MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 21915

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_018722	TCC	2	6	57286	57291	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501952
1002	NC_018722	GAT	2	6	57295	57300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501952
1003	NC_018722	CGC	2	6	57318	57323	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408501952
1004	NC_018722	CG	4	8	57329	57336	0 %	0 %	50 %	50 %	408501952
1005	NC_018722	ACA	2	6	57410	57415	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501952
1006	NC_018722	CTG	2	6	58248	58253	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501953
1007	NC_018722	CTT	2	6	58254	58259	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501953
1008	NC_018722	CCG	2	6	58308	58313	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408501953
1009	NC_018722	A	8	8	58353	58360	100 %	0 %	0 %	0 %	408501953
1010	NC_018722	AGA	2	6	58385	58390	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501953
1011	NC_018722	GTA	2	6	58412	58417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501953
1012	NC_018722	GCG	2	6	58481	58486	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501953
1013	NC_018722	GC	3	6	58492	58497	0 %	0 %	50 %	50 %	408501953
1014	NC_018722	TGC	2	6	58822	58827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501954
1015	NC_018722	TTG	2	6	58837	58842	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501954
1016	NC_018722	GCAGG	2	10	58862	58871	20 %	0 %	60 %	20 %	408501954
1017	NC_018722	GTA	3	9	58881	58889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501954
1018	NC_018722	AG	3	6	58917	58922	50 %	0 %	50 %	0 %	408501954
1019	NC_018722	AGT	2	6	58988	58993	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501954
1020	NC_018722	ATC	2	6	59130	59135	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501954
1021	NC_018722	AGG	2	6	59172	59177	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501954
1022	NC_018722	TGA	2	6	59198	59203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501954
1023	NC_018722	CGC	2	6	59206	59211	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408501954
1024	NC_018722	AGG	2	6	59259	59264	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501954
1025	NC_018722	TCA	2	6	59395	59400	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501954
1026	NC_018722	GAA	2	6	59601	59606	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501955
1027	NC_018722	GC	3	6	59609	59614	0 %	0 %	50 %	50 %	408501955
1028	NC_018722	CAG	2	6	59631	59636	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501955
1029	NC_018722	CTGCA	2	10	59842	59851	20 %	20 %	20 %	40 %	408501955
1030	NC_018722	GCT	2	6	59876	59881	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501955
1031	NC_018722	C	6	6	59886	59891	0 %	0 %	0 %	100 %	408501955
1032	NC_018722	AGA	2	6	59905	59910	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501955
1033	NC_018722	CGG	2	6	59930	59935	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501955
1034	NC_018722	CGG	2	6	59939	59944	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501955
1035	NC_018722	TGA	2	6	59945	59950	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501955
1036	NC_018722	AGC	2	6	59951	59956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501955
1037	NC_018722	TGC	2	6	59963	59968	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501955
1038	NC_018722	GGA	2	6	60051	60056	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501955
1039	NC_018722	TGC	2	6	60196	60201	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501955
1040	NC_018722	CGTG	2	8	60242	60249	0 %	25 %	50 %	25 %	408501955
1041	NC_018722	TGG	2	6	60275	60280	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501955
1042	NC_018722	GT	3	6	60284	60289	0 %	50 %	50 %	0 %	408501955
1043	NC_018722	CTAC	2	8	60324	60331	25 %	25 %	0 %	50 %	408501955
1044	NC_018722	TGTC	2	8	60344	60351	0 %	50 %	25 %	25 %	408501955
