MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Thermus thermophilus JL-18 chromosome

Total Repeats: 2223

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017587	CGTGGC	2	12	425	436	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359471
2	NC_017587	TCGCCT	2	12	994	1005	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386359471
3	NC_017587	CCTGCC	2	12	2241	2252	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359472
4	NC_017587	GGCCGA	2	12	2331	2342	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359472
5	NC_017587	TGGCCC	2	12	2366	2377	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359472
6	NC_017587	CGAGCC	2	12	2732	2743	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386359472
7	NC_017587	GCTGGA	2	12	3129	3140	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386359473
8	NC_017587	GGAGGG	2	12	3615	3626	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	386359473
9	NC_017587	GGAGGT	2	12	4540	4551	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386359474
10	NC_017587	GGGGTA	2	12	5681	5692	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386359475
11	NC_017587	GGGCCC	2	12	6936	6947	0 %	0 %	50 %	50 %	386359476
12	NC_017587	TCGGCC	2	12	8097	8108	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359477
13	NC_017587	TCGTTG	2	12	8436	8447	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386359477
14	NC_017587	ACCCGG	2	12	9428	9439	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386359478
15	NC_017587	GCCTCG	2	12	15084	15095	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359481
16	NC_017587	TGCGGC	2	12	15241	15252	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359481
17	NC_017587	GAGGAC	2	12	15469	15480	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386359482
18	NC_017587	GCTTGT	2	12	18372	18383	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386359484
19	NC_017587	GACCAG	2	12	18496	18507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386359484
20	NC_017587	GCCTTG	2	12	21332	21343	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386359485
21	NC_017587	CTCCCG	2	12	21642	21653	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359486
22	NC_017587	GTCCAG	2	12	21960	21971	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386359486
23	NC_017587	CCACCC	2	12	22530	22541	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	386359487
24	NC_017587	GGCGTG	2	12	25052	25063	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386359490
25	NC_017587	CTACGC	2	12	25849	25860	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386359490
26	NC_017587	CCCTCC	2	12	26982	26993	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	386359491
27	NC_017587	TCCTCG	2	12	28013	28024	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386359492
28	NC_017587	GGCCTT	2	12	30176	30187	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386359494
29	NC_017587	GGCCTT	2	12	30929	30940	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386359494
30	NC_017587	TCTGGA	2	12	31096	31107	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386359494
31	NC_017587	GGCCAG	2	12	31484	31495	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359494
32	NC_017587	CCTGGC	2	12	32046	32057	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359495
33	NC_017587	CCCTCT	2	12	32459	32470	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386359495
34	NC_017587	CACCCT	2	12	32556	32567	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386359495
35	NC_017587	CGTGGC	2	12	32670	32681	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359495
36	NC_017587	GTGCCC	2	12	33057	33068	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359496
37	NC_017587	CGAGGC	2	12	33500	33511	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359496
38	NC_017587	AGGTGG	2	12	35941	35952	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386359500
39	NC_017587	GCCCTG	2	12	36096	36107	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359501
40	NC_017587	CCGAGG	2	12	36886	36897	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359501
41	NC_017587	TCCAGG	2	12	37642	37653	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386359503
42	NC_017587	CGCCCT	2	12	37748	37759	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359503
43	NC_017587	CCTGGC	2	12	38165	38176	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359503
44	NC_017587	GGGCCA	2	12	38771	38782	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359504
45	NC_017587	AGGGCC	2	12	39514	39525	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359504
46	NC_017587	GAGGGC	2	12	40354	40365	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386359506
47	NC_017587	CAGGGC	2	12	40555	40566	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359506
48	NC_017587	GGGCCC	2	12	40689	40700	0 %	0 %	50 %	50 %	386359506
49	NC_017587	GGGCCA	2	12	40929	40940	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359506
50	NC_017587	GGCCCA	2	12	41229	41240	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386359507
51	NC_017587	CCGGGC	2	12	41286	41297	0 %	0 %	50 %	50 %	386359507
52	NC_017587	TGGCCC	2	12	41411	41422	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359507
53	NC_017587	GGGCTT	2	12	41932	41943	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386359507
