MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A chromosome

Total Repeats: 21915

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_018722	AG	3	6	29864	29869	50 %	0 %	50 %	0 %	408501930
502	NC_018722	ACC	2	6	29941	29946	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408501930
503	NC_018722	TGCGC	2	10	29963	29972	0 %	20 %	40 %	40 %	408501930
504	NC_018722	AGT	2	6	29977	29982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501930
505	NC_018722	CCG	2	6	30119	30124	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408501930
506	NC_018722	TCT	2	6	30158	30163	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501930
507	NC_018722	CAC	2	6	30317	30322	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408501930
508	NC_018722	T	6	6	30335	30340	0 %	100 %	0 %	0 %	408501930
509	NC_018722	TC	3	6	30393	30398	0 %	50 %	0 %	50 %	408501930
510	NC_018722	AGC	2	6	30460	30465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501930
511	NC_018722	TGC	2	6	30490	30495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501930
512	NC_018722	TGT	2	6	30535	30540	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501930
513	NC_018722	GTG	2	6	30564	30569	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501930
514	NC_018722	TG	3	6	30633	30638	0 %	50 %	50 %	0 %	408501930
515	NC_018722	TCCAG	2	10	30789	30798	20 %	20 %	20 %	40 %	408501930
516	NC_018722	TTC	2	6	30801	30806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501930
517	NC_018722	TGC	2	6	30816	30821	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501930
518	NC_018722	CGT	2	6	30922	30927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501930
519	NC_018722	AAAG	2	8	30937	30944	75 %	0 %	25 %	0 %	408501930
520	NC_018722	CA	3	6	30959	30964	50 %	0 %	0 %	50 %	408501930
521	NC_018722	GT	3	6	31052	31057	0 %	50 %	50 %	0 %	408501930
522	NC_018722	CTA	2	6	31103	31108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501930
523	NC_018722	GCGG	2	8	31113	31120	0 %	0 %	75 %	25 %	408501930
524	NC_018722	ATG	2	6	31167	31172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501930
525	NC_018722	CTT	2	6	31226	31231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501930
526	NC_018722	CTG	2	6	31247	31252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501930
527	NC_018722	TCGT	2	8	31279	31286	0 %	50 %	25 %	25 %	408501930
528	NC_018722	GAACAG	2	12	31304	31315	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	408501930
529	NC_018722	A	6	6	31320	31325	100 %	0 %	0 %	0 %	408501930
530	NC_018722	TGGGG	2	10	31347	31356	0 %	20 %	80 %	0 %	408501930
531	NC_018722	GTT	2	6	31364	31369	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501930
532	NC_018722	TCC	2	6	31402	31407	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501930
533	NC_018722	TGTC	2	8	31419	31426	0 %	50 %	25 %	25 %	408501930
534	NC_018722	GC	3	6	31458	31463	0 %	0 %	50 %	50 %	408501930
535	NC_018722	GCT	2	6	31465	31470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501930
536	NC_018722	TCA	2	6	31519	31524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501930
537	NC_018722	T	7	7	31527	31533	0 %	100 %	0 %	0 %	408501930
538	NC_018722	GTCTGG	2	12	31539	31550	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	408501930
539	NC_018722	GCA	2	6	31583	31588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501930
540	NC_018722	TGG	2	6	31624	31629	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501930
541	NC_018722	GA	3	6	31731	31736	50 %	0 %	50 %	0 %	408501930
542	NC_018722	GCG	2	6	31752	31757	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	408501930
543	NC_018722	CAA	2	6	31826	31831	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501930
544	NC_018722	TGC	2	6	31882	31887	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501930
545	NC_018722	A	8	8	31905	31912	100 %	0 %	0 %	0 %	408501930
546	NC_018722	AGC	2	6	31998	32003	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501930
547	NC_018722	ATCC	2	8	32109	32116	25 %	25 %	0 %	50 %	408501930
548	NC_018722	CTCG	2	8	32118	32125	0 %	25 %	25 %	50 %	408501930
549	NC_018722	GTAC	2	8	32142	32149	25 %	25 %	25 %	25 %	408501930
550	NC_018722	G	6	6	32173	32178	0 %	0 %	100 %	0 %	408501930
551	NC_018722	G	6	6	32181	32186	0 %	0 %	100 %	0 %	408501930
552	NC_018722	T	6	6	32301	32306	0 %	100 %	0 %	0 %	408501930
553	NC_018722	CCT	2	6	32359	32364	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501930
554	NC_018722	GT	3	6	32400	32405	0 %	50 %	50 %	0 %	408501930
555	NC_018722	AC	3	6	32441	32446	50 %	0 %	0 %	50 %	408501930
556	NC_018722	TTCA	2	8	32454	32461	25 %	50 %	0 %	25 %	408501930
557	NC_018722	GTTG	2	8	32483	32490	0 %	50 %	50 %	0 %	408501930
558	NC_018722	CTT	2	6	32516	32521	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501930
559	NC_018722	AGT	2	6	32588	32593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501930
560	NC_018722	AGG	3	9	32606	32614	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501930
561	NC_018722	CTT	2	6	32765	32770	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501930
562	NC_018722	CAAA	2	8	32792	32799	75 %	0 %	0 %	25 %	408501930
563	NC_018722	T	7	7	32843	32849	0 %	100 %	0 %	0 %	408501930
564	NC_018722	GAA	2	6	32918	32923	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501930
565	NC_018722	GC	3	6	32985	32990	0 %	0 %	50 %	50 %	408501931
566	NC_018722	AG	3	6	33097	33102	50 %	0 %	50 %	0 %	408501931
567	NC_018722	AG	3	6	33106	33111	50 %	0 %	50 %	0 %	408501931
568	NC_018722	GAT	2	6	33132	33137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501931
569	NC_018722	TGA	2	6	33144	33149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501931
570	NC_018722	GCA	2	6	33152	33157	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501931