1045	NC_018722	TCAAA	2	10	60365	60374	60 %	20 %	0 %	20 %	408501955
1046	NC_018722	GCA	2	6	60403	60408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501955
1047	NC_018722	ATC	2	6	60535	60540	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501955
1048	NC_018722	GCGT	2	8	60541	60548	0 %	25 %	50 %	25 %	408501955
1049	NC_018722	GA	3	6	60625	60630	50 %	0 %	50 %	0 %	408501955
1050	NC_018722	CG	3	6	60679	60684	0 %	0 %	50 %	50 %	408501956
1051	NC_018722	GTT	2	6	60688	60693	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501956
1052	NC_018722	AC	3	6	60723	60728	50 %	0 %	0 %	50 %	408501956
1053	NC_018722	TTGC	2	8	60761	60768	0 %	50 %	25 %	25 %	408501956
1054	NC_018722	CGTG	2	8	60776	60783	0 %	25 %	50 %	25 %	408501956
1055	NC_018722	CAG	2	6	60797	60802	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501956
1056	NC_018722	T	6	6	60896	60901	0 %	100 %	0 %	0 %	408501956
1057	NC_018722	ATG	2	6	60995	61000	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501956
1058	NC_018722	TGCG	2	8	61110	61117	0 %	25 %	50 %	25 %	408501956
1059	NC_018722	CT	3	6	61131	61136	0 %	50 %	0 %	50 %	408501956
1060	NC_018722	CG	3	6	61189	61194	0 %	0 %	50 %	50 %	408501956
1061	NC_018722	CG	3	6	61221	61226	0 %	0 %	50 %	50 %	408501956
1062	NC_018722	ATG	2	6	61323	61328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501956
1063	NC_018722	GC	5	10	61367	61376	0 %	0 %	50 %	50 %	408501956
1064	NC_018722	CAC	2	6	61457	61462	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408501956
1065	NC_018722	AAGG	2	8	61478	61485	50 %	0 %	50 %	0 %	408501956
1066	NC_018722	GC	3	6	61532	61537	0 %	0 %	50 %	50 %	408501956
1067	NC_018722	GCA	2	6	61547	61552	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501956
1068	NC_018722	TC	3	6	61582	61587	0 %	50 %	0 %	50 %	408501956
1069	NC_018722	ATC	2	6	61752	61757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501957
1070	NC_018722	A	7	7	61800	61806	100 %	0 %	0 %	0 %	408501957
1071	NC_018722	CCA	2	6	61943	61948	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408501957
1072	NC_018722	C	6	6	61991	61996	0 %	0 %	0 %	100 %	408501957
1073	NC_018722	AAT	2	6	62094	62099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	408501957
1074	NC_018722	GT	4	8	62118	62125	0 %	50 %	50 %	0 %	408501957
1075	NC_018722	TTA	2	6	62176	62181	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501957
1076	NC_018722	AGA	2	6	62195	62200	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501957
1077	NC_018722	AAAT	2	8	62218	62225	75 %	25 %	0 %	0 %	408501957
1078	NC_018722	CAG	2	6	62259	62264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501957
1079	NC_018722	GC	3	6	62322	62327	0 %	0 %	50 %	50 %	408501957
1080	NC_018722	TCG	2	6	62338	62343	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501957
1081	NC_018722	TTC	2	6	62373	62378	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501957
1082	NC_018722	TGTAAC	2	12	62402	62413	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	408501957
1083	NC_018722	AAGG	2	8	62532	62539	50 %	0 %	50 %	0 %	408501957
1084	NC_018722	TTC	2	6	62616	62621	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501957
1085	NC_018722	GTT	2	6	62634	62639	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501957
1086	NC_018722	TGCC	2	8	62643	62650	0 %	25 %	25 %	50 %	408501957
1087	NC_018722	C	6	6	62712	62717	0 %	0 %	0 %	100 %	408501957
1088	NC_018722	GC	3	6	62765	62770	0 %	0 %	50 %	50 %	408501957
1089	NC_018722	CAT	2	6	62796	62801	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501957
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1091	NC_018722	GCG	2	6	63031	63036	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501958
1092	NC_018722	CT	3	6	63043	63048	0 %	50 %	0 %	50 %	408501958
1093	NC_018722	GCA	2	6	63084	63089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501958
1094	NC_018722	T	6	6	63116	63121	0 %	100 %	0 %	0 %	408501958
1095	NC_018722	TGCG	2	8	63129	63136	0 %	25 %	50 %	25 %	408501958
