC_018722	GT	3	6	1123133	1123138	0 %	50 %	50 %	0 %	408502874
21611	NC_018722	CGC	2	6	1123217	1123222	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408502874
21612	NC_018722	TCA	2	6	1123244	1123249	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408502874
21613	NC_018722	CTC	2	6	1123347	1123352	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502874
21614	NC_018722	TCG	2	6	1123355	1123360	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408502874
21615	NC_018722	CTT	2	6	1123476	1123481	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502874
21616	NC_018722	TTC	2	6	1123504	1123509	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408502874
21617	NC_018722	GT	3	6	1123517	1123522	0 %	50 %	50 %	0 %	408502874
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21619	NC_018722	CTC	2	6	1123573	1123578	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408502874
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21844	NC_018722	CA	3	6	1135237	1135242	50 %	0 %	0 %	50 %	408502882
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