MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 707

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017268	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	384421555
2	NC_017268	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	384421556
3	NC_017268	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	384421559
4	NC_017268	ATCGG	2	10	7147	7156	20 %	20 %	40 %	20 %	384421561
5	NC_017268	AAGGA	2	10	9495	9504	60 %	0 %	40 %	0 %	384421563
6	NC_017268	GAAAG	2	10	11080	11089	60 %	0 %	40 %	0 %	384421566
7	NC_017268	CTGTG	2	10	11271	11280	0 %	40 %	40 %	20 %	384421566
8	NC_017268	CTGCG	2	10	15901	15910	0 %	20 %	40 %	40 %	384421569
9	NC_017268	GTATC	2	10	26077	26086	20 %	40 %	20 %	20 %	384421571
10	NC_017268	GGTGG	2	10	26984	26993	0 %	20 %	80 %	0 %	384421571
11	NC_017268	TATTT	2	10	27710	27719	20 %	80 %	0 %	0 %	384421572
12	NC_017268	CTGCG	2	10	27776	27785	0 %	20 %	40 %	40 %	384421572
13	NC_017268	TGCGC	2	10	29964	29973	0 %	20 %	40 %	40 %	384421574
14	NC_017268	TCCAG	2	10	30790	30799	20 %	20 %	20 %	40 %	384421574
15	NC_017268	TGGGG	2	10	31348	31357	0 %	20 %	80 %	0 %	384421574
16	NC_017268	AAGAT	2	10	33654	33663	60 %	20 %	20 %	0 %	384421575
17	NC_017268	AAAGT	2	10	36214	36223	60 %	20 %	20 %	0 %	384421577
18	NC_017268	GTTGT	2	10	36314	36323	0 %	60 %	40 %	0 %	384421577
19	NC_017268	GATGT	2	10	37377	37386	20 %	40 %	40 %	0 %	384421578
20	NC_017268	TGCAT	2	10	38017	38026	20 %	40 %	20 %	20 %	384421578
21	NC_017268	GGTCA	2	10	39204	39213	20 %	20 %	40 %	20 %	384421579
22	NC_017268	CGGGT	2	10	39314	39323	0 %	20 %	60 %	20 %	384421579
23	NC_017268	TTTTC	2	10	40340	40349	0 %	80 %	0 %	20 %	384421581
24	NC_017268	TGCTG	2	10	43281	43290	0 %	40 %	40 %	20 %	384421584
25	NC_017268	ACGTA	2	10	43482	43491	40 %	20 %	20 %	20 %	384421584
26	NC_017268	CGTCG	2	10	44174	44183	0 %	20 %	40 %	40 %	384421585
27	NC_017268	TTTTG	2	10	46799	46808	0 %	80 %	20 %	0 %	384421588
28	NC_017268	TGTTT	2	10	47646	47655	0 %	80 %	20 %	0 %	384421589
29	NC_017268	AGTTG	2	10	49270	49279	20 %	40 %	40 %	0 %	384421589
30	NC_017268	GCGCA	2	10	49580	49589	20 %	0 %	40 %	40 %	384421591
31	NC_017268	GCGCA	2	10	50740	50749	20 %	0 %	40 %	40 %	384421593
32	NC_017268	TGCAG	2	10	52871	52880	20 %	20 %	40 %	20 %	384421594
33	NC_017268	CGCTG	2	10	53795	53804	0 %	20 %	40 %	40 %	384421594
34	NC_017268	GCTAC	2	10	54159	54168	20 %	20 %	20 %	40 %	384421594
35	NC_017268	TCGCT	2	10	54196	54205	0 %	40 %	20 %	40 %	384421594
36	NC_017268	CTGCA	2	10	56890	56899	20 %	20 %	20 %	40 %	384421597
37	NC_017268	GCAGG	2	10	58864	58873	20 %	0 %	60 %	20 %	384421599