54	NC_017587	CGCCCT	2	12	41952	41963	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359507
55	NC_017587	CGCCCT	2	12	43608	43619	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359509
56	NC_017587	ACCTCC	2	12	43682	43693	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386359509
57	NC_017587	GCCCCC	2	12	45759	45770	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	386359514
58	NC_017587	TCGGGC	2	12	48076	48087	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359518
59	NC_017587	TGGACC	2	12	49476	49487	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386359520
60	NC_017587	CCGCTA	2	12	50179	50190	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386359520
61	NC_017587	TCGGCC	2	12	50822	50833	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359522
62	NC_017587	ACGTGG	2	12	51161	51172	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386359522
63	NC_017587	GGGTGG	2	12	52866	52877	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	386359524
64	NC_017587	GAGGTG	2	12	53276	53287	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386359524
65	NC_017587	GCCCAA	2	12	53841	53852	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386359525
66	NC_017587	GGGTGG	2	12	55017	55028	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	386359527
67	NC_017587	CCGTGG	2	12	55563	55574	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359527
68	NC_017587	CGTGGC	2	12	55600	55611	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359527
69	NC_017587	CGGCTC	2	12	56091	56102	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359528
70	NC_017587	GAGCCC	2	12	56436	56447	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386359528
71	NC_017587	GGGTGC	2	12	56800	56811	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386359528
72	NC_017587	CCCGCT	2	12	58245	58256	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359531
73	NC_017587	GCCTCC	2	12	58850	58861	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359531
74	NC_017587	GGAAGA	2	12	61733	61744	50 %	0 %	50 %	0 %	386359534
75	NC_017587	GAGGTA	2	12	61926	61937	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386359534
76	NC_017587	CCATCC	2	12	61988	61999	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386359534
77	NC_017587	GCGAAG	2	12	63733	63744	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386359534
78	NC_017587	GGCCGT	2	12	63747	63758	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359534
79	NC_017587	AGGACG	2	12	64585	64596	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386359535
80	NC_017587	AGGGCC	2	12	65202	65213	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359536
81	NC_017587	GCGAAG	2	12	65472	65483	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386359536
82	NC_017587	CCTTTT	2	12	66943	66954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386359537
83	NC_017587	CGCCTT	2	12	66994	67005	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386359537
84	NC_017587	CTCTTC	2	12	67975	67986	0 %	50 %	0 %	50 %	386359538
85	NC_017587	GCCCAG	2	12	68128	68139	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386359538
86	NC_017587	CCACCG	2	12	68805	68816	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	386359538
87	NC_017587	CCACCT	2	12	70830	70841	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386359540
88	NC_017587	CCGGGG	2	12	70860	70871	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386359540
89	NC_017587	GAAGGC	2	12	74397	74408	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386359545
90	NC_017587	CACGGT	2	12	74460	74471	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386359545
91	NC_017587	CACCTC	2	12	75391	75402	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386359546
92	NC_017587	CACCTC	2	12	75469	75480	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386359546
93	NC_017587	CGAGGC	2	12	77109	77120	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359546
94	NC_017587	CGAGGC	2	12	77343	77354	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359546
95	NC_017587	TTGACC	2	12	79514	79525	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386359549
96	NC_017587	GTCCTG	2	12	79993	80004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386359549
97	NC_017587	GGGCCA	2	12	80229	80240	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359549
98	NC_017587	CCGCAG	2	12	82517	82528	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386359552
99	NC_017587	GCCTCG	2	12	83053	83064	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359553
100	NC_017587	GCCCAG	2	12	83363	83374	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386359554
101	NC_017587	CGAGGG	2	12	84704	84715	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386359555
102	NC_017587	CGGCCC	2	12	85715	85726	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386359557
103	NC_017587	CTGGAC	2	12	86420	86431	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386359559
104	NC_017587	CGGAGG	2	12	86772	86783	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386359559
105	NC_017587	CAGGGC	2	12	87964	87975	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359561
106	NC_017587	CCTCGC	2	12	89744	89755	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359562
107	NC_017587	AAGGCC	2	12	90628	90639	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386359562