571	NC_018722	T	6	6	33162	33167	0 %	100 %	0 %	0 %	408501931
572	NC_018722	ATC	2	6	33220	33225	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	408501931
573	NC_018722	TGCG	2	8	33239	33246	0 %	25 %	50 %	25 %	408501931
574	NC_018722	T	7	7	33269	33275	0 %	100 %	0 %	0 %	408501931
575	NC_018722	GAA	2	6	33288	33293	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501931
576	NC_018722	CG	3	6	33307	33312	0 %	0 %	50 %	50 %	408501931
577	NC_018722	GCA	2	6	33420	33425	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501931
578	NC_018722	CTT	2	6	33472	33477	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501931
579	NC_018722	CTC	2	6	33478	33483	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	408501931
580	NC_018722	TGG	2	6	33549	33554	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501931
581	NC_018722	AGG	2	6	33572	33577	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	408501931
582	NC_018722	CCGC	2	8	33642	33649	0 %	0 %	25 %	75 %	408501931
583	NC_018722	AAGAT	2	10	33653	33662	60 %	20 %	20 %	0 %	408501931
584	NC_018722	TTC	2	6	33670	33675	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501931
585	NC_018722	GCA	2	6	33704	33709	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501931
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587	NC_018722	CTT	2	6	33777	33782	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501931
588	NC_018722	ACC	2	6	33818	33823	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408501931
589	NC_018722	GCC	2	6	33863	33868	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	408501931
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591	NC_018722	TGT	2	6	34223	34228	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501932
592	NC_018722	CTG	2	6	34232	34237	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501932
593	NC_018722	TGC	2	6	34350	34355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501932
594	NC_018722	CTT	2	6	34477	34482	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501932
595	NC_018722	ATT	2	6	34492	34497	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501932
596	NC_018722	GCCG	2	8	34517	34524	0 %	0 %	50 %	50 %	408501932
597	NC_018722	GAC	2	6	34672	34677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501932
598	NC_018722	TAT	2	6	34782	34787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501932
599	NC_018722	ATTG	2	8	34803	34810	25 %	50 %	25 %	0 %	408501932
600	NC_018722	CG	4	8	34817	34824	0 %	0 %	50 %	50 %	408501932
601	NC_018722	AGA	2	6	34856	34861	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501932
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603	NC_018722	AGA	2	6	34944	34949	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501932
604	NC_018722	GACG	2	8	34954	34961	25 %	0 %	50 %	25 %	408501932
605	NC_018722	AGA	2	6	34968	34973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	408501932
606	NC_018722	GC	3	6	35000	35005	0 %	0 %	50 %	50 %	408501932
607	NC_018722	GCA	2	6	35043	35048	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501932
608	NC_018722	GC	3	6	35055	35060	0 %	0 %	50 %	50 %	408501932
609	NC_018722	TGA	2	6	35088	35093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501932
610	NC_018722	AT	3	6	35129	35134	50 %	50 %	0 %	0 %	408501932
611	NC_018722	T	6	6	35143	35148	0 %	100 %	0 %	0 %	408501932
612	NC_018722	TA	3	6	35218	35223	50 %	50 %	0 %	0 %	408501932
613	NC_018722	TTC	2	6	35277	35282	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	408501932
614	NC_018722	CAC	2	6	35346	35351	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	408501932
615	NC_018722	TG	3	6	35374	35379	0 %	50 %	50 %	0 %	408501932
616	NC_018722	TAG	2	6	35434	35439	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	408501932
617	NC_018722	TG	3	6	35494	35499	0 %	50 %	50 %	0 %	408501933
618	NC_018722	GTC	2	6	35533	35538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501933
619	NC_018722	CT	3	6	35672	35677	0 %	50 %	0 %	50 %	408501933
620	NC_018722	GTG	2	6	35681	35686	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	408501933
621	NC_018722	CGTG	2	8	35748	35755	0 %	25 %	50 %	25 %	408501933
622	NC_018722	ATT	2	6	35756	35761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	408501933
623	NC_018722	T	6	6	35833	35838	0 %	100 %	0 %	0 %	408501933
624	NC_018722	GT	4	8	35872	35879	0 %	50 %	50 %	0 %	408501933
625	NC_018722	T	7	7	35910	35916	0 %	100 %	0 %	0 %	408501933
626	NC_018722	ACG	2	6	35927	35932	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501933
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628	NC_018722	GC	3	6	36019	36024	0 %	0 %	50 %	50 %	408501933
629	NC_018722	CA	4	8	36068	36075	50 %	0 %	0 %	50 %	408501933
630	NC_018722	AC	3	6	36096	36101	50 %	0 %	0 %	50 %	408501933
631	NC_018722	TG	3	6	36112	36117	0 %	50 %	50 %	0 %	408501933
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762	NC_018722	GTT	2	6	44024	44029	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	408501941
763	NC_018722	GCT	2	6	44104	44109	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	408501941
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766	NC_018722	GCA	2	6	44153	44158	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	408501941
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793	NC_018722	CG	3	6	45782	45787	0 %	0 %	50 %	50 %	408501943
794	NC_018722	CAA	2	6	45832	45837	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	408501943
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874	NC_018722	CA	3	6	50783	50788	50 %	0 %	0 %	50 %	408501947
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887	NC_018722	TTCT	2	8	51462	51469	0 %	75 %	0 %	25 %	408501947
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