38	NC_017268	CTGCA	2	10	59844	59853	20 %	20 %	20 %	40 %	384421600
39	NC_017268	TCAAA	2	10	60367	60376	60 %	20 %	0 %	20 %	384421600
40	NC_017268	GCCAC	2	10	63811	63820	20 %	0 %	20 %	60 %	384421603
41	NC_017268	TGCCT	2	10	65584	65593	0 %	40 %	20 %	40 %	384421606
42	NC_017268	TGAAG	2	10	66061	66070	40 %	20 %	40 %	0 %	384421606
43	NC_017268	TGGGG	2	10	66663	66672	0 %	20 %	80 %	0 %	384421607
44	NC_017268	CGTTG	2	10	67718	67727	0 %	40 %	40 %	20 %	384421608
45	NC_017268	TGAGT	2	10	67739	67748	20 %	40 %	40 %	0 %	384421608
46	NC_017268	CACGG	2	10	68037	68046	20 %	0 %	40 %	40 %	384421608
47	NC_017268	CAGAG	2	10	68856	68865	40 %	0 %	40 %	20 %	384421608
48	NC_017268	CGCTT	2	10	69201	69210	0 %	40 %	20 %	40 %	384421609
49	NC_017268	AGTGT	2	10	72712	72721	20 %	40 %	40 %	0 %	384421617
50	NC_017268	GAAAA	2	10	76673	76682	80 %	0 %	20 %	0 %	384421621
51	NC_017268	AATAA	2	10	77727	77736	80 %	20 %	0 %	0 %	384421621
52	NC_017268	GCGCC	2	10	79362	79371	0 %	0 %	40 %	60 %	384421624
53	NC_017268	CGTGT	2	10	81018	81027	0 %	40 %	40 %	20 %	384421626
54	NC_017268	ATGCA	2	10	83683	83692	40 %	20 %	20 %	20 %	384421629
55	NC_017268	GCACC	2	10	86623	86632	20 %	0 %	20 %	60 %	384421631
56	NC_017268	CGCAC	2	10	87084	87093	20 %	0 %	20 %	60 %	384421631
57	NC_017268	GTACC	2	10	88960	88969	20 %	20 %	20 %	40 %	384421632
58	NC_017268	CGTGT	2	10	92288	92297	0 %	40 %	40 %	20 %	384421635
59	NC_017268	GGTAT	2	10	92302	92311	20 %	40 %	40 %	0 %	384421635
60	NC_017268	CGTAT	2	10	96116	96125	20 %	40 %	20 %	20 %	384421638
61	NC_017268	CGTAC	2	10	96407	96416	20 %	20 %	20 %	40 %	384421639
62	NC_017268	CCCGT	2	10	96574	96583	0 %	20 %	20 %	60 %	384421639
63	NC_017268	AAGGA	2	10	98359	98368	60 %	0 %	40 %	0 %	384421641
64	NC_017268	ACTGC	2	10	100334	100343	20 %	20 %	20 %	40 %	384421643
65	NC_017268	TCCTC	2	10	102367	102376	0 %	40 %	0 %	60 %	384421645
66	NC_017268	CTGCT	2	10	103463	103472	0 %	40 %	20 %	40 %	384421647
67	NC_017268	CTACT	2	10	103526	103535	20 %	40 %	0 %	40 %	384421647
68	NC_017268	GCGGT	2	10	104034	104043	0 %	20 %	60 %	20 %	384421648
69	NC_017268	GTGCT	2	10	105716	105725	0 %	40 %	40 %	20 %	384421648
70	NC_017268	ACCTG	2	10	107739	107748	20 %	20 %	20 %	40 %	384421651
71	NC_017268	GAACG	2	10	108055	108064	40 %	0 %	40 %	20 %	384421651
72	NC_017268	GTTCC	2	10	108384	108393	0 %	40 %	20 %	40 %	384421652
73	NC_017268	CCTCG	2	10	110530	110539	0 %	20 %	20 %	60 %	384421654
74	NC_017268	CTGCG	2	10	112604	112613	0 %	20 %	40 %	40 %	384421655
75	NC_017268	TTCGT	2	10	112686	112695	0 %	60 %	20 %	20 %	384421655
76	NC_017268	GGACG	2	10	113203	113212	20 %	0 %	60 %	20 %	384421655