108	NC_017587	CAGGCC	2	12	91504	91515	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386359563
109	NC_017587	TCACCA	2	12	92216	92227	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386359563
110	NC_017587	TGGCGG	2	12	96917	96928	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386359566
111	NC_017587	GGGGAA	2	12	98229	98240	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386359567
112	NC_017587	TCCCCG	2	12	98366	98377	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359567
113	NC_017587	GTGGAG	2	12	98527	98538	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386359567
114	NC_017587	TTTCCC	2	12	100474	100485	0 %	50 %	0 %	50 %	386359569
115	NC_017587	AGCCAC	2	12	100611	100622	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386359569
116	NC_017587	CGAGGA	2	12	100655	100666	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386359569
117	NC_017587	CAGGGC	2	12	100752	100763	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359569
118	NC_017587	GGCCCG	2	12	101043	101054	0 %	0 %	50 %	50 %	386359570
119	NC_017587	TGCCGG	2	12	104483	104494	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359574
120	NC_017587	GGCCTC	2	12	105484	105495	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359575
121	NC_017587	GGTGGA	2	12	105813	105824	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386359575
122	NC_017587	GGGCTC	2	12	106216	106227	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359575
123	NC_017587	CCGATG	2	12	106307	106318	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386359575
124	NC_017587	CTTTCC	2	12	107130	107141	0 %	50 %	0 %	50 %	386359576
125	NC_017587	GGCCTG	2	12	107588	107599	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359576
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143	NC_017587	TCTTCC	2	12	116918	116929	0 %	50 %	0 %	50 %	386359584
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152	NC_017587	CAGGGC	2	12	121927	121938	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359590
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222	NC_017587	CCCCTG	2	12	180632	180643	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359659
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224	NC_017587	CTCCAC	2	12	181103	181114	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386359660
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229	NC_017587	CGAGGA	2	12	190487	190498	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386359668
230	NC_017587	CTGGAC	2	12	191284	191295	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386359669
231	NC_017587	TGCCGG	2	12	191675	191686	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359669
232	NC_017587	GGTCCG	2	12	192340	192351	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359670
233	NC_017587	GGGGAC	2	12	192957	192968	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386359671
234	NC_017587	GTCCAC	2	12	194146	194157	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386359674
235	NC_017587	GGGCCA	2	12	194289	194300	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359674
236	NC_017587	CCTCCA	2	12	195085	195096	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386359675
237	NC_017587	CCGCTC	2	12	195764	195775	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359675
238	NC_017587	GGCCTG	2	12	196896	196907	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359675
239	NC_017587	TCAGGG	2	12	199726	199737	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386359678
240	NC_017587	GGTGAG	2	12	199760	199771	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386359678
241	NC_017587	GTTCTC	2	12	201101	201112	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386359679
242	NC_017587	CTCCAG	2	12	202970	202981	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386359679
243	NC_017587	CTCCTT	2	12	203000	203011	0 %	50 %	0 %	50 %	386359679
244	NC_017587	TTTCTA	2	12	203164	203175	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386359679
245	NC_017587	TCCTGG	2	12	203371	203382	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386359680
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250	NC_017587	GGGCAG	2	12	209591	209602	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386359689
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255	NC_017587	GGTCCT	2	12	210854	210865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386359690
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259	NC_017587	CCTGGC	2	12	217081	217092	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359699
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262	NC_017587	TCTCCC	2	12	219597	219608	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386359701
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264	NC_017587	GACACC	2	12	221525	221536	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386359702
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266	NC_017587	AAAGCA	2	12	223544	223555	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386359704
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336	NC_017587	CCAGGG	2	12	297597	297608	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359780
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340	NC_017587	GGAGGC	2	12	299545	299556	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386359782