1096	NC_018722	TG	3	6	63153	63158	0 %	50 %	50 %	0 %	408501958
1097	NC_018722	TGC	2	6	63166	63171	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501958
1098	NC_018722	TGC	2	6	63247	63252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501958
1099	NC_018722	TGT	2	6	63325	63330	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501958
1100	NC_018722	TGC	2	6	63382	63387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501958
1101	NC_018722	T	7	7	63388	63394	0 %	100 %	0 %	0 %	408501958
1102	NC_018722	CACT	2	8	63401	63408	25 %	25 %	0 %	50 %	408501958
1103	NC_018722	GGT	2	6	63409	63414	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501958
1104	NC_018722	CAG	2	6	63428	63433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501958
1105	NC_018722	GGA	2	6	63470	63475	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501958
1106	NC_018722	TTG	2	6	63491	63496	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501958
1107	NC_018722	TG	3	6	63528	63533	0 %	50 %	50 %	0 %	408501958
1108	NC_018722	GAA	2	6	63611	63616	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501958
1109	NC_018722	GAG	2	6	63641	63646	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501958
1110	NC_018722	ATC	2	6	63681	63686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501958
1111	NC_018722	GCAG	2	8	63698	63705	25 %	0 %	50 %	25 %	408501958
1112	NC_018722	T	7	7	63747	63753	0 %	100 %	0 %	0 %	408501958
1113	NC_018722	GCCAC	2	10	63809	63818	20 %	0 %	20 %	60 %	408501958
1114	NC_018722	TCC	2	6	64208	64213	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501959
1115	NC_018722	TG	3	6	64237	64242	0 %	50 %	50 %	0 %	408501959
1116	NC_018722	GC	3	6	64244	64249	0 %	0 %	50 %	50 %	408501959
1117	NC_018722	TCT	2	6	64255	64260	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501959
1118	NC_018722	AGG	2	6	64311	64316	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501959
1119	NC_018722	CGC	2	6	64323	64328	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408501959
1120	NC_018722	ACG	2	6	64525	64530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501960
1121	NC_018722	TAT	2	6	64604	64609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501960
1122	NC_018722	TCAG	2	8	64747	64754	25 %	25 %	25 %	25 %	408501960
1123	NC_018722	TGC	2	6	64763	64768	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501960
1124	NC_018722	GC	3	6	64863	64868	0 %	0 %	50 %	50 %	408501960
1125	NC_018722	ACT	2	6	64992	64997	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501960
1126	NC_018722	GGC	2	6	65024	65029	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501960
1127	NC_018722	AGC	2	6	65171	65176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501960
1128	NC_018722	CAGT	2	8	65412	65419	25 %	25 %	25 %	25 %	408501960
1129	NC_018722	ACC	2	6	65443	65448	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408501960
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1131	NC_018722	CCT	2	6	65503	65508	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501960
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1149	NC_018722	TG	3	6	66231	66236	0 %	50 %	50 %	0 %	408501961
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1240	NC_018722	TTAC	2	8	71464	71471	25 %	50 %	0 %	25 %	408501968
1241	NC_018722	TTC	2	6	71475	71480	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501968
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1246	NC_018722	AG	3	6	72201	72206	50 %	0 %	50 %	0 %	408501969
1247	NC_018722	A	6	6	72207	72212	100 %	0 %	0 %	0 %	408501969
1248	NC_018722	GT	3	6	72253	72258	0 %	50 %	50 %	0 %	408501969
1249	NC_018722	CT	3	6	72420	72425	0 %	50 %	0 %	50 %	408501970
1250	NC_018722	GCT	2	6	72442	72447	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501970
1251	NC_018722	TAT	2	6	72593	72598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501970
1252	NC_018722	TA	3	6	72664	72669	50 %	50 %	0 %	0 %	408501970
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