MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago chromosome

Total Repeats: 20636

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_017268	TGTC	2	8	60346	60353	0 %	50 %	25 %	25 %	384421600
1002	NC_017268	TCAAA	2	10	60367	60376	60 %	20 %	0 %	20 %	384421600
1003	NC_017268	GCA	2	6	60405	60410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421600
1004	NC_017268	ATC	2	6	60537	60542	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421600
1005	NC_017268	GCGT	2	8	60543	60550	0 %	25 %	50 %	25 %	384421600
1006	NC_017268	GA	3	6	60627	60632	50 %	0 %	50 %	0 %	384421600
1007	NC_017268	CG	3	6	60681	60686	0 %	0 %	50 %	50 %	384421601
1008	NC_017268	GTT	2	6	60690	60695	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421601
1009	NC_017268	AC	3	6	60725	60730	50 %	0 %	0 %	50 %	384421601
1010	NC_017268	TTGC	2	8	60763	60770	0 %	50 %	25 %	25 %	384421601
1011	NC_017268	CGTG	2	8	60778	60785	0 %	25 %	50 %	25 %	384421601
1012	NC_017268	CAG	2	6	60799	60804	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421601
1013	NC_017268	T	6	6	60898	60903	0 %	100 %	0 %	0 %	384421601
1014	NC_017268	ATG	2	6	60997	61002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421601
1015	NC_017268	TGCG	2	8	61112	61119	0 %	25 %	50 %	25 %	384421601
1016	NC_017268	CT	3	6	61133	61138	0 %	50 %	0 %	50 %	384421601
1017	NC_017268	CG	3	6	61191	61196	0 %	0 %	50 %	50 %	384421601
1018	NC_017268	CG	3	6	61223	61228	0 %	0 %	50 %	50 %	384421601
1019	NC_017268	ATG	2	6	61325	61330	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384421601
1020	NC_017268	GC	5	10	61369	61378	0 %	0 %	50 %	50 %	384421601
1021	NC_017268	CAC	2	6	61459	61464	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384421601
1022	NC_017268	AAGG	2	8	61480	61487	50 %	0 %	50 %	0 %	384421601
1023	NC_017268	GC	3	6	61534	61539	0 %	0 %	50 %	50 %	384421601
1024	NC_017268	GCA	2	6	61549	61554	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421601
1025	NC_017268	TC	3	6	61584	61589	0 %	50 %	0 %	50 %	384421601
1026	NC_017268	ATC	2	6	61754	61759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421602
1027	NC_017268	A	7	7	61802	61808	100 %	0 %	0 %	0 %	384421602
1028	NC_017268	CCA	2	6	61945	61950	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384421602
1029	NC_017268	C	6	6	61993	61998	0 %	0 %	0 %	100 %	384421602
1030	NC_017268	AAT	2	6	62096	62101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384421602
1031	NC_017268	GT	4	8	62120	62127	0 %	50 %	50 %	0 %	384421602
1032	NC_017268	TTA	2	6	62178	62183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421602
1033	NC_017268	AGA	2	6	62197	62202	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421602
1034	NC_017268	AAAT	2	8	62220	62227	75 %	25 %	0 %	0 %	384421602
1035	NC_017268	CAG	2	6	62261	62266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421602
1036	NC_017268	GC	3	6	62324	62329	0 %	0 %	50 %	50 %	384421602
1037	NC_017268	TCG	2	6	62340	62345	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421602
1038	NC_017268	TTC	2	6	62375	62380	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421602
1039	NC_017268	TGTAAC	2	12	62404	62415	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	384421602
1040	NC_017268	AAGG	2	8	62534	62541	50 %	0 %	50 %	0 %	384421602
1041	NC_017268	TTC	2	6	62618	62623	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421602
1042	NC_017268	GTT	2	6	62636	62641	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421602
1043	NC_017268	TGCC	2	8	62645	62652	0 %	25 %	25 %	50 %	384421602
1044	NC_017268	C	6	6	62714	62719	0 %	0 %	0 %	100 %	384421602
1045	NC_017268	GC	3	6	62767	62772	0 %	0 %	50 %	50 %	384421602
1046	NC_017268	CAT	2	6	62798	62803	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421602
1047	NC_017268	CCT	2	6	63025	63030	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421603
1048	NC_017268	GCG	2	6	63033	63038	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384421603
1049	NC_017268	CT	3	6	63045	63050	0 %	50 %	0 %	50 %	384421603
1050	NC_017268	GCA	2	6	63086	63091	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421603
1051	NC_017268	T	6	6	63118	63123	0 %	100 %	0 %	0 %	384421603
1052	NC_017268	TGCG	2	8	63131	63138	0 %	25 %	50 %	25 %	384421603
1053	NC_017268	TG	3	6	63155	63160	0 %	50 %	50 %	0 %	384421603
1054	NC_017268	TGC	2	6	63168	63173	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421603
1055	NC_017268	TGC	2	6	63249	63254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421603
1056	NC_017268	TGT	2	6	63327	63332	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421603
1057	NC_017268	TGC	2	6	63384	63389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421603
1058	NC_017268	T	7	7	63390	63396	0 %	100 %	0 %	0 %	384421603
1059	NC_017268	CACT	2	8	63403	63410	25 %	25 %	0 %	50 %	384421603
1060	NC_017268	GGT	2	6	63411	63416	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421603
1061	NC_017268	CAG	2	6	63430	63435	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421603
1062	NC_017268	GGA	2	6	63472	63477	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421603
1063	NC_017268	TTG	2	6	63493	63498	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421603
1064	NC_017268	TG	3	6	63530	63535	0 %	50 %	50 %	0 %	384421603
1065	NC_017268	GAA	2	6	63613	63618	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384421603
1066	NC_017268	GAG	2	6	63643	63648	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421603
1067	NC_017268	ATC	2	6	63683	63688	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421603