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342	NC_017587	TGTAGG	2	12	302384	302395	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386359786
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345	NC_017587	GCCCTC	2	12	304942	304953	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359788
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347	NC_017587	CTCGGC	2	12	307390	307401	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359791
348	NC_017587	GACGAG	2	12	307594	307605	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386359791
349	NC_017587	CCACCC	2	12	307689	307700	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	386359791
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351	NC_017587	GCCTCC	2	12	309169	309180	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359793
352	NC_017587	GCGCCT	2	12	309560	309571	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359793
353	NC_017587	CGGCAC	2	12	309944	309955	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386359794
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355	NC_017587	GGCCCT	2	12	310337	310348	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386359794
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460	NC_017587	GAAGGA	2	12	396616	396627	50 %	0 %	50 %	0 %	386359904
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463	NC_017587	TGGAGG	2	12	397267	397278	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386359905
464	NC_017587	AGGAAG	2	12	398088	398099	50 %	0 %	50 %	0 %	386359906
465	NC_017587	GGCGGA	2	12	398245	398256	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386359907
466	NC_017587	CCGCCT	2	12	398476	398487	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359907
467	NC_017587	TGGCCT	2	12	399210	399221	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386359908
468	NC_017587	CGTCGG	2	12	400092	400103	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359909
469	NC_017587	CACCTC	3	18	400840	400857	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386359909
470	NC_017587	CCTTCC	2	12	403472	403483	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386359911
471	NC_017587	ACCTCT	2	12	406160	406171	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	386359913
472	NC_017587	CTTCCG	2	12	406976	406987	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386359914
473	NC_017587	ACCTGG	2	12	407028	407039	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386359915
474	NC_017587	CCTCGC	2	12	407353	407364	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359915
475	NC_017587	AGTTCC	2	12	407772	407783	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386359915
476	NC_017587	AGGCGG	2	12	408180	408191	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386359916
477	NC_017587	GCTACC	2	12	408414	408425	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386359916
478	NC_017587	CCGTGG	2	12	408552	408563	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386359916
479	NC_017587	GAGGGG	2	12	409139	409150	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	386359916
480	NC_017587	CCAGGC	2	12	410468	410479	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386359917
481	NC_017587	CGAGGC	2	12	410513	410524	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359917
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483	NC_017587	GGGGGA	2	12	415559	415570	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	386359923
484	NC_017587	TCCTCG	2	12	415576	415587	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386359923
485	NC_017587	CTCGCC	2	12	416268	416279	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359923
486	NC_017587	GCGGGA	2	12	416405	416416	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386359923
487	NC_017587	GCCGAG	2	12	418374	418385	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359924
488	NC_017587	CCACCT	2	12	419397	419408	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386359926
489	NC_017587	GGCTAC	2	12	421536	421547	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386359927
490	NC_017587	CGTGGG	2	12	423158	423169	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386359929
491	NC_017587	CTCCAT	2	12	423630	423641	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	386359930
492	NC_017587	GGGGGA	2	12	424951	424962	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	386359932
493	NC_017587	GCCTCC	2	12	425040	425051	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386359932
494	NC_017587	GTCCTG	2	12	426567	426578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386359934
495	NC_017587	GGCGCA	2	12	430585	430596	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386359940
496	NC_017587	CCAGGA	2	12	431704	431715	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386359940
497	NC_017587	TTCCCC	2	12	432047	432058	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386359941
498	NC_017587	GGCCCG	2	12	432897	432908	0 %	0 %	50 %	50 %	386359942
499	NC_017587	GGGCTT	2	12	433077	433088	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386359942
500	NC_017587	GGGTGG	2	12	434740	434751	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	386359945

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