77	NC_017268	GATGT	2	10	113384	113393	20 %	40 %	40 %	0 %	384421655
78	NC_017268	GATTT	2	10	114215	114224	20 %	60 %	20 %	0 %	384421656
79	NC_017268	TCAGA	2	10	117442	117451	40 %	20 %	20 %	20 %	384421657
80	NC_017268	GCAGA	2	10	118442	118451	40 %	0 %	40 %	20 %	384421657
81	NC_017268	ACAGA	2	10	119797	119806	60 %	0 %	20 %	20 %	384421658
82	NC_017268	GGGAG	2	10	120003	120012	20 %	0 %	80 %	0 %	384421658
83	NC_017268	GTGCG	2	10	120134	120143	0 %	20 %	60 %	20 %	384421658
84	NC_017268	AGGAA	2	10	120291	120300	60 %	0 %	40 %	0 %	384421658
85	NC_017268	TACTG	2	10	120828	120837	20 %	40 %	20 %	20 %	384421659
86	NC_017268	CGTCA	2	10	121741	121750	20 %	20 %	20 %	40 %	384421659
87	NC_017268	TCTTT	2	10	122597	122606	0 %	80 %	0 %	20 %	384421660
88	NC_017268	CGCAG	2	10	124401	124410	20 %	0 %	40 %	40 %	384421661
89	NC_017268	AGCAC	2	10	124437	124446	40 %	0 %	20 %	40 %	384421661
90	NC_017268	CATTG	2	10	126731	126740	20 %	40 %	20 %	20 %	384421662
91	NC_017268	CCGTG	2	10	127092	127101	0 %	20 %	40 %	40 %	384421663
92	NC_017268	AACCA	2	10	128816	128825	60 %	0 %	0 %	40 %	384421664
93	NC_017268	AAAAG	2	10	129467	129476	80 %	0 %	20 %	0 %	384421664
94	NC_017268	TTATC	2	10	130082	130091	20 %	60 %	0 %	20 %	384421666
95	NC_017268	CGCGC	2	10	132217	132226	0 %	0 %	40 %	60 %	384421668
96	NC_017268	TATCG	2	10	133504	133513	20 %	40 %	20 %	20 %	384421669
97	NC_017268	GCGAT	2	10	134540	134549	20 %	20 %	40 %	20 %	384421669
98	NC_017268	TGTTT	2	10	135962	135971	0 %	80 %	20 %	0 %	384421670
99	NC_017268	GTCTT	2	10	137150	137159	0 %	60 %	20 %	20 %	384421671
100	NC_017268	ACCAA	2	10	142275	142284	60 %	0 %	0 %	40 %	384421675
101	NC_017268	AGCCA	2	10	142747	142756	40 %	0 %	20 %	40 %	384421675
102	NC_017268	GCAGC	2	10	145461	145470	20 %	0 %	40 %	40 %	384421676
103	NC_017268	GGATC	2	10	147522	147531	20 %	20 %	40 %	20 %	384421678
104	NC_017268	GTTTG	2	10	150922	150931	0 %	60 %	40 %	0 %	384421681
105	NC_017268	TGTTT	2	10	153364	153373	0 %	80 %	20 %	0 %	384421682
106	NC_017268	GGTCT	2	10	154439	154448	0 %	40 %	40 %	20 %	384421683
107	NC_017268	GGTCT	2	10	155668	155677	0 %	40 %	40 %	20 %	384421684
108	NC_017268	TGCCT	2	10	164182	164191	0 %	40 %	20 %	40 %	384421691
109	NC_017268	AGAGG	2	10	166270	166279	40 %	0 %	60 %	0 %	384421694
110	NC_017268	GCAGC	2	10	166974	166983	20 %	0 %	40 %	40 %	384421694
111	NC_017268	TGAAG	2	10	168470	168479	40 %	20 %	40 %	0 %	384421695
112	NC_017268	CGGTA	2	10	171820	171829	20 %	20 %	40 %	20 %	384421696
113	NC_017268	ATTCC	2	10	171923	171932	20 %	40 %	0 %	40 %	384421696
114	NC_017268	ATAAG	2	10	172141	172150	60 %	20 %	20 %	0 %	384421696