1068	NC_017268	GCAG	2	8	63700	63707	25 %	0 %	50 %	25 %	384421603
1069	NC_017268	T	7	7	63749	63755	0 %	100 %	0 %	0 %	384421603
1070	NC_017268	GCCAC	2	10	63811	63820	20 %	0 %	20 %	60 %	384421603
1071	NC_017268	TGT	2	6	64040	64045	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384421604
1072	NC_017268	T	10	10	64084	64093	0 %	100 %	0 %	0 %	384421604
1073	NC_017268	TCA	2	6	64118	64123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421604
1074	NC_017268	TCC	2	6	64210	64215	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421605
1075	NC_017268	TG	3	6	64239	64244	0 %	50 %	50 %	0 %	384421605
1076	NC_017268	GC	3	6	64246	64251	0 %	0 %	50 %	50 %	384421605
1077	NC_017268	TCT	2	6	64257	64262	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421605
1078	NC_017268	AGG	2	6	64313	64318	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384421605
1079	NC_017268	CGC	2	6	64325	64330	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384421605
1080	NC_017268	ACG	2	6	64527	64532	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421606
1081	NC_017268	TAT	2	6	64606	64611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421606
1082	NC_017268	TCAG	2	8	64749	64756	25 %	25 %	25 %	25 %	384421606
1083	NC_017268	TGC	2	6	64765	64770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421606
1084	NC_017268	GC	3	6	64865	64870	0 %	0 %	50 %	50 %	384421606
1085	NC_017268	ACT	2	6	64994	64999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421606
1086	NC_017268	GGC	2	6	65026	65031	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384421606
1087	NC_017268	AGC	2	6	65173	65178	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384421606
1088	NC_017268	CAGT	2	8	65414	65421	25 %	25 %	25 %	25 %	384421606
1089	NC_017268	ACC	2	6	65445	65450	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384421606
1090	NC_017268	CTG	2	6	65457	65462	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421606
1091	NC_017268	CCT	2	6	65505	65510	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	384421606
1092	NC_017268	TGG	2	6	65523	65528	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421606
1093	NC_017268	GAAG	2	8	65539	65546	50 %	0 %	50 %	0 %	384421606
1094	NC_017268	GCC	2	6	65571	65576	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384421606
1095	NC_017268	TGCCT	2	10	65584	65593	0 %	40 %	20 %	40 %	384421606
1096	NC_017268	GC	4	8	65621	65628	0 %	0 %	50 %	50 %	384421606
1097	NC_017268	AGGGGC	2	12	65739	65750	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	384421606
1098	NC_017268	CTT	2	6	65784	65789	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384421606
1099	NC_017268	AGGC	2	8	65880	65887	25 %	0 %	50 %	25 %	384421606
1100	NC_017268	CCGT	2	8	65888	65895	0 %	25 %	25 %	50 %	384421606
1101	NC_017268	TAC	2	6	65947	65952	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421606
1102	NC_017268	AC	3	6	65986	65991	50 %	0 %	0 %	50 %	384421606
1103	NC_017268	TGG	2	6	66036	66041	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421606
1104	NC_017268	TGAAG	2	10	66061	66070	40 %	20 %	40 %	0 %	384421606
1105	NC_017268	GCT	2	6	66077	66082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421606
1106	NC_017268	GC	3	6	66111	66116	0 %	0 %	50 %	50 %	384421606
1107	NC_017268	TGG	2	6	66206	66211	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384421607
1108	NC_017268	TG	3	6	66219	66224	0 %	50 %	50 %	0 %	384421607
1109	NC_017268	TG	3	6	66233	66238	0 %	50 %	50 %	0 %	384421607
1110	NC_017268	CGC	2	6	66247	66252	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	384421607
1111	NC_017268	CGT	2	6	66323	66328	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421607
1112	NC_017268	TGCG	2	8	66344	66351	0 %	25 %	50 %	25 %	384421607
1113	NC_017268	TC	3	6	66372	66377	0 %	50 %	0 %	50 %	384421607
1114	NC_017268	CTTT	2	8	66425	66432	0 %	75 %	0 %	25 %	384421607
1115	NC_017268	AC	3	6	66475	66480	50 %	0 %	0 %	50 %	384421607
1116	NC_017268	TGC	2	6	66506	66511	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421607
1117	NC_017268	TGGT	2	8	66515	66522	0 %	50 %	50 %	0 %	384421607
1118	NC_017268	TCA	2	6	66527	66532	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384421607
1119	NC_017268	TGC	2	6	66543	66548	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421607
1120	NC_017268	GCT	3	9	66564	66572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421607
1121	NC_017268	TGGGG	2	10	66663	66672	0 %	20 %	80 %	0 %	384421607
1122	NC_017268	CT	3	6	66794	66799	0 %	50 %	0 %	50 %	384421607
1123	NC_017268	GCCATT	2	12	66859	66870	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	384421607
1124	NC_017268	GGC	2	6	66948	66953	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384421607
1125	NC_017268	TAT	2	6	66978	66983	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421607
1126	NC_017268	TTA	2	6	67028	67033	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384421607
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1128	NC_017268	TCTTGC	2	12	67088	67099	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	384421607
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1495	NC_017268	AT	3	6	88146	88151	50 %	50 %	0 %	0 %	384421632
1496	NC_017268	TG	3	6	88227	88232	0 %	50 %	50 %	0 %	384421632
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1498	NC_017268	TCG	2	6	88246	88251	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384421632
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