115	NC_017268	ACGCA	2	10	172730	172739	40 %	0 %	20 %	40 %	384421697
116	NC_017268	CGTGA	2	10	173796	173805	20 %	20 %	40 %	20 %	384421699
117	NC_017268	CTTGC	2	10	173821	173830	0 %	40 %	20 %	40 %	384421699
118	NC_017268	CTTTT	2	10	173861	173870	0 %	80 %	0 %	20 %	384421699
119	NC_017268	CTTCT	2	10	175943	175952	0 %	60 %	0 %	40 %	384421701
120	NC_017268	GTGCT	2	10	176087	176096	0 %	40 %	40 %	20 %	384421701
121	NC_017268	GCGCG	2	10	176253	176262	0 %	0 %	60 %	40 %	384421701
122	NC_017268	GAACG	2	10	176341	176350	40 %	0 %	40 %	20 %	384421701
123	NC_017268	CAGTG	2	10	179227	179236	20 %	20 %	40 %	20 %	384421704
124	NC_017268	TGTGG	2	10	181035	181044	0 %	40 %	60 %	0 %	384421707
125	NC_017268	CGCTG	2	10	181544	181553	0 %	20 %	40 %	40 %	384421708
126	NC_017268	GGTGA	2	10	182252	182261	20 %	20 %	60 %	0 %	384421708
127	NC_017268	GTTTT	2	10	185536	185545	0 %	80 %	20 %	0 %	384421711
128	NC_017268	CGCAG	2	10	187156	187165	20 %	0 %	40 %	40 %	384421714
129	NC_017268	TTGGG	2	10	188861	188870	0 %	40 %	60 %	0 %	384421716
130	NC_017268	CATTG	2	10	189192	189201	20 %	40 %	20 %	20 %	384421716
131	NC_017268	TGCTT	2	10	192499	192508	0 %	60 %	20 %	20 %	384421719
132	NC_017268	GCGCG	2	10	192602	192611	0 %	0 %	60 %	40 %	384421719
133	NC_017268	TGGCC	2	10	200521	200530	0 %	20 %	40 %	40 %	384421723
134	NC_017268	CTGTG	2	10	201218	201227	0 %	40 %	40 %	20 %	384421724
135	NC_017268	ATCCG	2	10	201962	201971	20 %	20 %	20 %	40 %	384421725
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248	NC_017268	TTCTG	2	10	403545	403554	0 %	60 %	20 %	20 %	384421901
249	NC_017268	AGTGC	2	10	406361	406370	20 %	20 %	40 %	20 %	384421902
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251	NC_017268	TTGGC	2	10	408477	408486	0 %	40 %	40 %	20 %	384421905
252	NC_017268	AGGAT	2	10	410786	410795	40 %	20 %	40 %	0 %	384421908
253	NC_017268	ATTTT	2	10	413540	413549	20 %	80 %	0 %	0 %	384421911
254	NC_017268	CGGTG	2	10	417010	417019	0 %	20 %	60 %	20 %	384421914
255	NC_017268	TGTAT	2	10	418630	418639	20 %	60 %	20 %	0 %	384421916
256	NC_017268	CAACC	2	10	419237	419246	40 %	0 %	0 %	60 %	384421917
257	NC_017268	GGCGC	2	10	420287	420296	0 %	0 %	60 %	40 %	384421918
258	NC_017268	AAATC	2	10	421869	421878	60 %	20 %	0 %	20 %	384421918
259	NC_017268	CCGCG	2	10	423310	423319	0 %	0 %	40 %	60 %	384421920
260	NC_017268	CGGCG	2	10	424574	424583	0 %	0 %	60 %	40 %	384421923
261	NC_017268	GTTGC	2	10	426156	426165	0 %	40 %	40 %	20 %	384421923
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263	NC_017268	TGCGT	2	10	427949	427958	0 %	40 %	40 %	20 %	384421925
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